Difference for doc/ug_appendix.tex from version 1.1 to 1.2

version 1.1version 1.2
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 </JMVSAVESTATE> </JMVSAVESTATE>
 \end{verbatim} \end{verbatim}
  
 The first line identifies this file as an XML file. This JMV file was written with the version 2.0 file protocol, and it loads the brH file from the web, and transforms it with the identity matrix. It draws the first five molecules in Lines representation colored by residue name, with a customized gradient, and the next ten molecules in Tube representation, colored by Index, with a Red$\rightarrow$Green$\rightarrow$Blue gradient. By writing files in this way, you can draw different representations of different atoms in the molecule. An atom may be listed more than once, in which case it will be drawn in each representation that it is listed under. If a molecule index is not listed in the file, it will not be drawn. The first line identifies this file as an XML file. This JMV file was written with the version 1.0 file protocol, it loads the brH file from the web, and transforms it with the identity matrix. It draws the first five molecules in Lines representation colored by residue name, with a customized gradient, and the next ten molecules in Tube representation, colored by Index, with a Red$\rightarrow$Green$\rightarrow$Blue gradient. By writing files in this way, you can draw different representations of different atoms in the molecule. An atom may be listed more than once, in which case it will be drawn in each representation that it is listed under. If a molecule index is not listed in the file, it will not be drawn.


Legend:
Removed in v.1.1 
changed lines
 Added in v.1.2



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