Difference for vnd/vnd_gui.tcl from version 1.40 to 1.41

version 1.40version 1.41
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 ## VND -- Visual Neuronal Dynamics graphical interface ## VND -- Visual Neuronal Dynamics graphical interface
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 ## $Id: vnd_gui.tcl,v 1.40 2025/04/24 02:57:59 jasonks2 Exp $ ## $Id: vnd_gui.tcl,v 1.41 2025/06/29 21:05:50 jasonks2 Exp $
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 ## Home Page ## Home Page
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Line 202
         variable x_array_apical         variable x_array_apical
         variable y_array_apical         variable y_array_apical
         variable z_array_apical         variable z_array_apical
          variable scale
  
          variable bio_mode ""
  
         variable x_array_no_axon         variable x_array_no_axon
         variable y_array_no_axon         variable y_array_no_axon
Line 241
Line 244
         variable nodes ""         variable nodes ""
         variable main_pa_list ""         variable main_pa_list ""
         variable exclude_axons 1         variable exclude_axons 1
         variable com_list_apical         variable com_list_apical ""
          variable com_list_no_axon ""
         variable flip_priority_axis 0         variable flip_priority_axis 0
         variable vcom_to_pa          variable vcom_to_pa 
         variable vcom_to_bio          variable vcom_to_bio 
         variable vdot          variable vdot 
         variable vdot_list ""         variable vdot_list ""
          variable main_pa_list_no_axon
  
          variable flip_list
     }     }
     initialize     initialize
 } }
Line 1449
Line 1456
     $fro2.tb insert end [list "101" "20.000" "12" "mayority"]     $fro2.tb insert end [list "101" "20.000" "12" "mayority"]
     $fro2.tb insert end [list "102" "7.000" "5" ""]     $fro2.tb insert end [list "102" "7.000" "5" ""]
     $fro2.tb insert end [list "103" "3.000" "1" ""]     $fro2.tb insert end [list "103" "3.000" "1" ""]
  
 } }
  
 proc ::NeuronVND::loadObject {f} { proc ::NeuronVND::loadObject {f} {
Line 2564
Line 2570
     grid [button $w.main.label3.but4 -text "Align to x, y, z" -command {::NeuronVND::jump_mult_node}] -row $gr -column 0 -sticky news -padx 4 -pady 1     grid [button $w.main.label3.but4 -text "Align to x, y, z" -command {::NeuronVND::jump_mult_node}] -row $gr -column 0 -sticky news -padx 4 -pady 1
     grid [button $w.main.label3.but5 -text "Reset position" -command {::NeuronVND::resetpos}] -row $gr -column 1 -sticky news -padx 4 -pady 1     grid [button $w.main.label3.but5 -text "Reset position" -command {::NeuronVND::resetpos}] -row $gr -column 1 -sticky news -padx 4 -pady 1
     incr gr     incr gr
     grid [labelframe $w.main.label2 -text "Navigation Controls" -labelanchor nw ] -row $gr -column 0 -sticky news -padx 2 -pady 1 
     incr gr 
     grid [label $w.main.label2.sel -text "Select Object:"] -row $gr -column 0 -sticky news 
     grid [ttk::combobox $w.main.label2.cb -width 30 -values "" -textvariable ::NeuronVND::objIndex -state readonly] -row $gr -column 1 -columnspan 4 
     bind $w.main.label2.cb <<ComboboxSelected>> { 
         set ::NeuronVND::objIndex [%W get] 
         mol top [lindex $::NeuronVND::objIndex 0] 
         %W selection clear 
     } 
     incr gr 
     grid [label $w.main.label2.movex -text "Translate in X:"] -row $gr -column 0 -sticky news 
     grid [button $w.main.label2.movex1 -text "-" -command {::NeuronVND::movePcaGraphs x neg}] -row $gr -column 1 -sticky news  
     #grid [button $w.fp.navigation.main.movex2 -text "-" -command {::NeuronVND::movePcaGraphs x -100}] -row 3 -column 2 -sticky news 
     grid [spinbox $w.main.label2.movex2 -width 3 -increment 10 -from 10 -to 1000 -textvariable ::NeuronVND::movex -background white]  -row $gr -column 2 -sticky news 
     grid [button $w.main.label2.movex3 -text "+" -command {::NeuronVND::movePcaGraphs x pos}] -row $gr -column 3 -sticky news  
     #grid [button $w.fp.navigation.main.movex4 -text "+++" -command {::NeuronVND::movePcaGraphs x 500}] -row 3 -column 4 -sticky news 
     incr gr  
     grid [label $w.main.label2.movey -text "Translate in Y:"] -row $gr -column 0 -sticky news 
     grid [button $w.main.label2.movey1 -text "-" -command {::NeuronVND::movePcaGraphs y neg}] -row $gr -column 1 -sticky news 
     #grid [button $w.fp.navigation.main.movey2 -text "-" -command {::NeuronVND::movePcaGraphs y -100}] -row 4 -column 2 -sticky news 
     grid [spinbox $w.main.label2.movey2 -width 3 -increment 10 -from 10 -to 1000 -textvariable ::NeuronVND::movey -background white]  -row $gr -column 2 -sticky news 
     grid [button $w.main.label2.movey3 -text "+" -command {::NeuronVND::movePcaGraphs y pos}] -row $gr -column 3 -sticky news 
     #grid [button $w.fp.navigation.main.movey4 -text "+++" -command {::NeuronVND::movePcaGraphs y 500}] -row 4 -column 4 -sticky news 
     incr gr  
     grid [label $w.main.label2.movez -text "Translate in Z:"] -row $gr -column 0 -sticky news 
     grid [button $w.main.label2.movez1 -text "-" -command {::NeuronVND::movePcaGraphs z neg}] -row $gr -column 1 -sticky news 
     #grid [button $w.fp.navigation.main.movez2 -text "-" -command {::NeuronVND::movePcaGraphs z -100}] -row 5 -column 2 -sticky news 
     grid [spinbox $w.main.label2.movez2 -width 3 -increment 10 -from 10 -to 1000 -textvariable ::NeuronVND::movez -background white]  -row $gr -column 2 -sticky news 
     grid [button $w.main.label2.movez3 -text "+" -command {::NeuronVND::movePcaGraphs z pos}] -row $gr -column 3 -sticky news 
     #grid [button $w.fp.navigation.main.movez4 -text "+++" -command {::NeuronVND::moveGraphs z 500}] -row 5 -column 4 -sticky news 
     incr gr  
     grid [ttk::separator $w.main.label2.sep1] -row $gr -column 0 -sticky news -columnspan 5 -pady 2 -padx 2 
     incr gr  
     grid [label $w.main.label2.rotx -text "Rotate around X:"] -row $gr -column 0 -sticky news 
     grid [button $w.main.label2.rotx1 -text "-" -command {::NeuronVND::rotPcaGraphs x neg}] -row $gr -column 1 -sticky news 
     #grid [button $w.fp.navigation.main.rotx2 -text "-" -command {::NeuronVND::rotPcaGraphs x -15}] -row $row -column 2 -sticky news 
     grid [spinbox $w.main.label2.rotx2 -width 3 -increment 5 -from 5 -to 180 -textvariable ::NeuronVND::rotarx -background white]  -row $gr -column 2 -sticky news 
     grid [button $w.main.label2.rotx3 -text "+" -command {::NeuronVND::rotPcaGraphs x pos}] -row $gr -column 3 -sticky news 
     #grid [button $w.fp.navigation.main.rotx4 -text "+++" -command {::NeuronVND::rotPcaGraphs x 45}] -row $gr -column 4 -sticky news 
     incr gr  
     grid [label $w.main.label2.roty -text "Rotate around Y:"] -row $gr -column 0 -sticky news 
     grid [button $w.main.label2.roty1 -text "-" -command {::NeuronVND::rotPcaGraphs y neg}] -row $gr -column 1 -sticky news 
     #grid [button $w.fp.navigation.main.roty2 -text "-" -command {::NeuronVND::rotPcaGraphs y -15}] -row $gr -column 2 -sticky news 
     grid [spinbox $w.main.label2.roty2 -width 3 -increment 5 -from 5 -to 180 -textvariable ::NeuronVND::rotary -background white]  -row $gr -column 2 -sticky news 
     grid [button $w.main.label2.roty3 -text "+" -command {::NeuronVND::rotPcaGraphs y pos}] -row $gr -column 3 -sticky news 
     #grid [button $w.fp.navigation.main.roty4 -text "+++" -command {::NeuronVND::rotPcaGraphs y 45}] -row $gr -column 4 -sticky news 
     incr gr  
     grid [label $w.main.label2.rotz -text "Rotate around Z:"] -row $gr -column 0 -sticky news 
     grid [button $w.main.label2.rotz1 -text "-" -command {::NeuronVND::rotPcaGraphs z neg}] -row $gr -column 1 -sticky news 
     #grid [button $w.fp.navigation.main.rotz2 -text "-" -command {::NeuronVND::rotPcaGraphs z -15}] -row $gr -column 2 -sticky news 
     grid [spinbox $w.main.label2.rotz2 -width 3 -increment 5 -from 5 -to 180 -textvariable ::NeuronVND::rotarz -background white]  -row $gr -column 2 -sticky news 
     grid [button $w.main.label2.rotz3 -text "+" -command {::NeuronVND::rotPcaGraphs z pos}] -row $gr -column 3 -sticky news 
     #grid [button $w.fp.navigation.main.rotz4 -text "+++" -command {::NeuronVND::rotPcaGraphs z 45}] -row $gr -column 4 -sticky news 
  
     wm protocol . WM_DELETE_WINDOW {     wm protocol . WM_DELETE_WINDOW {
         destroy .neuron.aligntoolgui         destroy .neuron.aligntoolgui
         ::NeuronVND::delete_all         ::NeuronVND::delete_all
Line 2649
Line 2601
 #function for multiple nodes in 1 selection -> see draw_axis #function for multiple nodes in 1 selection -> see draw_axis
 proc ::NeuronVND::draw_mult_axes {selection_string} { proc ::NeuronVND::draw_mult_axes {selection_string} {
     variable sel_string     variable sel_string
     variable x_array     variable x_array ""
     variable y_array     variable y_array ""
     variable z_array     variable z_array ""
     variable x_array_apical ""     variable x_array_apical ""
     variable y_array_apical ""     variable y_array_apical ""
     variable z_array_apical ""     variable z_array_apical ""
     variable x_array_no_axon     variable x_array_no_axon ""
     variable y_array_no_axon     variable y_array_no_axon ""
     variable z_array_no_axon     variable z_array_no_axon ""
      variable x_array_soma ""
      variable y_array_soma ""
      variable z_array_soma ""
     variable size_array     variable size_array
     variable state     variable state
     variable rot_count     variable rot_count
Line 2671
Line 2626
     variable morph_spherelist_combo_axon_exlusion     variable morph_spherelist_combo_axon_exlusion
     variable morph_spherelist_combo_apical     variable morph_spherelist_combo_apical
     variable com_list_apical     variable com_list_apical
      variable com_list
      variable com_list_no_axon
      variable com_list_soma
      variable scale
      variable flip_list
      variable main_pa_list_no_axon
  
  
      set com_list ""
     set ::NeuronVND::objList ""     set ::NeuronVND::objList ""
     set ::NeuronVND::objIndex ""     set ::NeuronVND::objIndex ""
     set spherelist_list ""     set spherelist_list ""
Line 2681
Line 2645
     variable vdot     variable vdot
     variable vcom_to_pa     variable vcom_to_pa
     variable vcom_to_bio     variable vcom_to_bio
     variable vdot_list     variable vdot_list ""
     variable flip_priority_axis 0     variable flip_priority_axis 0
     variable principal_axis_mol     variable principal_axis_mol
     set counter 0     set counter 0
     set flipped_list ""     set flipped_list ""
      set flip_list ""
     set sel_string $selection_string     set sel_string $selection_string
  
      variable bio_mode
  
     #perform for all reps     #perform for all reps
     set principal_axis_mol [mol new]     set principal_axis_mol [mol new]
     lappend principal_axis_mol_list $principal_axis_mol     lappend principal_axis_mol_list $principal_axis_mol
Line 2711
Line 2678
         set nsize [llength $output_header]         set nsize [llength $output_header]
         set morph_spherelist_combo ""         set morph_spherelist_combo ""
         for {set i 0} {$i < $nsize} {incr i} {          for {set i 0} {$i < $nsize} {incr i} { 
             set morph_spherelist_combo "" 
             set morph_spherelist_combo_apical "" 
             set morph_spherelist_combo_axon_exlusion "" 
             set morpho_details_of_one_node [::neuro::cmd_query morpho_details -moved_coords_compart_types "global_node_id == [lindex $nodes $i]"]             set morpho_details_of_one_node [::neuro::cmd_query morpho_details -moved_coords_compart_types "global_node_id == [lindex $nodes $i]"]
                      
             set principal_axis_mol [mol new]             set principal_axis_mol [mol new]
             lappend principal_axis_mol_list $principal_axis_mol             lappend principal_axis_mol_list $principal_axis_mol
             set name [mol rename $principal_axis_mol "Principal Axes Number: $sel_string"]             set name [mol rename $principal_axis_mol "Principal Axes Number: $sel_string"]
Line 2749
Line 2712
                     }                     }
                 }                 }
             }             }
  
              foreach coord [lindex [lindex $morpho_details_of_one_node 0] 3] {  
                  if {[lindex $coord 0] == 1} {                                         
                      lappend morph_spherelist_combo_apical [lindex $coord 1]
                      foreach {x y z} [lindex $coord 1] {
                          lappend x_array_soma $x
                          lappend y_array_soma $y
                          lappend z_array_soma $z
                      }
                  }
              }
                  
             if {$::NeuronVND::exclude_axons == 1} {             if {$::NeuronVND::exclude_axons == 1} {
                 set ::NeuronVND::princ_axes_spherelist $morph_spherelist_combo_axon_exlusion                 if {[llength $x_array_no_axon]} {
                 lappend spherelist_list $::NeuronVND::princ_axes_spherelist 
                 set size_array [llength $x_array_no_axon]                 set size_array [llength $x_array_no_axon]
                 ::Orient::sel_mass $size_array                 ::Orient::sel_mass $size_array
                 ::Orient::sel_com $x_array_no_axon $y_array_no_axon $z_array_no_axon                 ::Orient::sel_com $x_array_no_axon $y_array_no_axon $z_array_no_axon
                 #after running sel_mass/sel_com. Some data has been generated, let's copy the variables to our large list                 ::Orient::calc_principalaxes $x_array_no_axon $y_array_no_axon $z_array_no_axon    
                 set paxis [vmd_draw_principalaxes $x_array_no_axon $y_array_no_axon $z_array_no_axon [lindex $principal_axis_mol_list $i] $flip_priority_axis]                 set a3 [lindex $::Orient::calculated_axis 2]
                 lappend paxis_list $paxis                 set a2 [lindex $::Orient::calculated_axis 1]
                  set a1 [lindex $::Orient::calculated_axis 0]
                 lappend com_list $::Orient::center_of_mass                 set scale $::NeuronVND::princ_axes_scale
                 lappend size_list $::Orient::assigned_weights                 set $::Orient::center_of_mass ""
                 lappend main_pa_list $priority_axis                 } else {
                 #vecsub of the priority axis (using type 1,4,3) from COM to get a vector                     puts "--------AXON ARRAY IS EMPTY------"
                 set vcom_to_pa [vecsub [lindex $main_pa_list $i] [lindex $com_list $i]]                 }
                  if {[llength $x_array_apical] && [llength $x_array_soma]} {
                 if {[llength $x_array_apical]} {                     set ::NeuronVND::princ_axes_spherelist $morph_spherelist_combo_axon_exlusion
                      lappend spherelist_list $::NeuronVND::princ_axes_spherelist
                     set size_array [llength $x_array_apical]                     set size_array [llength $x_array_apical]
                     ::Orient::sel_mass $size_array                     ::Orient::sel_mass $size_array
                     ::Orient::sel_com $x_array_apical $y_array_apical $z_array_apical                     ::Orient::sel_com $x_array_apical $y_array_apical $z_array_apical
                     lappend com_list_apical $::Orient::center_of_mass                     lappend com_list_apical $::Orient::center_of_mass
                     #vector of the soma com to bio_com (apical region)                     set $::Orient::center_of_mass ""
                     set vcom_to_bio [vecsub [lindex $com_list_apical $i] [lindex $com_list $i]]                     set size_array [llength $x_array_soma]
                     #dot product between initial vector and bio vector (apical)                     ::Orient::sel_mass $size_array
                     set vdot [vecdot $vcom_to_pa $vcom_to_bio]                     ::Orient::sel_com $x_array_soma $y_array_soma $z_array_soma
                      lappend com_list_soma $::Orient::center_of_mass
                      set $::Orient::center_of_mass ""
                      set flippy 1
                      set vbio [vecsub [lindex $com_list_apical $i] [lindex $com_list_soma $i]]
                      set vdot [vecdot $a3 $vbio]
                      #utility to check bio vector and a3
                      #::NeuronVND::draw_vector_given_length [lindex $principal_axis_mol_list $i] [lindex $com_list_soma $i] $vbio 70 9
                      #::NeuronVND::draw_vector_given_length [lindex $principal_axis_mol_list $i] [lindex $com_list_soma $i] $a3 50 10
                     lappend vdot_list $vdot                     lappend vdot_list $vdot
                     if {$vdot < 0} {                     if {$vdot < 0} {
                         graphics [lindex $principal_axis_mol_list $i] delete all                         #FLIPPING
                          #Here we flip a1, a2, and a3 for the current neuron
                          set a1 [vecscale -1 $a1]
                          set a2 [vecscale -1 $a2]
                          set a3 [vecscale -1 $a3]
  
                         set flip_priority_axis 1                         set flip_priority_axis 1
                         set size_array_2 [llength $x_array_no_axon]                         set size_array [llength $x_array_no_axon]
                         ::Orient::sel_mass $size_array_2                         ::Orient::sel_mass $size_array
                         ::Orient::sel_com $x_array_no_axon $y_array_no_axon $z_array_no_axon                         ::Orient::sel_com $x_array_no_axon $y_array_no_axon $z_array_no_axon
                         set paxis [vmd_draw_principalaxes $x_array_no_axon $y_array_no_axon $z_array_no_axon [lindex $principal_axis_mol_list $i] $flip_priority_axis] 
                         #lappend paxis_list $paxis 
                          #set paxis [vmd_draw_principalaxes $x_array_no_axon $y_array_no_axon $z_array_no_axon [lindex $principal_axis_mol_list $i] $flip_priority_axis]
                          
                          graphics [lindex $principal_axis_mol_list $i] color red
                          vmd_draw_vector [lindex $principal_axis_mol_list $i] $::Orient::center_of_mass [vecscale $scale $a1]
                          graphics [lindex $principal_axis_mol_list $i] color green
                          vmd_draw_vector [lindex $principal_axis_mol_list $i] $::Orient::center_of_mass [vecscale $scale $a2]
                          graphics [lindex $principal_axis_mol_list $i] color 24
                          vmd_draw_vector [lindex $principal_axis_mol_list $i] $::Orient::center_of_mass [vecscale $scale $a3]
                          
  
                          graphics [lindex $principal_axis_mol_list $i] color white
                          #now just drawing straight from calculated axis
                          graphics [lindex $principal_axis_mol_list $i] text [vecadd $::Orient::center_of_mass [vecscale [expr $scale * 1.02] $a1]] "3"
                          graphics [lindex $principal_axis_mol_list $i] text [vecadd $::Orient::center_of_mass [vecscale [expr $scale * 1.02] $a2]] "2"
                          graphics [lindex $principal_axis_mol_list $i] text [vecadd $::Orient::center_of_mass [vecscale [expr $scale * 1.02] $a3]] "1"
                          
                         incr counter                         incr counter
                         lappend flipped_list [lindex $nodes $i]                         lappend flipped_list [lindex $nodes $i]
                          set paxis [list $a1 $a2 $a3]
                          lappend paxis_list $paxis
  
                          lappend main_pa_list $a3
                          lappend flip_list "1"
                          lappend com_list_no_axon $::Orient::center_of_mass
                          set $::Orient::center_of_mass ""
                          
                      } else {
                          #NOT FLIPPING
                          set flip_priority_axis 0
                          set size_array [llength $x_array_no_axon]
                          ::Orient::sel_mass $size_array
                          ::Orient::sel_com $x_array_no_axon $y_array_no_axon $z_array_no_axon
                          #removed since this recalcated function reduced efficiency
                          #set paxis [vmd_draw_principalaxes $x_array_no_axon $y_array_no_axon $z_array_no_axon [lindex $principal_axis_mol_list $i] $flip_priority_axis]
                          
                          graphics [lindex $principal_axis_mol_list $i] color red
                          vmd_draw_vector [lindex $principal_axis_mol_list $i] $::Orient::center_of_mass [vecscale $scale $a1]
                          graphics [lindex $principal_axis_mol_list $i] color green
                          vmd_draw_vector [lindex $principal_axis_mol_list $i] $::Orient::center_of_mass [vecscale $scale $a2]
                          graphics [lindex $principal_axis_mol_list $i] color 24
                          vmd_draw_vector [lindex $principal_axis_mol_list $i] $::Orient::center_of_mass [vecscale $scale $a3]
                          
                          graphics [lindex $principal_axis_mol_list $i] color white
                          graphics [lindex $principal_axis_mol_list $i] text [vecadd $::Orient::center_of_mass [vecscale [expr $scale * 1.02] $a1]] "3"
                          graphics [lindex $principal_axis_mol_list $i] text [vecadd $::Orient::center_of_mass [vecscale [expr $scale * 1.02] $a2]] "2"
                          graphics [lindex $principal_axis_mol_list $i] text [vecadd $::Orient::center_of_mass [vecscale [expr $scale * 1.02] $a3]] "1"
                      
                          lappend main_pa_list $a3
                          set paxis [list $a1 $a2 $a3]
                          lappend paxis_list $paxis
                          lappend flip_list "0"
                          lappend com_list_no_axon $::Orient::center_of_mass
                          set $::Orient::center_of_mass ""
                     }                     }
                  } else {
                          set ::NeuronVND::princ_axes_spherelist $morph_spherelist_combo_axon_exlusion
                          lappend spherelist_list $::NeuronVND::princ_axes_spherelist
                          set flip_priority_axis 0
                          set size_array [llength $x_array_no_axon]
                          ::Orient::sel_mass $size_array
                          ::Orient::sel_com $x_array_no_axon $y_array_no_axon $z_array_no_axon
                          set paxis [vmd_draw_principalaxes $x_array_no_axon $y_array_no_axon $z_array_no_axon [lindex $principal_axis_mol_list $i] $flip_priority_axis]
                          lappend main_pa_list $priority_axis
                          lappend paxis_list $paxis
                          lappend flip_list "0"
                          lappend com_list_no_axon $::Orient::center_of_mass
                          set $::Orient::center_of_mass ""
                 }                 }
                 puts "now excluding" 
             } elseif {$::NeuronVND::exclude_axons == 0} {             } elseif {$::NeuronVND::exclude_axons == 0} {
                 graphics [lindex $principal_axis_mol_list $i] delete all 
                 set flip_priority_axis 0                  set flip_priority_axis 0 
                 set ::NeuronVND::princ_axes_spherelist $morph_spherelist_combo                 set ::NeuronVND::princ_axes_spherelist $morph_spherelist_combo
                 lappend spherelist_list $::NeuronVND::princ_axes_spherelist                 lappend spherelist_list $::NeuronVND::princ_axes_spherelist
                 set size_array [llength $x_array]                 set size_array [llength $x_array]
                 ::Orient::sel_mass $size_array                 ::Orient::sel_mass $size_array
                 ::Orient::sel_com $x_array $y_array $z_array                 ::Orient::sel_com $x_array $y_array $z_array
                 #after running sel_mass/sel_com. Some data has been generated, let's copy the variables to our large list 
                  
                 #see here we use a different list x_array (this list contains mutually exhaustive structural points) 
                 #set paxis [vmd_draw_principalaxes $x_array_no_axon $y_array_no_axon $z_array_no_axon [lindex $principal_axis_mol_list $i] $flip_priority_axis] 
                 set paxis [vmd_draw_principalaxes $x_array $y_array $z_array [lindex $principal_axis_mol_list $i] $flip_priority_axis]                 set paxis [vmd_draw_principalaxes $x_array $y_array $z_array [lindex $principal_axis_mol_list $i] $flip_priority_axis]
                 lappend paxis_list $paxis                 lappend paxis_list $paxis
                 lappend com_list $::Orient::center_of_mass                 lappend com_list $::Orient::center_of_mass
                 lappend size_list $::Orient::assigned_weights                 lappend size_list $::Orient::assigned_weights
                 lappend main_pa_list $priority_axis                 lappend main_pa_list $priority_axis
                 #vecsub of the priority axis (using type 1,4,3) from COM to get a vector 
                 set vcom_to_pa [vecsub [lindex $main_pa_list $i] [lindex $com_list $i]] 
                 display resetview                 display resetview
                 puts "now including" 
             }             }
              set x_array_soma ""
              set y_array_soma ""
              set z_array_soma ""
             set x_array_apical ""             set x_array_apical ""
             set y_array_apical ""             set y_array_apical ""
             set z_array_apical ""             set z_array_apical ""
Line 2819
Line 2865
             set x_array ""             set x_array ""
             set y_array ""             set y_array ""
             set z_array ""              set z_array "" 
              set morph_spherelist_combo ""
              set morph_spherelist_combo_apical ""
              set morph_spherelist_combo_axon_exlusion ""
         }         }
  
         puts "list -> $vdot_list"         puts "list -> $vdot_list"
         puts "-------------THERE HAS BEEN $counter AXIS FLIPPED-------------"         puts "-------------THERE HAS BEEN $counter AXIS FLIPPED-------------"
         puts "^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^"         puts "^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^"
Line 2832
Line 2882
             set percent [expr [expr double($counter)/$total] * 100]             set percent [expr [expr double($counter)/$total] * 100]
         }         }
         puts "The percent flipped = $percent%"         puts "The percent flipped = $percent%"
          
     }     }
  
     #fill Mariano's objlist #haky way     #fill Mariano's objlist #haky way
     lappend ::NeuronVND::objList [list $principal_axis_mol $name2]     lappend ::NeuronVND::objList [list $principal_axis_mol $name2]
     set ::NeuronVND::objIndex [lindex $::NeuronVND::objList 0]     set ::NeuronVND::objIndex [lindex $::NeuronVND::objList 0]
     set_scale 
     set rot_count 0     set rot_count 0
 } }
  
  proc ::NeuronVND::draw_vector_given_length {mol start vec length col} {
      set nvec [vecscale [expr 1 / [veclength $vec]] $vec]
      set draw_vec [vecscale $length $nvec]
      set end [vecadd $start $draw_vec]
  
      puts "dvgl: mol = $mol, start = $start, end = $end, vec = $vec, length = $length, color = $col"
      #the 70 makes it thicker than other arrows that we draw
      #set scaling [expr [veclength [vecsub $end $start]]/70]
      set scaling 4
      # an arrow is made of a cylinder and a cone
      set middle [vecadd $start [vecscale 0.8 [vecsub $end $start]]]
      graphics $mol color $col
      graphics $mol cylinder $start $middle radius [expr 1.4*$scaling]
      #i added this
      #graphics $mol line $start [vecadd $start {100 100 100}] width 2 style solid
      #puts [list cone $middle $end radius [expr 5*$scaling]]
      graphics $mol cone $middle $end radius [expr 5*$scaling]
  }
  
 #function used for aligning to input vector #function used for aligning to input vector
 proc ::NeuronVND::jump_mult_node {} { proc ::NeuronVND::jump_mult_node {} {
     variable objList     variable objList
Line 2874
Line 2941
     variable spherelist_list     variable spherelist_list
     variable nodes      variable nodes 
     variable main_pa_list     variable main_pa_list
      variable com_list_apical
      variable com_list_soma
      variable com_list_no_axon
     set aggoffset [transidentity]     set aggoffset [transidentity]
     set aggrot [transidentity]     set aggrot [transidentity]
      variable flip_list
      variable main_pa_list_no_axon
  
     set objid [lindex $objIndex 0]     set objid [lindex $objIndex 0]
     if {$objid == ""} {return}     if {$objid == ""} {return}
  
     #in Layman's terms, each neuron in the selection gets aligned to input vector     #in Layman's terms, each neuron in the selection gets aligned to input vector
     for {set i 0} {$i < [expr [llength $nodes]]} {incr i} {     for {set i 0} {$i < [expr [llength $nodes]]} {incr i} {
          
         set princ_moved_mol [mol new]         set princ_moved_mol [mol new]
         mol rename $princ_moved_mol "Aligned molecule"         mol rename $princ_moved_mol "Aligned molecule"
         lappend princ_moved_mol_list $princ_moved_mol         lappend princ_moved_mol_list $princ_moved_mol
Line 2894
Line 2967
         set a2 [lindex $paxis_list $i 1]         set a2 [lindex $paxis_list $i 1]
         set a3 [lindex $paxis_list $i 2]         set a3 [lindex $paxis_list $i 2]
  
         puts "IN THE LOOP a1 = $a1, a2 = $a2, a3 = $a3"         if {$::NeuronVND::exclude_axons == 1} {
         #constant              set com [lindex $com_list_no_axon $i]
              puts "now exlcuding and setting com_list_no_axon"
          } else {
              set com [lindex $com_list $i]
              puts "including and setting com_list"
          }
         set user_target [list $xin $yin $zin]          set user_target [list $xin $yin $zin] 
  
         set m1 [transvecinv [lindex $main_pa_list $i]]         set m1 [transvecinv [lindex $main_pa_list $i]]
         set m2 [transvec $user_target]         set m2 [transvec $user_target]
         set m_orig_to_com [transoffset [lindex $com_list $i]]         set m_orig_to_com [transoffset $com]
         set m_com_to_orig [transoffset [vecscale -1 [lindex $com_list $i]]]         set m_com_to_orig [transoffset [vecscale -1 $com]]
         #m_to_user is specifically for the morphology included with translations to origin and back to COM         #m_to_user is specifically for the morphology included with translations to origin and back to COM
         set m_to_user [transmult $m_orig_to_com $m2 $m1 $m_com_to_orig]         set m_to_user [transmult $m_orig_to_com $m2 $m1 $m_com_to_orig]
         set aggrot [transmult $m2 $m1]          set aggrot [transmult $m2 $m1] 
Line 2908
Line 2987
         set a2_moved [coordtrans $aggrot $a2]         set a2_moved [coordtrans $aggrot $a2]
         set a3_moved [coordtrans $aggrot $a3]         set a3_moved [coordtrans $aggrot $a3]
  
         if {$::NeuronVND::exclude_axons == 1} {         #coding when to use com_list_apical
             set a3_moved_flip [vecscale -1 $a3_moved] 
         } elseif {$::NeuronVND::exclude_axons == 0} { 
             set a3_moved_flip [vecscale -1 $a3_moved] 
         } 
  
         graphics $princ_moved_mol delete all         graphics $princ_moved_mol delete all
         graphics $princ_moved_mol_axes delete all         graphics $princ_moved_mol_axes delete all
  
         #draw numbers here and set principal axis         #draw numbers here and set principal axis
         graphics [lindex $princ_moved_mol_axes_list $i] color 9         graphics [lindex $princ_moved_mol_axes_list $i] color 9
         vmd_draw_vector [lindex $princ_moved_mol_axes_list $i] [lindex $com_list $i] [vecscale $princ_axes_scale $a1_moved]         vmd_draw_vector [lindex $princ_moved_mol_axes_list $i] $com [vecscale $princ_axes_scale $a1_moved]
         graphics [lindex $princ_moved_mol_axes_list $i] color 12         graphics [lindex $princ_moved_mol_axes_list $i] color 12
         vmd_draw_vector [lindex $princ_moved_mol_axes_list $i] [lindex $com_list $i] [vecscale $princ_axes_scale $a2_moved]         vmd_draw_vector [lindex $princ_moved_mol_axes_list $i] $com [vecscale $princ_axes_scale $a2_moved]
         graphics [lindex $princ_moved_mol_axes_list $i] color 15         graphics [lindex $princ_moved_mol_axes_list $i] color 15
         vmd_draw_vector [lindex $princ_moved_mol_axes_list $i] [lindex $com_list $i] [vecscale $princ_axes_scale $a3_moved_flip]         vmd_draw_vector [lindex $princ_moved_mol_axes_list $i] $com [vecscale $princ_axes_scale $a3_moved]
                                                         
         foreach sphere [lindex $spherelist_list $i] {         foreach sphere [lindex $spherelist_list $i] {
             set ts [coordtrans $m_to_user $sphere]             set ts [coordtrans $m_to_user $sphere]
             graphics [lindex $princ_moved_mol_list $i] color 32              graphics [lindex $princ_moved_mol_list $i] color 32 
Line 2933
Line 3006
     }      } 
     display update on     display update on
 } }
  
 #utility function to set principal axis scale 
 proc ::NeuronVND::set_scale {} { 
         variable princ_axes_scale 
         variable princ_axes 
         variable scale1_temp 
         variable scale2_temp 
         variable scale3_temp 
         set a1 [lindex $princ_axes 0] 
         set a2 [lindex $princ_axes 1] 
         set a3 [lindex $princ_axes 2] 
         set aggrot [transidentity] 
         set aggrot [transmult $aggrot [transaxis x 0]] 
  
         set a1_moved [coordtrans $aggrot $a1] 
         set a2_moved [coordtrans $aggrot $a2] 
         set a3_moved [coordtrans $aggrot $a3] 
  
         set scale1_temp [vecscale $princ_axes_scale $a1_moved] 
         set scale2_temp [vecscale $princ_axes_scale $a2_moved] 
         set scale3_temp [vecscale $princ_axes_scale $a3_moved] 
 } 
  
 #free the lists from memory #free the lists from memory
 proc ::NeuronVND::delete_axes {} { proc ::NeuronVND::delete_axes {} {
     variable principal_axis_mol     variable principal_axis_mol
Line 2971
Line 3021
  
     variable principal_axis_mol_list     variable principal_axis_mol_list
     variable com_list_apical     variable com_list_apical
      variable com_list
      variable com_list_no_axon
      variable flip_list
          
     mol delete $principal_axis_mol     mol delete $principal_axis_mol
     mol delete $princ_moved_mol_axes     mol delete $princ_moved_mol_axes
Line 2999
Line 3052
     set ::NeuronVND::x_array ""     set ::NeuronVND::x_array ""
     set ::NeuronVND::y_array ""     set ::NeuronVND::y_array ""
     set ::NeuronVND::z_array ""      set ::NeuronVND::z_array "" 
      set ::NeuronVND::x_array_soma ""
      set ::NeuronVND::y_array_soma ""
      set ::NeuronVND::z_array_soma ""
      
     set princ_moved_mol_list ""     set princ_moved_mol_list ""
     set princ_moved_mol_axes_list ""     set princ_moved_mol_axes_list ""
     set mov_count 0     set mov_count 0
Line 3014
Line 3071
     set ::NeuronVND::paxis_list ""     set ::NeuronVND::paxis_list ""
     set ::NeuronVND::spherelist_list ""     set ::NeuronVND::spherelist_list ""
     set ::NeuronVND::com_list_apical ""     set ::NeuronVND::com_list_apical ""
      set ::NeuronVND::com_list ""
      set ::NeuronVND::com_list_no_axon ""
      set ::NeuronVND::com_list_soma ""
      set ::NeuronVND::flip_list ""
     }     }
  
 proc ::NeuronVND::delete_all {} { proc ::NeuronVND::delete_all {} {

Legend:
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