############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Further Equilibration ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# ambercoor ttr_H2O.crd set temperature 300 set outputname ttr_H2O_dyn set inputname ttr_H2O_equil binCoordinates $inputname.restart.coor binVelocities $inputname.restart.vel ;# remove the "temperature" entry if you use this! extendedSystem $inputname.restart.xsc firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input amber yes parmfile ttr_H2O.parm7 # Force-Field Parameters readexclusions yes exclude scaled1-4 scnb 2.0 1-4scaling 0.833333 cutoff 10.0 switching off # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 3 ;# damping coefficient (gamma) of 3/ps langevinTemp $temperature # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 # Output outputName $outputname restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 250 outputEnergies 200 outputPressure 200 ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# run 50000 ;# 100ps