############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # nucleosome in a Water Box ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ionized.psf coordinates int_em.pdb set temperature 300 set outputname md_min1 firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters par_all27_prot_na.prm temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 8. switching on switchdist 6. pairlistdist 10. binaryoutput no dielectric 82 # Integrator Parameters timestep 2 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens #Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 100. 0. 0. cellBasisVector2 0. 105. 0. cellBasisVector3 0. 0. 99. cellOrigin 20. 45. 25. # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSizeX 100 PMEGridSizeY 105 PMEGridSizeZ 100 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no useConstantArea no langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100. langevinPistonDecay 50. langevinPistonTemp $temperature # Output outputName $outputname restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 250 xstFreq 250 outputEnergies 100 outputPressure 100 #UseHydrogenBonds on wrapWater on ;# wrap water to central cell wrapAll on ;# wrap other molecules too wrapNearest on ;# use for non-rectangular cells ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization #minimization off #minimize 20000 #reinitvels $temperature numsteps 200000