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## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
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structure 	input/6bar.psf
coordinates	input/6bar.pdb

set temperature    310
set outputname     output/sim

firsttimestep      0
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## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
#############################################################

# Input
paraTypeCharmm	    on
parameters	    input/scaled2.par
parameters	    input/lipid-ion.par
temperature         $temperature

# Force-Field Parameters
exclude             1-2
cutoff              35.0
switching           on
switchdist          20.0
pairlistdist        100.0
hgroupcutoff        0


# Integrator Parameters
timestep            100.0
nonbondedFreq       1
stepspercycle       20

cellBasisVector1     1000.0       0.       0.
cellBasisVector2     0.       110.0       0.
cellBasisVector3     0.       0.       500.0
cellOrigin           225.0     50.0      0.0

wrapAll             on

# Constant Temperature Control
langevin            on
langevinDamping     2.0
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off


# Output
outputName          $outputname

restartfreq         10000
dcdfreq             10000
xstFreq             10000
outputEnergies      1000
outputPressure      1000

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## EXECUTION SCRIPT                                        ##
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# Minimization
minimize            1000
reinitvels $temperature

 run 50000000