############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # Ubiquitin in a Water Box ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure waterbox.psf coordinates waterbox.pdb set temperature 300 set outputname waterbox_eq if {0} { set inputname waterbox_eq bincoordinates $inputname.restart.coor binvelocities $inputname.restart.vel extendedsystem $inputname.xst } firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters par_all27_prot_lipid.inp temperature 300 # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 10.0 switching on switchdist 8.0 pairlistdist 12.0 # Integrator Parameters timestep 1.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp 300 langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 65.0 0.0 0.0 cellBasisVector2 0.0 65.0 0.0 cellBasisVector3 0.0 0 65.0 cellOrigin 30 30 30 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 #manual grid definition #PMEGridSizeX 45 #PMEGridSizeY 45 #PMEGridSizeZ 48 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no useConstantArea no langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100.0 langevinPistonDecay 50.0 langevinPistonTemp 300 # Output outputName $outputname restartfreq 1000 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 500 xstFreq 500 outputEnergies 200 outputPressure 200 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization if {1} { minimize 1000 reinitvels $temperature } run 1000000 ;