############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # Ubiquitin in a Water Box ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ../common/ubq_wb.psf coordinates ../common/ubq_wb.pdb set temperature 310 set outputname ubq_wb_eq_1fs firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters ../common/par_all27_prot_lipid.inp temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12. switching on switchdist 10. pairlistdist 13.5 # Integrator Parameters timestep 1.0 ;# 1fs/step nonbondedFreq 2 fullElectFrequency 4 stepspercycle 20 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 42. 0. 0. cellBasisVector2 0. 44. 0. cellBasisVector3 0. 0 47. cellOrigin 31. 29. 17.5 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSizeX 32 PMEGridSizeY 32 PMEGridSizeZ 32 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no useConstantArea no langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100. langevinPistonDecay 50. langevinPistonTemp $temperature # Output outputName $outputname restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 250 xstFreq 250 outputEnergies 100 outputPressure 100 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 100 reinitvels $temperature run 2500 ;# 5ps