############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # Ubiquitin in a Water Sphere ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure 1uy6_ws.psf coordinates 1uy6_ws.pdb set temperature 1000 set outputname g:/md_yan/test_hu/mdpu/regenerate/out/1uy6_eq2 set inputname g:/md_yan/test_hu/mdpu/regenerate/out/1uy6_eq1 binCoordinates $inputname.restart.coor #binVelocities $inputname.restart.vel ;# remove the "temperature" entry if you use this! #extendedSystem $inputname.xsc firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters allatom_b3.par temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12. switching on switchdist 10. pairlistdist 13.5 # Integrator Parameters timestep 1.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 20 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 62.0 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Output outputName $outputname restartfreq 500 ;# 500steps = every 0.5ps dcdfreq 250 outputEnergies 100 outputPressure 100 if {1} { fixedAtoms on fixedAtomsFile 1uy6_fix2.pdb fixedAtomsCol B } ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# # Spherical boundary conditions sphericalBC on sphericalBCcenter 9.357, 14.138, 18.801 sphericalBCr1 25.0 sphericalBCk1 10 ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 1000 ;#1ps reinitvels $temperature run 2500 ;# 1.5ps