############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # Ubiquitin in a Water Box ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ./ubq-wb.psf coordinates ./ubq-wb.pdb set temperature 100 set outputname ubq-eq firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters /home/gromacs/RPMs/NAMD/toppar/par_all22_prot.inp temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12. switching on switchdist 10. pairlistdist 13.5 # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 50.68 0. 0. cellBasisVector2 0. 52.37 0. cellBasisVector3 0. 0. 56.27 cellOrigin 30.85 29.14 17.90 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSizeX 32 PMEGridSizeY 32 PMEGridSizeZ 32 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no useConstantArea no langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100. langevinPistonDecay 50. langevinPistonTemp $temperature # Output outputName $outputname restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 250 xstFreq 250 outputEnergies 100 outputPressure 100 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 100 reinitvels $temperature ############################################################# ## Increases Temperature gradually from 10 K to 310 kelvin. ## In this case it runs 2 ps at each temperature and then ## reasigns to one 5K higher. this gi ############################################################ run 500 for { set TEMP 105 } { $TEMP < 310 } { incr TEMP 5 } { langevinTemp $TEMP #langevinPistonTemp $TEMP run 500 } langevinTemp 310 #langevinPistonTemp 310 ## Equilibrium at 310K run 25000 #run 2500 ;# 5ps