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## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
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structure 	liq_mem.psf
coordinates liq_mem.pdb

set temperature    310
set outputname     mem_min2

# Continuing a job from the restart files
if {0} {
set inputname      mem_min
binCoordinates     $inputname.coor
binVelocities      $inputname.vel  ;# remove the "temperature" entry if you use this!
extendedSystem	   $inputname.xsc
 

proc get_first_ts { xscfile } {
  set fd [open $xscfile r]
  gets $fd
  gets $fd
  gets $fd line
  set ts [lindex $line 0]
  close $fd
  return $ts
}

set firsttime [get_first_ts $inputname.xsc]
}

firsttimestep      0




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## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
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# Input
paraTypeCharmm	    on
#parameters	        fin_seg1_c1rpTPO.par
parameters			lipid-ion.par

tabulatedEnergies       yes
tabulatedEnergiesFile   liq_memb_tab.data
tableInterpType         linear

temperature         $temperature

# Force-Field Parameters
exclude             1-2
cutoff              35.0
switching           on
switchdist          20.0
pairlistdist        50.0
hgroupcutoff        0


# Integrator Parameters
timestep            30.0
nonbondedFreq       1
stepspercycle       10

dielectric 20

cellBasisVector1     1090.4     0.       0.
cellBasisVector2     0.      1090.4      0.
cellBasisVector3     0.         0.       120
cellOrigin         531.9834594726563 531.9669189453125 0.0011132664512842894

wrapAll             on


# Constant Temperature Control
langevin            off
langevinDamping     2.0
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off

# Output
outputName          $outputname

restartfreq         1000
dcdfreq             1000
xstFreq             1000
outputEnergies      1000
outputPressure      1000
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## EXTRA PARAMETERS                                        ##
#############################################################

if {0} {
constraints on
consexp 2
consref const_mem.cnst
conskfile const_mem.cnst
conskcol B

}
margin 10

if {0} {
extraBonds on
extraBondsFile 2-cage-elastic-data.data
}

#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                        ##
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# Minimization
minimize            5000
reinitvels $temperature

run 500000