############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # Bulk hydrogen sulfide ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure solvate.psf coordinates solvate.pdb set temperature 300 #reassignFreq 1000 #reassignTemp 10 #reassignIncr 10 #reassignHold 300 set outputname 5b-off set inputname abf-5b-off binCoordinates $inputname.restart.coor binVelocities $inputname.restart.vel ;# remove the "temperature" entry if you use this! extendedSystem $inputname.restart.xsc firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters par_all22_prot.inp #temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12.0 switching on switchdist 10. pairlistdist 14. # Integrator Parameters timestep 1.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 2 fullElectFrequency 4 stepspercycle 20 margin 1.0 zeroMomentum yes # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 1.0 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 30. 0. 0. cellBasisVector2 0. 30. 0. cellBasisVector3 0. 0. 60. cellOrigin 0. 0. 0. wrapwater off # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSizeX 32 PMEGridSizeY 32 PMEGridSizeZ 64 PMETolerance 10e-6 PMEInterpOrder 4 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no useConstantArea no #langevinPiston off #langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm #langevinPistonPeriod 100. #langevinPistonDecay 50. #langevinPistonTemp $temperature # Output outputName $outputname restartfreq 10000 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 1000 xstFreq 10000 outputEnergies 10000 outputPressure 10000 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# # ABF SECTION colvars on colvarsConfig Transport-window1.in ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization #minimize 1000 #reinitvels $temperature run 250000 ;# 5ps #for { set TEMP 50 } { $TEMP < 300 } { incr TEMP 50 } { # run 1000 # reassignTemp $TEMP #}