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## JOB DESCRIPTION                                         ##
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# Minimization and Equilibration of 
# Ubiquitin in a Water Box


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## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
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structure          ../common/ubq_wb.psf
coordinates        ../common/ubq_wb.pdb

set temperature    310
set outputname     ubq_wb_eq

firsttimestep      0


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## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
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# Input
paraTypeCharmm	    on
parameters          ../common/par_all27_prot_lipid.inp 
temperature         $temperature


# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.0
switching           on
switchdist          10.0
pairlistdist        14.0


# Integrator Parameters
timestep            2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  2  
stepspercycle       10


# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     1     ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off    ;# don't couple langevin bath to hydrogens


# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1    42.0    0.   0.0
cellBasisVector2     0.0  44.0   0.0
cellBasisVector3     0.0    0   47.0
cellOrigin          31.0   29.0  17.5

wrapAll             on


# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                 yes
PMEGridSpacing      1.0

#manual grid definition
#PMEGridSizeX        45
#PMEGridSizeY        45
#PMEGridSizeZ        48


# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell       no
useConstantArea       no

langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.0
langevinPistonDecay   50.0
langevinPistonTemp    $temperature


# Output
outputName          $outputname

restartfreq         500     ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq             250
xstFreq             250
outputEnergies      100
outputPressure      100


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## EXTRA PARAMETERS                                        ##
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## EXECUTION SCRIPT                                        ##
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# Minimization
minimize            100
reinitvels          $temperature

run 2500 ;# 5ps