Difference for vnd/vnd_read.tcl from version 1.47 to 1.48

version 1.47version 1.48
Line 1
Line 1
 ## VND -- Visual Neuronal Dynamics I/O, parsing, selection, and data storage ## VND -- Visual Neuronal Dynamics I/O, parsing, selection, and data storage
 ## ##
 ## $Id: vnd_read.tcl,v 1.47 2025/04/28 21:30:41 barryi Exp $ ## $Id: vnd_read.tcl,v 1.48 2025/06/30 23:56:37 barryi Exp $
 ## ##
 ## ##
 ## Home Page ## Home Page
Line 970
Line 970
 } }
  
  
 proc ::neuro::proto_show_morph_moved_soma_only {node_type fileset_num x y z xrot yrot zrot soma_radius_scale} { proc ::neuro::proto_show_morph_moved_soma_only {node_type fileset_num x y z xrot yrot zrot soma_radius_scale soma_resolution} {
   #variable morphoHash   #variable morphoHash
   variable typeHash   variable typeHash
    
Line 986
Line 986
   set draw_radius_scale $soma_radius_scale   set draw_radius_scale $soma_radius_scale
   #draw spheretube "{ $x $y $z }" radii "{ $soma_radius_scale }" drawtubes 0   #draw spheretube "{ $x $y $z }" radii "{ $soma_radius_scale }" drawtubes 0
   # spheretube seems not being recognized by MoleculeGraphics::find_bounds check   # spheretube seems not being recognized by MoleculeGraphics::find_bounds check
   draw sphere [list $x $y $z] radius  $soma_radius_scale    draw sphere [list $x $y $z] radius  $soma_radius_scale resolution $soma_resolution
   #draw spheretube "$sphereList" radii $radiusList drawtubes 1   #draw spheretube "$sphereList" radii $radiusList drawtubes 1
 } }
  
Line 2327
Line 2327
     }     }
     draw material $material     draw material $material
     switch $style {     switch $style {
       soma { proto_show_morph_moved_soma_only $etype $efileset_num $ex $ey $ez $exrot $eyrot $ezrot $rad_scale}       soma { proto_show_morph_moved_soma_only $etype $efileset_num $ex $ey $ez $exrot $eyrot $ezrot $rad_scale $sph_resolution}
       morphology_line {proto_show_morph_moved_line $etype $efileset_num $ex $ey $ez $exrot $eyrot $ezrot $rad_scale}       morphology_line {proto_show_morph_moved_line $etype $efileset_num $ex $ey $ez $exrot $eyrot $ezrot $rad_scale}
       morphology_draft {proto_show_morph_moved $etype $efileset_num $ex $ey $ez $exrot $eyrot $ezrot $rad_scale}       morphology_draft {proto_show_morph_moved $etype $efileset_num $ex $ey $ez $exrot $eyrot $ezrot $rad_scale}
       morphology {proto_show_morph_moved_spheretube $etype $efileset_num $ex $ey $ez $exrot $eyrot $ezrot $rad_scale}       morphology {proto_show_morph_moved_spheretube $etype $efileset_num $ex $ey $ez $exrot $eyrot $ezrot $rad_scale}
Line 3434
Line 3434
       }       }
       # now adjust for color-based width changes by changing rad_scale        # now adjust for color-based width changes by changing rad_scale 
       set rad_scale [expr $theScaling * $default_rad_scale * ($width_scale_min + (($c +1)/32.0)*$width_scale_max_min)]       set rad_scale [expr $theScaling * $default_rad_scale * ($width_scale_min + (($c +1)/32.0)*$width_scale_max_min)]
       puts "c= $c  rad_scale= $rad_scale"       #puts "c= $c  rad_scale= $rad_scale"
       #draw sphere [list [expr 10 * $ex]  [expr 10 * $ey] [expr 10 * $ez]] radius $node_radius resolution 12       #draw sphere [list [expr 10 * $ex]  [expr 10 * $ey] [expr 10 * $ez]] radius $node_radius resolution 12
       ##draw sphere [list [expr $ex]  [expr $ey] [expr $ez]] radius $node_radius resolution 4        ##draw sphere [list [expr $ex]  [expr $ey] [expr $ez]] radius $node_radius resolution 4 
       #show_morph_moved $etype $ex $ey $ez 0 $eyrot 0 3       #show_morph_moved $etype $ex $ey $ez 0 $eyrot 0 3
Line 3502
Line 3502
    #draw spheretube "$sphereList" radius $soma_radius  drawtubes 0     #draw spheretube "$sphereList" radius $soma_radius  drawtubes 0 
 } }
  
 proc ::neuro::proto_show_nodes_from_list_soma_only {subsetNodeIdList colorMethod theScaling} { proc ::neuro::proto_show_nodes_from_list_soma_only {subsetNodeIdList colorMethod theScaling theResolution} { 
   # Display the nodes as soma spheres only   # Display the nodes as soma spheres only
   # colorMethod is "Type" or an integer.     # colorMethod is "Type" or an integer.  
   #    ... which colors by type if "Type", is constant assigned color if integer.   #    ... which colors by type if "Type", is constant assigned color if integer.
Line 3548
Line 3548
     #draw sphere [list [expr 10 * $ex]  [expr 10 * $ey] [expr 10 * $ez]] radius $node_radius resolution 12     #draw sphere [list [expr 10 * $ex]  [expr 10 * $ey] [expr 10 * $ez]] radius $node_radius resolution 12
     ##draw sphere [list [expr $ex]  [expr $ey] [expr $ez]] radius $node_radius resolution 4      ##draw sphere [list [expr $ex]  [expr $ey] [expr $ez]] radius $node_radius resolution 4 
     #show_morph_moved $etype $ex $ey $ez 0 $eyrot 0 3     #show_morph_moved $etype $ex $ey $ez 0 $eyrot 0 3
     proto_show_morph_moved_soma_only $etype $efileset_num $ex $ey $ez $exrot $eyrot $ezrot [expr 3*$theScaling]     proto_show_morph_moved_soma_only $etype $efileset_num $ex $ey $ez $exrot $eyrot $ezrot [expr 3*$theScaling] $theResolution
     incr n     incr n
     # end of virtual / cartesian check     # end of virtual / cartesian check
     incr ::NeuronVND::statusPbarVal; # update gui progressbar     incr ::NeuronVND::statusPbarVal; # update gui progressbar
Line 4578
Line 4578
     }     }
     node {     node {
       set itemList [lrange $e 2 end]       set itemList [lrange $e 2 end]
       puts "in node_id, itemList= >$itemList<"       #puts "in node_id, itemList= >$itemList<"
       set outputList [node_id_select_list $e1 $itemList $theList]        set outputList [node_id_select_list $e1 $itemList $theList] 
     }     }
     node_id {     node_id {
       set itemList [lrange $e 2 end]       set itemList [lrange $e 2 end]
       puts "in node_id, itemList= >$itemList<"       #puts "in node_id, itemList= >$itemList<"
       set outputList [node_id_select_list $e1 $itemList $theList]        set outputList [node_id_select_list $e1 $itemList $theList] 
     }     }
      gid {
        set itemList [lrange $e 2 end]
        #puts "in global_node_id, itemList= >$itemList<"
        set outputList [global_node_id_select_list $e1 $itemList $theList] 
      }
     global_node_id {     global_node_id {
       set itemList [lrange $e 2 end]       set itemList [lrange $e 2 end]
       puts "in global_node_id, itemList= >$itemList<"       #puts "in global_node_id, itemList= >$itemList<"
       set outputList [global_node_id_select_list $e1 $itemList $theList]        set outputList [global_node_id_select_list $e1 $itemList $theList] 
     }     }
     fileset {     fileset {
Line 4781
Line 4786
   #   #
   set molec [mol new]   set molec [mol new]
   set shown true   set shown true
     graphics $molec material $material 
   # here, draw needed neurons    # here, draw needed neurons 
   # make selection   # make selection
  
Line 4812
Line 4817
   set displayed_virtuals_at_creation $display_virtuals_at_creation   set displayed_virtuals_at_creation $display_virtuals_at_creation
   lappend nrepList [list $newNrepid $shown $molec $style $colorMethod $material $full_selection_string $stride $num_neurons $displayed_virtuals_at_creation $scaling $resolution]   lappend nrepList [list $newNrepid $shown $molec $style $colorMethod $material $full_selection_string $stride $num_neurons $displayed_virtuals_at_creation $scaling $resolution]
   incr nrepCount   incr nrepCount
     #set defaultScaling 1.0 
   set defaultScaling 1.0    set defaultScaling $scaling
   #use $scaling instead? 
   switch $style {   switch $style {
     soma {proto_show_nodes_from_list_soma_only $myNodeIdList $colorMethod $defaultScaling}     soma {proto_show_nodes_from_list_soma_only $myNodeIdList $colorMethod $defaultScaling $resolution}
     morphology {proto_show_nodes_from_list_morpho_spheretube $myNodeIdList $colorMethod $defaultScaling}     morphology {proto_show_nodes_from_list_morpho_spheretube $myNodeIdList $colorMethod $defaultScaling}
     morphology_draft {proto_show_nodes_from_list $myNodeIdList $colorMethod $defaultScaling}     morphology_draft {proto_show_nodes_from_list $myNodeIdList $colorMethod $defaultScaling}
     morphology_line {proto_show_nodes_from_list_morpho_line $myNodeIdList $colorMethod $defaultScaling}     morphology_line {proto_show_nodes_from_list_morpho_line $myNodeIdList $colorMethod $defaultScaling}
Line 7832
Line 7836
   }   }
 } }
  
 proc ::neuro::cmd_mod_rep_node_gid_list {repIndex style colorMethod material scaling resolution gid_list {stride 1} {v1_special_skip False}} { proc ::neuro::cmd_mod_rep_node_gid_list {repid style colorMethod material scaling resolution gid_list {stride 1} {v1_special_skip False}} {
   # XX special stride parameter is temporary for testing - stride will be a part of proper selection language with boolean and nested-parenthesis  selections   # XX special stride parameter is temporary for testing - stride will be a part of proper selection language with boolean and nested-parenthesis  selections
   variable nrepList      variable nrepList   
   variable nrepCount   variable nrepCount
    set repIndex [lsearch -exact -index 0 -integer $nrepList $repid]
   # number of created nreps. At initVars, set to 0.  Also is the index of the next nrep to be created, so first nrep created has index 0.   # number of created nreps. At initVars, set to 0.  Also is the index of the next nrep to be created, so first nrep created has index 0.
   variable display_virtuals_at_creation    variable display_virtuals_at_creation 
   variable globalNodeIdList   variable globalNodeIdList
   set myNodeIdList $gid_list   set myNodeIdList $gid_list
   set displayed_virtuals_at_creation [lindex $nrepList $repIndex 9]   set displayed_virtuals_at_creation [lindex $nrepList $repIndex 9]
  
   # use nrep for "neuro represenation" so not confused with internal VMD reps.   # use nrep for "neuro represenation" so not confused with internal VMD reps.
   # Note that for this implementation, there is one nrep  per molecule.   # Note that for this implementation, there is one nrep  per molecule.
   #   #
Line 7864
Line 7870
   set nrepList [lreplace $nrepList $repIndex $repIndex [list $oldNrepid $shown $molec $style $colorMethod $material "global_id == $globalNodeIdList" $stride $num_neurons $displayed_virtuals_at_creation $scaling $resolution]]   set nrepList [lreplace $nrepList $repIndex $repIndex [list $oldNrepid $shown $molec $style $colorMethod $material "global_id == $globalNodeIdList" $stride $num_neurons $displayed_virtuals_at_creation $scaling $resolution]]
  
   switch $style {   switch $style {
     soma {proto_show_nodes_from_list_soma_only $myNodeIdList $colorMethod $scaling}     soma {proto_show_nodes_from_list_soma_only $myNodeIdList $colorMethod $scaling $resolution}
     morphology_draft {proto_show_nodes_from_list $myNodeIdList $colorMethod $scaling}     morphology_draft {proto_show_nodes_from_list $myNodeIdList $colorMethod $scaling}
     morphology {proto_show_nodes_from_list_morpho_spheretube $myNodeIdList $colorMethod $scaling}     morphology {proto_show_nodes_from_list_morpho_spheretube $myNodeIdList $colorMethod $scaling}
     morphology_line {proto_show_nodes_from_list_morpho_line $myNodeIdList $colorMethod $scaling}     morphology_line {proto_show_nodes_from_list_morpho_line $myNodeIdList $colorMethod $scaling}
Line 7933
Line 7939
   set nrepList [lreplace $nrepList $repIndex $repIndex [list $oldNrepid $shown $molec $style $colorMethod $material $full_selection_string $stride $num_neurons $displayed_virtuals_at_creation $scaling $resolution]]   set nrepList [lreplace $nrepList $repIndex $repIndex [list $oldNrepid $shown $molec $style $colorMethod $material $full_selection_string $stride $num_neurons $displayed_virtuals_at_creation $scaling $resolution]]
  
   switch $style {   switch $style {
     soma {proto_show_nodes_from_list_soma_only $myNodeIdList $colorMethod $scaling}     soma {proto_show_nodes_from_list_soma_only $myNodeIdList $colorMethod $scaling $resolution}
     morphology_draft {proto_show_nodes_from_list $myNodeIdList $colorMethod $scaling}     morphology_draft {proto_show_nodes_from_list $myNodeIdList $colorMethod $scaling}
     morphology {proto_show_nodes_from_list_morpho_spheretube $myNodeIdList $colorMethod $scaling}     morphology {proto_show_nodes_from_list_morpho_spheretube $myNodeIdList $colorMethod $scaling}
     morphology_line {proto_show_nodes_from_list_morpho_line $myNodeIdList $colorMethod $scaling}     morphology_line {proto_show_nodes_from_list_morpho_line $myNodeIdList $colorMethod $scaling}


Legend:
Removed in v.1.47 
changed lines
 Added in v.1.48



Made by using version 1.65 of cvs2html