############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # apo adenylate kinase in a Water Box ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure 2eck_frame0_chrmv157_fep_fixd.psf coordinates 2eck_frame0_chrmv157_fep_subs_wb.fep set temperature 300 set outputname 2eck_chrmv157_fep ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters par_all27_prot_na_nocmap.prm temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12. switching on switchdist 10. pairlistdist 18.0 margin 5.0 # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 1fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 81.737 0 0 cellBasisVector2 0 86.837 0 cellBasisVector3 0 0 78.746 cellOrigin 45.86 62.525 36.436 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSizeX 100 PMEGridSizeY 100 PMEGridSizeZ 100 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no useConstantArea no langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100. langevinPistonDecay 50. langevinPistonTemp $temperature # Output outputName $outputname binaryoutput no restartname $outputname restartfreq 2500 ;# 500steps = every 1ps restartsave yes dcdfreq 2500 xstFreq 500 outputEnergies 500 outputPressure 500 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization fep on fepFile 2eck_frame0_chrmv157_fep_subs_wb.fep fepCol B fepOutFile 2eck_chrmv157_fep.fepout fepOutFreq 5 FepEquilSteps 200000 set step 0.00 set dstep 0.05 while {$step < 1.00} { firsttimestep 0 lambda $step set step [expr $step+$dstep] lambda2 $step run 700000 }