Difference for src/colvarcomp_distances.C from version 1.16 to 1.17

version 1.16version 1.17
Line 91
Line 91
 } }
  
  
  simple_scalar_dist_functions(distance)
  
  
  
 colvar::distance_vec::distance_vec(std::string const &conf) colvar::distance_vec::distance_vec(std::string const &conf)
   : distance(conf)   : distance(conf)
Line 138
Line 141
 } }
  
  
  cvm::real colvar::distance_vec::dist2(colvarvalue const &x1,
                                        colvarvalue const &x2) const
  {
    return cvm::position_dist2(x1.rvector_value, x2.rvector_value);
  }
  
  
  colvarvalue colvar::distance_vec::dist2_lgrad(colvarvalue const &x1,
                                                colvarvalue const &x2) const
  {
    return 2.0 * cvm::position_distance(x2.rvector_value, x1.rvector_value);
  }
  
  
  colvarvalue colvar::distance_vec::dist2_rgrad(colvarvalue const &x1,
                                                colvarvalue const &x2) const
  {
    return 2.0 * cvm::position_distance(x2.rvector_value, x1.rvector_value);
  }
  
  
  
 colvar::distance_z::distance_z(std::string const &conf) colvar::distance_z::distance_z(std::string const &conf)
   : cvc(conf)   : cvc(conf)
Line 191
Line 215
  
 } }
  
  
 colvar::distance_z::distance_z() colvar::distance_z::distance_z()
 { {
   function_type = "distance_z";   function_type = "distance_z";
Line 200
Line 225
   x.type(colvarvalue::type_scalar);   x.type(colvarvalue::type_scalar);
 } }
  
  
 void colvar::distance_z::calc_value() void colvar::distance_z::calc_value()
 { {
   if (fixed_axis) {   if (fixed_axis) {
Line 227
Line 253
   this->wrap(x);   this->wrap(x);
 } }
  
  
 void colvar::distance_z::calc_gradients() void colvar::distance_z::calc_gradients()
 { {
   main->set_weighted_gradient( axis );   main->set_weighted_gradient( axis );
Line 248
Line 275
   }   }
 } }
  
  
 void colvar::distance_z::calc_force_invgrads() void colvar::distance_z::calc_force_invgrads()
 { {
   main->read_total_forces();   main->read_total_forces();
Line 260
Line 288
   }   }
 } }
  
  
 void colvar::distance_z::calc_Jacobian_derivative() void colvar::distance_z::calc_Jacobian_derivative()
 { {
   jd.real_value = 0.0;   jd.real_value = 0.0;
 } }
  
  
 void colvar::distance_z::apply_force(colvarvalue const &force) void colvar::distance_z::apply_force(colvarvalue const &force)
 { {
   if (!ref1->noforce)   if (!ref1->noforce)
Line 278
Line 308
 } }
  
  
  // Differences should always be wrapped around 0 (ignoring wrap_center)
  cvm::real colvar::distance_z::dist2(colvarvalue const &x1,
                                      colvarvalue const &x2) const
  {
    cvm::real diff = x1.real_value - x2.real_value;
    if (b_periodic) {
      cvm::real shift = std::floor(diff/period + 0.5);
      diff -= shift * period;
    }
    return diff * diff;
  }
  
  
  colvarvalue colvar::distance_z::dist2_lgrad(colvarvalue const &x1,
                                              colvarvalue const &x2) const
  {
    cvm::real diff = x1.real_value - x2.real_value;
    if (b_periodic) {
      cvm::real shift = std::floor(diff/period + 0.5);
      diff -= shift * period;
    }
    return 2.0 * diff;
  }
  
  
  colvarvalue colvar::distance_z::dist2_rgrad(colvarvalue const &x1,
                                              colvarvalue const &x2) const
  {
    cvm::real diff = x1.real_value - x2.real_value;
    if (b_periodic) {
      cvm::real shift = std::floor(diff/period + 0.5);
      diff -= shift * period;
    }
    return (-2.0) * diff;
  }
  
  
  void colvar::distance_z::wrap(colvarvalue &x) const
  {
    if (!b_periodic) {
      // don't wrap if the period has not been set
      return;
    }
  
    cvm::real shift = std::floor((x.real_value - wrap_center) / period + 0.5);
    x.real_value -= shift * period;
    return;
  }
  
  
  
 colvar::distance_xy::distance_xy(std::string const &conf) colvar::distance_xy::distance_xy(std::string const &conf)
   : distance_z(conf)   : distance_z(conf)
Line 289
Line 369
   x.type(colvarvalue::type_scalar);   x.type(colvarvalue::type_scalar);
 } }
  
  
 colvar::distance_xy::distance_xy() colvar::distance_xy::distance_xy()
   : distance_z()   : distance_z()
 { {
Line 299
Line 380
   x.type(colvarvalue::type_scalar);   x.type(colvarvalue::type_scalar);
 } }
  
  
 void colvar::distance_xy::calc_value() void colvar::distance_xy::calc_value()
 { {
   if (b_no_PBC) {   if (b_no_PBC) {
Line 321
Line 403
   x.real_value = dist_v_ortho.norm();   x.real_value = dist_v_ortho.norm();
 } }
  
  
 void colvar::distance_xy::calc_gradients() void colvar::distance_xy::calc_gradients()
 { {
   // Intermediate quantity (r_P3 / r_12 where P is the projection   // Intermediate quantity (r_P3 / r_12 where P is the projection
Line 348
Line 431
   }   }
 } }
  
  
 void colvar::distance_xy::calc_force_invgrads() void colvar::distance_xy::calc_force_invgrads()
 { {
   main->read_total_forces();   main->read_total_forces();
Line 360
Line 444
   }   }
 } }
  
  
 void colvar::distance_xy::calc_Jacobian_derivative() void colvar::distance_xy::calc_Jacobian_derivative()
 { {
   jd.real_value = x.real_value ? (1.0 / x.real_value) : 0.0;   jd.real_value = x.real_value ? (1.0 / x.real_value) : 0.0;
 } }
  
  
 void colvar::distance_xy::apply_force(colvarvalue const &force) void colvar::distance_xy::apply_force(colvarvalue const &force)
 { {
   if (!ref1->noforce)   if (!ref1->noforce)
Line 378
Line 464
 } }
  
  
  simple_scalar_dist_functions(distance_xy)
  
  
  
 colvar::distance_dir::distance_dir(std::string const &conf) colvar::distance_dir::distance_dir(std::string const &conf)
   : distance(conf)   : distance(conf)
Line 460
Line 549
   x.type(colvarvalue::type_scalar);   x.type(colvarvalue::type_scalar);
 } }
  
  
 colvar::distance_inv::distance_inv() colvar::distance_inv::distance_inv()
 { {
   function_type = "distance_inv";   function_type = "distance_inv";
Line 467
Line 557
   x.type(colvarvalue::type_scalar);   x.type(colvarvalue::type_scalar);
 } }
  
  
 void colvar::distance_inv::calc_value() void colvar::distance_inv::calc_value()
 { {
   x.real_value = 0.0;   x.real_value = 0.0;
Line 504
Line 595
   x.real_value = std::pow(x.real_value, -1.0/(cvm::real(exponent)));   x.real_value = std::pow(x.real_value, -1.0/(cvm::real(exponent)));
 } }
  
  
 void colvar::distance_inv::calc_gradients() void colvar::distance_inv::calc_gradients()
 { {
   cvm::real const dxdsum = (-1.0/(cvm::real(exponent))) * std::pow(x.real_value, exponent+1) / cvm::real(group1->size() * group2->size());   cvm::real const dxdsum = (-1.0/(cvm::real(exponent))) * std::pow(x.real_value, exponent+1) / cvm::real(group1->size() * group2->size());
Line 515
Line 607
   }   }
 } }
  
  
 void colvar::distance_inv::apply_force(colvarvalue const &force) void colvar::distance_inv::apply_force(colvarvalue const &force)
 { {
   if (!group1->noforce)   if (!group1->noforce)
Line 525
Line 618
 } }
  
  
  simple_scalar_dist_functions(distance_inv)
  
  
  
 colvar::distance_pairs::distance_pairs(std::string const &conf) colvar::distance_pairs::distance_pairs(std::string const &conf)
   : cvc(conf)   : cvc(conf)
Line 579
Line 675
   }   }
 } }
  
  
 void colvar::distance_pairs::calc_gradients() void colvar::distance_pairs::calc_gradients()
 { {
   // will be calculated on the fly in apply_force()   // will be calculated on the fly in apply_force()
 } }
  
  
 void colvar::distance_pairs::apply_force(colvarvalue const &force) void colvar::distance_pairs::apply_force(colvarvalue const &force)
 { {
   if (b_no_PBC) {   if (b_no_PBC) {
Line 608
Line 706
 } }
  
  
  
 colvar::gyration::gyration(std::string const &conf) colvar::gyration::gyration(std::string const &conf)
   : cvc(conf)   : cvc(conf)
 { {
Line 681
Line 780
 } }
  
  
  simple_scalar_dist_functions(gyration)
  
  
  
 colvar::inertia::inertia(std::string const &conf) colvar::inertia::inertia(std::string const &conf)
   : gyration(conf)   : gyration(conf)
Line 721
Line 823
 } }
  
  
  simple_scalar_dist_functions(inertia_z)
  
  
  
 colvar::inertia_z::inertia_z(std::string const &conf) colvar::inertia_z::inertia_z(std::string const &conf)
   : inertia(conf)   : inertia(conf)
 { {
Line 771
Line 877
 } }
  
  
  simple_scalar_dist_functions(inertia)
  
  
  
  
 colvar::rmsd::rmsd(std::string const &conf) colvar::rmsd::rmsd(std::string const &conf)
   : cvc(conf)   : cvc(conf)
Line 970
Line 1080
 } }
  
  
  simple_scalar_dist_functions(rmsd)
  
  
  
 colvar::eigenvector::eigenvector(std::string const &conf) colvar::eigenvector::eigenvector(std::string const &conf)
Line 1254
Line 1366
 } }
  
  
  simple_scalar_dist_functions(eigenvector)
  
  
  
 colvar::cartesian::cartesian(std::string const &conf) colvar::cartesian::cartesian(std::string const &conf)
   : cvc(conf)   : cvc(conf)
 { {

Legend:
Removed in v.1.16 
changed lines
 Added in v.1.17


Made by using version 1.53 of cvs2html