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## JOB DESCRIPTION                                        
##
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# Equilibration of Ubiquitin in a Water Sphere
# Run used to calculate dependence of temperature for 
# different internal and kinetic energies
# Warning! DOES NOT SAVE DCD or RESTART files!

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## ADJUSTABLE PARAMETERS                                  
##
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structure          ../common/ubq_ws.psf
coordinates        ../common/ubq_ws.pdb

set temperature    200
set outputname     ubq-nvt


# Continuing a job from the restart files
if {1} {
set inputname      ../1-2-sphere/ubq_ws_eq
binCoordinates     $inputname.restart.coor
#binVelocities      $inputname.restart.vel  ;# remove the"temperature" entry if you use this!
extendedSystem     $inputname.restart.xsc
} 

firsttimestep      0

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## SIMULATION PARAMETERS                                  
##
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# Input
paraTypeCharmm      on
parameters          ../common/par_all27_prot_lipid.inp 
temperature         $temperature


# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.
switching           on
switchdist          10.
pairlistdist        13.5


# Integrator Parameters
timestep            2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  2  
stepspercycle       10


# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     5     ;# damping coefficient (gamma)of 5/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off    ;# don't couple langevin bathto hydrogens


# Output
outputName          $outputname

#restartfreq         50     ;# 500steps = every 1ps
#dcdfreq             50
outputEnergies      50
outputPressure      50


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## EXTRA PARAMETERS                                       
##
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# Spherical boundary conditions
sphericalBC         on
sphericalBCcenter   30.3081743413, 28.8049907121,15.353994423
sphericalBCr1       26.0
sphericalBCk1       10
sphericalBCexp1     2


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## EXECUTION SCRIPT                                       
##
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# Minimization

if {0} {
minimize            100
reinitvels          $temperature

}

run 5000 ;# 10ps