- a -

• atom_params : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu, ComputeNonbondedCUDA.C
• atomData : CompressPsf.C
• atomNamePool : CompressPsf.C
• atoms : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu, ComputeNonbondedCUDA.C
• atoms_alloc : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• atoms_size : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• atomsChanged : ComputeNonbondedCUDA.C
• atomSigPool : CompressPsf.C
• atomTypePool : CompressPsf.C
• averageLoad : ProxyMgr.C

- c -

• ccd_index_local_calc : ComputeNonbondedCUDA.C
• ccd_index_local_download : ComputeNonbondedCUDA.C
• ccd_index_remote_calc : ComputeNonbondedCUDA.C
• ccd_index_remote_download : ComputeNonbondedCUDA.C
• chargePool : CompressPsf.C
• computeMgr : ComputeNonbondedCUDA.C
• computesChanged : ComputeNonbondedCUDA.C
• coords : ScriptTcl.C
• cpuloads : ProxyMgr.C, NamdCentLB.C
• cpuTime_start : BackEnd.C
• cuda_timer_count : ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_timer_total : ComputeNonbondedCUDA.C
• cudaCompute : ComputeNonbondedCUDA.C

- d -

• dcdplugin : ScriptTcl.C
• debug : parm.C
• devicelist : ComputeNonbondedCUDA.C
• diffa : ComputeNonbondedBase2.h
• dout : DataStream.h, DataStream.C

- e -

• eachAtomClusterID : CompressPsf.C
• eachAtomExclSigs : CompressPsf.C
• eachAtomSigs : CompressPsf.C
• eachClusterSize : CompressPsf.C
• end_local_calc : ComputeNonbondedCUDA.C
• end_local_download : ComputeNonbondedCUDA.C
• end_remote_calc : ComputeNonbondedCUDA.C
• end_remote_download : ComputeNonbondedCUDA.C
• eventEndOfTimeStep : Node.C, Controller.C
• exclusions : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• exclusionsByAtom : ComputeNonbondedCUDA.C
• extraAngleParams : CompressPsf.C
• extraAngles : CompressPsf.C
• extraBondParams : CompressPsf.C
• extraBonds : CompressPsf.C
• extraDihedralParams : CompressPsf.C
• extraDihedrals : CompressPsf.C
• extraImproperParams : CompressPsf.C
• extraImpropers : CompressPsf.C

- f -

• fftw_plan_lock : OptPme.C
• filehandle : ScriptTcl.C
• first_pe_sharing_gpu : ComputeNonbondedCUDA.C
• firstphase : ComputeMgr.C
• force_buffers : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• force_buffers_alloc : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• force_buffers_size : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• force_lists : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu, ComputeNonbondedCUDA.C
• force_lists_alloc : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• force_lists_size : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• force_table : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• forces : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu, ComputeNonbondedCUDA.C
• fullf_j : ComputeNonbondedBase2.h

- g -

• g_cfgList : CompressPsf.C
• g_isClusterContiguous : CompressPsf.C
• g_mol : CompressPsf.C
• g_numClusters : CompressPsf.C
• g_param : CompressPsf.C
• g_simParam : CompressPsf.C
• global_map_x : fftmap.h
• global_map_y : fftmap.h
• global_map_z : fftmap.h
• gotsigint : Controller.C
• gpu_is_mine : ComputeNonbondedCUDA.C

- i -

• ignoresharing : ComputeNonbondedCUDA.C
• inNodeProxySpanDim : ProxyMgr.h, ProxyMgr.C

- j -

• j : ComputeNonbondedBase2.h

- k -

• kALittle : FreeEnergyEnums.h
• kAlmostMinusOne : FreeEnergyEnums.h
• kAlmostOne : FreeEnergyEnums.h
• kernel_launch_state : ComputeNonbondedCUDA.C
• kernel_time : ComputeNonbondedCUDA.C
• kGroupMultiplier : FreeEnergyGroup.h
• kGroupNumToStart : FreeEnergyGroup.h
• kLambdaMultiplier : FreeEnergyLambdMgr.h
• kLambdaNumToStart : FreeEnergyLambdMgr.h
• kMultiplier : FreeEnergyRMgr.h
• kNumToStart : FreeEnergyRMgr.h
• kPi : FreeEnergyEnums.h
• kqq : ComputeNonbondedBase2.h

- l -

• lj_pars : ComputeNonbondedBase2.h

- m -

• many_to_many_start : OptPme.C, fftlib.h
• massPool : CompressPsf.C
• max_atoms_per_patch : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• memusageinitobject : memusage.h
• mHrmT : Settle.C
• mOrmT : Settle.C

- n -

• namd_build_date : main.C
• namd_build_machine : main.C
• namd_build_user : main.C
• next_pe_sharing_gpu : ComputeNonbondedCUDA.C
• node_molecule : Node.C
• node_parameters : Node.C
• node_simParameters : Node.C
• npertype : ComputeNonbondedBase2.h
• num_atom_records_allocated : ComputeNonbondedCUDA.C
• numatoms : ScriptTcl.C

- p -

• p_ij_x : ComputeNonbondedBase2.h
• p_ij_y : ComputeNonbondedBase2.h
• p_ij_z : ComputeNonbondedBase2.h
• p_j : ComputeNonbondedBase2.h
• patch_pairs : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu, ComputeNonbondedCUDA.C
• patch_pairs_alloc : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• patch_pairs_size : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• pencilPMEProcessors : OptPme.C, ComputePme.C
• procidx : ProxyMgr.C
• proxyRecvSpanning : ProxyMgr.h, ProxyMgr.C
• proxySendSpanning : ProxyMgr.h, ProxyMgr.C
• proxySpanDim : ProxyMgr.h, ProxyMgr.C

- r -

• ra : Settle.C
• rb : Settle.C
• rc : Settle.C
• resNamePool : CompressPsf.C
• rra : Settle.C

- s -

• scaling_factors : ParseOptions.C
• segNamePool : CompressPsf.C
• settle_first_time : Settle.C
• shared_gpu : ComputeNonbondedCUDA.C
• sigsOfAngles : CompressPsf.C
• sigsOfBonds : CompressPsf.C
• sigsOfCrossterms : CompressPsf.C
• sigsOfDihedrals : CompressPsf.C
• sigsOfExclusions : CompressPsf.C
• sigsOfImpropers : CompressPsf.C
• slow_force_buffers : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• slow_forces : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu, ComputeNonbondedCUDA.C
• start_calc : ComputeNonbondedCUDA.C
• start_upload : ComputeNonbondedCUDA.C
• startupTime : Node.C
• stream : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu, ComputeNonbondedCUDA.C

- t -

• table_four_i : ComputeNonbondedBase2.h
• table_i : ComputeNonbondedBase2.h
• table_spacing : ComputeNonbondedBase2.h
• table_types : Parameters.C
• tableNumTypes : ComputeNonbondedBase2.h

- u -

• unit_string_array : ParseOptions.C
• usedevicelist : ComputeNonbondedCUDA.C
• useProxySync : Sync.h, Sync.C
• useSync : Sync.h, Sync.C

- v -

• vcoords : ScriptTcl.C
• vmdforces : GlobalMasterIMD.C

- w -

• wallTime_start : BackEnd.C

---