Difference for src/colvaratoms.C from version 1.20 to 1.21

version 1.20version 1.21
Line 367
Line 367
         cvm::error("Error: atomsColValue, if provided, must be non-zero.\n", INPUT_ERROR);         cvm::error("Error: atomsColValue, if provided, must be non-zero.\n", INPUT_ERROR);
       }       }
  
        // NOTE: calls to add_atom() and/or add_atom_id() are in the proxy-implemented function
       cvm::load_atoms(atoms_file_name.c_str(), *this, atoms_col, atoms_col_value);       cvm::load_atoms(atoms_file_name.c_str(), *this, atoms_col, atoms_col_value);
     }     }
   }   }
Line 409
Line 410
  
   parse_error |= parse_fitting_options(group_conf);   parse_error |= parse_fitting_options(group_conf);
  
    bool b_print_atom_ids = false;
    get_keyval(group_conf, "printAtomIDs", b_print_atom_ids, false, colvarparse::parse_silent);
  
   // TODO move this to colvarparse object   // TODO move this to colvarparse object
   check_keywords(group_conf, key.c_str());   check_keywords(group_conf, key.c_str());
   if (cvm::get_error()) {   if (cvm::get_error()) {
Line 427
Line 431
      cvm::to_str(total_mass)+", total charge = "+      cvm::to_str(total_mass)+", total charge = "+
             cvm::to_str(total_charge)+".\n");             cvm::to_str(total_charge)+".\n");
  
    if (b_print_atom_ids) {
      cvm::log("Internal definition of the atom group:\n");
    }
  
   cvm::decrease_depth();   cvm::decrease_depth();
  
   return (cvm::get_error() ? COLVARS_ERROR : COLVARS_OK);   return (cvm::get_error() ? COLVARS_ERROR : COLVARS_OK);
Line 583
Line 591
 } }
  
  
  std::string const cvm::atom_group::print_atom_ids() const
  {
    size_t line_count = 0;
    std::ostringstream os("");
    for (size_t i = 0; i < atoms_ids.size(); i++) {
      os << " " << std::setw(9) << atoms_ids[i];
      if (++line_count == 7) {
        os << "\n";
        line_count = 0;
      }
    }
    return os.str();
  }
  
  
 int cvm::atom_group::parse_fitting_options(std::string const &group_conf) int cvm::atom_group::parse_fitting_options(std::string const &group_conf)
 { {
   bool b_defined_center = get_keyval(group_conf, "centerReference", b_center, false);   bool b_defined_center = get_keyval(group_conf, "centerReference", b_center, false);


Legend:
Removed in v.1.20 
changed lines
 Added in v.1.21



Made by using version 1.53 of cvs2html