- _ -

• __align__ : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• __TERNARY_ASSIGN : ComputeNonbondedInl.h
• _FILE_OFFSET_BITS : largefiles.h
• _get_keyval_scalar_ : colvarparse.C
• _get_keyval_scalar_proto_ : colvarparse.h
• _get_keyval_scalar_string_ : colvarparse.C
• _get_keyval_vector_ : colvarparse.C
• _get_keyval_vector_proto_ : colvarparse.h
• _LARGEFILE_SOURCE : largefiles.h
• _REAL : parm.h

- a -

• ADD_TENSOR : ReductionMgr.h
• ADD_TENSOR_OBJECT : ReductionMgr.h
• ADD_VECTOR : ReductionMgr.h
• ADD_VECTOR_OBJECT : ReductionMgr.h
• ALCH : ComputeNonbondedBase.h
• ALCHPAIR : ComputeNonbondedBase.h
• ALIGN_8 : packmsg.h
• ALL : Communicate.h
• ALLBUTME : Communicate.h
• ANGLES : GromacsTopFile.C
• ANGLETYPES : GromacsTopFile.C
• ANY : Communicate.h
• ASSERT : FreeEnergyAssert.h
• ASSERT_HPP : FreeEnergyAssert.h
• ATOMS : GromacsTopFile.C
• ATOMTYPES : GromacsTopFile.C
• AVGXY : Controller.C

- b -

• BCASTMSGSIZE : BroadcastMgr.h
• BINARY_PERATOM_OUTPUT : CompressPsf.h
• BLOCK_SIZE : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• BOLTZMAN : common.h
• BONDS : GromacsTopFile.C
• BONDTYPES : GromacsTopFile.C
• BoolToString : SimParameters.C
• BUFSIZE : Communicate.h

- c -

• C1 : SimParameters.h
• C2 : SimParameters.h
• CALCENERGY : ComputeNonbondedTabEnergies.C, ComputeNonbondedStd.C, ComputeNonbondedPProf.C, ComputeNonbondedLES.C, ComputeNonbondedFEP.C
• CALCULATE : Controller.C
• CALLBACKDATA : Controller.C
• CALLBACKLIST : Controller.C
• cbrt : Parameters.h, Controller.C
• CHDIR : SimParameters.C, mainfunc.C, colvarbias_meta.C
• CHECK_FEOF : dcdlib.C
• CHECK_FREAD : dcdlib.C
• CHECKATOMID : CompressPsf.C
• CLASS : ComputeNonbondedBase.h
• CLASSNAME : ComputeNonbondedBase.h
• CmiGetFirstPeOnPhysicalNode : ReductionMgr.C
• CmiNumPesOnPhysicalNode : ReductionMgr.C
• CmiPeOnSamePhysicalNode : ReductionMgr.C
• CmiPhysicalNodeID : ReductionMgr.C
• CMPSIGS : structures.h
• COLOUMB : common.h
• COLVARS_DEBUG : colvarmodule.h
• COLVARS_VERSION : colvarmodule.h
• COMPRESSED_PSF_MAGICNUM : CompressPsf.h
• COMPRESSED_PSF_VER : CompressPsf.h
• COMPUTE_CORRECTION : Rebalancer.h
• COMPUTE_HOME_PRIORITY : Priorities.h
• COMPUTE_LOAD : Rebalancer.C
• COMPUTE_PROXY_PRIORITY : Priorities.h
• COPY_ATOM : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• COPY_ATOM_FROM_SHARED : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• COPY_ATOM_TO_SHARED : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• COPY_PARAM : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• CTRL_STK_SZ : Thread.h
• CUDA : ComputeNonbondedBase.h
• CUDA_CONDITION : ComputeNonbondedCUDA.C
• CYCLE_BARRIER : common.h

- d -

• dataelement_cons_macro : ParseOptions.C
• dataelement_cons_macro_default : ParseOptions.C
• DCD_BADEOF : dcdlib.h
• DCD_BADFORMAT : dcdlib.h
• DCD_BADMALLOC : dcdlib.h
• DCD_BADREAD : dcdlib.h
• DCD_DNE : dcdlib.h
• DCD_FILEEXISTS : dcdlib.h
• DCD_OPENFAILED : dcdlib.h
• Debug : Debug.h
• DEBUG_LEVEL : LdbCoordinator.C
• DebugM : Debug.h
• DEFAULTS : GromacsTopFile.C
• DEG2RAD : ScriptTcl.C
• DEGTORAD : TclVec.C, Matrix4.C
• DIHEDRALS : GromacsTopFile.C
• DIHEDRALTYPES : GromacsTopFile.C
• DPMTATAG : common.h
• DrudeAtom : structures.h

- e -

• ENABLETABLES : Parameters.C
• END_OF_RUN : Output.h
• ENERGY : ComputeNonbondedBase.h
• ENERGYNAME : ComputeNonbondedBase.h
• ENUMS_HPP : FreeEnergyEnums.h
• EVAL_MEASURE : Output.h
• EXCHCK_FULL : Molecule.h
• EXCHCK_MOD : Molecule.h
• EXCLUDED : ComputeNonbondedBase2.h, ComputeNonbondedBase.h
• EXPAND_INNER_BRICK : RefineTorusLB.C

- f -

• FALSE : common.h
• FAST : ComputeNonbondedBase.h
• FASTER : ComputeCrossterms.C
• FBUFSIZE : dcdlib.C
• FEP : ComputeNonbondedBase2.h, ComputeNonbondedBase.h
• FEPFLAG : ComputeNonbondedFEP.C
• FEPNAME : ComputeNonbondedBase.h
• FILE_OUTPUT : Output.h
• FLIPEIGHT : flipdcd.c
• FLIPFOUR : flipdcd.c
• FMAX : Sequencer.C
• FMAX2 : Sequencer.C
• FORCE_INNER_LOOP : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• FORCE_TABLE_SIZE : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• FULL : ComputeNonbondedBase.h
• FULLDIRECT_PERIODIC : ComputeFullDirect.C
• FULLELECT : ComputeNonbondedTabEnergies.C, ComputeNonbondedStd.C, ComputeNonbondedPProf.C, ComputeNonbondedLES.C, ComputeNonbondedFEP.C
• FULLELECTNAME : ComputeNonbondedBase.h
• FULLFORCETAG : common.h
• FULLTAG : common.h

- g -

• GET_TENSOR : ReductionMgr.h
• GET_VECTOR : ReductionMgr.h
• GETCWD : mainfunc.C, colvarbias_meta.C
• GF_FORCE_OUTPUT : ComputeGridForce.C
• GF_FORCE_OUTPUT_FREQ : ComputeGridForce.C
• GLOBALMASTERFREEENERGY_H : GlobalMasterFreeEnergy.h
• GRIDBLOCKX : GridForceGrid.h
• GRIDBLOCKY : GridForceGrid.h
• GRIDBLOCKZ : GridForceGrid.h
• GRIDSEGSZ : ComputeGridForce.h
• GROUP_HPP : FreeEnergyGroup.h
• GrowthFactor : ResizeArrayRaw.h

- h -

• HBAcceptorAtom : structures.h
• HBAntecedentAtom : structures.h
• HBDonorAtom : structures.h
• HBHydrogenAtom : structures.h
• HEADERSIZE : imd.C
• HydrogenAtom : structures.h

- i -

• iDEBUGF : InfoStream.h, DataStream.h
• iERRORF : InfoStream.h, DataStream.h
• iFILE : InfoStream.h, DataStream.h
• iINFOF : InfoStream.h, DataStream.h
• IMDVERSION : imd.C
• INDEX : Parameters.C, ComputeCrossterms.C
• initialize_forcepars : colvar.C
• INT : ComputeNonbondedBase.h
• INT64_LITERAL : Random.h
• INTFLAG : ComputeNonbondedStd.C
• iout : InfoStream.h
• iWARNF : InfoStream.h, DataStream.h

- j -

• japs : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• JOULES_PER_CALORIE : GromacsTopFile.C
• jpqs : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu

- l -

• LAM : ComputeNonbondedBase.h
• LAMBDA_HPP : FreeEnergyLambda.h
• LAMBDMGR_HPP : FreeEnergyLambdMgr.h
• LAST : ComputeNonbondedBase.h
• LDB_DEBUG : Rebalancer.h
• LDBSTRAT_ALG7 : SimParameters.h
• LDBSTRAT_ASB8 : SimParameters.h
• LDBSTRAT_NONE : SimParameters.h
• LDBSTRAT_OTHER : SimParameters.h
• LDBSTRAT_REFINEONLY : SimParameters.h
• LES : ComputeNonbondedBase.h
• LESFLAG : ComputeNonbondedLES.C
• LIMIT_SCALING : Controller.C
• LINESIZE : PDB.C, GromacsTopFile.C
• LOCALMOD : InfoStream.h, InfoStream.C, DataStream.h
• LonepairAtom : structures.h
• LONGNAMESIZE : GromacsTopFile.h
• LSEEK : dcdlib.C

- m -

• M_PI : pub3dfft.C, PmeBase.h, Molecule.C
• MANY_TO_MANY_SETUP : fftlib.h
• MANY_TO_MANY_START : fftlib.h
• MAP_FILE : loaddcd.c, flipdcd.c, flipbinpdb.c, fixdcd.c, dumpdcd.c
• MATSWAP : Matrix4.C
• MAX_ATOMS_PER_PATCH : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• MAX_ATOMTYPE_CHARS : Parameters.h
• MAX_DEBUG_LEVEL : Debug.h
• MAX_EXCLUSIONS : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• MAX_INTERNODE : ProxyMgr.C
• MAX_MULTIPLICITY : Parameters.h
• MAX_NEIGHBORS : common.h
• MAX_SCRIPT_PARAM_SIZE : SimParameters.C, Node.h
• MAXHGS : HomePatch.C
• MAXNEIGHBOUR : RecBisection.h
• MERGEELECT : ComputeNonbondedTabEnergies.C, ComputeNonbondedStd.C, ComputeNonbondedPProf.C, ComputeNonbondedLES.C, ComputeNonbondedFEP.C
• MERGEELECTNAME : ComputeNonbondedBase.h
• MIN_DEBUG_LEVEL : WorkDistrib.C, Sync.C, Sequencer.C, ScriptTcl.C, ReductionMgr.C, ProxyPatch.C, ProxyMgr.C, PatchMgr.C, PatchMap.C, Patch.C, Parameters.C, OptPme.C, Node.C, NamdOneTools.C, MStream.C, Molecule.C, MigrateAtomsMsg.C, LdbCoordinator.C, HomePatch.C, GridForceGrid.C, GlobalMasterTMD.C, GlobalMasterTest.C, GlobalMasterTcl.C, GlobalMasterSMD.C, GlobalMasterServer.C, GlobalMasterMisc.C, GlobalMasterIMD.C, GlobalMasterFreeEnergy.C, GlobalMasterEasy.C, GlobalMaster.C, Debug.h, Controller.C, ComputePme.C, ComputePatchPair.C, ComputePatch.C, ComputeNonbondedSelf.C, ComputeNonbondedPair.C, ComputeMgr.C, ComputeMap.C, ComputeHomePatches.C, ComputeHomePatch.C, ComputeGridForce.C, ComputeGlobalMsgs.C, ComputeGlobal.C, ComputeFullDirect.C, ComputeExt.C, ComputeEwald.C, ComputeDPMTA.C, ComputeDPMEMsgs.C, ComputeDPME.C, Compute.C, BroadcastMgr.C, BroadcastClient.C, AtomMap.C
• MinSize : ResizeArrayRaw.h
• MODIFIED : ComputeNonbondedBase.h
• MODULO : PatchMap.inl
• MOLECULE2_C : Molecule2.C
• MOLECULES : GromacsTopFile.C
• MOLECULETAG : common.h
• MOLECULETYPE : GromacsTopFile.C
• MOVETO : Controller.C
• mynearbyint : common.h
• myPatchPair : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu

- n -

• NAIVE : SimParameters.h
• NAMD_ComputeNonbonded_SortAtoms : common.h
• NAMD_ComputeNonbonded_SortAtoms_LessBranches : common.h
• namd_reciprocal : Vector.h
• namd_rsqrt : Vector.h
• NAMD_SeparateWaters : common.h
• NAMD_write : dcdlib.C, common.h, common.C, dcdlib.C
• namdMyNode : Output.C
• NAME : ComputeNonbondedBase.h
• NAMESIZE : GromacsTopFile.h
• NBPAIR : ComputeNonbondedInl.h
• NBSELF : ComputeNonbondedInl.h
• NBTYPE : ComputeNonbondedTabEnergies.C, ComputeNonbondedStd.C, ComputeNonbondedPProf.C, ComputeNonbondedLES.C, ComputeNonbondedFEP.C
• NBWORKARRAY : ComputeNonbondedUtil.h
• NBWORKARRAYSINIT : ComputeNonbondedUtil.h
• NFILE_POS : dcdlib.C
• NO : common.h
• NOENERGY : ComputeNonbondedBase.h
• NOFULL : ComputeNonbondedBase.h
• NONBOND : GromacsTopFile.C
• NONE : SimParameters.h
• NORMAL : ComputeNonbondedBase.h
• NOSHORT : ComputeNonbondedBase.h
• NOT_ALCHPAIR : ComputeNonbondedBase.h
• NOTABENERGY : ComputeNonbondedBase.h
• NPRIV_POS : dcdlib.C
• NSAVC_POS : dcdlib.C
• NSTEP_POS : dcdlib.C

- o -

• O_LARGEFILE : dcdlib.C
• ONE : common.h
• ONEFOUR : SimParameters.h
• ONETHREE : SimParameters.h
• ONETWO : SimParameters.h
• order : PmeRealSpace.C, OptPmeRealSpace.C
• OxygenAtom : structures.h

- p -

• PACK : PatchMap.C, packmsg.h, ComputeMap.C
• PACK_AND_NEW_ARRAY : packmsg.h
• PACK_ARRAY : packmsg.h
• PACK_MEMORY : packmsg.h
• PACK_MSG : ProxyMgr.C, MigrateAtomsMsg.C, ComputeGlobalMsgs.C, ComputeDPMEMsgs.C, packmsg.h
• PACK_RESIZE : packmsg.h
• PACK_THIS : packmsg.h
• PACKMSG_CHECKSUM : packmsg.h
• PACKN : PatchMap.C
• PAIR : GromacsTopFile.C, ComputeNonbondedBase.h
• paraCharmm : Parameters.h
• paraXplor : Parameters.h
• PARSE_ANYTHING : ParseOptions.h
• PARSE_BIGREAL : ParseOptions.h
• PARSE_BOOL : ParseOptions.h
• PARSE_FLOAT : ParseOptions.h
• PARSE_HPP : FreeEnergyParse.h
• parse_input_macro : ParseOptions.C
• parse_input_macro_b : ParseOptions.C
• parse_input_macro_default : ParseOptions.C
• parse_input_macro_default_b : ParseOptions.C
• PARSE_INT : ParseOptions.h
• PARSE_MULTIPLES : ParseOptions.h
• PARSE_STRING : ParseOptions.h
• parse_stringlist_macro : ParseOptions.C
• PARSE_VECTOR : ParseOptions.h
• PATCH_PRIORITY : Priorities.h
• PATHSEP : SimParameters.C, mainfunc.C, colvarbias_meta.C
• PATHSEPSTR : SimParameters.C, mainfunc.C
• pdbData : Output.C
• PDBVELFACTOR : common.h
• PDBVELINVFACTOR : common.h
• PEMOD : ComputeFullDirect.C
• PHASE_GR : fftlib.h
• PHASE_UG : fftlib.h
• PHASE_XF : fftlib.h
• PHASE_YB : fftlib.h
• PHASE_YF : fftlib.h
• PHASE_ZB : fftlib.h
• PI : common.h, colvartypes.h
• Pme2Particle : ComputeDPMEMsgs.h
• PME_BARRIER : common.h
• PME_GRID_PRIORITY : Priorities.h
• PME_MAX_EVALS : PmeBase.h
• PME_PRIORITY : Priorities.h
• PME_TRANS2_PRIORITY : Priorities.h
• PME_TRANS_PRIORITY : Priorities.h
• PME_UNGRID_PRIORITY : Priorities.h
• PME_UNTRANS2_PRIORITY : Priorities.h
• PME_UNTRANS_PRIORITY : Priorities.h
• PmeVector : ComputeDPMEMsgs.h
• PNPERKCALMOL : common.h
• PPROF : ComputeNonbondedBase.h
• PPROFFLAG : ComputeNonbondedPProf.C
• PRESSUREFACTOR : common.h
• PRINT_BRACKET : Controller.C
• PRIORITY_SIZE : Priorities.h
• PROXY_CORRECTION : Rebalancer.h
• PROXY_DATA_PRIORITY : Priorities.h
• PROXY_LOAD : Rebalancer.C
• PROXY_RESULTS_PRIORITY : Priorities.h
• PROXYALLMSGBUFFERED : ProxyPatch.h
• PROXYDATAMSGBUFFERED : ProxyPatch.h
• PROXYMSGNOTBUFFERED : ProxyPatch.h

- r -

• R_SMALL : fitrms.C
• RAD2DEG : Output.C
• RADTODEG : TclVec.C, Matrix4.C
• RAND48_ADD : Random.h
• RAND48_MASK : Random.h
• RAND48_MULT : Random.h
• RAND48_SEED : Random.h
• READ : dcdlib.C
• READINT : loaddcd.c, flipdcd.c, fixdcd.c, dumpdcd.c
• REASSIGN : RefineTorusLB.C, Rebalancer.C
• REDUCTION_MAX_CHILDREN : ReductionMgr.h
• RESTRAINT_HPP : FreeEnergyRestrain.h
• restrict : ComputeNonbondedInl.h
• RIGID_ALL : SimParameters.h
• RIGID_NONE : SimParameters.h
• RIGID_WATER : SimParameters.h
• RMGR_HPP : FreeEnergyRMgr.h
• ROTATE : colvarmodule.C

- s -

• SCALED14 : SimParameters.h
• SCRIPT_PARSE_BOOL : SimParameters.C
• SCRIPT_PARSE_FLOAT : SimParameters.C
• SCRIPT_PARSE_INT : SimParameters.C
• SCRIPT_PARSE_MOD_FLOAT : SimParameters.C
• SCRIPT_PARSE_STRING : SimParameters.C
• SCRIPT_PARSE_VECTOR : SimParameters.C
• SELF : ComputeNonbondedBase.h
• SEQ : NamdNborLB.C
• SEQ_STK_SZ : Thread.h
• SET_EXCL : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu, ComputeNonbondedCUDA.C
• set_macro : ParseOptions.C
• SET_PRIORITY : Priorities.h
• SHARED_SIZE : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• SHARP : SimParameters.h
• SHORT : ComputeNonbondedBase.h
• SHRINK_INNER_BRICK : TorusLB.C
• SIMPARAM : DumpBenchParams.h, DumpBench.C
• simParams : Output.C
• SIMPARAMSTAG : common.h
• simple_scalar_dist_functions : colvarcomp.h
• simple_set_macro : ParseOptions.C
• SKIP : loaddcd.c, flipdcd.c, fixdcd.c, dumpdcd.c
• SKIPFOUR : loaddcd.c, flipdcd.c, fixdcd.c, dumpdcd.c
• SLOWONLY : ComputeNonbondedTabEnergies.C, ComputeNonbondedStd.C, ComputeNonbondedPProf.C, ComputeNonbondedLES.C, ComputeNonbondedFEP.C
• SLOWONLYNAME : ComputeNonbondedBase.h
• SMALLRAD : common.h
• SMALLRAD2 : common.h
• SPLIT_C1 : ComputeNonbondedUtil.C
• SPLIT_C2 : ComputeNonbondedUtil.C
• SPLIT_NONE : ComputeNonbondedUtil.C
• SPLIT_PATCH_HYDROGEN : SimParameters.h
• SPLIT_PATCH_POSITION : SimParameters.h
• SPLIT_SHIFT : ComputeNonbondedUtil.C
• SPLIT_XPLOR : ComputeNonbondedUtil.C
• SQRT_PI : PmeBase.h, ComputeExt.C
• ST_NODE_LOAD : Rebalancer.C
• STATICPARAMSTAG : common.h
• STDERR_LEVEL : Debug.h
• STEP_BARRIER : common.h
• STRINGNULL : common.h
• SYSTEM : GromacsTopFile.C

- t -

• TABENERGY : ComputeNonbondedBase2.h, ComputeNonbondedBase.h
• TABENERGYFLAG : ComputeNonbondedTabEnergies.C
• TABENERGYNAME : ComputeNonbondedBase.h
• TBSOFT_TRACK_MAXLEN : main.C
• TCL_STK_SZ : Thread.h
• TENSOR : ReductionMgr.h
• TI : ComputeNonbondedBase.h
• TIFLAG : ComputeNonbondedFEP.C
• TIMEFACTOR : common.h
• TINY : HomePatch.C
• TINYLOAD : AlgSeven.C, AlgNbor.C
• TRACE_COMPOBJ_IDOFFSET : Compute.h
• TRUE : common.h
• TWOPI : common.h

- u -

• UNITCELLSLOP : ScriptTcl.C
• UNKNOWN : GromacsTopFile.C
• UnknownAtom : structures.h
• UNPACK : PatchMap.C, ComputeMap.C
• UNPACKN : PatchMap.C
• USE_BARRIER : common.h
• USE_COMPAT_CONST : TclCommands.h, TclCommands.C, ScriptTcl.h, ScriptTcl.C, Measure.h, GlobalMasterTcl.h, GlobalMasterTcl.C, ComputeTclBC.h, ComputeTclBC.C

- v -

• VARSIZE_ARRAY : varsizemsg.h
• VARSIZE_DECL : varsizemsg.h
• VARSIZE_MSG : varsizemsg.h
• VECTOR : ReductionMgr.h
• VECTOR_HPP : FreeEnergyVector.h
• VERIFY : FreeEnergyAssert.h
• VERLETI : SimParameters.h
• VMD_PI : TclVec.C, Matrix4.C
• VMD_TWOPI : TclVec.C, Matrix4.C
• VMDSOCKINTERNAL : vmdsock.C

- w -

• WAT_SWM4 : common.h
• WAT_TIP3 : common.h
• WAT_TIP4 : common.h
• WRAP : NamdNborLB.C
• WRAPMODE_CELL : ComputeTclBC.C
• WRAPMODE_INPUT : ComputeTclBC.C
• WRAPMODE_NEAREST : ComputeTclBC.C
• WRAPMODE_PATCH : ComputeTclBC.C

- x -

• XPLOR : SimParameters.h
• XXXBIGREAL : SimParameters.C, Controller.C

- y -

• YES : common.h

- z -

• ZERO : common.h

---