############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure input/cg_monomer-psfgen.psf coordinates input/cg_monomer-psfgen.pdb set temperature 310 set outputname output/iteration3 firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters input/scaled2.par temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude 1-2 cutoff 30.0 switching on switchdist 20.0 pairlistdist 100.0 hgroupcutoff 0 # Integrator Parameters timestep 100.0 nonbondedFreq 1 stepspercycle 20 dielectric 20 # Constant Temperature Control langevin on langevinDamping 2.0 langevinTemp $temperature langevinHydrogen off # Output outputName $outputname restartfreq 400 dcdfreq 400 xstFreq 400 outputEnergies 400 outputPressure 400 ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 1000 reinitvels $temperature run 40000