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## JOB DESCRIPTION                                         ##
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# Minimization and Equilibration of 
# Ubiquitin in a Water Box


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## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
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structure          swemt_ion.psf
coordinates        swemt_min.pdb
#coordinates        swemt_ion.pdb

set temperature    310
set outputname     swemt

set inputname	   swemt
#binCoordinates     $inputname.coor
#binvelocities      $inputname.vel
#extendedSystem     $inputname.xsc

firsttimestep      0

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## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
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# Input
paraTypeCharmm	    on
parameters          /san/user/MD/toppar/par_all27_prot_lipid.inp
parameters          /san/user/MD/toppar/complex.parm
temperature         $temperature


# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.
switching           on
switchdist          10.
pairlistdist        13.5


# Integrator Parameters
timestep            1.0
rigidBonds          all
#rigidBonds	    none
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  2  
stepspercycle       10


# Constant Temperature Control
if (1) {
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     5     ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off    ;# don't couple langevin bath to hydrogens


# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1    75.1879997254 0. 0.
cellBasisVector2    0. 55.4099998474 0.
cellBasisVector3    0. 0. 58.8969993591
cellOrigin          19.0980014801 -15.0416936874 24.6376266479

wrapAll             on

# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                 yes
PMEGridSizeX        81
PMEGridSizeY        64
PMEGridSizeZ        64
}

# Constant Pressure Control (variable volume)
if (1) {
useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell       no
useConstantArea       no

langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.
langevinPistonDecay   50.
langevinPistonTemp    $temperature
}

# Output
outputName          $outputname

restartfreq         2500     ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq             2500
xstFreq             2500
outputEnergies      2500
outputPressure      2500


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## EXTRA PARAMETERS                                        ##
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#fixedAtoms yes
#fixedAtomsCol B
#fixedAtomsFile swemt_fixed.pdb



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## EXECUTION SCRIPT                                        ##
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# Minimization
minimize           5000
#exit

for {set t 1} {$t <= $temperature} {incr t 1} {
	run 50
        reassignTemp $t
}

run 5000000