Difference for ./Make.depends from version 1.187 to 1.188

version 1.187version 1.188
Line 1
Line 1
 obj/ComputeMoa.o: \ obj/ComputeMoa.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeMoa.C \  src/ComputeMoa.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Node.h \  src/Node.h \
Line 64
Line 65
  src/varsizemsg.h  src/varsizemsg.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeMoa.o $(COPTC) src/ComputeMoa.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeMoa.o $(COPTC) src/ComputeMoa.C
 obj/ComputeMsm.o: \ obj/ComputeMsm.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeMsm.C \  src/ComputeMsm.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Node.h \  src/Node.h \
Line 132
Line 134
  inc/ComputeMsmMgr.def.h  inc/ComputeMsmMgr.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeMsm.o $(COPTC) src/ComputeMsm.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeMsm.o $(COPTC) src/ComputeMsm.C
 obj/ComputeMsmMsa.o: \ obj/ComputeMsmMsa.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeMsmMsa.C  src/ComputeMsmMsa.C
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeMsmMsa.o $(COPTC) src/ComputeMsmMsa.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeMsmMsa.o $(COPTC) src/ComputeMsmMsa.C
 obj/ComputeMsmSerial.o: \ obj/ComputeMsmSerial.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeMsmSerial.C \  src/ComputeMsmSerial.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Node.h \  src/Node.h \
Line 200
Line 204
  inc/ComputeMsmSerialMgr.def.h  inc/ComputeMsmSerialMgr.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeMsmSerial.o $(COPTC) src/ComputeMsmSerial.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeMsmSerial.o $(COPTC) src/ComputeMsmSerial.C
 obj/ComputeFmmSerial.o: \ obj/ComputeFmmSerial.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeFmmSerial.C \  src/ComputeFmmSerial.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Node.h \  src/Node.h \
Line 264
Line 269
  inc/ComputeFmmSerialMgr.def.h  inc/ComputeFmmSerialMgr.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeFmmSerial.o $(COPTC) src/ComputeFmmSerial.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeFmmSerial.o $(COPTC) src/ComputeFmmSerial.C
 obj/msm.o: \ obj/msm.o: \
   obj/.exists \
  src/msm.c \  src/msm.c \
  src/msm_defn.h \  src/msm_defn.h \
  src/msm.h \  src/msm.h \
  src/wkfutils.h  src/wkfutils.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/msm.o $(COPTC) src/msm.c  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/msm.o $(COPTC) src/msm.c
 obj/msm_longrng.o: \ obj/msm_longrng.o: \
   obj/.exists \
  src/msm_longrng.c \  src/msm_longrng.c \
  src/msm_defn.h \  src/msm_defn.h \
  src/msm.h \  src/msm.h \
  src/wkfutils.h  src/wkfutils.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/msm_longrng.o $(COPTC) src/msm_longrng.c  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/msm_longrng.o $(COPTC) src/msm_longrng.c
 obj/msm_longrng_sprec.o: \ obj/msm_longrng_sprec.o: \
   obj/.exists \
  src/msm_longrng_sprec.c \  src/msm_longrng_sprec.c \
  src/msm_defn.h \  src/msm_defn.h \
  src/msm.h \  src/msm.h \
  src/wkfutils.h  src/wkfutils.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/msm_longrng_sprec.o $(COPTC) src/msm_longrng_sprec.c  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/msm_longrng_sprec.o $(COPTC) src/msm_longrng_sprec.c
 obj/msm_setup.o: \ obj/msm_setup.o: \
   obj/.exists \
  src/msm_setup.c \  src/msm_setup.c \
  src/msm_defn.h \  src/msm_defn.h \
  src/msm.h \  src/msm.h \
  src/wkfutils.h  src/wkfutils.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/msm_setup.o $(COPTC) src/msm_setup.c  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/msm_setup.o $(COPTC) src/msm_setup.c
 obj/msm_shortrng.o: \ obj/msm_shortrng.o: \
   obj/.exists \
  src/msm_shortrng.c \  src/msm_shortrng.c \
  src/msm_defn.h \  src/msm_defn.h \
  src/msm.h \  src/msm.h \
  src/wkfutils.h  src/wkfutils.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/msm_shortrng.o $(COPTC) src/msm_shortrng.c  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/msm_shortrng.o $(COPTC) src/msm_shortrng.c
 obj/msm_shortrng_sprec.o: \ obj/msm_shortrng_sprec.o: \
   obj/.exists \
  src/msm_shortrng_sprec.c \  src/msm_shortrng_sprec.c \
  src/msm_defn.h \  src/msm_defn.h \
  src/msm.h \  src/msm.h \
  src/wkfutils.h  src/wkfutils.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/msm_shortrng_sprec.o $(COPTC) src/msm_shortrng_sprec.c  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/msm_shortrng_sprec.o $(COPTC) src/msm_shortrng_sprec.c
 obj/wkfutils.o: \ obj/wkfutils.o: \
   obj/.exists \
  src/wkfutils.c \  src/wkfutils.c \
  src/wkfutils.h  src/wkfutils.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/wkfutils.o $(COPTC) src/wkfutils.c  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/wkfutils.o $(COPTC) src/wkfutils.c
 obj/common.o: \ obj/common.o: \
   obj/.exists \
  src/common.C \  src/common.C \
  src/common.h \  src/common.h \
  src/InfoStream.h  src/InfoStream.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/common.o $(COPTC) src/common.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/common.o $(COPTC) src/common.C
 obj/dcdlib.o: \ obj/dcdlib.o: \
   obj/.exists \
  src/dcdlib.C \  src/dcdlib.C \
  src/dcdlib.h \  src/dcdlib.h \
  src/largefiles.h \  src/largefiles.h \
Line 316
Line 330
  src/Vector.h  src/Vector.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/dcdlib.o $(COPTC) src/dcdlib.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/dcdlib.o $(COPTC) src/dcdlib.C
 obj/erf.o: \ obj/erf.o: \
   obj/.exists \
  src/erf.C  src/erf.C
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/erf.o $(COPTC) src/erf.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/erf.o $(COPTC) src/erf.C
 obj/fitrms.o: \ obj/fitrms.o: \
   obj/.exists \
  src/fitrms.C \  src/fitrms.C \
  src/common.h  src/common.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/fitrms.o $(COPTC) src/fitrms.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/fitrms.o $(COPTC) src/fitrms.C
 obj/main.o: \ obj/main.o: \
   obj/.exists \
  src/main.C \  src/main.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/memusage.h \  src/memusage.h \
Line 365
Line 382
  inc/main.def.h  inc/main.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/main.o $(COPTC) src/main.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/main.o $(COPTC) src/main.C
 obj/mainfunc.o: \ obj/mainfunc.o: \
   obj/.exists \
  src/mainfunc.C \  src/mainfunc.C \
  src/memusage.h \  src/memusage.h \
  src/common.h \  src/common.h \
Line 400
Line 418
  src/ScriptTcl.h  src/ScriptTcl.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/mainfunc.o $(COPTC) src/mainfunc.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/mainfunc.o $(COPTC) src/mainfunc.C
 obj/memusage.o: \ obj/memusage.o: \
   obj/.exists \
  src/memusage.C \  src/memusage.C \
  src/memusage.h  src/memusage.h
  $(CXXMEMUSAGE) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/memusage.o $(COPTC) src/memusage.C  $(CXXMEMUSAGE) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/memusage.o $(COPTC) src/memusage.C
 obj/strlib.o: \ obj/strlib.o: \
   obj/.exists \
  src/strlib.C \  src/strlib.C \
  src/strlib.h \  src/strlib.h \
  src/common.h  src/common.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/strlib.o $(COPTC) src/strlib.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/strlib.o $(COPTC) src/strlib.C
 obj/AlgSeven.o: \ obj/AlgSeven.o: \
   obj/.exists \
  src/AlgSeven.C \  src/AlgSeven.C \
  src/common.h \  src/common.h \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
Line 436
Line 457
  src/UniqueSetIter.h  src/UniqueSetIter.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/AlgSeven.o $(COPTC) src/AlgSeven.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/AlgSeven.o $(COPTC) src/AlgSeven.C
 obj/AlgRecBisection.o: \ obj/AlgRecBisection.o: \
   obj/.exists \
  src/AlgRecBisection.C \  src/AlgRecBisection.C \
  src/common.h \  src/common.h \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
Line 466
Line 488
  src/UniqueSetIter.h  src/UniqueSetIter.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/AlgRecBisection.o $(COPTC) src/AlgRecBisection.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/AlgRecBisection.o $(COPTC) src/AlgRecBisection.C
 obj/AlgNbor.o: \ obj/AlgNbor.o: \
   obj/.exists \
  src/AlgNbor.C \  src/AlgNbor.C \
  src/common.h \  src/common.h \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
Line 491
Line 514
  src/BOCgroup.h  src/BOCgroup.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/AlgNbor.o $(COPTC) src/AlgNbor.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/AlgNbor.o $(COPTC) src/AlgNbor.C
 obj/AtomMap.o: \ obj/AtomMap.o: \
   obj/.exists \
  src/AtomMap.C \  src/AtomMap.C \
  src/ProcessorPrivate.h \  src/ProcessorPrivate.h \
  src/BOCgroup.h \  src/BOCgroup.h \
Line 503
Line 527
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/AtomMap.o $(COPTC) src/AtomMap.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/AtomMap.o $(COPTC) src/AtomMap.C
 obj/BackEnd.o: \ obj/BackEnd.o: \
   obj/.exists \
  src/BackEnd.C \  src/BackEnd.C \
  src/BackEnd.h \  src/BackEnd.h \
  src/ProcessorPrivate.h \  src/ProcessorPrivate.h \
Line 602
Line 627
  inc/Sync.decl.h  inc/Sync.decl.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/BackEnd.o $(COPTC) src/BackEnd.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/BackEnd.o $(COPTC) src/BackEnd.C
 obj/BroadcastMgr.o: \ obj/BroadcastMgr.o: \
   obj/.exists \
  src/BroadcastMgr.C \  src/BroadcastMgr.C \
  src/UniqueSet.h \  src/UniqueSet.h \
  src/UniqueSetRaw.h \  src/UniqueSetRaw.h \
Line 629
Line 655
  inc/BroadcastMgr.def.h  inc/BroadcastMgr.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/BroadcastMgr.o $(COPTC) src/BroadcastMgr.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/BroadcastMgr.o $(COPTC) src/BroadcastMgr.C
 obj/BroadcastClient.o: \ obj/BroadcastClient.o: \
   obj/.exists \
  src/BroadcastClient.C \  src/BroadcastClient.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/BroadcastMgr.h \  src/BroadcastMgr.h \
Line 643
Line 670
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/BroadcastClient.o $(COPTC) src/BroadcastClient.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/BroadcastClient.o $(COPTC) src/BroadcastClient.C
 obj/CollectionMaster.o: \ obj/CollectionMaster.o: \
   obj/.exists \
  src/CollectionMaster.C \  src/CollectionMaster.C \
  src/largefiles.h \  src/largefiles.h \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
Line 705
Line 733
  inc/CollectionMaster.def.h  inc/CollectionMaster.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/CollectionMaster.o $(COPTC) src/CollectionMaster.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/CollectionMaster.o $(COPTC) src/CollectionMaster.C
 obj/CollectionMgr.o: \ obj/CollectionMgr.o: \
   obj/.exists \
  src/CollectionMgr.C \  src/CollectionMgr.C \
  inc/CollectionMgr.decl.h \  inc/CollectionMgr.decl.h \
  src/CollectionMgr.h \  src/CollectionMgr.h \
Line 766
Line 795
  inc/CollectionMgr.def.h  inc/CollectionMgr.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/CollectionMgr.o $(COPTC) src/CollectionMgr.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/CollectionMgr.o $(COPTC) src/CollectionMgr.C
 obj/Communicate.o: \ obj/Communicate.o: \
   obj/.exists \
  src/Communicate.C \  src/Communicate.C \
  src/Communicate.h \  src/Communicate.h \
  src/MStream.h \  src/MStream.h \
Line 773
Line 803
  src/common.h  src/common.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Communicate.o $(COPTC) src/Communicate.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Communicate.o $(COPTC) src/Communicate.C
 obj/Compute.o: \ obj/Compute.o: \
   obj/.exists \
  src/Compute.C \  src/Compute.C \
  src/main.h \  src/main.h \
  inc/WorkDistrib.decl.h \  inc/WorkDistrib.decl.h \
Line 794
Line 825
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Compute.o $(COPTC) src/Compute.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Compute.o $(COPTC) src/Compute.C
 obj/ComputeAngles.o: \ obj/ComputeAngles.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeAngles.C \  src/ComputeAngles.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/ComputeAngles.h \  src/ComputeAngles.h \
Line 860
Line 892
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeAngles.o $(COPTC) src/ComputeAngles.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeAngles.o $(COPTC) src/ComputeAngles.C
 obj/ComputeAniso.o: \ obj/ComputeAniso.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeAniso.C \  src/ComputeAniso.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/ComputeAniso.h \  src/ComputeAniso.h \
Line 926
Line 959
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeAniso.o $(COPTC) src/ComputeAniso.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeAniso.o $(COPTC) src/ComputeAniso.C
 obj/ComputeBonds.o: \ obj/ComputeBonds.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeBonds.C \  src/ComputeBonds.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/ComputeBonds.h \  src/ComputeBonds.h \
Line 992
Line 1026
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeBonds.o $(COPTC) src/ComputeBonds.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeBonds.o $(COPTC) src/ComputeBonds.C
 obj/ComputeConsForce.o: \ obj/ComputeConsForce.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeConsForce.C \  src/ComputeConsForce.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/SimParameters.h \  src/SimParameters.h \
Line 1042
Line 1077
  src/Settle.h  src/Settle.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeConsForce.o $(COPTC) src/ComputeConsForce.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeConsForce.o $(COPTC) src/ComputeConsForce.C
 obj/ComputeConsForceMsgs.o: \ obj/ComputeConsForceMsgs.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeConsForceMsgs.C \  src/ComputeConsForceMsgs.C \
  src/ComputeConsForceMsgs.h \  src/ComputeConsForceMsgs.h \
  src/NamdTypes.h \  src/NamdTypes.h \
Line 1053
Line 1089
  src/packmsg.h  src/packmsg.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeConsForceMsgs.o $(COPTC) src/ComputeConsForceMsgs.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeConsForceMsgs.o $(COPTC) src/ComputeConsForceMsgs.C
 obj/ComputeCrossterms.o: \ obj/ComputeCrossterms.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeCrossterms.C \  src/ComputeCrossterms.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/ComputeCrossterms.h \  src/ComputeCrossterms.h \
Line 1118
Line 1155
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeCrossterms.o $(COPTC) src/ComputeCrossterms.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeCrossterms.o $(COPTC) src/ComputeCrossterms.C
 obj/ComputeCylindricalBC.o: \ obj/ComputeCylindricalBC.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeCylindricalBC.C \  src/ComputeCylindricalBC.C \
  src/ComputeCylindricalBC.h \  src/ComputeCylindricalBC.h \
  src/ComputeHomePatch.h \  src/ComputeHomePatch.h \
Line 1149
Line 1187
  src/SortableResizeArray.h  src/SortableResizeArray.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeCylindricalBC.o $(COPTC) src/ComputeCylindricalBC.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeCylindricalBC.o $(COPTC) src/ComputeCylindricalBC.C
 obj/ComputeDihedrals.o: \ obj/ComputeDihedrals.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeDihedrals.C \  src/ComputeDihedrals.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/ComputeDihedrals.h \  src/ComputeDihedrals.h \
Line 1215
Line 1254
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeDihedrals.o $(COPTC) src/ComputeDihedrals.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeDihedrals.o $(COPTC) src/ComputeDihedrals.C
 obj/ComputeDPME.o: \ obj/ComputeDPME.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeDPME.C \  src/ComputeDPME.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Node.h \  src/Node.h \
Line 1275
Line 1315
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeDPME.o $(COPTC) src/ComputeDPME.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeDPME.o $(COPTC) src/ComputeDPME.C
 obj/ComputeDPMEMsgs.o: \ obj/ComputeDPMEMsgs.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeDPMEMsgs.C \  src/ComputeDPMEMsgs.C \
  src/ComputeDPMEMsgs.h \  src/ComputeDPMEMsgs.h \
  src/NamdTypes.h \  src/NamdTypes.h \
Line 1287
Line 1328
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeDPMEMsgs.o $(COPTC) src/ComputeDPMEMsgs.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeDPMEMsgs.o $(COPTC) src/ComputeDPMEMsgs.C
 obj/ComputeDPMTA.o: \ obj/ComputeDPMTA.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeDPMTA.C \  src/ComputeDPMTA.C \
  src/common.h \  src/common.h \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
Line 1343
Line 1385
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeDPMTA.o $(COPTC) src/ComputeDPMTA.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeDPMTA.o $(COPTC) src/ComputeDPMTA.C
 obj/ComputeEField.o: \ obj/ComputeEField.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeEField.C \  src/ComputeEField.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/ComputeEField.h \  src/ComputeEField.h \
Line 1382
Line 1425
  src/Settle.h  src/Settle.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeEField.o $(COPTC) src/ComputeEField.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeEField.o $(COPTC) src/ComputeEField.C
 obj/ComputeEwald.o: \ obj/ComputeEwald.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeEwald.C \  src/ComputeEwald.C \
  src/Node.h \  src/Node.h \
  src/main.h \  src/main.h \
Line 1444
Line 1488
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeEwald.o $(COPTC) src/ComputeEwald.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeEwald.o $(COPTC) src/ComputeEwald.C
 obj/ComputeExt.o: \ obj/ComputeExt.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeExt.C \  src/ComputeExt.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Node.h \  src/Node.h \
Line 1508
Line 1553
  inc/ComputeExtMgr.def.h  inc/ComputeExtMgr.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeExt.o $(COPTC) src/ComputeExt.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeExt.o $(COPTC) src/ComputeExt.C
 obj/ComputeGBISser.o: \ obj/ComputeGBISser.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeGBISser.C \  src/ComputeGBISser.C \
  src/Vector.h \  src/Vector.h \
  src/common.h \  src/common.h \
Line 1573
Line 1619
  inc/ComputeGBISserMgr.def.h  inc/ComputeGBISserMgr.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeGBISser.o $(COPTC) src/ComputeGBISser.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeGBISser.o $(COPTC) src/ComputeGBISser.C
 obj/ComputeGBIS.o: \ obj/ComputeGBIS.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeGBIS.C \  src/ComputeGBIS.C \
  src/ComputeNonbondedUtil.h \  src/ComputeNonbondedUtil.h \
  src/NamdTypes.h \  src/NamdTypes.h \
Line 1606
Line 1653
  src/ComputeGBIS.inl  src/ComputeGBIS.inl
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeGBIS.o $(COPTC) src/ComputeGBIS.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeGBIS.o $(COPTC) src/ComputeGBIS.C
 obj/ComputeGromacsPair.o: \ obj/ComputeGromacsPair.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeGromacsPair.C \  src/ComputeGromacsPair.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/ComputeGromacsPair.h \  src/ComputeGromacsPair.h \
Line 1673
Line 1721
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeGromacsPair.o $(COPTC) src/ComputeGromacsPair.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeGromacsPair.o $(COPTC) src/ComputeGromacsPair.C
 obj/ComputeLCPO.o: \ obj/ComputeLCPO.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeLCPO.C \  src/ComputeLCPO.C \
  src/ComputeLCPO.h \  src/ComputeLCPO.h \
  src/Compute.h \  src/Compute.h \
Line 1734
Line 1783
  inc/NamdDummyLB.decl.h  inc/NamdDummyLB.decl.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeLCPO.o $(COPTC) src/ComputeLCPO.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeLCPO.o $(COPTC) src/ComputeLCPO.C
 obj/ComputeFullDirect.o: \ obj/ComputeFullDirect.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeFullDirect.C \  src/ComputeFullDirect.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Node.h \  src/Node.h \
Line 1791
Line 1841
  src/ComputeFullDirectBase.h  src/ComputeFullDirectBase.h
  $(CXX) $(CXXTHREADFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeFullDirect.o $(COPTC) src/ComputeFullDirect.C  $(CXX) $(CXXTHREADFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeFullDirect.o $(COPTC) src/ComputeFullDirect.C
 obj/ComputeHomePatch.o: \ obj/ComputeHomePatch.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeHomePatch.C \  src/ComputeHomePatch.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  inc/WorkDistrib.decl.h \  inc/WorkDistrib.decl.h \
Line 1829
Line 1880
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeHomePatch.o $(COPTC) src/ComputeHomePatch.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeHomePatch.o $(COPTC) src/ComputeHomePatch.C
 obj/ComputeHomePatches.o: \ obj/ComputeHomePatches.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeHomePatches.C \  src/ComputeHomePatches.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Node.h \  src/Node.h \
Line 1880
Line 1932
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeHomePatches.o $(COPTC) src/ComputeHomePatches.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeHomePatches.o $(COPTC) src/ComputeHomePatches.C
 obj/ComputeImpropers.o: \ obj/ComputeImpropers.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeImpropers.C \  src/ComputeImpropers.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/ComputeImpropers.h \  src/ComputeImpropers.h \
Line 1945
Line 1998
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeImpropers.o $(COPTC) src/ComputeImpropers.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeImpropers.o $(COPTC) src/ComputeImpropers.C
 obj/ComputeGlobal.o: \ obj/ComputeGlobal.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeGlobal.C \  src/ComputeGlobal.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Node.h \  src/Node.h \
Line 2004
Line 2058
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeGlobal.o $(COPTC) src/ComputeGlobal.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeGlobal.o $(COPTC) src/ComputeGlobal.C
 obj/ComputeGlobalMsgs.o: \ obj/ComputeGlobalMsgs.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeGlobalMsgs.C \  src/ComputeGlobalMsgs.C \
  src/ComputeGlobalMsgs.h \  src/ComputeGlobalMsgs.h \
  src/NamdTypes.h \  src/NamdTypes.h \
Line 2018
Line 2073
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeGlobalMsgs.o $(COPTC) src/ComputeGlobalMsgs.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeGlobalMsgs.o $(COPTC) src/ComputeGlobalMsgs.C
 obj/ComputeGridForce.o: \ obj/ComputeGridForce.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeGridForce.C \  src/ComputeGridForce.C \
  src/ComputeGridForce.h \  src/ComputeGridForce.h \
  src/ComputeHomePatch.h \  src/ComputeHomePatch.h \
Line 2070
Line 2126
  src/GridForceGrid.inl  src/GridForceGrid.inl
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeGridForce.o $(COPTC) src/ComputeGridForce.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeGridForce.o $(COPTC) src/ComputeGridForce.C
 obj/ComputeMap.o: \ obj/ComputeMap.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeMap.C \  src/ComputeMap.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/ComputeMap.h \  src/ComputeMap.h \
Line 2086
Line 2143
  src/ComputeNonbondedMICKernel.h  src/ComputeNonbondedMICKernel.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeMap.o $(COPTC) src/ComputeMap.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeMap.o $(COPTC) src/ComputeMap.C
 obj/ComputeMgr.o: \ obj/ComputeMgr.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeMgr.C \  src/ComputeMgr.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/ProcessorPrivate.h \  src/ProcessorPrivate.h \
Line 2249
Line 2307
  inc/ComputeMgr.def.h  inc/ComputeMgr.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeMgr.o $(COPTC) src/ComputeMgr.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeMgr.o $(COPTC) src/ComputeMgr.C
 obj/ComputeNonbondedSelf.o: \ obj/ComputeNonbondedSelf.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeNonbondedSelf.C \  src/ComputeNonbondedSelf.C \
  src/ComputeNonbondedSelf.h \  src/ComputeNonbondedSelf.h \
  src/ComputePatch.h \  src/ComputePatch.h \
Line 2299
Line 2358
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedSelf.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedSelf.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedSelf.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedSelf.C
 obj/ComputeNonbondedPair.o: \ obj/ComputeNonbondedPair.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeNonbondedPair.C \  src/ComputeNonbondedPair.C \
  src/ComputeNonbondedPair.h \  src/ComputeNonbondedPair.h \
  src/ComputePatchPair.h \  src/ComputePatchPair.h \
Line 2356
Line 2416
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedPair.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedPair.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedPair.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedPair.C
 obj/ComputeNonbondedUtil.o: \ obj/ComputeNonbondedUtil.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeNonbondedUtil.C \  src/ComputeNonbondedUtil.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/ComputeNonbondedUtil.h \  src/ComputeNonbondedUtil.h \
Line 2393
Line 2454
  src/MsmMacros.h  src/MsmMacros.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedUtil.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedUtil.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedUtil.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedUtil.C
 obj/ComputeNonbondedStd.o: \ obj/ComputeNonbondedStd.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeNonbondedStd.C \  src/ComputeNonbondedStd.C \
  src/common.h \  src/common.h \
  src/NamdTypes.h \  src/NamdTypes.h \
Line 2437
Line 2499
  src/ComputeNonbondedBase2.h  src/ComputeNonbondedBase2.h
  $(CXX) $(CXXNOALIASFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedStd.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedStd.C  $(CXX) $(CXXNOALIASFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedStd.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedStd.C
 obj/ComputeNonbondedFEP.o: \ obj/ComputeNonbondedFEP.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeNonbondedFEP.C \  src/ComputeNonbondedFEP.C \
  src/ComputeNonbondedInl.h \  src/ComputeNonbondedInl.h \
  src/ComputeNonbondedUtil.h \  src/ComputeNonbondedUtil.h \
Line 2481
Line 2544
  src/ComputeNonbondedBase2.h  src/ComputeNonbondedBase2.h
  $(CXX) $(CXXNOALIASFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedFEP.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedFEP.C  $(CXX) $(CXXNOALIASFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedFEP.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedFEP.C
 obj/ComputeNonbondedGo.o: \ obj/ComputeNonbondedGo.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeNonbondedGo.C \  src/ComputeNonbondedGo.C \
  src/common.h \  src/common.h \
  src/NamdTypes.h \  src/NamdTypes.h \
Line 2525
Line 2589
  src/ComputeNonbondedBase2.h  src/ComputeNonbondedBase2.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedGo.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedGo.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedGo.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedGo.C
 obj/ComputeNonbondedTI.o: \ obj/ComputeNonbondedTI.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeNonbondedTI.C \  src/ComputeNonbondedTI.C \
  src/ComputeNonbondedInl.h \  src/ComputeNonbondedInl.h \
  src/ComputeNonbondedUtil.h \  src/ComputeNonbondedUtil.h \
Line 2569
Line 2634
  src/ComputeNonbondedBase2.h  src/ComputeNonbondedBase2.h
  $(CXX) $(CXXNOALIASFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedTI.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedTI.C  $(CXX) $(CXXNOALIASFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedTI.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedTI.C
 obj/ComputeNonbondedLES.o: \ obj/ComputeNonbondedLES.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeNonbondedLES.C \  src/ComputeNonbondedLES.C \
  src/ComputeNonbondedInl.h \  src/ComputeNonbondedInl.h \
  src/ComputeNonbondedUtil.h \  src/ComputeNonbondedUtil.h \
Line 2613
Line 2679
  src/ComputeNonbondedBase2.h  src/ComputeNonbondedBase2.h
  $(CXX) $(CXXNOALIASFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedLES.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedLES.C  $(CXX) $(CXXNOALIASFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedLES.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedLES.C
 obj/ComputeNonbondedPProf.o: \ obj/ComputeNonbondedPProf.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeNonbondedPProf.C \  src/ComputeNonbondedPProf.C \
  src/ComputeNonbondedInl.h \  src/ComputeNonbondedInl.h \
  src/ComputeNonbondedUtil.h \  src/ComputeNonbondedUtil.h \
Line 2657
Line 2724
  src/ComputeNonbondedBase2.h  src/ComputeNonbondedBase2.h
  $(CXX) $(CXXNOALIASFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedPProf.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedPProf.C  $(CXX) $(CXXNOALIASFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedPProf.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedPProf.C
 obj/ComputeNonbondedTabEnergies.o: \ obj/ComputeNonbondedTabEnergies.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeNonbondedTabEnergies.C \  src/ComputeNonbondedTabEnergies.C \
  src/ComputeNonbondedInl.h \  src/ComputeNonbondedInl.h \
  src/ComputeNonbondedUtil.h \  src/ComputeNonbondedUtil.h \
Line 2701
Line 2769
  src/ComputeNonbondedBase2.h  src/ComputeNonbondedBase2.h
  $(CXX) $(CXXNOALIASFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedTabEnergies.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedTabEnergies.C  $(CXX) $(CXXNOALIASFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedTabEnergies.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedTabEnergies.C
 obj/ComputeNonbondedCUDA.o: \ obj/ComputeNonbondedCUDA.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeNonbondedCUDA.C \  src/ComputeNonbondedCUDA.C \
  src/common.h \  src/common.h \
  src/WorkDistrib.h \  src/WorkDistrib.h \
Line 2779
Line 2848
  src/CudaUtils.h  src/CudaUtils.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedCUDA.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedCUDA.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedCUDA.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedCUDA.C
 obj/ComputeNonbondedCUDAExcl.o: \ obj/ComputeNonbondedCUDAExcl.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeNonbondedCUDAExcl.C \  src/ComputeNonbondedCUDAExcl.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/ComputeNonbondedCUDAExcl.h \  src/ComputeNonbondedCUDAExcl.h \
Line 2847
Line 2917
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedCUDAExcl.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedCUDAExcl.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedCUDAExcl.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedCUDAExcl.C
 obj/ComputeNonbondedMIC.o: \ obj/ComputeNonbondedMIC.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeNonbondedMIC.C \  src/ComputeNonbondedMIC.C \
  src/common.h \  src/common.h \
  src/WorkDistrib.h \  src/WorkDistrib.h \
Line 2923
Line 2994
  src/SortAtoms.h  src/SortAtoms.h
  $(CXX) $(CXXMICFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedMIC.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedMIC.C  $(CXX) $(CXXMICFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedMIC.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedMIC.C
 obj/ComputeNonbondedMICKernel.o: \ obj/ComputeNonbondedMICKernel.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeNonbondedMICKernel.C \  src/ComputeNonbondedMICKernel.C \
  src/ComputeNonbondedMICKernel.h \  src/ComputeNonbondedMICKernel.h \
  src/ComputeNonbondedMICKernelBase.h \  src/ComputeNonbondedMICKernelBase.h \
Line 2931
Line 3003
  src/ComputeNonbondedMICKernelBase2_scalar.h  src/ComputeNonbondedMICKernelBase2_scalar.h
  $(CXX) $(CXXMICFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedMICKernel.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedMICKernel.C  $(CXX) $(CXXMICFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeNonbondedMICKernel.o $(COPTC) src/ComputeNonbondedMICKernel.C
 obj/ComputePatch.o: \ obj/ComputePatch.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputePatch.C \  src/ComputePatch.C \
  inc/WorkDistrib.decl.h \  inc/WorkDistrib.decl.h \
  src/Node.h \  src/Node.h \
Line 2970
Line 3043
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputePatch.o $(COPTC) src/ComputePatch.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputePatch.o $(COPTC) src/ComputePatch.C
 obj/ComputePatchPair.o: \ obj/ComputePatchPair.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputePatchPair.C \  src/ComputePatchPair.C \
  inc/WorkDistrib.decl.h \  inc/WorkDistrib.decl.h \
  src/Node.h \  src/Node.h \
Line 3009
Line 3083
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputePatchPair.o $(COPTC) src/ComputePatchPair.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputePatchPair.o $(COPTC) src/ComputePatchPair.C
 obj/ComputePme.o: \ obj/ComputePme.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputePme.C \  src/ComputePme.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Node.h \  src/Node.h \
Line 3086
Line 3161
  inc/ComputePmeMgr.def.h  inc/ComputePmeMgr.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputePme.o $(COPTC) src/ComputePme.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputePme.o $(COPTC) src/ComputePme.C
 obj/OptPme.o: \ obj/OptPme.o: \
   obj/.exists \
  src/OptPme.C \  src/OptPme.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Node.h \  src/Node.h \
Line 3165
Line 3241
  inc/OptPmeMgr.def.h  inc/OptPmeMgr.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/OptPme.o $(COPTC) src/OptPme.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/OptPme.o $(COPTC) src/OptPme.C
 obj/OptPmeRealSpace.o: \ obj/OptPmeRealSpace.o: \
   obj/.exists \
  src/OptPmeRealSpace.C \  src/OptPmeRealSpace.C \
  src/OptPmeRealSpace.h \  src/OptPmeRealSpace.h \
  src/PmeBase.h \  src/PmeBase.h \
Line 3174
Line 3251
  src/common.h  src/common.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/OptPmeRealSpace.o $(COPTC) src/OptPmeRealSpace.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/OptPmeRealSpace.o $(COPTC) src/OptPmeRealSpace.C
 obj/ComputeRestraints.o: \ obj/ComputeRestraints.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeRestraints.C \  src/ComputeRestraints.C \
  src/ComputeRestraints.h \  src/ComputeRestraints.h \
  src/ComputeHomePatch.h \  src/ComputeHomePatch.h \
Line 3219
Line 3297
  src/PDBData.h  src/PDBData.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeRestraints.o $(COPTC) src/ComputeRestraints.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeRestraints.o $(COPTC) src/ComputeRestraints.C
 obj/ComputeSphericalBC.o: \ obj/ComputeSphericalBC.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeSphericalBC.C \  src/ComputeSphericalBC.C \
  src/ComputeSphericalBC.h \  src/ComputeSphericalBC.h \
  src/ComputeHomePatch.h \  src/ComputeHomePatch.h \
Line 3250
Line 3329
  src/SortableResizeArray.h  src/SortableResizeArray.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeSphericalBC.o $(COPTC) src/ComputeSphericalBC.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeSphericalBC.o $(COPTC) src/ComputeSphericalBC.C
 obj/ComputeStir.o: \ obj/ComputeStir.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeStir.C \  src/ComputeStir.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/ComputeStir.h \  src/ComputeStir.h \
Line 3303
Line 3383
  inc/CollectionMgr.decl.h  inc/CollectionMgr.decl.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeStir.o $(COPTC) src/ComputeStir.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeStir.o $(COPTC) src/ComputeStir.C
 obj/ComputeTclBC.o: \ obj/ComputeTclBC.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeTclBC.C \  src/ComputeTclBC.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/ComputeTclBC.h \  src/ComputeTclBC.h \
Line 3354
Line 3435
  src/TclCommands.h  src/TclCommands.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeTclBC.o $(COPTC) src/ComputeTclBC.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeTclBC.o $(COPTC) src/ComputeTclBC.C
 obj/ComputeThole.o: \ obj/ComputeThole.o: \
   obj/.exists \
  src/ComputeThole.C \  src/ComputeThole.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/ComputeThole.h \  src/ComputeThole.h \
Line 3420
Line 3502
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeThole.o $(COPTC) src/ComputeThole.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeThole.o $(COPTC) src/ComputeThole.C
 obj/ConfigList.o: \ obj/ConfigList.o: \
   obj/.exists \
  src/ConfigList.C \  src/ConfigList.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/ConfigList.h \  src/ConfigList.h \
Line 3427
Line 3510
  src/strlib.h  src/strlib.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ConfigList.o $(COPTC) src/ConfigList.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ConfigList.o $(COPTC) src/ConfigList.C
 obj/Controller.o: \ obj/Controller.o: \
   obj/.exists \
  src/Controller.C \  src/Controller.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/memusage.h \  src/memusage.h \
Line 3510
Line 3594
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXTHREADFLAGS) $(COPTO)obj/Controller.o $(COPTC) src/Controller.C  $(CXX) $(CXXTHREADFLAGS) $(COPTO)obj/Controller.o $(COPTC) src/Controller.C
 obj/CudaUtils.o: \ obj/CudaUtils.o: \
   obj/.exists \
  src/CudaUtils.C \  src/CudaUtils.C \
  src/common.h \  src/common.h \
  src/CudaUtils.h  src/CudaUtils.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/CudaUtils.o $(COPTC) src/CudaUtils.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/CudaUtils.o $(COPTC) src/CudaUtils.C
 obj/ccsinterface.o: \ obj/ccsinterface.o: \
   obj/.exists \
  src/ccsinterface.C \  src/ccsinterface.C \
  src/ccsinterface.h  src/ccsinterface.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ccsinterface.o $(COPTC) src/ccsinterface.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ccsinterface.o $(COPTC) src/ccsinterface.C
 obj/DataStream.o: \ obj/DataStream.o: \
   obj/.exists \
  src/DataStream.C \  src/DataStream.C \
  src/DataStream.h \  src/DataStream.h \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
Line 3541
Line 3628
  inc/CollectionMgr.decl.h  inc/CollectionMgr.decl.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/DataStream.o $(COPTC) src/DataStream.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/DataStream.o $(COPTC) src/DataStream.C
 obj/DeviceCUDA.o: \ obj/DeviceCUDA.o: \
   obj/.exists \
  src/DeviceCUDA.C \  src/DeviceCUDA.C \
  src/common.h \  src/common.h \
  src/DeviceCUDA.h \  src/DeviceCUDA.h \
Line 3557
Line 3645
  src/CudaUtils.h  src/CudaUtils.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/DeviceCUDA.o $(COPTC) src/DeviceCUDA.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/DeviceCUDA.o $(COPTC) src/DeviceCUDA.C
 obj/DumpBench.o: \ obj/DumpBench.o: \
   obj/.exists \
  src/DumpBench.C \  src/DumpBench.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/DumpBench.h \  src/DumpBench.h \
Line 3610
Line 3699
  src/DumpBenchParams.h  src/DumpBenchParams.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/DumpBench.o $(COPTC) src/DumpBench.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/DumpBench.o $(COPTC) src/DumpBench.C
 obj/FreeEnergyAssert.o: \ obj/FreeEnergyAssert.o: \
   obj/.exists \
  src/FreeEnergyAssert.C \  src/FreeEnergyAssert.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/FreeEnergyAssert.h  src/FreeEnergyAssert.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/FreeEnergyAssert.o $(COPTC) src/FreeEnergyAssert.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/FreeEnergyAssert.o $(COPTC) src/FreeEnergyAssert.C
 obj/FreeEnergyGroup.o: \ obj/FreeEnergyGroup.o: \
   obj/.exists \
  src/FreeEnergyGroup.C \  src/FreeEnergyGroup.C \
  src/FreeEnergyAssert.h \  src/FreeEnergyAssert.h \
  src/FreeEnergyGroup.h  src/FreeEnergyGroup.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/FreeEnergyGroup.o $(COPTC) src/FreeEnergyGroup.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/FreeEnergyGroup.o $(COPTC) src/FreeEnergyGroup.C
 obj/FreeEnergyLambda.o: \ obj/FreeEnergyLambda.o: \
   obj/.exists \
  src/FreeEnergyLambda.C \  src/FreeEnergyLambda.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/FreeEnergyEnums.h \  src/FreeEnergyEnums.h \
Line 3630
Line 3722
  src/FreeEnergyVector.h  src/FreeEnergyVector.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/FreeEnergyLambda.o $(COPTC) src/FreeEnergyLambda.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/FreeEnergyLambda.o $(COPTC) src/FreeEnergyLambda.C
 obj/FreeEnergyLambdMgr.o: \ obj/FreeEnergyLambdMgr.o: \
   obj/.exists \
  src/FreeEnergyLambdMgr.C \  src/FreeEnergyLambdMgr.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/FreeEnergyEnums.h \  src/FreeEnergyEnums.h \
Line 3639
Line 3732
  src/FreeEnergyGroup.h  src/FreeEnergyGroup.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/FreeEnergyLambdMgr.o $(COPTC) src/FreeEnergyLambdMgr.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/FreeEnergyLambdMgr.o $(COPTC) src/FreeEnergyLambdMgr.C
 obj/FreeEnergyParse.o: \ obj/FreeEnergyParse.o: \
   obj/.exists \
  src/FreeEnergyParse.C \  src/FreeEnergyParse.C \
  src/common.h \  src/common.h \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
Line 3659
Line 3753
  src/FreeEnergyParse.h  src/FreeEnergyParse.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/FreeEnergyParse.o $(COPTC) src/FreeEnergyParse.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/FreeEnergyParse.o $(COPTC) src/FreeEnergyParse.C
 obj/FreeEnergyRestrain.o: \ obj/FreeEnergyRestrain.o: \
   obj/.exists \
  src/FreeEnergyRestrain.C \  src/FreeEnergyRestrain.C \
  src/common.h \  src/common.h \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
Line 3678
Line 3773
  src/GlobalMasterFreeEnergy.h  src/GlobalMasterFreeEnergy.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/FreeEnergyRestrain.o $(COPTC) src/FreeEnergyRestrain.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/FreeEnergyRestrain.o $(COPTC) src/FreeEnergyRestrain.C
 obj/FreeEnergyRMgr.o: \ obj/FreeEnergyRMgr.o: \
   obj/.exists \
  src/FreeEnergyRMgr.C \  src/FreeEnergyRMgr.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/FreeEnergyEnums.h \  src/FreeEnergyEnums.h \
Line 3697
Line 3793
  src/GlobalMasterFreeEnergy.h  src/GlobalMasterFreeEnergy.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/FreeEnergyRMgr.o $(COPTC) src/FreeEnergyRMgr.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/FreeEnergyRMgr.o $(COPTC) src/FreeEnergyRMgr.C
 obj/FreeEnergyVector.o: \ obj/FreeEnergyVector.o: \
   obj/.exists \
  src/FreeEnergyVector.C \  src/FreeEnergyVector.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/FreeEnergyEnums.h \  src/FreeEnergyEnums.h \
Line 3706
Line 3803
  src/FreeEnergyVector.h  src/FreeEnergyVector.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/FreeEnergyVector.o $(COPTC) src/FreeEnergyVector.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/FreeEnergyVector.o $(COPTC) src/FreeEnergyVector.C
 obj/fstream_namd.o: \ obj/fstream_namd.o: \
   obj/.exists \
  src/fstream_namd.C \  src/fstream_namd.C \
  src/fstream_namd.h \  src/fstream_namd.h \
  src/common.h  src/common.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/fstream_namd.o $(COPTC) src/fstream_namd.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/fstream_namd.o $(COPTC) src/fstream_namd.C
 obj/GlobalMaster.o: \ obj/GlobalMaster.o: \
   obj/.exists \
  src/GlobalMaster.C \  src/GlobalMaster.C \
  src/Node.h \  src/Node.h \
  src/main.h \  src/main.h \
Line 3745
Line 3844
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GlobalMaster.o $(COPTC) src/GlobalMaster.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GlobalMaster.o $(COPTC) src/GlobalMaster.C
 obj/GlobalMasterServer.o: \ obj/GlobalMasterServer.o: \
   obj/.exists \
  src/GlobalMasterServer.C \  src/GlobalMasterServer.C \
  src/ComputeGlobalMsgs.h \  src/ComputeGlobalMsgs.h \
  src/NamdTypes.h \  src/NamdTypes.h \
Line 3771
Line 3871
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GlobalMasterServer.o $(COPTC) src/GlobalMasterServer.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GlobalMasterServer.o $(COPTC) src/GlobalMasterServer.C
 obj/GlobalMasterTest.o: \ obj/GlobalMasterTest.o: \
   obj/.exists \
  src/GlobalMasterTest.C \  src/GlobalMasterTest.C \
  src/NamdTypes.h \  src/NamdTypes.h \
  src/common.h \  src/common.h \
Line 3782
Line 3883
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GlobalMasterTest.o $(COPTC) src/GlobalMasterTest.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GlobalMasterTest.o $(COPTC) src/GlobalMasterTest.C
 obj/GlobalMasterIMD.o: \ obj/GlobalMasterIMD.o: \
   obj/.exists \
  src/GlobalMasterIMD.C \  src/GlobalMasterIMD.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/vmdsock.h \  src/vmdsock.h \
Line 3811
Line 3913
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GlobalMasterIMD.o $(COPTC) src/GlobalMasterIMD.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GlobalMasterIMD.o $(COPTC) src/GlobalMasterIMD.C
 obj/GlobalMasterTcl.o: \ obj/GlobalMasterTcl.o: \
   obj/.exists \
  src/GlobalMasterTcl.C \  src/GlobalMasterTcl.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Node.h \  src/Node.h \
Line 3860
Line 3963
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GlobalMasterTcl.o $(COPTC) src/GlobalMasterTcl.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GlobalMasterTcl.o $(COPTC) src/GlobalMasterTcl.C
 obj/GlobalMasterSMD.o: \ obj/GlobalMasterSMD.o: \
   obj/.exists \
  src/GlobalMasterSMD.C \  src/GlobalMasterSMD.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Node.h \  src/Node.h \
Line 3897
Line 4001
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GlobalMasterSMD.o $(COPTC) src/GlobalMasterSMD.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GlobalMasterSMD.o $(COPTC) src/GlobalMasterSMD.C
 obj/GlobalMasterTMD.o: \ obj/GlobalMasterTMD.o: \
   obj/.exists \
  src/GlobalMasterTMD.C \  src/GlobalMasterTMD.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Node.h \  src/Node.h \
Line 3935
Line 4040
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GlobalMasterTMD.o $(COPTC) src/GlobalMasterTMD.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GlobalMasterTMD.o $(COPTC) src/GlobalMasterTMD.C
 obj/Matrix4Symmetry.o: \ obj/Matrix4Symmetry.o: \
   obj/.exists \
  src/Matrix4Symmetry.C \  src/Matrix4Symmetry.C \
  src/Matrix4Symmetry.h \  src/Matrix4Symmetry.h \
  src/NamdTypes.h \  src/NamdTypes.h \
Line 3944
Line 4050
  src/ResizeArrayRaw.h  src/ResizeArrayRaw.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Matrix4Symmetry.o $(COPTC) src/Matrix4Symmetry.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Matrix4Symmetry.o $(COPTC) src/Matrix4Symmetry.C
 obj/GlobalMasterSymmetry.o: \ obj/GlobalMasterSymmetry.o: \
   obj/.exists \
  src/GlobalMasterSymmetry.C \  src/GlobalMasterSymmetry.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Node.h \  src/Node.h \
Line 3983
Line 4090
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GlobalMasterSymmetry.o $(COPTC) src/GlobalMasterSymmetry.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GlobalMasterSymmetry.o $(COPTC) src/GlobalMasterSymmetry.C
 obj/GlobalMasterFreeEnergy.o: \ obj/GlobalMasterFreeEnergy.o: \
   obj/.exists \
  src/GlobalMasterFreeEnergy.C \  src/GlobalMasterFreeEnergy.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/NamdTypes.h \  src/NamdTypes.h \
Line 4028
Line 4136
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GlobalMasterFreeEnergy.o $(COPTC) src/GlobalMasterFreeEnergy.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GlobalMasterFreeEnergy.o $(COPTC) src/GlobalMasterFreeEnergy.C
 obj/GlobalMasterEasy.o: \ obj/GlobalMasterEasy.o: \
   obj/.exists \
  src/GlobalMasterEasy.C \  src/GlobalMasterEasy.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Node.h \  src/Node.h \
Line 4084
Line 4193
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GlobalMasterEasy.o $(COPTC) src/GlobalMasterEasy.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GlobalMasterEasy.o $(COPTC) src/GlobalMasterEasy.C
 obj/GlobalMasterMisc.o: \ obj/GlobalMasterMisc.o: \
   obj/.exists \
  src/GlobalMasterMisc.C \  src/GlobalMasterMisc.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/NamdTypes.h \  src/NamdTypes.h \
Line 4119
Line 4229
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GlobalMasterMisc.o $(COPTC) src/GlobalMasterMisc.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GlobalMasterMisc.o $(COPTC) src/GlobalMasterMisc.C
 obj/colvar.o: \ obj/colvar.o: \
   obj/.exists \
  src/colvar.C \  src/colvar.C \
  src/colvarmodule.h \  src/colvarmodule.h \
  src/fstream_namd.h \  src/fstream_namd.h \
Line 4133
Line 4244
  src/colvarbias.h  src/colvarbias.h
  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvar.o $(COPTC) src/colvar.C  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvar.o $(COPTC) src/colvar.C
 obj/colvaratoms.o: \ obj/colvaratoms.o: \
   obj/.exists \
  src/colvaratoms.C \  src/colvaratoms.C \
  src/colvarmodule.h \  src/colvarmodule.h \
  src/fstream_namd.h \  src/fstream_namd.h \
Line 4143
Line 4255
  src/colvaratoms.h  src/colvaratoms.h
  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvaratoms.o $(COPTC) src/colvaratoms.C  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvaratoms.o $(COPTC) src/colvaratoms.C
 obj/colvarbias.o: \ obj/colvarbias.o: \
   obj/.exists \
  src/colvarbias.C \  src/colvarbias.C \
  src/colvarmodule.h \  src/colvarmodule.h \
  src/fstream_namd.h \  src/fstream_namd.h \
Line 4154
Line 4267
  src/colvarparse.h  src/colvarparse.h
  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarbias.o $(COPTC) src/colvarbias.C  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarbias.o $(COPTC) src/colvarbias.C
 obj/colvarbias_abf.o: \ obj/colvarbias_abf.o: \
   obj/.exists \
  src/colvarbias_abf.C \  src/colvarbias_abf.C \
  src/colvarmodule.h \  src/colvarmodule.h \
  src/fstream_namd.h \  src/fstream_namd.h \
Line 4167
Line 4281
  src/colvargrid.h  src/colvargrid.h
  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarbias_abf.o $(COPTC) src/colvarbias_abf.C  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarbias_abf.o $(COPTC) src/colvarbias_abf.C
 obj/colvarbias_alb.o: \ obj/colvarbias_alb.o: \
   obj/.exists \
  src/colvarbias_alb.C \  src/colvarbias_alb.C \
  src/colvarmodule.h \  src/colvarmodule.h \
  src/fstream_namd.h \  src/fstream_namd.h \
Line 4180
Line 4295
  src/colvarbias.h  src/colvarbias.h
  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarbias_alb.o $(COPTC) src/colvarbias_alb.C  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarbias_alb.o $(COPTC) src/colvarbias_alb.C
 obj/colvarbias_histogram.o: \ obj/colvarbias_histogram.o: \
   obj/.exists \
  src/colvarbias_histogram.C \  src/colvarbias_histogram.C \
  src/colvarmodule.h \  src/colvarmodule.h \
  src/fstream_namd.h \  src/fstream_namd.h \
Line 4193
Line 4309
  src/colvargrid.h  src/colvargrid.h
  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarbias_histogram.o $(COPTC) src/colvarbias_histogram.C  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarbias_histogram.o $(COPTC) src/colvarbias_histogram.C
 obj/colvarbias_meta.o: \ obj/colvarbias_meta.o: \
   obj/.exists \
  src/colvarbias_meta.C \  src/colvarbias_meta.C \
  src/colvar.h \  src/colvar.h \
  src/colvarmodule.h \  src/colvarmodule.h \
Line 4206
Line 4323
  src/colvargrid.h  src/colvargrid.h
  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarbias_meta.o $(COPTC) src/colvarbias_meta.C  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarbias_meta.o $(COPTC) src/colvarbias_meta.C
 obj/colvarbias_restraint.o: \ obj/colvarbias_restraint.o: \
   obj/.exists \
  src/colvarbias_restraint.C \  src/colvarbias_restraint.C \
  src/colvarmodule.h \  src/colvarmodule.h \
  src/fstream_namd.h \  src/fstream_namd.h \
Line 4218
Line 4336
  src/colvarparse.h  src/colvarparse.h
  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarbias_restraint.o $(COPTC) src/colvarbias_restraint.C  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarbias_restraint.o $(COPTC) src/colvarbias_restraint.C
 obj/colvarcomp.o: \ obj/colvarcomp.o: \
   obj/.exists \
  src/colvarcomp.C \  src/colvarcomp.C \
  src/colvarmodule.h \  src/colvarmodule.h \
  src/fstream_namd.h \  src/fstream_namd.h \
Line 4230
Line 4349
  src/colvaratoms.h  src/colvaratoms.h
  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarcomp.o $(COPTC) src/colvarcomp.C  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarcomp.o $(COPTC) src/colvarcomp.C
 obj/colvarcomp_angles.o: \ obj/colvarcomp_angles.o: \
   obj/.exists \
  src/colvarcomp_angles.C \  src/colvarcomp_angles.C \
  src/colvarmodule.h \  src/colvarmodule.h \
  src/fstream_namd.h \  src/fstream_namd.h \
Line 4242
Line 4362
  src/colvaratoms.h  src/colvaratoms.h
  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarcomp_angles.o $(COPTC) src/colvarcomp_angles.C  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarcomp_angles.o $(COPTC) src/colvarcomp_angles.C
 obj/colvarcomp_coordnums.o: \ obj/colvarcomp_coordnums.o: \
   obj/.exists \
  src/colvarcomp_coordnums.C \  src/colvarcomp_coordnums.C \
  src/colvarmodule.h \  src/colvarmodule.h \
  src/fstream_namd.h \  src/fstream_namd.h \
Line 4254
Line 4375
  src/colvarcomp.h  src/colvarcomp.h
  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarcomp_coordnums.o $(COPTC) src/colvarcomp_coordnums.C  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarcomp_coordnums.o $(COPTC) src/colvarcomp_coordnums.C
 obj/colvarcomp_distances.o: \ obj/colvarcomp_distances.o: \
   obj/.exists \
  src/colvarcomp_distances.C \  src/colvarcomp_distances.C \
  src/colvarmodule.h \  src/colvarmodule.h \
  src/fstream_namd.h \  src/fstream_namd.h \
Line 4266
Line 4388
  src/colvaratoms.h  src/colvaratoms.h
  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarcomp_distances.o $(COPTC) src/colvarcomp_distances.C  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarcomp_distances.o $(COPTC) src/colvarcomp_distances.C
 obj/colvarcomp_protein.o: \ obj/colvarcomp_protein.o: \
   obj/.exists \
  src/colvarcomp_protein.C \  src/colvarcomp_protein.C \
  src/colvarmodule.h \  src/colvarmodule.h \
  src/fstream_namd.h \  src/fstream_namd.h \
Line 4278
Line 4401
  src/colvaratoms.h  src/colvaratoms.h
  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarcomp_protein.o $(COPTC) src/colvarcomp_protein.C  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarcomp_protein.o $(COPTC) src/colvarcomp_protein.C
 obj/colvarcomp_rotations.o: \ obj/colvarcomp_rotations.o: \
   obj/.exists \
  src/colvarcomp_rotations.C \  src/colvarcomp_rotations.C \
  src/colvarmodule.h \  src/colvarmodule.h \
  src/fstream_namd.h \  src/fstream_namd.h \
Line 4290
Line 4414
  src/colvaratoms.h  src/colvaratoms.h
  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarcomp_rotations.o $(COPTC) src/colvarcomp_rotations.C  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarcomp_rotations.o $(COPTC) src/colvarcomp_rotations.C
 obj/colvargrid.o: \ obj/colvargrid.o: \
   obj/.exists \
  src/colvargrid.C \  src/colvargrid.C \
  src/colvarmodule.h \  src/colvarmodule.h \
  src/fstream_namd.h \  src/fstream_namd.h \
Line 4303
Line 4428
  src/colvargrid.h  src/colvargrid.h
  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvargrid.o $(COPTC) src/colvargrid.C  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvargrid.o $(COPTC) src/colvargrid.C
 obj/colvarmodule.o: \ obj/colvarmodule.o: \
   obj/.exists \
  src/colvarmodule.C \  src/colvarmodule.C \
  src/colvarmodule.h \  src/colvarmodule.h \
  src/fstream_namd.h \  src/fstream_namd.h \
Line 4321
Line 4447
  src/colvarscript.h  src/colvarscript.h
  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarmodule.o $(COPTC) src/colvarmodule.C  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarmodule.o $(COPTC) src/colvarmodule.C
 obj/colvarparse.o: \ obj/colvarparse.o: \
   obj/.exists \
  src/colvarparse.C \  src/colvarparse.C \
  src/colvarmodule.h \  src/colvarmodule.h \
  src/fstream_namd.h \  src/fstream_namd.h \
Line 4330
Line 4457
  src/colvarparse.h  src/colvarparse.h
  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarparse.o $(COPTC) src/colvarparse.C  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarparse.o $(COPTC) src/colvarparse.C
 obj/colvarproxy_namd.o: \ obj/colvarproxy_namd.o: \
   obj/.exists \
  src/colvarproxy_namd.C \  src/colvarproxy_namd.C \
  src/common.h \  src/common.h \
  src/fstream_namd.h \  src/fstream_namd.h \
Line 4395
Line 4523
  src/colvar.h  src/colvar.h
  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarproxy_namd.o $(COPTC) src/colvarproxy_namd.C  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarproxy_namd.o $(COPTC) src/colvarproxy_namd.C
 obj/colvarscript.o: \ obj/colvarscript.o: \
   obj/.exists \
  src/colvarscript.C \  src/colvarscript.C \
  src/colvarscript.h \  src/colvarscript.h \
  src/colvarmodule.h \  src/colvarmodule.h \
Line 4407
Line 4536
  src/colvarparse.h  src/colvarparse.h
  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarscript.o $(COPTC) src/colvarscript.C  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarscript.o $(COPTC) src/colvarscript.C
 obj/colvartypes.o: \ obj/colvartypes.o: \
   obj/.exists \
  src/colvartypes.C \  src/colvartypes.C \
  src/colvarmodule.h \  src/colvarmodule.h \
  src/fstream_namd.h \  src/fstream_namd.h \
Line 4416
Line 4546
  src/colvarparse.h  src/colvarparse.h
  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvartypes.o $(COPTC) src/colvartypes.C  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvartypes.o $(COPTC) src/colvartypes.C
 obj/colvarvalue.o: \ obj/colvarvalue.o: \
   obj/.exists \
  src/colvarvalue.C \  src/colvarvalue.C \
  src/colvarmodule.h \  src/colvarmodule.h \
  src/fstream_namd.h \  src/fstream_namd.h \
Line 4424
Line 4555
  src/colvarvalue.h  src/colvarvalue.h
  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarvalue.o $(COPTC) src/colvarvalue.C  $(CXX) $(CXXCOLVARFLAGS) $(COPTO)obj/colvarvalue.o $(COPTC) src/colvarvalue.C
 obj/GridForceGrid.o: \ obj/GridForceGrid.o: \
   obj/.exists \
  src/GridForceGrid.C \  src/GridForceGrid.C \
  src/GridForceGrid.h \  src/GridForceGrid.h \
  src/Vector.h \  src/Vector.h \
Line 4476
Line 4608
  src/GridForceGrid.inl  src/GridForceGrid.inl
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GridForceGrid.o $(COPTC) src/GridForceGrid.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GridForceGrid.o $(COPTC) src/GridForceGrid.C
 obj/GromacsTopFile.o: \ obj/GromacsTopFile.o: \
   obj/.exists \
  src/GromacsTopFile.C \  src/GromacsTopFile.C \
  src/common.h \  src/common.h \
  src/ResizeArray.h \  src/ResizeArray.h \
Line 4485
Line 4618
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GromacsTopFile.o $(COPTC) src/GromacsTopFile.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GromacsTopFile.o $(COPTC) src/GromacsTopFile.C
 obj/heap.o: \ obj/heap.o: \
   obj/.exists \
  src/heap.C \  src/heap.C \
  src/heap.h \  src/heap.h \
  src/elements.h \  src/elements.h \
  src/Set.h  src/Set.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/heap.o $(COPTC) src/heap.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/heap.o $(COPTC) src/heap.C
 obj/HomePatch.o: \ obj/HomePatch.o: \
   obj/.exists \
  src/HomePatch.C \  src/HomePatch.C \
  src/SimParameters.h \  src/SimParameters.h \
  src/common.h \  src/common.h \
Line 4565
Line 4700
  src/ComputeNonbondedMICKernel.h  src/ComputeNonbondedMICKernel.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/HomePatch.o $(COPTC) src/HomePatch.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/HomePatch.o $(COPTC) src/HomePatch.C
 obj/IMDOutput.o: \ obj/IMDOutput.o: \
   obj/.exists \
  src/IMDOutput.C \  src/IMDOutput.C \
  src/IMDOutput.h \  src/IMDOutput.h \
  src/imd.h \  src/imd.h \
Line 4577
Line 4713
  src/ResizeArrayRaw.h  src/ResizeArrayRaw.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/IMDOutput.o $(COPTC) src/IMDOutput.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/IMDOutput.o $(COPTC) src/IMDOutput.C
 obj/InfoStream.o: \ obj/InfoStream.o: \
   obj/.exists \
  src/InfoStream.C \  src/InfoStream.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Vector.h \  src/Vector.h \
Line 4584
Line 4721
  src/Tensor.h  src/Tensor.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/InfoStream.o $(COPTC) src/InfoStream.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/InfoStream.o $(COPTC) src/InfoStream.C
 obj/LdbCoordinator.o: \ obj/LdbCoordinator.o: \
   obj/.exists \
  src/LdbCoordinator.C \  src/LdbCoordinator.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/NamdCentLB.h \  src/NamdCentLB.h \
Line 4666
Line 4804
  inc/LdbCoordinator.def.h  inc/LdbCoordinator.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/LdbCoordinator.o $(COPTC) src/LdbCoordinator.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/LdbCoordinator.o $(COPTC) src/LdbCoordinator.C
 obj/LJTable.o: \ obj/LJTable.o: \
   obj/.exists \
  src/LJTable.C \  src/LJTable.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/LJTable.h \  src/LJTable.h \
Line 4692
Line 4831
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/LJTable.o $(COPTC) src/LJTable.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/LJTable.o $(COPTC) src/LJTable.C
 obj/Measure.o: \ obj/Measure.o: \
   obj/.exists \
  src/Measure.C \  src/Measure.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Measure.h \  src/Measure.h \
Line 4726
Line 4866
  plugins/include/vmdplugin.h  plugins/include/vmdplugin.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Measure.o $(COPTC) src/Measure.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Measure.o $(COPTC) src/Measure.C
 obj/MGridforceParams.o: \ obj/MGridforceParams.o: \
   obj/.exists \
  src/MGridforceParams.C \  src/MGridforceParams.C \
  src/MGridforceParams.h \  src/MGridforceParams.h \
  src/strlib.h \  src/strlib.h \
Line 4735
Line 4876
  src/MStream.h  src/MStream.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/MGridforceParams.o $(COPTC) src/MGridforceParams.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/MGridforceParams.o $(COPTC) src/MGridforceParams.C
 obj/MStream.o: \ obj/MStream.o: \
   obj/.exists \
  src/MStream.C \  src/MStream.C \
  src/Communicate.h \  src/Communicate.h \
  src/MStream.h \  src/MStream.h \
Line 4743
Line 4885
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/MStream.o $(COPTC) src/MStream.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/MStream.o $(COPTC) src/MStream.C
 obj/MigrateAtomsMsg.o: \ obj/MigrateAtomsMsg.o: \
   obj/.exists \
  src/MigrateAtomsMsg.C \  src/MigrateAtomsMsg.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Migration.h \  src/Migration.h \
Line 4774
Line 4917
  src/packmsg.h  src/packmsg.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/MigrateAtomsMsg.o $(COPTC) src/MigrateAtomsMsg.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/MigrateAtomsMsg.o $(COPTC) src/MigrateAtomsMsg.C
 obj/Molecule.o: \ obj/Molecule.o: \
   obj/.exists \
  src/Molecule.C \  src/Molecule.C \
  src/largefiles.h \  src/largefiles.h \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
Line 4837
Line 4981
  inc/ParallelIOMgr.decl.h  inc/ParallelIOMgr.decl.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Molecule.o $(COPTC) src/Molecule.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Molecule.o $(COPTC) src/Molecule.C
 obj/Molecule2.o: \ obj/Molecule2.o: \
   obj/.exists \
  src/Molecule2.C \  src/Molecule2.C \
  src/Molecule.C \  src/Molecule.C \
  src/largefiles.h \  src/largefiles.h \
Line 4901
Line 5046
  inc/ParallelIOMgr.decl.h  inc/ParallelIOMgr.decl.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Molecule2.o $(COPTC) src/Molecule2.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Molecule2.o $(COPTC) src/Molecule2.C
 obj/GoMolecule.o: \ obj/GoMolecule.o: \
   obj/.exists \
  src/GoMolecule.C \  src/GoMolecule.C \
  src/ResizeArray.h \  src/ResizeArray.h \
  src/ResizeArrayRaw.h \  src/ResizeArrayRaw.h \
Line 4963
Line 5109
  inc/ParallelIOMgr.decl.h  inc/ParallelIOMgr.decl.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GoMolecule.o $(COPTC) src/GoMolecule.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/GoMolecule.o $(COPTC) src/GoMolecule.C
 obj/NamdCentLB.o: \ obj/NamdCentLB.o: \
   obj/.exists \
  src/NamdCentLB.C \  src/NamdCentLB.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/NamdCentLB.h \  src/NamdCentLB.h \
Line 5013
Line 5160
  inc/NamdDummyLB.decl.h  inc/NamdDummyLB.decl.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/NamdCentLB.o $(COPTC) src/NamdCentLB.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/NamdCentLB.o $(COPTC) src/NamdCentLB.C
 obj/NamdNborLB.o: \ obj/NamdNborLB.o: \
   obj/.exists \
  src/NamdNborLB.C \  src/NamdNborLB.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/NamdNborLB.h \  src/NamdNborLB.h \
Line 5059
Line 5207
  inc/NamdDummyLB.decl.h  inc/NamdDummyLB.decl.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/NamdNborLB.o $(COPTC) src/NamdNborLB.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/NamdNborLB.o $(COPTC) src/NamdNborLB.C
 obj/NamdHybridLB.o: \ obj/NamdHybridLB.o: \
   obj/.exists \
  src/NamdHybridLB.C \  src/NamdHybridLB.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/NamdHybridLB.h \  src/NamdHybridLB.h \
Line 5113
Line 5262
  inc/NamdHybridLB.def.h  inc/NamdHybridLB.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/NamdHybridLB.o $(COPTC) src/NamdHybridLB.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/NamdHybridLB.o $(COPTC) src/NamdHybridLB.C
 obj/NamdDummyLB.o: \ obj/NamdDummyLB.o: \
   obj/.exists \
  src/NamdDummyLB.C \  src/NamdDummyLB.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/NamdDummyLB.h \  src/NamdDummyLB.h \
Line 5163
Line 5313
  inc/NamdDummyLB.decl.h  inc/NamdDummyLB.decl.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/NamdDummyLB.o $(COPTC) src/NamdDummyLB.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/NamdDummyLB.o $(COPTC) src/NamdDummyLB.C
 obj/NamdState.o: \ obj/NamdState.o: \
   obj/.exists \
  src/NamdState.C \  src/NamdState.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/common.h \  src/common.h \
Line 5219
Line 5370
  src/BackEnd.h  src/BackEnd.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/NamdState.o $(COPTC) src/NamdState.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/NamdState.o $(COPTC) src/NamdState.C
 obj/NamdOneTools.o: \ obj/NamdOneTools.o: \
   obj/.exists \
  src/NamdOneTools.C \  src/NamdOneTools.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/common.h \  src/common.h \
Line 5250
Line 5402
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/NamdOneTools.o $(COPTC) src/NamdOneTools.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/NamdOneTools.o $(COPTC) src/NamdOneTools.C
 obj/Node.o: \ obj/Node.o: \
   obj/.exists \
  src/Node.C \  src/Node.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  inc/Node.decl.h \  inc/Node.decl.h \
Line 5380
Line 5533
  inc/Node.def.h  inc/Node.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Node.o $(COPTC) src/Node.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Node.o $(COPTC) src/Node.C
 obj/Output.o: \ obj/Output.o: \
   obj/.exists \
  src/Output.C \  src/Output.C \
  src/largefiles.h \  src/largefiles.h \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
Line 5443
Line 5597
  src/Pointer.h  src/Pointer.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Output.o $(COPTC) src/Output.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Output.o $(COPTC) src/Output.C
 obj/Parameters.o: \ obj/Parameters.o: \
   obj/.exists \
  src/Parameters.C \  src/Parameters.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Parameters.h \  src/Parameters.h \
Line 5465
Line 5620
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Parameters.o $(COPTC) src/Parameters.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Parameters.o $(COPTC) src/Parameters.C
 obj/ParseOptions.o: \ obj/ParseOptions.o: \
   obj/.exists \
  src/ParseOptions.C \  src/ParseOptions.C \
  src/ParseOptions.h \  src/ParseOptions.h \
  src/common.h \  src/common.h \
Line 5474
Line 5630
  src/strlib.h  src/strlib.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ParseOptions.o $(COPTC) src/ParseOptions.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ParseOptions.o $(COPTC) src/ParseOptions.C
 obj/Patch.o: \ obj/Patch.o: \
   obj/.exists \
  src/Patch.C \  src/Patch.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Patch.h \  src/Patch.h \
Line 5524
Line 5681
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Patch.o $(COPTC) src/Patch.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Patch.o $(COPTC) src/Patch.C
 obj/PatchMgr.o: \ obj/PatchMgr.o: \
   obj/.exists \
  src/PatchMgr.C \  src/PatchMgr.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  inc/PatchMgr.decl.h \  inc/PatchMgr.decl.h \
Line 5595
Line 5753
  inc/PatchMgr.def.h  inc/PatchMgr.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/PatchMgr.o $(COPTC) src/PatchMgr.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/PatchMgr.o $(COPTC) src/PatchMgr.C
 obj/PatchMap.o: \ obj/PatchMap.o: \
   obj/.exists \
  src/PatchMap.C \  src/PatchMap.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/ObjectArena.h \  src/ObjectArena.h \
Line 5633
Line 5792
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/PatchMap.o $(COPTC) src/PatchMap.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/PatchMap.o $(COPTC) src/PatchMap.C
 obj/PDB.o: \ obj/PDB.o: \
   obj/.exists \
  src/PDB.C \  src/PDB.C \
  src/common.h \  src/common.h \
  src/PDB.h \  src/PDB.h \
Line 5650
Line 5810
  src/SortableResizeArray.h  src/SortableResizeArray.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/PDB.o $(COPTC) src/PDB.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/PDB.o $(COPTC) src/PDB.C
 obj/PDBData.o: \ obj/PDBData.o: \
   obj/.exists \
  src/PDBData.C \  src/PDBData.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/PDBData.h \  src/PDBData.h \
  src/common.h  src/common.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/PDBData.o $(COPTC) src/PDBData.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/PDBData.o $(COPTC) src/PDBData.C
 obj/PmeKSpace.o: \ obj/PmeKSpace.o: \
   obj/.exists \
  src/PmeKSpace.C \  src/PmeKSpace.C \
  src/PmeKSpace.h \  src/PmeKSpace.h \
  src/PmeBase.h \  src/PmeBase.h \
Line 5700
Line 5862
  inc/Node.decl.h  inc/Node.decl.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/PmeKSpace.o $(COPTC) src/PmeKSpace.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/PmeKSpace.o $(COPTC) src/PmeKSpace.C
 obj/PmeRealSpace.o: \ obj/PmeRealSpace.o: \
   obj/.exists \
  src/PmeRealSpace.C \  src/PmeRealSpace.C \
  src/PmeBase.inl \  src/PmeBase.inl \
  src/PmeBase.h \  src/PmeBase.h \
Line 5725
Line 5888
  src/MStream.h  src/MStream.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/PmeRealSpace.o $(COPTC) src/PmeRealSpace.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/PmeRealSpace.o $(COPTC) src/PmeRealSpace.C
 obj/ProcessorPrivate.o: \ obj/ProcessorPrivate.o: \
   obj/.exists \
  src/ProcessorPrivate.C \  src/ProcessorPrivate.C \
  src/ProcessorPrivate.h \  src/ProcessorPrivate.h \
  src/BOCgroup.h \  src/BOCgroup.h \
Line 5732
Line 5896
  src/InfoStream.h  src/InfoStream.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ProcessorPrivate.o $(COPTC) src/ProcessorPrivate.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ProcessorPrivate.o $(COPTC) src/ProcessorPrivate.C
 obj/ProxyMgr.o: \ obj/ProxyMgr.o: \
   obj/.exists \
  src/ProxyMgr.C \  src/ProxyMgr.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/main.h \  src/main.h \
Line 5781
Line 5946
  inc/ProxyMgr.def.h  inc/ProxyMgr.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ProxyMgr.o $(COPTC) src/ProxyMgr.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ProxyMgr.o $(COPTC) src/ProxyMgr.C
 obj/ProxyPatch.o: \ obj/ProxyPatch.o: \
   obj/.exists \
  src/ProxyPatch.C \  src/ProxyPatch.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Lattice.h \  src/Lattice.h \
Line 5842
Line 6008
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ProxyPatch.o $(COPTC) src/ProxyPatch.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ProxyPatch.o $(COPTC) src/ProxyPatch.C
 obj/Rebalancer.o: \ obj/Rebalancer.o: \
   obj/.exists \
  src/Rebalancer.C \  src/Rebalancer.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Node.h \  src/Node.h \
Line 5880
Line 6047
  src/memusage.h  src/memusage.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Rebalancer.o $(COPTC) src/Rebalancer.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Rebalancer.o $(COPTC) src/Rebalancer.C
 obj/RecBisection.o: \ obj/RecBisection.o: \
   obj/.exists \
  src/RecBisection.C \  src/RecBisection.C \
  src/RecBisection.h \  src/RecBisection.h \
  src/PatchMap.inl \  src/PatchMap.inl \
Line 5913
Line 6081
  src/Settle.h  src/Settle.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/RecBisection.o $(COPTC) src/RecBisection.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/RecBisection.o $(COPTC) src/RecBisection.C
 obj/ReductionMgr.o: \ obj/ReductionMgr.o: \
   obj/.exists \
  src/ReductionMgr.C \  src/ReductionMgr.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/PatchMap.h \  src/PatchMap.h \
Line 5942
Line 6111
  inc/ReductionMgr.def.h  inc/ReductionMgr.def.h
  $(CXX) $(CXXTHREADFLAGS) $(COPTO)obj/ReductionMgr.o $(COPTC) src/ReductionMgr.C  $(CXX) $(CXXTHREADFLAGS) $(COPTO)obj/ReductionMgr.o $(COPTC) src/ReductionMgr.C
 obj/RefineOnly.o: \ obj/RefineOnly.o: \
   obj/.exists \
  src/RefineOnly.C \  src/RefineOnly.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/RefineOnly.h \  src/RefineOnly.h \
Line 5967
Line 6137
  src/BOCgroup.h  src/BOCgroup.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/RefineOnly.o $(COPTC) src/RefineOnly.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/RefineOnly.o $(COPTC) src/RefineOnly.C
 obj/RefineTorusLB.o: \ obj/RefineTorusLB.o: \
   obj/.exists \
  src/RefineTorusLB.C \  src/RefineTorusLB.C \
  src/RefineTorusLB.h \  src/RefineTorusLB.h \
  src/Rebalancer.h \  src/Rebalancer.h \
Line 5992
Line 6163
  src/BOCgroup.h  src/BOCgroup.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/RefineTorusLB.o $(COPTC) src/RefineTorusLB.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/RefineTorusLB.o $(COPTC) src/RefineTorusLB.C
 obj/ScriptTcl.o: \ obj/ScriptTcl.o: \
   obj/.exists \
  src/ScriptTcl.C \  src/ScriptTcl.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/BackEnd.h \  src/BackEnd.h \
Line 6077
Line 6249
  inc/ComputeMgr.decl.h  inc/ComputeMgr.decl.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ScriptTcl.o $(COPTC) src/ScriptTcl.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ScriptTcl.o $(COPTC) src/ScriptTcl.C
 obj/Sequencer.o: \ obj/Sequencer.o: \
   obj/.exists \
  src/Sequencer.C \  src/Sequencer.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Node.h \  src/Node.h \
Line 6158
Line 6331
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXTHREADFLAGS) $(COPTO)obj/Sequencer.o $(COPTC) src/Sequencer.C  $(CXX) $(CXXTHREADFLAGS) $(COPTO)obj/Sequencer.o $(COPTC) src/Sequencer.C
 obj/Set.o: \ obj/Set.o: \
   obj/.exists \
  src/Set.C \  src/Set.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Set.h \  src/Set.h \
  src/elements.h  src/elements.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Set.o $(COPTC) src/Set.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Set.o $(COPTC) src/Set.C
 obj/Settle.o: \ obj/Settle.o: \
   obj/.exists \
  src/Settle.C \  src/Settle.C \
  src/Settle.h \  src/Settle.h \
  src/Vector.h \  src/Vector.h \
Line 6171
Line 6346
  src/Tensor.h  src/Tensor.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Settle.o $(COPTC) src/Settle.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Settle.o $(COPTC) src/Settle.C
 obj/SimParameters.o: \ obj/SimParameters.o: \
   obj/.exists \
  src/SimParameters.C \  src/SimParameters.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/ComputeNonbondedUtil.h \  src/ComputeNonbondedUtil.h \
Line 6209
Line 6385
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXSIMPARAMFLAGS) $(COPTO)obj/SimParameters.o $(COPTC) src/SimParameters.C  $(CXX) $(CXXSIMPARAMFLAGS) $(COPTO)obj/SimParameters.o $(COPTC) src/SimParameters.C
 obj/SortAtoms.o: \ obj/SortAtoms.o: \
   obj/.exists \
  src/SortAtoms.C \  src/SortAtoms.C \
  src/SortAtoms.h \  src/SortAtoms.h \
  src/NamdTypes.h \  src/NamdTypes.h \
Line 6218
Line 6395
  src/ResizeArrayRaw.h  src/ResizeArrayRaw.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/SortAtoms.o $(COPTC) src/SortAtoms.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/SortAtoms.o $(COPTC) src/SortAtoms.C
 obj/Sync.o: \ obj/Sync.o: \
   obj/.exists \
  src/Sync.C \  src/Sync.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Patch.h \  src/Patch.h \
Line 6253
Line 6431
  inc/Sync.def.h  inc/Sync.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Sync.o $(COPTC) src/Sync.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/Sync.o $(COPTC) src/Sync.C
 obj/TclCommands.o: \ obj/TclCommands.o: \
   obj/.exists \
  src/TclCommands.C \  src/TclCommands.C \
  src/TclCommands.h \  src/TclCommands.h \
  src/Vector.h \  src/Vector.h \
Line 6265
Line 6444
  src/TclVec.C  src/TclVec.C
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/TclCommands.o $(COPTC) src/TclCommands.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/TclCommands.o $(COPTC) src/TclCommands.C
 obj/TorusLB.o: \ obj/TorusLB.o: \
   obj/.exists \
  src/TorusLB.C \  src/TorusLB.C \
  src/TorusLB.h \  src/TorusLB.h \
  src/Rebalancer.h \  src/Rebalancer.h \
Line 6291
Line 6471
  src/RefineTorusLB.h  src/RefineTorusLB.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/TorusLB.o $(COPTC) src/TorusLB.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/TorusLB.o $(COPTC) src/TorusLB.C
 obj/WorkDistrib.o: \ obj/WorkDistrib.o: \
   obj/.exists \
  src/WorkDistrib.C \  src/WorkDistrib.C \
  src/InfoStream.h \  src/InfoStream.h \
  src/Communicate.h \  src/Communicate.h \
Line 6386
Line 6567
  inc/WorkDistrib.def.h  inc/WorkDistrib.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/WorkDistrib.o $(COPTC) src/WorkDistrib.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/WorkDistrib.o $(COPTC) src/WorkDistrib.C
 obj/pub3dfft.o: \ obj/pub3dfft.o: \
   obj/.exists \
  src/pub3dfft.C \  src/pub3dfft.C \
  src/pub3dfft.h  src/pub3dfft.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/pub3dfft.o $(COPTC) src/pub3dfft.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/pub3dfft.o $(COPTC) src/pub3dfft.C
 obj/vmdsock.o: \ obj/vmdsock.o: \
   obj/.exists \
  src/vmdsock.C \  src/vmdsock.C \
  src/vmdsock.h  src/vmdsock.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/vmdsock.o $(COPTC) src/vmdsock.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/vmdsock.o $(COPTC) src/vmdsock.C
 obj/parm.o: \ obj/parm.o: \
   obj/.exists \
  src/parm.C \  src/parm.C \
  src/strlib.h \  src/strlib.h \
  src/common.h \  src/common.h \
Line 6401
Line 6585
  src/parm.h  src/parm.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/parm.o $(COPTC) src/parm.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/parm.o $(COPTC) src/parm.C
 obj/imd.o: \ obj/imd.o: \
   obj/.exists \
  src/imd.C \  src/imd.C \
  src/imd.h \  src/imd.h \
  src/vmdsock.h  src/vmdsock.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/imd.o $(COPTC) src/imd.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/imd.o $(COPTC) src/imd.C
 obj/CompressPsf.o: \ obj/CompressPsf.o: \
   obj/.exists \
  src/CompressPsf.C \  src/CompressPsf.C \
  src/CompressPsf.h \  src/CompressPsf.h \
  src/structures.h \  src/structures.h \
Line 6436
Line 6622
  src/UniqueSetIter.h  src/UniqueSetIter.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/CompressPsf.o $(COPTC) src/CompressPsf.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/CompressPsf.o $(COPTC) src/CompressPsf.C
 obj/PluginIOMgr.o: \ obj/PluginIOMgr.o: \
   obj/.exists \
  src/PluginIOMgr.C \  src/PluginIOMgr.C \
  src/PluginIOMgr.h \  src/PluginIOMgr.h \
  plugins/include/molfile_plugin.h \  plugins/include/molfile_plugin.h \
Line 6443
Line 6630
  plugins/include/libmolfile_plugin.h  plugins/include/libmolfile_plugin.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/PluginIOMgr.o $(COPTC) src/PluginIOMgr.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/PluginIOMgr.o $(COPTC) src/PluginIOMgr.C
 obj/DataExchanger.o: \ obj/DataExchanger.o: \
   obj/.exists \
  src/DataExchanger.C \  src/DataExchanger.C \
  src/DataExchanger.h \  src/DataExchanger.h \
  src/main.h \  src/main.h \
Line 6516
Line 6704
  inc/DataExchanger.def.h  inc/DataExchanger.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/DataExchanger.o $(COPTC) src/DataExchanger.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/DataExchanger.o $(COPTC) src/DataExchanger.C
 obj/ParallelIOMgr.o: \ obj/ParallelIOMgr.o: \
   obj/.exists \
  src/ParallelIOMgr.C \  src/ParallelIOMgr.C \
  src/largefiles.h \  src/largefiles.h \
  src/BOCgroup.h \  src/BOCgroup.h \
Line 6584
Line 6773
  inc/ParallelIOMgr.def.h  inc/ParallelIOMgr.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ParallelIOMgr.o $(COPTC) src/ParallelIOMgr.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ParallelIOMgr.o $(COPTC) src/ParallelIOMgr.C
 obj/dcdplugin.o: \ obj/dcdplugin.o: \
   obj/.exists \
  plugins/molfile_plugin/src/dcdplugin.c \  plugins/molfile_plugin/src/dcdplugin.c \
  plugins/molfile_plugin/src/largefiles.h \  plugins/molfile_plugin/src/largefiles.h \
  plugins/molfile_plugin/src/fastio.h \  plugins/molfile_plugin/src/fastio.h \
Line 6592
Line 6782
  plugins/include/vmdplugin.h  plugins/include/vmdplugin.h
  $(CC) $(PLUGINCFLAGS) $(COPTO)obj/dcdplugin.o $(COPTC) $(COPTD)VMDPLUGIN=molfile_dcdplugin plugins/molfile_plugin/src/dcdplugin.c  $(CC) $(PLUGINCFLAGS) $(COPTO)obj/dcdplugin.o $(COPTC) $(COPTD)VMDPLUGIN=molfile_dcdplugin plugins/molfile_plugin/src/dcdplugin.c
 obj/jsplugin.o: \ obj/jsplugin.o: \
   obj/.exists \
  plugins/molfile_plugin/src/jsplugin.c \  plugins/molfile_plugin/src/jsplugin.c \
  plugins/molfile_plugin/src/largefiles.h \  plugins/molfile_plugin/src/largefiles.h \
  plugins/molfile_plugin/src/fastio.h \  plugins/molfile_plugin/src/fastio.h \
Line 6602
Line 6793
  plugins/include/vmdplugin.h  plugins/include/vmdplugin.h
  $(CC) $(PLUGINCFLAGS) $(COPTO)obj/jsplugin.o $(COPTC) $(COPTD)VMDPLUGIN=molfile_jsplugin plugins/molfile_plugin/src/jsplugin.c  $(CC) $(PLUGINCFLAGS) $(COPTO)obj/jsplugin.o $(COPTC) $(COPTD)VMDPLUGIN=molfile_jsplugin plugins/molfile_plugin/src/jsplugin.c
 obj/namdbinplugin.o: \ obj/namdbinplugin.o: \
   obj/.exists \
  plugins/molfile_plugin/src/namdbinplugin.c \  plugins/molfile_plugin/src/namdbinplugin.c \
  plugins/include/molfile_plugin.h \  plugins/include/molfile_plugin.h \
  plugins/include/vmdplugin.h  plugins/include/vmdplugin.h
  $(CC) $(PLUGINCFLAGS) $(COPTO)obj/namdbinplugin.o $(COPTC) $(COPTD)VMDPLUGIN=molfile_namdbinplugin plugins/molfile_plugin/src/namdbinplugin.c  $(CC) $(PLUGINCFLAGS) $(COPTO)obj/namdbinplugin.o $(COPTC) $(COPTD)VMDPLUGIN=molfile_namdbinplugin plugins/molfile_plugin/src/namdbinplugin.c
 obj/pdbplugin.o: \ obj/pdbplugin.o: \
   obj/.exists \
  plugins/molfile_plugin/src/pdbplugin.c \  plugins/molfile_plugin/src/pdbplugin.c \
  plugins/molfile_plugin/src/largefiles.h \  plugins/molfile_plugin/src/largefiles.h \
  plugins/include/molfile_plugin.h \  plugins/include/molfile_plugin.h \
Line 6615
Line 6808
  plugins/molfile_plugin/src/periodic_table.h  plugins/molfile_plugin/src/periodic_table.h
  $(CC) $(PLUGINCFLAGS) $(COPTO)obj/pdbplugin.o $(COPTC) $(COPTD)VMDPLUGIN=molfile_pdbplugin plugins/molfile_plugin/src/pdbplugin.c  $(CC) $(PLUGINCFLAGS) $(COPTO)obj/pdbplugin.o $(COPTC) $(COPTD)VMDPLUGIN=molfile_pdbplugin plugins/molfile_plugin/src/pdbplugin.c
 obj/psfplugin.o: \ obj/psfplugin.o: \
   obj/.exists \
  plugins/molfile_plugin/src/psfplugin.c \  plugins/molfile_plugin/src/psfplugin.c \
  plugins/include/molfile_plugin.h \  plugins/include/molfile_plugin.h \
  plugins/include/vmdplugin.h \  plugins/include/vmdplugin.h \
Line 6622
Line 6816
  plugins/molfile_plugin/src/endianswap.h  plugins/molfile_plugin/src/endianswap.h
  $(CC) $(PLUGINCFLAGS) $(COPTO)obj/psfplugin.o $(COPTC) $(COPTD)VMDPLUGIN=molfile_psfplugin plugins/molfile_plugin/src/psfplugin.c  $(CC) $(PLUGINCFLAGS) $(COPTO)obj/psfplugin.o $(COPTC) $(COPTD)VMDPLUGIN=molfile_psfplugin plugins/molfile_plugin/src/psfplugin.c
 obj/tcl_main.o: \ obj/tcl_main.o: \
   obj/.exists \
  sb/src/tcl_main.c  sb/src/tcl_main.c
  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/tcl_main.o $(COPTC) sb/src/tcl_main.c  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/tcl_main.o $(COPTC) sb/src/tcl_main.c
 obj/tcl_psfgen.o: \ obj/tcl_psfgen.o: \
   obj/.exists \
  sb/src/tcl_psfgen.c \  sb/src/tcl_psfgen.c \
  sb/src/psfgen.h \  sb/src/psfgen.h \
  sb/src/topo_defs.h \  sb/src/topo_defs.h \
Line 6642
Line 6838
  sb/src/extract_alias.h  sb/src/extract_alias.h
  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/tcl_psfgen.o $(COPTC) sb/src/tcl_psfgen.c  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/tcl_psfgen.o $(COPTC) sb/src/tcl_psfgen.c
 obj/charmm_file.o: \ obj/charmm_file.o: \
   obj/.exists \
  sb/src/charmm_file.c \  sb/src/charmm_file.c \
  sb/src/charmm_file.h  sb/src/charmm_file.h
  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/charmm_file.o $(COPTC) sb/src/charmm_file.c  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/charmm_file.o $(COPTC) sb/src/charmm_file.c
 obj/charmm_parse_topo_defs.o: \ obj/charmm_parse_topo_defs.o: \
   obj/.exists \
  sb/src/charmm_parse_topo_defs.c \  sb/src/charmm_parse_topo_defs.c \
  sb/src/charmm_file.h \  sb/src/charmm_file.h \
  sb/src/topo_defs.h \  sb/src/topo_defs.h \
  sb/src/charmm_parse_topo_defs.h  sb/src/charmm_parse_topo_defs.h
  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/charmm_parse_topo_defs.o $(COPTC) sb/src/charmm_parse_topo_defs.c  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/charmm_parse_topo_defs.o $(COPTC) sb/src/charmm_parse_topo_defs.c
 obj/extract_alias.o: \ obj/extract_alias.o: \
   obj/.exists \
  sb/src/extract_alias.c \  sb/src/extract_alias.c \
  sb/src/stringhash.h \  sb/src/stringhash.h \
  sb/src/extract_alias.h  sb/src/extract_alias.h
  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/extract_alias.o $(COPTC) sb/src/extract_alias.c  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/extract_alias.o $(COPTC) sb/src/extract_alias.c
 obj/hash.o: \ obj/hash.o: \
   obj/.exists \
  sb/src/hash.c \  sb/src/hash.c \
  sb/src/hash.h  sb/src/hash.h
  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/hash.o $(COPTC) sb/src/hash.c  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/hash.o $(COPTC) sb/src/hash.c
 obj/hasharray.o: \ obj/hasharray.o: \
   obj/.exists \
  sb/src/hasharray.c \  sb/src/hasharray.c \
  sb/src/hash.h \  sb/src/hash.h \
  sb/src/memarena.h \  sb/src/memarena.h \
  sb/src/hasharray.h  sb/src/hasharray.h
  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/hasharray.o $(COPTC) sb/src/hasharray.c  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/hasharray.o $(COPTC) sb/src/hasharray.c
 obj/memarena.o: \ obj/memarena.o: \
   obj/.exists \
  sb/src/memarena.c \  sb/src/memarena.c \
  sb/src/memarena.h  sb/src/memarena.h
  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/memarena.o $(COPTC) sb/src/memarena.c  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/memarena.o $(COPTC) sb/src/memarena.c
 obj/pdb_file.o: \ obj/pdb_file.o: \
   obj/.exists \
  sb/src/pdb_file.c \  sb/src/pdb_file.c \
  sb/src/pdb_file.h  sb/src/pdb_file.h
  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/pdb_file.o $(COPTC) sb/src/pdb_file.c  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/pdb_file.o $(COPTC) sb/src/pdb_file.c
 obj/pdb_file_extract.o: \ obj/pdb_file_extract.o: \
   obj/.exists \
  sb/src/pdb_file_extract.c \  sb/src/pdb_file_extract.c \
  sb/src/pdb_file_extract.h \  sb/src/pdb_file_extract.h \
  sb/src/stringhash.h \  sb/src/stringhash.h \
Line 6684
Line 6888
  sb/src/extract_alias.h  sb/src/extract_alias.h
  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/pdb_file_extract.o $(COPTC) sb/src/pdb_file_extract.c  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/pdb_file_extract.o $(COPTC) sb/src/pdb_file_extract.c
 obj/psf_file.o: \ obj/psf_file.o: \
   obj/.exists \
  sb/src/psf_file.c \  sb/src/psf_file.c \
  sb/src/psf_file.h  sb/src/psf_file.h
  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/psf_file.o $(COPTC) sb/src/psf_file.c  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/psf_file.o $(COPTC) sb/src/psf_file.c
 obj/psf_file_extract.o: \ obj/psf_file_extract.o: \
   obj/.exists \
  sb/src/psf_file_extract.c \  sb/src/psf_file_extract.c \
  sb/src/psf_file.h \  sb/src/psf_file.h \
  sb/src/psf_file_extract.h \  sb/src/psf_file_extract.h \
Line 6700
Line 6906
  sb/src/topo_defs_struct.h  sb/src/topo_defs_struct.h
  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/psf_file_extract.o $(COPTC) sb/src/psf_file_extract.c  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/psf_file_extract.o $(COPTC) sb/src/psf_file_extract.c
 obj/topo_defs.o: \ obj/topo_defs.o: \
   obj/.exists \
  sb/src/topo_defs.c \  sb/src/topo_defs.c \
  sb/src/topo_defs_struct.h \  sb/src/topo_defs_struct.h \
  sb/src/memarena.h \  sb/src/memarena.h \
Line 6707
Line 6914
  sb/src/topo_defs.h  sb/src/topo_defs.h
  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/topo_defs.o $(COPTC) sb/src/topo_defs.c  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/topo_defs.o $(COPTC) sb/src/topo_defs.c
 obj/topo_mol.o: \ obj/topo_mol.o: \
   obj/.exists \
  sb/src/topo_mol.c \  sb/src/topo_mol.c \
  sb/src/topo_defs_struct.h \  sb/src/topo_defs_struct.h \
  sb/src/memarena.h \  sb/src/memarena.h \
Line 6716
Line 6924
  sb/src/topo_mol.h  sb/src/topo_mol.h
  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/topo_mol.o $(COPTC) sb/src/topo_mol.c  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/topo_mol.o $(COPTC) sb/src/topo_mol.c
 obj/topo_mol_output.o: \ obj/topo_mol_output.o: \
   obj/.exists \
  sb/src/topo_mol_output.c \  sb/src/topo_mol_output.c \
  sb/src/topo_mol_output.h \  sb/src/topo_mol_output.h \
  sb/src/topo_mol.h \  sb/src/topo_mol.h \
Line 6727
Line 6936
  sb/src/pdb_file.h  sb/src/pdb_file.h
  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/topo_mol_output.o $(COPTC) sb/src/topo_mol_output.c  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/topo_mol_output.o $(COPTC) sb/src/topo_mol_output.c
 obj/topo_mol_pluginio.o: \ obj/topo_mol_pluginio.o: \
   obj/.exists \
  sb/src/topo_mol_pluginio.c \  sb/src/topo_mol_pluginio.c \
  sb/src/topo_mol_pluginio.h \  sb/src/topo_mol_pluginio.h \
  sb/src/topo_mol.h \  sb/src/topo_mol.h \
Line 6743
Line 6953
  sb/src/hash.h  sb/src/hash.h
  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/topo_mol_pluginio.o $(COPTC) sb/src/topo_mol_pluginio.c  $(CC) $(SBCFLAGS) $(COPTO)obj/topo_mol_pluginio.o $(COPTC) sb/src/topo_mol_pluginio.c
 obj/stringhash.o: \ obj/stringhash.o: \
   obj/.exists \
  sb/src/stringhash.c \  sb/src/stringhash.c \
  sb/src/memarena.h \  sb/src/memarena.h \
  sb/src/hasharray.h \  sb/src/hasharray.h \


Legend:
Removed in v.1.187 
changed lines
 Added in v.1.188



Made by using version 1.53 of cvs2html