Difference for doc/ug_savestate.tex from version 1.15 to 1.16

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 \chapter{Saving and loading sessions} \chapter{Saving and loading sessions}
 Once you have drawn a molecule in a particular representation, color, and orientation that you like, you can then save that view of the molecule as a {\em session} so you can look at it again later, or so that others can display the same view. Once you have drawn a molecule in a particular representation, color, and orientation that you like, you can then save that view of the molecule as a {\em session} so you can look at it again later, or so that others can display the same view.
  \index{Saved state}
  
 \section{Saving a session} \section{Saving a session}
 Once you have the molecule in a format that you would like to save, select the ``Save session'' option under the ``File'' menu. Type in a name for the file, and click on the ``Save to local disk'' button to save it, or ``Cancel'' to cancel. On Suns and Linux computerss, it will save the files in the directory you started your browser, if you have permission to write files there. On Windows machines, it will save the files in the default home directory. Saved JMV session end with the extension {\tt .jmv}. This file contains data about the current session of the JMV molecule, including the file, representation, color, and orientation. You also have the option of saving a JPEG. If the ``Save a JPEG of the JMV image?'' button is checked, a JPEG file will be saved with the same name as the JMV file, but with the extension {\tt .jpg}. This is a picture of the JMV molecule window. Once you have the molecule in a format that you would like to save, select the ``Save session'' option under the ``File'' menu. Type in a name for the file, and click on the ``Save to local disk'' button to save it, or ``Cancel'' to cancel. On Suns and Linux computerss, it will save the files in the directory you started your browser, if you have permission to write files there. On Windows machines, it will save the files in the default home directory. Saved JMV session end with the extension {\tt .jmv}. This file contains data about the current session of the JMV molecule, including the file, representation, color, and orientation. You also have the option of saving a JPEG. If the ``Save a JPEG of the JMV image?'' button is checked, a JPEG file will be saved with the same name as the JMV file, but with the extension {\tt .jpg}. This is a picture of the JMV molecule window.
  \index{Saved state!Saving}
  
 \section{Loading a saved session} \section{Loading a saved session}
 To load a saved session, select ``Load session'' from the ``File'' menu. From the pop-up window, either type in the path to a JMV file on your system, or select one from your local system with the ``Browse'' button. Load the JMV file by clicking the ``Load'' button, or cancel with the ``Cancel'' button. This will load the molecule with the representation, color, and orientation that it was saved with. Please note that the file that the session saved must be a publicly accessible file, such as a URL, if others wish to view it.  To load a saved session, select ``Load session'' from the ``File'' menu. From the pop-up window, either type in the path to a JMV file on your system, or select one from your local system with the ``Browse'' button. Load the JMV file by clicking the ``Load'' button, or cancel with the ``Cancel'' button. This will load the molecule with the representation, color, and orientation that it was saved with. Please note that the file that the session saved must be a publicly accessible file, such as a URL, if others wish to view it. 
  \index{Saved state!Loading}
  
 \section{Loading and saving in BioCoRE} \section{Loading and saving in BioCoRE}
 BioCoRE, (\htmladdnormallink{{\tt http://www.ks.uiuc.edu/Research/biocore/}}{http://www.ks.uiuc.edu/Research/biocore/}), also uses JMV files. When in BioCoRE, you can open a PDB file in the Filesystem with JMV by clicking the ``Properties'' link on the right side of the file's entry. From the window that is displayed, select the ``View this molecule in JMV'' link. This will open the PDB file with JMV. To save a session to BioCoRE, select ``Save session to BioCoRE'' from the ``File'' menu. This will save the session to the Filesystem and to your local filesystem. If you selected the ``Save a JPEG of the JMV image?'' box, then a JPEG file of the molecule window will also be saved to the Filesystem and to your local filesystem. You can view saved JMV files in the same way as PDB files, by selecting the ``Properties'' link, and the ``View this molecule in JMV'' link in the pop-up window that is displayed. BioCoRE, (\htmladdnormallink{{\tt http://www.ks.uiuc.edu/Research/biocore/}}{http://www.ks.uiuc.edu/Research/biocore/}), also uses JMV files. When in BioCoRE, you can open a PDB file in the Filesystem with JMV by clicking the ``Properties'' link on the right side of the file's entry. From the window that is displayed, select the ``View this molecule in JMV'' link. This will open the PDB file with JMV. To save a session to BioCoRE, select ``Save session to BioCoRE'' from the ``File'' menu. This will save the session to the Filesystem and to your local filesystem. If you selected the ``Save a JPEG of the JMV image?'' box, then a JPEG file of the molecule window will also be saved to the Filesystem and to your local filesystem. You can view saved JMV files in the same way as PDB files, by selecting the ``Properties'' link, and the ``View this molecule in JMV'' link in the pop-up window that is displayed.
  \index{Saved state!in BioCoRE}
  
 \section{JMV saved state file format} \section{JMV saved state file format}
 The format of the JMV saved-state file, with extension ``.jmv'', follows an XML-style format.  The following tags may be used: The format of the JMV saved-state file, with extension ``.jmv'', follows an XML-style format.  The following tags may be used:
 \begin{itemize} \begin{itemize}
  \index{Saved state!File format}
  
 \BOLDLISTITEM{$<$JMVSAVEDSTATE$>${\em ...}$<$JMVSAVEDSTATE$>$}These are the tags that enclose the entire saved state file. Each of the following tags will be within these tags. \BOLDLISTITEM{$<$JMVSAVEDSTATE$>${\em ...}$<$JMVSAVEDSTATE$>$}These are the tags that enclose the entire saved state file. Each of the following tags will be within these tags.
  

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