#############################################################
## JOB DESCRIPTION                                         ##
#############################################################

# Minimization and Equilibration of 
# Human Pi GST in a Water Box
# N, V, E simulation


#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
#############################################################

structure          gst_solv_ion.psf
coordinates        gst_solv_ion.pdb

set temperature    298
set outputname     gst_wb_mineq

firsttimestep      0


#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
#############################################################

# Input
paraTypeCharmm	    on
parameters          par_all27_prot_lipid.inp 
temperature         $temperature


# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.
switching           on
switchdist          10.
pairlistdist        14.0


# Integrator Parameters
timestep            1.0  ;# 2fs/step
#rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  2  
stepspercycle       10


# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     5     ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off    ;# don't couple langevin bath to hydrogens


# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1    58.9   0.   0.
cellBasisVector2     0.   76.7  0.
cellBasisVector3     0.    0   68.2
cellOrigin          17.7  12.4 15.8

wrapAll             on


# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                 yes
PMEGridSizeX        64
PMEGridSizeY        80
PMEGridSizeZ        74

# Output
outputName          $outputname

restartfreq        1000     ;# 1000steps = every 1ps
dcdfreq            1000
xstFreq            1000
outputEnergies      10

#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                        ##
#############################################################

# Minimization
minimize            1000
reinitvels          $temperature

run 10000 ;# 10ps