Difference for vnd/vnd_gui.tcl from version 1.41 to 1.42

version 1.41version 1.42
Line 1
Line 1
 ## ##
 ## VND -- Visual Neuronal Dynamics graphical interface ## VND -- Visual Neuronal Dynamics graphical interface
 ## ##
 ## $Id: vnd_gui.tcl,v 1.41 2025/06/29 21:05:50 jasonks2 Exp $ ## $Id: vnd_gui.tcl,v 1.42 2025/06/30 23:56:37 barryi Exp $
 ## ##
 ## ##
 ## Home Page ## Home Page
Line 37
Line 37
         variable colorID ""         variable colorID ""
         variable numberRep         variable numberRep
         variable showRep true         variable showRep true
         variable sphereScale 3         variable sphereScale 1.0
         variable sphereRes 5         variable sphereRes 10
         variable proxyantialias ""         variable proxyantialias ""
         variable proxydepthcueing ""         variable proxydepthcueing ""
         variable proxyfps ""         variable proxyfps ""
Line 1699
Line 1699
     variable listmodels     variable listmodels
     variable selRep     variable selRep
     variable materialRep     variable materialRep
      variable scaling
     variable showRep     variable showRep
     variable sphereScale     variable sphereScale
     variable sphereRes     variable sphereRes
Line 1731
Line 1732
             set showRep [lindex $args [expr $auxpos + 1]]             set showRep [lindex $args [expr $auxpos + 1]]
         }         }
                  
          set auxpos [lsearch $args resolution]
          if {$auxpos != -1} {
              set sphereRes [lindex $args [expr $auxpos + 1]]
          }
  
          set auxpos [lsearch $args scaling]
          if {$auxpos != -1} {
              set sphereScale [lindex $args [expr $auxpos + 1]]
          }
           
         set auxpos [lsearch $args color]         set auxpos [lsearch $args color]
         if {$auxpos != -1} {         if {$auxpos != -1} {
             set content [lindex $args [expr $auxpos + 1]]             set content [lindex $args [expr $auxpos + 1]]
Line 1756
Line 1767
         set styleRep soma          set styleRep soma 
         set colorID Type         set colorID Type
         set selRep "all"         set selRep "all"
         set sphereScale 3         set sphereScale 1.0
         set sphereRes 5         set sphereRes 10
         set showRep true         set showRep true
         set materialRep Opaque         set materialRep Opaque
         set repselected 0         set repselected 0
Line 1767
Line 1778
  
         # limit crowding in the default preview         # limit crowding in the default preview
         if {[::neuro::cmd_query "num_neurons"] > 10000} {set selRep "stride 5"}         if {[::neuro::cmd_query "num_neurons"] > 10000} {set selRep "stride 5"}
         if {[::neuro::cmd_query "num_neurons"] > 100000} {set selRep "stride 50"}         if {[::neuro::cmd_query "num_neurons"] > 100000} {set selRep "stride 50"; set sphereRes 6}
         if {[::neuro::cmd_query "num_neurons"] > 1000000} {set selRep "stride 500"}         if {[::neuro::cmd_query "num_neurons"] > 1000000} {set selRep "stride 500"; set sphereRes 6}
  
         set repselected [.neuron.fp.systems.rep.main.table.tb index end]         set repselected [.neuron.fp.systems.rep.main.table.tb index end]
     } else {     } else {
Line 1785
Line 1796
     #set repselected [.neuron.fp.systems.rep.main.table.tb index end]     #set repselected [.neuron.fp.systems.rep.main.table.tb index end]
     #puts "repselected $repselected, styleRep $styleRep, colorID $colorID, numberRep $numberRep selRep $selRep"     #puts "repselected $repselected, styleRep $styleRep, colorID $colorID, numberRep $numberRep selRep $selRep"
     #temporarily force scaling and resolution     #temporarily force scaling and resolution
     set scaling 1.0     set scaling $sphereScale
     set resolution 6     set resolution $sphereRes
     set repid [::neuro::cmd_create_rep_node_fullsel $styleRep $colorID $materialRep $scaling $resolution $selRep]     set repid [::neuro::cmd_create_rep_node_fullsel $styleRep $colorID $materialRep $scaling $resolution $selRep]
     #now that search is done, can set numberRep from rep property     #now that search is done, can set numberRep from rep property
     set numberRep [lindex [lsearch -inline -index 0 -integer [::neuro::cmd_query rep_property_list] $repid] 7]       set numberRep [lindex [lsearch -inline -index 0 -integer [::neuro::cmd_query rep_property_list] $repid] 7]  
Line 1806
Line 1817
        .neuron.fp.systems.rep.main.table.tb rowconfigure $rowid -selectforeground red        .neuron.fp.systems.rep.main.table.tb rowconfigure $rowid -selectforeground red
     }     }
  
    return $repid
 } }
  
 proc ::NeuronVND::delRep {args} { proc ::NeuronVND::delRep {args} {
Line 1824
Line 1836
  
 } }
  
  proc ::NeuronVND::delRepByRepid {repid} {
      variable repselected
      set r [lsearch -index 0 -integer $::neuro::nrepList $repid]
      if {$r != -1} {
        set repselected $r
        delRep
        return "Deleted rep $repid"
      } else {
        return "VND Error: rep $repid not found"
      }
  }
 proc ::NeuronVND::showHideRep {} { proc ::NeuronVND::showHideRep {} {
     variable repselected     variable repselected
  
Line 3428
Line 3451
     return $::NeuronVND::alignment_populationID     return $::NeuronVND::alignment_populationID
 } }
  
  #utility function to emit spike event data for Python interface
  proc ::NeuronVND:spike_emit {the_sel popname} {
      #  set ::NeuronVND::spikePop1 $popname
      #  set ::NeuronVND::spikeSel1 $the_sel
    #adapted code fron GUI, ignoring GUI-involved namespace vars so do not interfere 
    set spikePop1 $popname
    set spikeSel1 $the_sel
    #set spikePop1 "internal"
    #set nodeIDList [::neuro::parse_full_selection_string "$::NeuronVND::spikeSel1 && population == $::NeuronVND::spikePop1" node]
    set nodeIDList [::neuro::parse_full_selection_string "$spikeSel1 && population == $spikePop1" node]
        
        # in this first version, we color by type only
      # query how many types there are in that population
      set typeList [lsort -unique [::neuro::cmd_query node_list_attrib_values type $nodeIDList]]
      set timeSeriesData {}
      set colorList {blue red gray orange yellow tan silver green gray pink cyan purple lime mauve ochre iceblue black}
      # for each type, find the nodeids and then search the spikeHash for activity data
      set auxY {}; set auxX {}; set auxColor {};
      set auxY_text "y = \["
      set auxX_text "x = \["
      set auxColor_text "c = \["
      set auxGid_text "g = \["
      set n 0
      set output_limit 4000
      foreach t $typeList {
          set colorForData [lindex $colorList [expr  $t % 32]] ;# first one outside the loop
          set auxNodeID [::neuro::parse_full_selection_string "$spikeSel1 && type == $t && population == $spikePop1" node]
          #make a dict to connect population node_id to global node_id
          set nid_gid_dict [dict create]
          foreach theGlobalID $auxNodeID {
            puts "theGlobalID = $theGlobalID"
            foreach  {ex ey ez exrot eyrot ezrot etype efileset_num epop enode_id egroup_id egroup_index ecartesian}  $::neuro::node($theGlobalID) {}
            #use per population id to match what is in the spike list
            dict append nid_gid_dict $enode_id $theGlobalID 
          }  
          # create a timeseries for each type in typeList
          puts "nid_gid_dict = $nid_gid_dict"
          foreach p $::neuro::spikeHash(spikeList,$::NeuronVND::spikePop1) {
                if [dict exists $nid_gid_dict [lindex $p 0]] {
                    if {$n > -1 } {
                      if {$n == 0} {set sp ""} else {set sp ","}
                      set auxX_text "$auxX_text${sp} [lindex $p 1]"
                      set auxY_text "$auxY_text${sp} [lindex $p 0]"
                      set auxColor_text "$auxColor_text${sp} \"$colorForData\""
                      set auxGid_text "$auxGid_text${sp} [dict get  $nid_gid_dict [lindex $p 0]]"
                      #lappend auxX [expr round([lindex $p 1])]
                      #lappend auxY [lindex $p 0]
                      #lappend auxColor $colorForData
                      incr n
                     } 
              }
          }
          #lappend timeSeriesData [list $auxY $auxX $colorForData]
          #lappend timeSeriesData [list [lrange $auxY 0 3] [lrange $auxX 0 3] $colorForData]
      
      }
      
      set auxY_text "$auxY_text \], "
      set auxX_text "$auxX_text \], "
      set auxColor_text "$auxColor_text \],"
      set auxGid_text "$auxGid_text \]"
      
      #set OUTFILE [open $the_filename w]
      
      #puts $OUTFILE "vndSpikeDataTransfer = dict("
      #puts $OUTFILE $auxX_text
      #puts $OUTFILE $auxY_text
      #puts $OUTFILE $auxColor_text
      #puts $OUTFILE $auxGid_text
      #puts $OUTFILE ")"
      #close $OUTFILE
      set ret_string "dict($auxX_text $auxY_text $auxColor_text $auxGid_text)"
      return $ret_string
  
  
      # define multiplot with first set of data, using colors from VMD 
      puts $colorForData
      set spikePlothandle [multiplot -x [lindex $timeSeriesData 0 1] -y [lindex $timeSeriesData 0 0] -nolines -xmin 0 -xmax $::NeuronVND::spikeEnd -xlabel "Time (ms)" -marker square -radius 2 -fillcolor white -linecolor $colorForData -title "Neuronal Spike Activity" -callback ::NeuronVND::goto -legend "Type [lindex $typeList 0]"]
      # add the rest of the data to the plot
      for {set i 1} {$i < [llength $typeList]} {incr i} {
          set colorForData [lindex $colorList [expr [lindex $typeList $i] % 32]] ;# rest inside the loop
          puts $colorForData
          $spikePlothandle add [lindex $timeSeriesData $i 1] [lindex $timeSeriesData $i 0] -callback ::NeuronVND::goto -fillcolor white -linecolor $colorForData -nolines -marker square -radius 2 -legend "Type [lindex $typeList $i]"
      }
      # finally plot all 
      $spikePlothandle configure -ylabel "NodeID" -ymax 300 -ymin 0 -xmin 0 -ysize 500 -xsize 700
      $spikePlothandle replot
      #set black color to gray, since black is most common background
      #if {$c ==16} {set c 2}
      
  }
  
  
 proc ::NeuronVND::select_pop_dialog {args} { proc ::NeuronVND::select_pop_dialog {args} {
   # dialog box to choose population of loaded model   # dialog box to choose population of loaded model

Legend:
Removed in v.1.41 
changed lines
 Added in v.1.42


Made by using version 1.65 of cvs2html