set nfiles 144
set str /lustre04/scratch/asma97/charmm-gui-8960705840/namd/step5_charmm2namd.psf

set TITLE_FIRST step
set TITLE_SECOND _production.dcd

for {set j 7} {$j <= $nfiles} {incr j} {
	mol new $str type psf waitfor all
  	mol addfile /lustre04/scratch/asma97/charmm-gui-8960705840/namd/$TITLE_FIRST$j$TITLE_SECOND type dcd waitfor all

    set LIGAND  [atomselect top "protein"]	

	package require namdenergy 1.4
	namdenergy -elec -sel $LIGAND -cutoff 12 -switch 10  -pme -tempname "namd" -ofile "namdEnergy.txt" -exe /home/asma97/.licenses/namd-multicore -plot -par toppar/par_all36m_prot.prm -par toppar/par_all36_na.prm -par toppar/par_all36_carb.prm -par toppar/par_all36_lipid.prm -par toppar/par_all36_cgenff.prm -par toppar/par_interface.prm -par toppar/toppar_all36_nano_lig.str -par toppar/toppar_all36_nanolig_patch.str -par toppar/toppar_all36_synthetic_polymer.str -par toppar/toppar_all36_synthetic_polymer_patch.str -par toppar/toppar_all36_polymer_solvent.str -par toppar/toppar_water_ions.str -par toppar/toppar_dum_noble_gases.str -par toppar/toppar_ions_won.str -par toppar/toppar_all36_prot_arg0.str -par toppar/toppar_all36_prot_c36m_d_aminoacids.str -par toppar/toppar_all36_prot_fluoro_alkanes.str -par toppar/toppar_all36_prot_heme.str -par toppar/toppar_all36_prot_na_combined.str -par toppar/toppar_all36_prot_retinol.str -par toppar/toppar_all36_prot_modify_res.str -par toppar/toppar_all36_na_nad_ppi.str -par toppar/toppar_all36_na_rna_modified.str -par toppar/toppar_all36_lipid_bacterial.str -par toppar/toppar_all36_lipid_cardiolipin.str -par toppar/toppar_all36_lipid_cholesterol.str -par toppar/toppar_all36_lipid_dag.str -par toppar/toppar_all36_lipid_inositol.str -par toppar/toppar_all36_lipid_lps.str -par toppar/toppar_all36_lipid_miscellaneous.str -par toppar/toppar_all36_lipid_model.str -par toppar/toppar_all36_lipid_prot.str -par toppar/toppar_all36_lipid_sphingo.str -par toppar/toppar_all36_lipid_yeast.str -par toppar/toppar_all36_lipid_hmmm.str -par toppar/toppar_all36_lipid_detergent.str -par toppar/toppar_all36_lipid_ether.str -par toppar/toppar_all36_carb_glycolipid.str -par toppar/toppar_all36_carb_glycopeptide.str -par toppar/toppar_all36_carb_imlab.str -par toppar/toppar_all36_label_spin.str -par toppar/toppar_all36_label_fluorophore.str -par toppar/toppar_all36_lipid_cationpi_wyf.str 
 
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