- _ -

• __align__() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• _get_keyval_scalar_() : colvarparse.C
• _get_keyval_scalar_string_() : colvarparse.C
• _get_keyval_vector_() : colvarparse.C
• _initCharm() : BackEnd.C
• _registerExternalModules() : moduleinit.C
• _registerNeighborLB() : moduleinit.C

- a -

• AddAtom() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• AddAtoms() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• AddAtomsInResidues() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• AddResidues() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• after_backend_init() : mainfunc.C, BackEnd.C
• all_init() : BackEnd.C
• atobool() : SimParameters.C
• average() : HomePatch.C

- b -

• build12Excls() : CompressPsf.C
• build13Excls() : CompressPsf.C
• build14Excls() : CompressPsf.C
• build_cuda_force_table() : ComputeNonbondedUtil.C, ComputeNonbondedCUDA.C
• buildAngleData() : CompressPsf.C
• buildAtomData() : CompressPsf.C
• buildBondData() : CompressPsf.C
• buildCrosstermData() : CompressPsf.C
• buildDihedralData() : CompressPsf.C
• buildExclusionData() : CompressPsf.C
• buildExclusions() : CompressPsf.C
• buildImproperData() : CompressPsf.C
• buildParamData() : CompressPsf.C

- c -

• calc_fulldirect() : ComputeFullDirect.C
• call_ck_cb() : fftlib.C
• cast_array() : varsizemsg.h
• cast_size() : varsizemsg.h
• cfftb() : pub3dfft.C
• cfftb1() : pub3dfft.C
• cfftf() : pub3dfft.C
• cfftf1() : pub3dfft.C
• cffti() : pub3dfft.C
• cffti1() : pub3dfft.C
• CheckParentheses() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• checkSum() : MStream.C
• circShift() : structures.h
• CkpvDeclare() : ProcessorPrivate.C
• CkpvExtern() : ProcessorPrivate.h, InfoStream.h
• CkpvStaticDeclare() : Communicate.C, BackEnd.C
• clearGlobalVectors() : CompressPsf.C
• close_dcd_read() : dcdlib.h, dcdlib.C
• close_dcd_write() : dcdlib.h, dcdlib.C
• compDistance() : HomePatch.C
• compLoad() : ProxyMgr.C
• compress_molecule_info() : CompressPsf.h, CompressPsf.C
• compress_psf_file() : CompressPsf.h, CompressPsf.C
• compute_b_moduli() : PmeKSpace.C
• compute_b_spline() : PmeBase.h, PmeBase.C
• convert() : ParseOptions.h, ParseOptions.C
• CreateNamdCentLB() : NamdCentLB.h, NamdCentLB.C
• CreateNamdNborLB() : NamdNborLB.h, NamdNborLB.C
• crossterm_setup() : Parameters.C, ComputeCrossterms.C
• CsmHandler() : Communicate.C
• cuda_bind_atom_params() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h, ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_atoms() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h, ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_exclusions() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h, ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_force_table() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h, ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_patch_pairs() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h, ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_check_local_calc() : ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_check_local_progress() : ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_check_remote_calc() : ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_check_remote_progress() : ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_errcheck() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h, ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_getargs() : ComputeNonbondedCUDA.C, BackEnd.C
• cuda_init() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h, ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_initialize() : ComputeNonbondedCUDA.C, BackEnd.C
• cuda_load_forces() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h, ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_nonbonded_forces() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h, ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_stream_finished() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h, ComputeNonbondedCUDAKernel.cu

- d -

• dataelement_cons_macro() : ParseOptions.C
• dataelement_cons_macro_default() : ParseOptions.C
• dev_nonbonded() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• dev_sum_forces() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• dftmod() : PmeKSpace.C
• dih_deriv() : colvarcomp_protein.C
• dih_func() : colvarcomp_protein.C
• dummy_erf() : erf.C
• dump_param() : DumpBench.C
• dumpbench() : DumpBench.h, DumpBench.C

- e -

• eigsrt() : colvartypes.h, colvarmodule.C
• endd() : DataStream.h
• endi() : InfoStream.h, InfoStream.C
• ETITLE() : Controller.C
• EXCLUDED() : ComputeNonbondedBase2.h, ComputeNonbondedBase.h
• exit_sched() : BackEnd.C

- f -

• Fclose() : common.h, common.C
• FEP() : ComputeNonbondedBase2.h, ComputeNonbondedBase.h
• fep_vdw_forceandenergies() : ComputeNonbondedFEP.C
• FEPTITLE() : Controller.C
• fill_header() : imd.C
• find_free_port() : GlobalMasterIMD.C
• flipNum() : CompressPsf.h, CompressPsf.C
• Fopen() : common.h, common.C
• FORMAT() : Controller.C
• forward_back_sub() : ComputeCrossterms.C

- g -

• G_q() : HomePatch.C
• generateAtomTypeTable() : ComputeEwald.C
• generatePmePeList() : ComputePme.C
• generatePmePeList2() : ComputePme.C
• get_3D_vector() : TclCommands.C
• get_lattice_from_ts() : ScriptTcl.C
• getAcceptorData() : CompressPsf.C
• getAngleData() : CompressPsf.C
• getAtomData() : CompressPsf.C
• GetAtomName() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• getBondData() : CompressPsf.C
• getCrosstermData() : CompressPsf.C
• getDihedralData() : CompressPsf.C
• getDonorData() : CompressPsf.C
• getExclusionData() : CompressPsf.C
• getExtraBonds() : CompressPsf.C
• getImproperData() : CompressPsf.C
• GetResNum() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• GetResRange() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• GetRestraint() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• GetSegName() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• GetTime() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C

- h -

• history_add_value() : colvar.C
• history_incr() : colvar.C

- i -

• iDEBUG() : InfoStream.h, InfoStream.C
• iERROR() : InfoStream.h, InfoStream.C
• iINFO() : InfoStream.h, InfoStream.C
• imd_disconnect() : imd.h, imd.C
• imd_go() : imd.C
• imd_handshake() : imd.h, imd.C
• imd_htonl() : imd.C
• imd_kill() : imd.h, imd.C
• imd_ntohl() : imd.C
• imd_pause() : imd.h, imd.C
• imd_readn() : imd.C
• imd_recv_energies() : imd.h, imd.C
• imd_recv_fcoords() : imd.h, imd.C
• imd_recv_handshake() : imd.h, imd.C
• imd_recv_header() : imd.h, imd.C
• imd_recv_header_nolengthswap() : imd.C
• imd_recv_mdcomm() : imd.h, imd.C
• imd_send_energies() : imd.h, imd.C
• imd_send_fcoords() : imd.h, imd.C
• imd_send_mdcomm() : imd.h, imd.C
• imd_trate() : imd.h, imd.C
• imd_writen() : imd.C
• init_exp() : ComputeEwald.C
• initializePmeGrid() : OptPme.C
• initializePmeMap() : fftmap.h
• integrateAllAtomSigs() : CompressPsf.C
• iPE() : InfoStream.h, InfoStream.C
• IsAResidue() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• IsAtom() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• IsAtomName() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• IsAtomNameList() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• IsEndGroup() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• isPmeProcessor() : NamdCentLB.C, ComputePme.C, AlgSeven.C
• IsResidue() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• IsResidueRange() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• IsStartGroup() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• iWARN() : InfoStream.h, InfoStream.C

- j -

• jacobi() : colvartypes.h, colvarmodule.C

- l -

• LdbCoordinator_initproc() : LdbCoordinator.h, LdbCoordinator.C
• loadMolInfo() : CompressPsf.C
• lookupCstPool() : CompressPsf.h
• lu_decomp_nopivot() : ComputeCrossterms.C
• lubksb() : HomePatch.C
• ludcmp() : HomePatch.C

- m -

• main() : mainfunc.C, loaddcd.c, FreeEnergyMain.C, flipdcd.c, flipbinpdb.c, fixdcd.c, dumpdcd.c, colvars_main.C
• master_init() : BackEnd.C
• mat_multiply_vec() : NamdOneTools.h, NamdOneTools.C
• MatrixFitRMS() : fitrms.h, fitrms.C
• memusage() : memusage.h, memusage.C
• memusage_kB() : memusage.h
• memusage_mallinfo() : memusage.C
• memusage_MB() : memusage.h
• memusage_mstats() : memusage.C
• memusage_proc_self_stat() : memusage.C
• memusage_ps() : memusage.C
• mollify() : HomePatch.C
• my_assert() : FreeEnergyAssert.C
• my_imd_connect() : GlobalMasterIMD.C
• my_sigint_handler() : Controller.C

- n -

• NAMD_backup_file() : common.h, common.C
• NAMD_blank_string() : strlib.h, strlib.C
• NAMD_bug() : common.h, common.C
• NAMD_die() : common.h, common.C
• NAMD_err() : common.h, common.C
• NAMD_find_first_word() : strlib.h, strlib.C
• NAMD_find_word() : strlib.h, strlib.C
• NAMD_new_handler() : BackEnd.C
• NAMD_pad() : strlib.h, strlib.C
• NAMD_quit() : common.h, common.C
• NAMD_read_int() : strlib.h, strlib.C
• NAMD_read_line() : strlib.h, strlib.C
• NAMD_remove_comment() : strlib.h, strlib.C
• NAMD_stringdup() : common.h, common.C
• NAMD_truncate() : strlib.h, strlib.C
• NAMD_write() : dcdlib.C, common.h, common.C, dcdlib.C
• new_array() : packmsg.h
• new_PDBData() : PDBData.h, PDBData.C
• next() : ParseOptions.C
• noInterNode() : ProxyMgr.C
• normalize3d() : fitrms.C

- o -

• obj_3D_vector() : TclCommands.C
• obj_getdoublearray() : TclVec.C
• obj_transabout() : TclVec.C
• obj_transmult() : TclVec.C
• obj_transvec() : TclVec.C
• obj_transvecinv() : TclVec.C
• obj_vecadd() : TclVec.C
• obj_veclength() : TclVec.C
• obj_vecmean() : TclVec.C
• obj_vecscale() : TclVec.C
• obj_vecstddev() : TclVec.C
• obj_vecsub() : TclVec.C
• obj_vecsum() : TclVec.C
• obj_vectrans() : TclVec.C
• open_dcd_read() : dcdlib.h, dcdlib.C
• open_dcd_write() : dcdlib.h, dcdlib.C
• open_dcd_write_par_slave() : dcdlib.h, dcdlib.C
• operator *() : colvarvalue.h, colvartypes.h
• operator!=() : CompressPsf.C
• operator+() : colvarvalue.h
• operator-() : colvarvalue.h
• operator/() : colvarvalue.h
• operator<<() : InfoStream.h, InfoStream.C, DataStream.h, DataStream.C, colvarvalue.h, colvarvalue.C, colvarmodule.h, colvarmodule.C, colvarbias_meta.C
• operator==() : CompressPsf.C
• operator>>() : colvarvalue.h, colvarvalue.C, colvarparse.C, colvarmodule.h, colvarmodule.C
• outer() : Tensor.h
• outputCompressedFile() : CompressPsf.C
• outputPsfFile() : CompressPsf.C

- p -

• PACK_MSG() : ProxyMgr.C, MigrateAtomsMsg.C, ComputeGlobalMsgs.C, ComputeDPMEMsgs.C, packmsg.h
• pad() : dcdlib.C
• pairlist_from_pairlist() : ComputeNonbondedInl.h
• parse_input_macro() : ParseOptions.C
• parse_input_macro_b() : ParseOptions.C
• parse_input_macro_default() : ParseOptions.C
• parse_input_macro_default_b() : ParseOptions.C
• parse_stringlist_macro() : ParseOptions.C
• passb() : pub3dfft.C
• passb2() : pub3dfft.C
• passb3() : pub3dfft.C
• passb4() : pub3dfft.C
• passb5() : pub3dfft.C
• passf() : pub3dfft.C
• passf2() : pub3dfft.C
• passf3() : pub3dfft.C
• passf4() : pub3dfft.C
• passf5() : pub3dfft.C
• pdb_field_str2enum() : colvarproxy_namd.C
• pme_d2f() : OptPme.C
• pme_f2d() : OptPme.C
• pp_clamp() : PressureProfile.h
• pp_reduction() : PressureProfile.h
• print_Matrix4() : Matrix4.h, Matrix4.C
• ProblemParsing() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• proc_anglegrad() : TclCommands.C
• proc_dihedralgrad() : TclCommands.C
• proc_getangle() : TclCommands.C
• proc_getbond() : TclCommands.C
• proc_getdihedral() : TclCommands.C
• processCpuLoad() : ProxyMgr.C
• ProcessorPrivateInit() : ProcessorPrivate.h, ProcessorPrivate.C
• pubd3di() : pub3dfft.h, pub3dfft.C
• pubdz3d() : pub3dfft.h, pub3dfft.C
• pubz3d() : pub3dfft.h, pub3dfft.C
• pubz3di() : pub3dfft.h, pub3dfft.C
• pubzd3d() : pub3dfft.h, pub3dfft.C
• PUPbytes() : Lattice.h

- r -

• read_binary_coors() : NamdState.C, NamdOneTools.h, NamdOneTools.C
• read_binary_file() : NamdOneTools.h, NamdOneTools.C
• read_dcdheader() : dcdlib.h
• read_dcdstep() : dcdlib.h
• ReadAlpha() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadAlphaNum() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadAValue() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadBound() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadChar() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadDigits() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadInput() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadNextItem() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadNextPmfSpec() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadNextRestraintType() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadParentheses() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadPmfBlock() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• readPsfFile() : CompressPsf.C
• ReadRestraints() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadTaskType() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadTimeUnits() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• readtoeoln() : PDB.C, parm.C
• ReadWhite() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadWord() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• recv_ungrid_done() : OptPme.C
• register_cb() : ScriptTcl.C, PluginIOMgr.C
• register_cuda_compute_pair() : ComputeNonbondedUtil.h, ComputeNonbondedCUDA.C
• register_cuda_compute_self() : ComputeNonbondedUtil.h, ComputeNonbondedCUDA.C
• register_exit_sched() : BackEnd.C
• registerUserEventsForAllComputeObjs() : Node.C, ComputeMgr.C
• rstring() : ParseOptions.C

- s -

• scale_coordinates() : PmeBase.h
• scale_forces() : PmeBase.h
• scale_n_copy_coordinates() : OptPme.C
• SELF() : ComputeNonbondedBase.h
• send_dgram() : main.C
• set_macro() : ParseOptions.C
• SetEqual() : FreeEnergyVector.C
• settle1() : Settle.h, Settle.C
• settle1init() : Settle.h, Settle.C
• settle1isinitted() : Settle.h, Settle.C
• settle2() : Settle.h, Settle.C
• settlev() : Settle.C
• SIMPARAM() : DumpBenchParams.h, DumpBench.C
• simple_scalar_dist_functions() : colvarcomp.h
• simple_set_macro() : ParseOptions.C
• sizeof_element() : packmsg.h
• slave_init() : BackEnd.C
• sortEntries_bubbleSort() : ComputeNonbondedInl.h
• sortEntries_mergeSort_v1() : ComputeNonbondedInl.h
• sortEntries_mergeSort_v2() : ComputeNonbondedInl.h
• sortEntries_selectionSort() : ComputeNonbondedInl.h
• Strdup() : ParseOptions.C
• swap4() : imd.C
• swap_header() : imd.C

- t -

• TABENERGY() : ComputeNonbondedBase2.h, ComputeNonbondedBase.h
• tbsoft_sendusage() : main.C
• tcl_append_matrix() : TclVec.C
• Tcl_centerOfMass() : Measure.C
• Tcl_centerOfNumber() : Measure.C
• tcl_get_matrix() : TclVec.C
• Tcl_loadCoords() : Measure.C
• Tcl_radiusOfGyration() : Measure.C
• tcl_vector_math_init() : TclCommands.h, TclCommands.C
• ti_vdw_force_energy_dUdl() : ComputeNonbondedFEP.C
• TITITLE() : Controller.C
• ToLower() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• trans_from_rotate() : Matrix4.h, Matrix4.C
• transpose() : colvartypes.h, colvarmodule.C

- u -

• unregister_cuda_compute() : ComputeNonbondedUtil.h, ComputeNonbondedCUDA.C
• ustring() : ParseOptions.C

- v -

• Vec_Init() : TclVec.C
• vec_rotation_matrix() : NamdOneTools.h, NamdOneTools.C
• vmdsock_accept() : vmdsock.h, vmdsock.C
• vmdsock_bind() : vmdsock.h, vmdsock.C
• vmdsock_connect() : vmdsock.h, vmdsock.C
• vmdsock_create() : vmdsock.h, vmdsock.C
• vmdsock_destroy() : vmdsock.h, vmdsock.C
• vmdsock_init() : vmdsock.h, vmdsock.C
• vmdsock_listen() : vmdsock.h, vmdsock.C
• vmdsock_read() : vmdsock.h, vmdsock.C
• vmdsock_selread() : vmdsock.h, vmdsock.C
• vmdsock_selwrite() : vmdsock.h, vmdsock.C
• vmdsock_write() : vmdsock.h, vmdsock.C

- w -

• wrap_coor() : Output.C
• wrap_coor_int() : Output.C
• write_dcdheader() : dcdlib.h, dcdlib.C
• write_dcdstep() : dcdlib.h, dcdlib.C
• write_dcdstep_par_header() : dcdlib.h, dcdlib.C
• write_dcdstep_par_slave() : dcdlib.h, dcdlib.C
• write_dcdstep_par_units() : dcdlib.h, dcdlib.C

---