############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # This is what this job does ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure initial.psf coordinates initial.pdb outputName out\pmf set temperature 310 firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters e:\namd\common\par_all27_prot_lipid.inp # NOTE: Do not set the initial velocity temperature if you # have also specified a .vel restart file! temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12. switching on switchdist 10. pairlistdist 13.5 # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen no ;# don't couple langevin bath to hydrogens restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 500 outputEnergies 100 #outputPressure 100 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# # Put here any custom parameters that are specific to # this job (e.g., SMD, TclForces, etc...) urestraint { pos pmf (INI, 2) kf=20 low=(-2.2 5.810 1.80318176746) hi=(-2.24090909958 6.8 1.80318176746) } mcti { task = stepup equiltime = 100 ps accumtime = 100 ps numsteps = 10 print = 1 ps } mcti { task = stepdown } ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## #############################################################