Memory keep increasing.

From: Ming (ebullience_at_emails.bjut.edu.cn)
Date: Thu Nov 12 2009 - 06:14:05 CST

Dear all,

I am using the NAMD_2.6_Linux-ia64-MPT version on a SGI Altix 64 cpu workstation. I've set the MPI_DSM_DISTRIBUTE=yes and MPI_MEMMAP_OFF=1 in my .bashrc. The job can ban successfully now but I found the memory keep increasing when the job runing. Below is part of the output from the "free -m -s 10" commond. Is this normal? Any suggestions? Thanks in advance!


Mem: 61521 6114 55407 0 0 461
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             total used free shared buffers cached
Mem: 61521 6151 55369 0 0 462
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             total used free shared buffers cached
Mem: 61521 6184 55337 0 0 462
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             total used free shared buffers cached
Mem: 61521 6188 55333 0 0 462
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             total used free shared buffers cached
Mem: 61521 6191 55330 0 0 463
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             total used free shared buffers cached
Mem: 61521 6200 55321 0 0 463
-/+ buffers/cache: 5736 55784
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z{Sʗ{٥r
z{S}ĝxjǺ<P>Dear all,<BR><BR>I am using the NAMD_2.6_Linux-ia64-MPT version on a SGI Altix 64 cpu workstation. I've set the MPI_DSM_DISTRIBUTE=yes and MPI_MEMMAP_OFF=1 in my .bashrc. The job can ban successfully now but I found the memory keep increasing when the job runing. Below is part of the output from the "free -m -s 10" commond. Is this normal? Any suggestions? Thanks in advance!<BR><BR><BR>Mem:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 61521&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6114&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55407&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 461<BR>-/+ buffers/cache:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5652&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55869<BR>Swap:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9999&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9999</P>
<P>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; total&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; used&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; free&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; shared&nbsp;&nbsp;&nbsp; buffers&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cached<BR>Mem:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 61521&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6151&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55369&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 462<BR>-/+ buffers/cache:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5689&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55831<BR>Swap:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9999&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9999</P>
<P>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; total&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; used&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; free&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; shared&nbsp;&nbsp;&nbsp; buffers&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cached<BR>Mem:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 61521&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6184&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55337&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 462<BR>-/+ buffers/cache:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5721&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55799<BR>Swap:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9999&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9999</P>
<P>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; total&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; used&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; free&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; shared&nbsp;&nbsp;&nbsp; buffers&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cached<BR>Mem:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 61521&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6188&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55333&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 462<BR>-/+ buffers/cache:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5725&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55795<BR>Swap:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9999&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9999</P>
<P>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; total&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; used&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; free&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; shared&nbsp;&nbsp;&nbsp; buffers&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cached<BR>Mem:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 61521&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6191&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55330&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 463<BR>-/+ buffers/cache:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5728&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55793<BR>Swap:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9999&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9999</P>
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