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## JOB DESCRIPTION                                         ##
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# Minimization and equilibration of complex in a Water Sphere


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## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
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structure          ../common/comp/comp2_ws.psf
coordinates        ../common/comp/comp2_ws.pdb

set temperature    310
set outputname     comp2_min

firsttimestep      0


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## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
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# Input
paraTypeCharmm	    on
parameters          ../common/comp/par_all27_prot_na.prm 
temperature         $temperature


# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.
switching           on
switchdist          10.
pairlistdist        13.5


# Integrator Parameters
timestep            1.0  ;#1fs/step
nonbondedFreq       2
fullElectFrequency  4  
stepspercycle       20


# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     5     ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off    ;# don't couple langevin bath to hydrogens


# Output
outputName          $outputname

restartfreq         500     ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq             500
outputEnergies      500
outputPressure      500


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## EXTRA PARAMETERS                                        ##
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# Spherical boundary conditions
sphericalBC         on
sphericalBCcenter   -4.0767621994, -1.16298270226, 5.6862988472
sphericalBCr1       33.0
sphericalBCk1       10
sphericalBCexp1     2


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## EXECUTION SCRIPT                                        ##
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# Minimization
minimize            1000
reinitvels          $temperature

run 5000 ;# 5ps