how to perform MD with two proteins

From: Mert Gür (gurmert_at_gmail.com)
Date: Sun Dec 02 2007 - 07:35:14 CST

Hi,
I have generated two simple peptides in hyperchem and merged them here to an
single pdb.
peptide 1: asn asp met phe arg leu
peptide 2: leu leu phe met gln his
As I am generating the psf file in VMD as given in the tutorial the second
peptide is destroyed.
Can anybody help me with that problem.
Or if you have advices how to model this two peptides in NAMD that would
help also.
Thanks in advance
Mert Gür
Koc University/Istanbul

bunlarin uclarini cap et, ve su icinde birbirlerine parallel sekilde,
herbiri birer beta strand seklinde, asn ile leu uclari birbirinin karsisina
gelecek sekilde paralel olarak yerlestir. bu durumda leu ile his uclari da
karsi karsiya olacak.

uzunca bir molekuler dinamik trajectorysi yap. baslarda bu ikisinin
birbirine yaklasacagini ve ve bind edeceklerini dusunuyorum. zaman icinde
bind edip etmediklerini izleyebilirsin.

bind ettiklerinden emin olduktan sonra uzun bir md trajectorysi elde et.

bu hesaplari protein peptide binding calismasina bir on hazirlik olarak
yapiyor olacaksin. bind etmis olan iki peptide'in fluctuation
correlationlarini incelemete yarar var. yaptigin her islemi yaptigin anda
bana email ile bildirirsen, bunlari senin doktora dosyana koyacagim ve
calismalarinin hangi asamada oldugunu izleyebiliyor olacagim.

This archive was generated by hypermail 2.1.6 : Wed Feb 29 2012 - 15:47:21 CST