* Parameter file in the CG representation * Generated using the networking algorithm developed * in the Klaus Schulten group (Theoretical and * Computational Biophysics Group; www.ks.uiuc.edu) * Contact vmd@ks.uiuc.edu with questions BONDS ! !V(bond) = Kb(b - b0)**2 ! !Kb: kcal/mole/A**2 !b0: A ! !atom type Kb b0 ! A1 A17 20.000 13.5902 A1 A24 20.000 11.7874 A2 A3 20.000 15.1176 A2 A4 20.000 11.9717 A2 A12 20.000 16.3974 A2 A15 20.000 9.8874 A2 A16 20.000 14.1612 A3 A4 20.000 14.6476 A3 A18 20.000 12.7645 A3 A23 20.000 17.8612 A3 A25 20.000 16.8580 A4 A16 20.000 13.3230 A4 A18 20.000 12.4481 A5 A7 20.000 12.3693 A5 A23 20.000 14.2281 A6 A19 20.000 10.0884 A6 A25 20.000 10.5343 A7 A18 20.000 13.7932 A7 A23 20.000 11.6410 A8 A10 20.000 13.7499 A8 A13 20.000 11.6378 A8 A20 20.000 14.5978 A8 A21 20.000 15.2307 A9 A13 20.000 15.0964 A9 A14 20.000 13.1425 A9 A17 20.000 12.5897 A9 A24 20.000 16.5001 A10 A12 20.000 13.6604 A10 A13 20.000 15.5574 A10 A20 20.000 13.0696 A10 A21 20.000 12.6192 A11 A22 20.000 9.7222 A12 A15 20.000 13.2014 A12 A20 20.000 13.6636 A13 A14 20.000 11.7746 A13 A21 20.000 11.6665 A14 A17 20.000 16.1518 A14 A21 20.000 16.5301 A14 A24 20.000 11.4336 A15 A16 20.000 13.2054 A15 A20 20.000 14.0019 A17 A24 20.000 11.7957 A18 A23 20.000 13.8765 A19 A22 20.000 10.7585 ANGLES ! !V(angle) = Ktheta(Theta - Theta0)**2 ! !Ktheta: kcal/mole/rad**2 !Theta0: degrees ! !atom types Ktheta Theta0 ! A1 A17 A9 20.000 123.4744 A1 A17 A14 20.000 99.7616 A1 A17 A24 20.000 54.7830 A1 A24 A9 20.000 108.0828 A1 A24 A14 20.000 158.2399 A1 A24 A17 20.000 70.3771 A2 A3 A4 20.000 47.3999 A2 A3 A18 20.000 100.8423 A2 A3 A23 20.000 146.6722 A2 A3 A25 20.000 125.8604 A2 A4 A3 20.000 68.3600 A2 A4 A16 20.000 67.8477 A2 A4 A18 20.000 123.7971 A2 A12 A10 20.000 139.6288 A2 A12 A15 20.000 37.0807 A2 A12 A20 20.000 97.8775 A2 A15 A12 20.000 89.3058 A2 A15 A16 20.000 74.0854 A2 A15 A20 20.000 143.7078 A2 A16 A4 20.000 51.5350 A2 A16 A15 20.000 42.1783 A3 A2 A4 20.000 64.2401 A3 A2 A12 20.000 147.8956 A3 A2 A15 20.000 99.2360 A3 A2 A16 20.000 80.9319 A3 A4 A16 20.000 85.5245 A3 A4 A18 20.000 55.4954 A3 A18 A4 20.000 71.0242 A3 A18 A7 20.000 133.1874 A3 A18 A23 20.000 84.0917 A3 A23 A5 20.000 147.0064 A3 A23 A7 20.000 109.6211 A3 A23 A18 20.000 45.3043 A3 A25 A6 20.000 113.0733 A4 A2 A12 20.000 113.4856 A4 A2 A15 20.000 123.6190 A4 A2 A16 20.000 60.6173 A4 A3 A18 20.000 53.4805 A4 A3 A23 20.000 101.5784 A4 A3 A25 20.000 135.0574 A4 A16 A15 20.000 93.3026 A4 A18 A7 20.000 144.8808 A4 A18 A23 20.000 147.4128 A5 A7 A18 20.000 130.4509 A5 A7 A23 20.000 72.6093 A5 A23 A7 20.000 56.0596 A5 A23 A18 20.000 115.4434 A6 A19 A22 20.000 173.7863 A7 A5 A23 20.000 51.3311 A7 A18 A23 20.000 49.7582 A7 A23 A18 20.000 64.7493 A8 A10 A12 20.000 122.0819 A8 A10 A13 20.000 46.2859 A8 A10 A20 20.000 65.8965 A8 A10 A21 20.000 70.4142 A8 A13 A9 20.000 99.6912 A8 A13 A10 20.000 58.6464 A8 A13 A14 20.000 133.6998 A8 A13 A21 20.000 81.6205 A8 A20 A10 20.000 59.2929 A8 A20 A12 20.000 116.0843 A8 A20 A15 20.000 172.8557 A8 A21 A10 20.000 58.2704 A8 A21 A13 20.000 49.1081 A8 A21 A14 20.000 85.2388 A9 A13 A10 20.000 157.6655 A9 A13 A14 20.000 56.9629 A9 A13 A21 20.000 135.0431 A9 A14 A13 20.000 74.3543 A9 A14 A17 20.000 49.6095 A9 A14 A21 20.000 112.6463 A9 A14 A24 20.000 84.0414 A9 A17 A14 20.000 52.6637 A9 A17 A24 20.000 85.0972 A9 A24 A14 20.000 52.3921 A9 A24 A17 20.000 49.4831 A10 A8 A13 20.000 75.0677 A10 A8 A20 20.000 54.8106 A10 A8 A21 20.000 51.3154 A10 A12 A15 20.000 116.4453 A10 A12 A20 20.000 57.1516 A10 A13 A14 20.000 141.2060 A10 A13 A21 20.000 52.9138 A10 A20 A12 20.000 61.4120 A10 A20 A15 20.000 114.9935 A10 A21 A13 20.000 79.5669 A10 A21 A14 20.000 124.0725 A11 A22 A19 20.000 171.3196 A12 A2 A15 20.000 53.6135 A12 A2 A16 20.000 71.8392 A12 A10 A13 20.000 141.6910 A12 A10 A20 20.000 61.4364 A12 A10 A21 20.000 95.1526 A12 A15 A16 20.000 86.0533 A12 A15 A20 20.000 60.2161 A12 A20 A15 20.000 56.9870 A13 A8 A20 20.000 126.0700 A13 A8 A21 20.000 49.2714 A13 A9 A14 20.000 48.6828 A13 A9 A17 20.000 121.9856 A13 A9 A24 20.000 91.6557 A13 A10 A20 20.000 109.4988 A13 A10 A21 20.000 47.5193 A13 A14 A17 20.000 119.6607 A13 A14 A21 20.000 44.8912 A13 A14 A24 20.000 155.5873 A13 A21 A14 20.000 45.4225 A14 A9 A17 20.000 77.7268 A14 A9 A24 20.000 43.5665 A14 A13 A21 20.000 89.6863 A14 A17 A24 20.000 45.0311 A14 A24 A17 20.000 88.0914 A15 A2 A16 20.000 63.7363 A15 A12 A20 20.000 62.7969 A16 A4 A18 20.000 103.2089 A16 A15 A20 20.000 83.9166 A17 A1 A24 20.000 54.8399 A17 A9 A24 20.000 45.4197 A17 A14 A21 20.000 162.2554 A17 A14 A24 20.000 46.8776 A18 A3 A23 20.000 50.6040 A18 A3 A25 20.000 106.1864 A18 A7 A23 20.000 65.4925 A19 A6 A25 20.000 164.4184 A20 A8 A21 20.000 81.6365 A20 A10 A21 20.000 98.7769 A21 A14 A24 20.000 142.0056 A23 A3 A25 20.000 83.3407 DIHEDRALS ! !V(dihedral) = Kchi(1 + cos(n(chi) - delta)) ! !Kchi: kcal/mole !n: multiplicity !delta: degrees ! !atom types Kchi n delta ! X X X X 0.0 1 0.0 ! No dihedrals NONBONDED ! !V(Lennard-Jones) = Eps,i,j[(Rmin,i,j/ri,j)**12 - 2(Rmin,i,j/ri,j)**6] ! !epsilon: kcal/mole, Eps,i,j = sqrt(eps,i * eps,j) !Rmin/2: A, Rmin,i,j = Rmin/2,i + Rmin/2,j ! !atom ignored epsilon Rmin/2 ! A1 0.000000 -4.000000 6.019818 A2 0.000000 -4.000000 7.651597 A3 0.000000 -4.000000 8.752058 A4 0.000000 -4.000000 7.006510 A5 0.000000 -4.000000 6.418114 A6 0.000000 -4.000000 6.180414 A7 0.000000 -4.000000 7.199420 A8 0.000000 -4.000000 7.006879 A9 0.000000 -4.000000 7.351463 A10 0.000000 -4.000000 7.304303 A11 0.000000 -4.000000 6.135349 A12 0.000000 -4.000000 7.530661 A13 0.000000 -4.000000 7.320969 A14 0.000000 -4.000000 7.379352 A15 0.000000 -4.000000 6.657754 A16 0.000000 -4.000000 8.132435 A17 0.000000 -4.000000 7.002864 A18 0.000000 -4.000000 7.695359 A19 0.000000 -4.000000 6.189899 A20 0.000000 -4.000000 7.245808 A21 0.000000 -4.000000 7.632605 A22 0.000000 -4.000000 6.203700 A23 0.000000 -4.000000 6.697955 A24 0.000000 -4.000000 6.005949 A25 0.000000 -4.000000 6.589360 END