############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # ABF of NH3 in AmtB, window 1 ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ../../common/AmtB-system.psf coordinates win1start.pdb set temperature 310 set outputname win1A extendedSystem ../../common/AmtB-equil.restart.xsc firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters ../../common/par_all27_prot_lipid_cmap.inp parameters ../../common/toppar_amines.str temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12. switching on switchdist 10. pairlistdist 13.5 # Integrator Parameters timestep 1.0 ;# 2fs/step (only if needed to finish quickly) rigidBonds water ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 2 fullElectFrequency 4 stepspercycle 20 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamicsgmail.google.com langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Periodic Boundary Conditions #cellBasisVector1 70.2 0. 0. #cellBasisVector2 0. 69.3 0. #cellBasisVector3 0. 0 95.0 #cellOrigin -8.83 -7.92 -5.34 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure no ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no useConstantArea no langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100. langevinPistonDecay 50. langevinPistonTemp $temperature # Output outputName $outputname restartfreq 1000 ;# 1000steps = every 1ps dcdfreq 1000 xstFreq 1000 outputEnergies 100 outputPressure 100 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# colvars on colvarsConfig win1.in ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization #minimize 500 #reinitvels $temperature run 6000000 ;#