Segmantation fault writing dcd files.

From: Ivan Vinogradov (ivan.vinogradov_at_utoronto.ca)
Date: Fri Mar 12 2004 - 09:07:26 CST

Hello all,

>Please send your namd configuretion file.
>It will help to solve your problem

      the config. file is exactly the same as provided on the web
      site:

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## JOB DESCRIPTION ##
#############################################################

# Minimization and Equilibration of
# Ubiquitin in a Water Sphere

#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS ##
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structure ../common/ubq_ws.psf
coordinates ../common/ubq_ws.pdb

set temperature 310
set outputname ubq_ws_eq

firsttimestep 0

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## SIMULATION PARAMETERS ##
#############################################################

# Input
paraTypeCharmm on
parameters ../common/par_all27_prot_lipid.inp
temperature $temperature

# Force-Field Parameters
exclude scaled1-4
1-4scaling 1.0
cutoff 12.
switching on
switchdist 10.
pairlistdist 13.5

# Integrator Parameters
timestep 2.0 ;# 2fs/step
rigidBonds all ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq 1
fullElectFrequency 2
stepspercycle 10

# Constant Temperature Control
langevin on ;# do langevin dynamics
langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp $temperature
langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens

# Output
outputName $outputname

restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq 500
outputEnergies 100
outputPressure 100

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## EXTRA PARAMETERS ##
#############################################################

# Spherical boundary conditions
sphericalBC on
sphericalBCcenter 30.3081743413, 28.8049907121, 15.353994423
sphericalBCr1 26.0
sphericalBCk1 10
sphericalBCexp1 2

#############################################################
## EXECUTION SCRIPT ##
#############################################################

# Minimization
minimize 100
reinitvels $temperature

run 5000 ;# 10ps
      

  

-- 
Best regards,
 Ivan                          mailto:ivan.vinogradov_at_utoronto.ca

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