#SBATCH -A ibayil
#SBATCH -J namd-multicore-test
#SBATCH -N 2
#SBATCH -n 16
#SBATCH --time=15-00:00:00
#SBATCH --workdir=/truba_scratch/ibayil/amber
#SBATCH --output=out_slurm/slurm-%j.out
#SBATCH --error=error_slurm/slurm-%j.err

export OMP_NUM_THREADS=2
export LD_LIBRARY_PATH=/truba/sw/centos7.3/app/namd/2017-11-10-multicore/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/truba/sw/centos7.3/app/namd/2017-11-10-multicore/bin:$PATH

echo "SLURM_NODELIST $SLURM_NODELIST"
echo "NUMBER OF CORES $SLURM_NTASKS"

wdir=/truba_scratch/ibayil/amber  #Uygulama için çalıştırılacak dosyaların adresleri.
cd $wdir

infile=$wdir/water.namd #Uygulamanın çalışması için gerekli input ve output dosyaların adları.
outfile=$wdir/job.log

#tum kuyruklar icin
module load centos7.3/app/namd/2017-11-10-multicore

#cuda kuyrugu icin
#module load centos7.3/app/namd/2017-11-10-multicore-cuda

mpirun /truba/sw/centos7.3/app/namd/2017-11-10-multicore/namd2 <$infile> $outfile 

$NAMD_DIR/namd2  +p $SLURM_NTASKS  +idlepoll water.namd > job.log
