############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # Ubiquitin in generalized Born implicit solvent ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ../common/example-output/ubq.psf coordinates ../common/example-output/ubq.pdb set temperature 310 set outputname ubq_gbis_eq firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters ../common/par_all27_prot_lipid.inp temperature $temperature # Implicit Solvent gbis on alphaCutoff 12.0 ionConcentration 0.3 # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 14.0 switching on switchdist 13.0 pairlistdist 16.0 # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Output outputName $outputname restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 250 xstFreq 250 outputEnergies 100 outputPressure 100 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 100 reinitvels $temperature run 2500 ;# 5ps