Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

- _ -

• __align__ : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• __TERNARY_ASSIGN : ComputeNonbondedInl.h
• _FILE_OFFSET_BITS : largefiles.h
• _get_keyval_scalar_ : colvarparse.C
• _get_keyval_scalar_proto_ : colvarparse.h
• _get_keyval_scalar_string_ : colvarparse.C
• _get_keyval_vector_ : colvarparse.C
• _get_keyval_vector_proto_ : colvarparse.h
• _initCharm() : BackEnd.C
• _LARGEFILE_SOURCE : largefiles.h
• _REAL : parm.h
• _registerExternalModules() : moduleinit.C
• _registerNeighborLB() : moduleinit.C

- a -

• ACCEPTOR : structures.h
• ADD_TENSOR : ReductionMgr.h
• ADD_TENSOR_OBJECT : ReductionMgr.h
• ADD_VECTOR : ReductionMgr.h
• ADD_VECTOR_OBJECT : ReductionMgr.h
• AddAtom() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• AddAtoms() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• AddAtomsInResidues() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• AddResidues() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• after_backend_init() : mainfunc.C, BackEnd.C
• ALCH : ComputeNonbondedBase.h
• ALCHPAIR : ComputeNonbondedBase.h
• ALIGN_8 : packmsg.h
• ALL : Communicate.h
• all_init() : BackEnd.C
• ALLBUTME : Communicate.h
• Ambertoppar : parm.h
• Angle : structures.h
• ANGLE : structures.h
• ANGLES : GromacsTopFile.C
• ANGLETYPES : GromacsTopFile.C
• Aniso : structures.h
• ANY : Communicate.h
• ASSERT : FreeEnergyAssert.h
• ASSERT_HPP : FreeEnergyAssert.h
• atobool() : SimParameters.C
• Atom : structures.h
• atom_params : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu, ComputeNonbondedCUDA.C
• atomData : CompressPsf.C
• AtomID : NamdTypes.h
• AtomIDList : NamdTypes.h
• AtomNameInfo : structures.h
• atomNamePool : CompressPsf.C
• ATOMS : GromacsTopFile.C
• atoms : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu, ComputeNonbondedCUDA.C
• atoms_alloc : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• atoms_size : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• atomsChanged : ComputeNonbondedCUDA.C
• AtomSegResInfo : Molecule.h
• AtomSigID : NamdTypes.h
• atomSigPool : CompressPsf.C
• AtomType : NamdTypes.h
• atomTypePool : CompressPsf.C
• ATOMTYPES : GromacsTopFile.C
• average() : HomePatch.C
• averageLoad : ProxyMgr.C
• AVGXY : Controller.C

- b -

• BCASTMSGSIZE : BroadcastMgr.h
• BigReal : common.h
• BINARY_PERATOM_OUTPUT : CompressPsf.h
• BLOCK_SIZE : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• BOLTZMAN : common.h
• Bond : structures.h
• BOND : structures.h
• BONDS : GromacsTopFile.C
• BONDTYPES : GromacsTopFile.C
• Bool : common.h
• Bool_t : FreeEnergyEnums.h
• BoolToString : SimParameters.C
• Bound_t : FreeEnergyEnums.h
• BUFSIZE : Communicate.h
• build12Excls() : CompressPsf.C
• build13Excls() : CompressPsf.C
• build14Excls() : CompressPsf.C
• build_cuda_force_table() : ComputeNonbondedUtil.C, ComputeNonbondedCUDA.C
• buildAngleData() : CompressPsf.C
• buildAtomData() : CompressPsf.C
• buildBondData() : CompressPsf.C
• buildCrosstermData() : CompressPsf.C
• buildDihedralData() : CompressPsf.C
• buildExclusionData() : CompressPsf.C
• buildExclusions() : CompressPsf.C
• buildImproperData() : CompressPsf.C
• buildParamData() : CompressPsf.C

- c -

• C1 : SimParameters.h
• C2 : SimParameters.h
• calc_fulldirect() : ComputeFullDirect.C
• CALCENERGY : ComputeNonbondedTabEnergies.C, ComputeNonbondedStd.C, ComputeNonbondedPProf.C, ComputeNonbondedLES.C, ComputeNonbondedFEP.C
• CALCULATE : Controller.C
• call_ck_cb() : fftlib.C
• CALLBACKDATA : Controller.C
• CALLBACKLIST : Controller.C
• cast_array() : varsizemsg.h
• cast_size() : varsizemsg.h
• cbrt : Parameters.h, Controller.C
• ccd_index_local_calc : ComputeNonbondedCUDA.C
• ccd_index_local_download : ComputeNonbondedCUDA.C
• ccd_index_remote_calc : ComputeNonbondedCUDA.C
• ccd_index_remote_download : ComputeNonbondedCUDA.C
• cfftb() : pub3dfft.C
• cfftb1() : pub3dfft.C
• cfftf() : pub3dfft.C
• cfftf1() : pub3dfft.C
• cffti() : pub3dfft.C
• cffti1() : pub3dfft.C
• Charge : NamdTypes.h
• chargePool : CompressPsf.C
• CHDIR : SimParameters.C, mainfunc.C, colvarbias_meta.C
• CHECK_FEOF : dcdlib.C
• CHECK_FREAD : dcdlib.C
• CHECKATOMID : CompressPsf.C
• CheckParentheses() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• checkSum() : MStream.C
• circShift() : structures.h
• CkpvDeclare() : ProcessorPrivate.C
• CkpvExtern() : ProcessorPrivate.h, InfoStream.h
• CkpvStaticDeclare() : Communicate.C, BackEnd.C
• CLASS : ComputeNonbondedBase.h
• CLASSNAME : ComputeNonbondedBase.h
• clearGlobalVectors() : CompressPsf.C
• close_dcd_read() : dcdlib.h, dcdlib.C
• close_dcd_write() : dcdlib.h, dcdlib.C
• CMAP_PHI_0 : ComputeCrossterms.C
• CMAP_PSI_0 : ComputeCrossterms.C
• CMAP_SETUP_DIM : ComputeCrossterms.C
• CMAP_SPACING : ComputeCrossterms.C
• CMAP_TABLE_DIM : ComputeCrossterms.C
• CmiGetFirstPeOnPhysicalNode : ReductionMgr.C
• CmiNumPesOnPhysicalNode : ReductionMgr.C
• CmiPeOnSamePhysicalNode : ReductionMgr.C
• CmiPhysicalNodeID : ReductionMgr.C
• CMPSIGS : structures.h
• COLOUMB : common.h
• COLVARS_DEBUG : colvarmodule.h
• COLVARS_VERSION : colvarmodule.h
• CompAtomExtList : NamdTypes.h
• CompAtomList : NamdTypes.h
• compDistance() : HomePatch.C
• compLoad() : ProxyMgr.C
• compress_molecule_info() : CompressPsf.h, CompressPsf.C
• compress_psf_file() : CompressPsf.h, CompressPsf.C
• COMPRESSED_PSF_MAGICNUM : CompressPsf.h
• COMPRESSED_PSF_VER : CompressPsf.h
• compute_b_moduli() : PmeKSpace.C
• compute_b_spline() : PmeBase.h, PmeBase.C
• COMPUTE_CORRECTION : Rebalancer.h
• COMPUTE_HOME_PRIORITY : Priorities.h
• COMPUTE_LOAD : Rebalancer.C
• COMPUTE_PROXY_PRIORITY : Priorities.h
• computeAnglesType : ComputeMap.h
• computeBondsType : ComputeMap.h
• computeConsForceType : ComputeMap.h
• computeConsTorqueType : ComputeMap.h
• computeCrosstermsType : ComputeMap.h
• computeCylindricalBCType : ComputeMap.h
• computeDihedralsType : ComputeMap.h
• computeEFieldType : ComputeMap.h
• computeErrorType : ComputeMap.h
• computeEwaldType : ComputeMap.h
• computeExclsType : ComputeMap.h
• computeExtType : ComputeMap.h
• computeFullDirectType : ComputeMap.h
• computeGlobalType : ComputeMap.h
• computeGridForceType : ComputeMap.h
• ComputeHomePatchList : ComputeHomePatches.h
• ComputeID : NamdTypes.h
• ComputeIDList : Patch.h
• ComputeIDListIter : Sync.h, Patch.C
• computeImpropersType : ComputeMap.h
• ComputeList : NamdTypes.h
• COMPUTEMAX : LdbCoordinator.h
• computeMgr : ComputeNonbondedCUDA.C
• computeNonbondedCUDAType : ComputeMap.h
• computeNonbondedPairType : ComputeMap.h
• computeNonbondedSelfType : ComputeMap.h
• computePmeType : ComputeMap.h
• computeRestraintsType : ComputeMap.h
• computesChanged : ComputeNonbondedCUDA.C
• computeSelfAnglesType : ComputeMap.h
• computeSelfBondsType : ComputeMap.h
• computeSelfCrosstermsType : ComputeMap.h
• computeSelfDihedralsType : ComputeMap.h
• computeSelfExclsType : ComputeMap.h
• computeSelfImpropersType : ComputeMap.h
• computeSphericalBCType : ComputeMap.h
• computeStirType : ComputeMap.h
• computeTclBCType : ComputeMap.h
• ComputeType : ComputeMap.h
• convert() : ParseOptions.h, ParseOptions.C
• Coordinate : NamdTypes.h
• coords : ScriptTcl.C
• COPY_ATOM : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• COPY_ATOM_FROM_SHARED : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• COPY_ATOM_TO_SHARED : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• COPY_PARAM : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cpuloads : ProxyMgr.C, NamdCentLB.C
• cpuTime_start : BackEnd.C
• CreateNamdCentLB() : NamdCentLB.h, NamdCentLB.C
• CreateNamdNborLB() : NamdNborLB.h, NamdNborLB.C
• Crossterm : structures.h
• CROSSTERM : structures.h
• crossterm_setup() : Parameters.C, ComputeCrossterms.C
• CsmHandler() : Communicate.C
• CTRL_STK_SZ : Thread.h
• CUDA : ComputeNonbondedBase.h
• cuda_bind_atom_params() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h, ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_atoms() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h, ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_exclusions() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h, ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_force_table() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h, ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_patch_pairs() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h, ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_check_local_calc() : ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_check_local_progress() : ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_check_remote_calc() : ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_check_remote_progress() : ComputeNonbondedCUDA.C
• CUDA_CONDITION : ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_errcheck() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h, ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_getargs() : ComputeNonbondedCUDA.C, BackEnd.C
• cuda_init() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h, ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_initialize() : ComputeNonbondedCUDA.C, BackEnd.C
• cuda_load_forces() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h, ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_nonbonded_forces() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h, ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_stream_finished() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h, ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_timer_count : ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_timer_total : ComputeNonbondedCUDA.C
• cudaCompute : ComputeNonbondedCUDA.C
• cvm : colvarmodule.h
• CYCLE_BARRIER : common.h

- d -

• dataelement_cons_macro : ParseOptions.C
• dataelement_cons_macro_default : ParseOptions.C
• DCD_BADEOF : dcdlib.h
• DCD_BADFORMAT : dcdlib.h
• DCD_BADMALLOC : dcdlib.h
• DCD_BADREAD : dcdlib.h
• DCD_DNE : dcdlib.h
• DCD_FILEEXISTS : dcdlib.h
• DCD_OPENFAILED : dcdlib.h
• dcdplugin : ScriptTcl.C
• debug : parm.C
• Debug : Debug.h
• DEBUG_LEVEL : LdbCoordinator.C
• DebugM : Debug.h
• DEFAULTS : GromacsTopFile.C
• DEG2RAD : ScriptTcl.C
• DEGTORAD : TclVec.C, Matrix4.C
• dev_nonbonded() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• dev_sum_forces() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• devicelist : ComputeNonbondedCUDA.C
• dftmod() : PmeKSpace.C
• diffa : ComputeNonbondedBase2.h
• dih_deriv() : colvarcomp_protein.C
• dih_func() : colvarcomp_protein.C
• Dihedral : structures.h
• DIHEDRAL : structures.h
• DIHEDRALS : GromacsTopFile.C
• DIHEDRALTYPES : GromacsTopFile.C
• DONOR : structures.h
• dout : DataStream.h, DataStream.C
• DPMTATAG : common.h
• DrudeAtom : structures.h
• DrudeConst : structures.h
• dummy_erf() : erf.C
• dummyTag : Broadcasts.h
• dump_param() : DumpBench.C
• dumpbench() : DumpBench.h, DumpBench.C

- e -

• e_pdb_beta : colvarproxy_namd.C
• e_pdb_field : colvarproxy_namd.C
• e_pdb_none : colvarproxy_namd.C
• e_pdb_ntot : colvarproxy_namd.C
• e_pdb_occ : colvarproxy_namd.C
• e_pdb_x : colvarproxy_namd.C
• e_pdb_y : colvarproxy_namd.C
• e_pdb_z : colvarproxy_namd.C
• eachAtomClusterID : CompressPsf.C
• eachAtomExclSigs : CompressPsf.C
• eachAtomSigs : CompressPsf.C
• eachClusterSize : CompressPsf.C
• eigsrt() : colvartypes.h, colvarmodule.C
• ENABLETABLES : Parameters.C
• end_local_calc : ComputeNonbondedCUDA.C
• end_local_download : ComputeNonbondedCUDA.C
• END_OF_RUN : Output.h
• end_remote_calc : ComputeNonbondedCUDA.C
• end_remote_download : ComputeNonbondedCUDA.C
• endd() : DataStream.h
• endi() : InfoStream.h, InfoStream.C
• ENERGY : ComputeNonbondedBase.h
• ENERGYNAME : ComputeNonbondedBase.h
• ENUMS_HPP : FreeEnergyEnums.h
• Error_t : FreeEnergyEnums.h
• ETITLE() : Controller.C
• EVAL_MEASURE : Output.h
• eventEndOfTimeStep : Node.C, Controller.C
• EXCHCK_FULL : Molecule.h
• EXCHCK_MOD : Molecule.h
• ExclSigID : NamdTypes.h
• EXCLUDED : ComputeNonbondedBase2.h, ComputeNonbondedBase.h
• EXCLUSION : structures.h
• exclusions : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• exclusionsByAtom : ComputeNonbondedCUDA.C
• ExclusionSettings : SimParameters.h
• exit_sched() : BackEnd.C
• EXPAND_INNER_BRICK : RefineTorusLB.C
• extraAngleParams : CompressPsf.C
• extraAngles : CompressPsf.C
• extraBondParams : CompressPsf.C
• extraBonds : CompressPsf.C
• extraDihedralParams : CompressPsf.C
• extraDihedrals : CompressPsf.C
• extraImproperParams : CompressPsf.C
• extraImpropers : CompressPsf.C

- f -

• FALSE : common.h
• FAST : ComputeNonbondedBase.h
• FASTER : ComputeCrossterms.C
• FBUFSIZE : dcdlib.C
• Fclose() : common.h, common.C
• FEP : ComputeNonbondedBase2.h, ComputeNonbondedBase.h
• fep_vdw_forceandenergies() : ComputeNonbondedFEP.C
• FEPFLAG : ComputeNonbondedFEP.C
• FEPNAME : ComputeNonbondedBase.h
• feptask_t : FreeEnergyEnums.h
• FEPTITLE() : Controller.C
• fftw_plan_lock : OptPme.C
• FILE_OUTPUT : Output.h
• filehandle : ScriptTcl.C
• fill_header() : imd.C
• find_free_port() : GlobalMasterIMD.C
• first_pe_sharing_gpu : ComputeNonbondedCUDA.C
• firstphase : ComputeMgr.C
• FLIPEIGHT : flipdcd.c
• FLIPFOUR : flipdcd.c
• flipNum() : CompressPsf.h, CompressPsf.C
• FMAX : Sequencer.C
• FMAX2 : Sequencer.C
• Fopen() : common.h, common.C
• Force : NamdTypes.h
• force_buffers : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• force_buffers_alloc : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• force_buffers_size : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• FORCE_INNER_LOOP : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• force_lists : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu, ComputeNonbondedCUDA.C
• force_lists_alloc : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• force_lists_size : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• force_table : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• FORCE_TABLE_SIZE : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• ForceList : NamdTypes.h
• forces : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu, ComputeNonbondedCUDA.C
• FORMAT() : Controller.C
• forward_back_sub() : ComputeCrossterms.C
• FourBodyConsts : Parameters.h
• FREE_RANGE : ParseOptions.h
• FULL : ComputeNonbondedBase.h
• FullAtomList : NamdTypes.h
• FULLDIRECT_PERIODIC : ComputeFullDirect.C
• FULLELECT : ComputeNonbondedTabEnergies.C, ComputeNonbondedStd.C, ComputeNonbondedPProf.C, ComputeNonbondedLES.C, ComputeNonbondedFEP.C
• FULLELECTNAME : ComputeNonbondedBase.h
• fullf_j : ComputeNonbondedBase2.h
• FULLFORCETAG : common.h
• FULLTAG : common.h

- g -

• g_cfgList : CompressPsf.C
• g_isClusterContiguous : CompressPsf.C
• g_mol : CompressPsf.C
• g_numClusters : CompressPsf.C
• g_param : CompressPsf.C
• G_q() : HomePatch.C
• g_simParam : CompressPsf.C
• generateAtomTypeTable() : ComputeEwald.C
• generatePmePeList() : ComputePme.C
• generatePmePeList2() : ComputePme.C
• get_3D_vector() : TclCommands.C
• get_lattice_from_ts() : ScriptTcl.C
• GET_TENSOR : ReductionMgr.h
• GET_VECTOR : ReductionMgr.h
• getAcceptorData() : CompressPsf.C
• getAngleData() : CompressPsf.C
• getAtomData() : CompressPsf.C
• GetAtomName() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• getBondData() : CompressPsf.C
• getCrosstermData() : CompressPsf.C
• GETCWD : mainfunc.C, colvarbias_meta.C
• getDihedralData() : CompressPsf.C
• getDonorData() : CompressPsf.C
• getExclusionData() : CompressPsf.C
• getExtraBonds() : CompressPsf.C
• getImproperData() : CompressPsf.C
• GetResNum() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• GetResRange() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• GetRestraint() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• GetSegName() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• GetTime() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• GF_FORCE_OUTPUT : ComputeGridForce.C
• GF_FORCE_OUTPUT_FREQ : ComputeGridForce.C
• global_map_x : fftmap.h
• global_map_y : fftmap.h
• global_map_z : fftmap.h
• GlobalMasterColvars : GlobalMasterColvars.h
• GLOBALMASTERFREEENERGY_H : GlobalMasterFreeEnergy.h
• gotsigint : Controller.C
• gpu_is_mine : ComputeNonbondedCUDA.C
• gradient_t : colvarbias_abf.h
• GRIDBLOCKX : GridForceGrid.h
• GRIDBLOCKY : GridForceGrid.h
• GRIDBLOCKZ : GridForceGrid.h
• GRIDSEGSZ : ComputeGridForce.h
• GROUP_HPP : FreeEnergyGroup.h
• GrowthFactor : ResizeArrayRaw.h

- h -

• HBAcceptorAtom : structures.h
• HBAntecedentAtom : structures.h
• HBDonorAtom : structures.h
• HBHydrogenAtom : structures.h
• HEADERSIZE : imd.C
• HGArrayBigReal : HomePatch.C
• HGArrayInt : HomePatch.C
• HGArrayVector : HomePatch.C
• HGMatrixBigReal : HomePatch.C
• HGMatrixVector : HomePatch.C
• history_add_value() : colvar.C
• history_incr() : colvar.C
• HomePatchList : HomePatchList.h
• HomePatchListIter : HomePatchList.h
• HydrogenAtom : structures.h
• HydrogenGroup : Hydrogen.h

- i -

• iDEBUG() : InfoStream.h, InfoStream.C
• iDEBUGF : InfoStream.h, DataStream.h
• iERROR() : InfoStream.h, InfoStream.C
• iERRORF : InfoStream.h, DataStream.h
• iFILE : InfoStream.h, DataStream.h
• ignoresharing : ComputeNonbondedCUDA.C
• iINFO() : InfoStream.h, InfoStream.C
• iINFOF : InfoStream.h, DataStream.h
• imd_disconnect() : imd.h, imd.C
• IMD_DISCONNECT : imd.h
• IMD_ENERGIES : imd.h
• IMD_FCOORDS : imd.h
• imd_go() : imd.C
• IMD_GO : imd.h
• imd_handshake() : imd.h, imd.C
• IMD_HANDSHAKE : imd.h
• imd_htonl() : imd.C
• IMD_IOERROR : imd.h
• imd_kill() : imd.h, imd.C
• IMD_KILL : imd.h
• IMD_MDCOMM : imd.h
• imd_ntohl() : imd.C
• imd_pause() : imd.h, imd.C
• IMD_PAUSE : imd.h
• imd_readn() : imd.C
• imd_recv_energies() : imd.h, imd.C
• imd_recv_fcoords() : imd.h, imd.C
• imd_recv_handshake() : imd.h, imd.C
• imd_recv_header() : imd.h, imd.C
• imd_recv_header_nolengthswap() : imd.C
• imd_recv_mdcomm() : imd.h, imd.C
• imd_send_energies() : imd.h, imd.C
• imd_send_fcoords() : imd.h, imd.C
• imd_send_mdcomm() : imd.h, imd.C
• imd_trate() : imd.h, imd.C
• IMD_TRATE : imd.h
• imd_writen() : imd.C
• IMDType : imd.h
• IMDVERSION : imd.C
• Improper : structures.h
• IMPROPER : structures.h
• Index : structures.h
• INDEX : Parameters.C, ComputeCrossterms.C
• IndexedTablePair : Parameters.h
• IndexedVdwPair : Parameters.h
• init_exp() : ComputeEwald.C
• initialize_forcepars : colvar.C
• initializePmeGrid() : OptPme.C
• initializePmeMap() : fftmap.h
• inNodeProxySpanDim : ProxyMgr.h, ProxyMgr.C
• INT : ComputeNonbondedBase.h
• int32 : loaddcd.c, imd.h, dumpdcd.c
• int64 : common.h
• INT64_LITERAL : Random.h
• integrateAllAtomSigs() : CompressPsf.C
• INTFLAG : ComputeNonbondedStd.C
• iout : InfoStream.h
• iPE() : InfoStream.h, InfoStream.C
• IsAResidue() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• IsAtom() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• IsAtomName() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• IsAtomNameList() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• IsEndGroup() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• isPmeProcessor() : NamdCentLB.C, ComputePme.C, AlgSeven.C
• IsResidue() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• IsResidueRange() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• IsStartGroup() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• item_t : FreeEnergyParse.h
• iWARN() : InfoStream.h, InfoStream.C
• iWARNF : InfoStream.h, DataStream.h

- j -

• j : ComputeNonbondedBase2.h
• jacobi() : colvartypes.h, colvarmodule.C
• japs : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• JOULES_PER_CALORIE : GromacsTopFile.C
• jpqs : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu

- k -

• k_fs : FreeEnergyParse.h
• k_ns : FreeEnergyParse.h
• k_ps : FreeEnergyParse.h
• kAccumTime : FreeEnergyParse.h
• kALittle : FreeEnergyEnums.h
• kAlmostMinusOne : FreeEnergyEnums.h
• kAlmostOne : FreeEnergyEnums.h
• kAlsoTrue : FreeEnergyEnums.h
• kAngle : FreeEnergyParse.h
• kAngleBound : FreeEnergyParse.h
• kAnglePMF : FreeEnergyParse.h
• kAtom : FreeEnergyParse.h
• kAtomName : FreeEnergyParse.h
• kAtomNameList : FreeEnergyParse.h
• kDihe : FreeEnergyParse.h
• kDiheBound : FreeEnergyParse.h
• kDihePMF : FreeEnergyParse.h
• kDist : FreeEnergyParse.h
• kDistBound : FreeEnergyParse.h
• kDistPMF : FreeEnergyParse.h
• kDown : FreeEnergyEnums.h
• kEndGroup : FreeEnergyParse.h
• kEquilTime : FreeEnergyParse.h
• kernel_launch_state : ComputeNonbondedCUDA.C
• kernel_time : ComputeNonbondedCUDA.C
• kFade : FreeEnergyEnums.h
• kFalse : FreeEnergyEnums.h
• kGroupMultiplier : FreeEnergyGroup.h
• kGroupNumToStart : FreeEnergyGroup.h
• kGrow : FreeEnergyEnums.h
• kLambda : FreeEnergyParse.h
• kLambdaMultiplier : FreeEnergyLambdMgr.h
• kLambdaNumToStart : FreeEnergyLambdMgr.h
• kLambdaT : FreeEnergyParse.h
• kLower : FreeEnergyEnums.h
• kMultiplier : FreeEnergyRMgr.h
• kNAMD_Problem : FreeEnergyEnums.h
• kNoGrow : FreeEnergyEnums.h
• kNoPrint : FreeEnergyParse.h
• kNoProblem : FreeEnergyEnums.h
• kNumRepeats : FreeEnergyParse.h
• kNumToStart : FreeEnergyRMgr.h
• kParsingProblem : FreeEnergyEnums.h
• kPi : FreeEnergyEnums.h
• kPosi : FreeEnergyParse.h
• kPosiBound : FreeEnergyParse.h
• kPosiPMF : FreeEnergyParse.h
• kPrint : FreeEnergyParse.h
• kqq : ComputeNonbondedBase2.h
• kRandom : FreeEnergyVector.h
• kRegular : FreeEnergyVector.h
• kResidue : FreeEnergyParse.h
• kResidueRange : FreeEnergyParse.h
• kStartGroup : FreeEnergyParse.h
• kStepDown : FreeEnergyEnums.h
• kStepFade : FreeEnergyEnums.h
• kStepGrow : FreeEnergyEnums.h
• kStepUp : FreeEnergyEnums.h
• kStop : FreeEnergyEnums.h
• kTask : FreeEnergyParse.h
• kTime : FreeEnergyParse.h
• kTrue : FreeEnergyEnums.h
• kUnknownBound : FreeEnergyEnums.h
• kUnknownItem : FreeEnergyParse.h
• kUnknownPmf : FreeEnergyParse.h
• kUnknownRestr : FreeEnergyParse.h
• kUnknownTask : FreeEnergyEnums.h
• kUnknownTime : FreeEnergyParse.h
• kUp : FreeEnergyEnums.h
• kUpper : FreeEnergyEnums.h

- l -

• LAM : ComputeNonbondedBase.h
• LAMBDA_HPP : FreeEnergyLambda.h
• LAMBDMGR_HPP : FreeEnergyLambdMgr.h
• LAST : ComputeNonbondedBase.h
• LDB_COMPUTES : LdbCoordinator.h
• LDB_DEBUG : Rebalancer.h
• LDB_PATCHES : LdbCoordinator.h
• LdbCoordinator_initproc() : LdbCoordinator.h, LdbCoordinator.C
• LDBSTRAT_ALG7 : SimParameters.h
• LDBSTRAT_ASB8 : SimParameters.h
• LDBSTRAT_NONE : SimParameters.h
• LDBSTRAT_OTHER : SimParameters.h
• LDBSTRAT_REFINEONLY : SimParameters.h
• LES : ComputeNonbondedBase.h
• LESFLAG : ComputeNonbondedLES.C
• LIMIT_SCALING : Controller.C
• LINESIZE : PDB.C, GromacsTopFile.C
• lj_pars : ComputeNonbondedBase2.h
• loadMolInfo() : CompressPsf.C
• LOCALMOD : InfoStream.h, InfoStream.C, DataStream.h
• LonepairAtom : structures.h
• LONGNAMESIZE : GromacsTopFile.h
• lookupCstPool() : CompressPsf.h
• Lphost : structures.h
• LSEEK : dcdlib.C
• lu_decomp_nopivot() : ComputeCrossterms.C
• lubksb() : HomePatch.C
• ludcmp() : HomePatch.C

- m -

• M_PI : pub3dfft.C, PmeBase.h, Molecule.C
• main() : mainfunc.C, loaddcd.c, FreeEnergyMain.C, flipdcd.c, flipbinpdb.c, fixdcd.c, dumpdcd.c, colvars_main.C
• MANY_TO_MANY_SETUP : fftlib.h
• many_to_many_start : OptPme.C, fftlib.h
• MANY_TO_MANY_START : fftlib.h
• MAP_FILE : loaddcd.c, flipdcd.c, flipbinpdb.c, fixdcd.c, dumpdcd.c
• Mass : NamdTypes.h
• massPool : CompressPsf.C
• master_init() : BackEnd.C
• mat_multiply_vec() : NamdOneTools.h, NamdOneTools.C
• MatrixFitRMS() : fitrms.h, fitrms.C
• MATSWAP : Matrix4.C
• MAX_ATOMS_PER_PATCH : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• max_atoms_per_patch : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• MAX_ATOMTYPE_CHARS : Parameters.h
• MAX_DEBUG_LEVEL : Debug.h
• MAX_EXCLUSIONS : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• MAX_INTERNODE : ProxyMgr.C
• MAX_MULTIPLICITY : Parameters.h
• MAX_NEIGHBORS : common.h
• MAX_SCRIPT_PARAM_SIZE : SimParameters.C, Node.h
• MAXHGS : HomePatch.C
• MAXNEIGHBOUR : RecBisection.h
• maxPatchDepends : WorkDistrib.h
• memusage() : memusage.h, memusage.C
• memusage_kB() : memusage.h
• memusage_mallinfo() : memusage.C
• memusage_MB() : memusage.h
• memusage_mstats() : memusage.C
• memusage_proc_self_stat() : memusage.C
• memusage_ps() : memusage.C
• memusageinitobject : memusage.h
• MERGEELECT : ComputeNonbondedTabEnergies.C, ComputeNonbondedStd.C, ComputeNonbondedPProf.C, ComputeNonbondedLES.C, ComputeNonbondedFEP.C
• MERGEELECTNAME : ComputeNonbondedBase.h
• mHrmT : Settle.C
• MigrationElem : Migration.h
• MigrationList : Migration.h
• MigrationListIter : Migration.h
• MIN_DEBUG_LEVEL : WorkDistrib.C, Sync.C, Sequencer.C, ScriptTcl.C, ReductionMgr.C, ProxyPatch.C, ProxyMgr.C, PatchMgr.C, PatchMap.C, Patch.C, Parameters.C, OptPme.C, Node.C, NamdOneTools.C, MStream.C, Molecule.C, MigrateAtomsMsg.C, LdbCoordinator.C, HomePatch.C, GridForceGrid.C, GlobalMasterTMD.C, GlobalMasterTest.C, GlobalMasterTcl.C, GlobalMasterSMD.C, GlobalMasterServer.C, GlobalMasterMisc.C, GlobalMasterIMD.C, GlobalMasterFreeEnergy.C, GlobalMasterEasy.C, GlobalMaster.C, Debug.h, Controller.C, ComputePme.C, ComputePatchPair.C, ComputePatch.C, ComputeNonbondedSelf.C, ComputeNonbondedPair.C, ComputeMgr.C, ComputeMap.C, ComputeHomePatches.C, ComputeHomePatch.C, ComputeGridForce.C, ComputeGlobalMsgs.C, ComputeGlobal.C, ComputeFullDirect.C, ComputeExt.C, ComputeEwald.C, ComputeDPMTA.C, ComputeDPMEMsgs.C, ComputeDPME.C, Compute.C, BroadcastMgr.C, BroadcastClient.C, AtomMap.C
• minimizeCoefficientTag : Broadcasts.h
• MinSize : ResizeArrayRaw.h
• MODIFIED : ComputeNonbondedBase.h
• MODULO : PatchMap.inl
• MOLECULE2_C : Molecule2.C
• MOLECULES : GromacsTopFile.C
• MOLECULETAG : common.h
• MOLECULETYPE : GromacsTopFile.C
• mollify() : HomePatch.C
• momentumCorrectionTag : Broadcasts.h
• mOrmT : Settle.C
• MovePatchList : PatchMgr.h
• MovePatchListIter : PatchMgr.h
• MOVETO : Controller.C
• MTSChoices : SimParameters.h
• my_assert() : FreeEnergyAssert.C
• my_imd_connect() : GlobalMasterIMD.C
• my_sigint_handler() : Controller.C
• myPatchPair : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu

- n -

• N_ANGSTROM : ParseOptions.h
• N_EV : ParseOptions.h
• N_FSEC : ParseOptions.h
• N_HOUR : ParseOptions.h
• N_KCAL : ParseOptions.h
• N_KELVIN : ParseOptions.h
• N_KJOULE : ParseOptions.h
• N_METER : ParseOptions.h
• N_MIN : ParseOptions.h
• N_NANOMETER : ParseOptions.h
• N_NSEC : ParseOptions.h
• N_SEC : ParseOptions.h
• N_UNIT : ParseOptions.h
• N_UNITS_UNDEFINED : ParseOptions.h
• NAIVE : SimParameters.h
• NAMD_backup_file() : common.h, common.C
• NAMD_blank_string() : strlib.h, strlib.C
• NAMD_bug() : common.h, common.C
• namd_build_date : main.C
• namd_build_machine : main.C
• namd_build_user : main.C
• NAMD_ComputeNonbonded_SortAtoms : common.h
• NAMD_ComputeNonbonded_SortAtoms_LessBranches : common.h
• NAMD_die() : common.h, common.C
• NAMD_err() : common.h, common.C
• NAMD_find_first_word() : strlib.h, strlib.C
• NAMD_find_word() : strlib.h, strlib.C
• NAMD_new_handler() : BackEnd.C
• NAMD_pad() : strlib.h, strlib.C
• NAMD_quit() : common.h, common.C
• NAMD_read_int() : strlib.h, strlib.C
• NAMD_read_line() : strlib.h, strlib.C
• namd_reciprocal : Vector.h
• NAMD_remove_comment() : strlib.h, strlib.C
• namd_rsqrt : Vector.h
• NAMD_SeparateWaters : common.h
• namd_sighandler_t : Controller.C
• NAMD_stringdup() : common.h, common.C
• NAMD_truncate() : strlib.h, strlib.C
• NAMD_write : dcdlib.C, common.h, common.C, dcdlib.C
• namdMyNode : Output.C
• NAME : ComputeNonbondedBase.h
• NAMESIZE : GromacsTopFile.h
• NBPAIR : ComputeNonbondedInl.h
• NBSELF : ComputeNonbondedInl.h
• NBTYPE : ComputeNonbondedTabEnergies.C, ComputeNonbondedStd.C, ComputeNonbondedPProf.C, ComputeNonbondedLES.C, ComputeNonbondedFEP.C
• NBWORKARRAY : ComputeNonbondedUtil.h
• NBWORKARRAYSINIT : ComputeNonbondedUtil.h
• NEGATIVE : ParseOptions.h
• new_array() : packmsg.h
• new_PDBData() : PDBData.h, PDBData.C
• next() : ParseOptions.C
• next_pe_sharing_gpu : ComputeNonbondedCUDA.C
• NFILE_POS : dcdlib.C
• NO : common.h
• node_molecule : Node.C
• node_parameters : Node.C
• node_simParameters : Node.C
• NodeID : NamdTypes.h
• NodeIDList : NamdTypes.h
• NOENERGY : ComputeNonbondedBase.h
• NOFULL : ComputeNonbondedBase.h
• noInterNode() : ProxyMgr.C
• NONBOND : GromacsTopFile.C
• NONE : SimParameters.h
• NORMAL : ComputeNonbondedBase.h
• normalize3d() : fitrms.C
• NOSHORT : ComputeNonbondedBase.h
• NOT_ALCHPAIR : ComputeNonbondedBase.h
• NOT_NEGATIVE : ParseOptions.h
• NOT_POSITIVE : ParseOptions.h
• NOTABENERGY : ComputeNonbondedBase.h
• notUsed : AtomMap.h
• npertype : ComputeNonbondedBase2.h
• NPRIV_POS : dcdlib.C
• NSAVC_POS : dcdlib.C
• NSTEP_POS : dcdlib.C
• num_atom_records_allocated : ComputeNonbondedCUDA.C
• numatoms : ScriptTcl.C

- o -

• O_LARGEFILE : dcdlib.C
• obj_3D_vector() : TclCommands.C
• obj_getdoublearray() : TclVec.C
• obj_transabout() : TclVec.C
• obj_transmult() : TclVec.C
• obj_transvec() : TclVec.C
• obj_transvecinv() : TclVec.C
• obj_vecadd() : TclVec.C
• obj_veclength() : TclVec.C
• obj_vecmean() : TclVec.C
• obj_vecscale() : TclVec.C
• obj_vecstddev() : TclVec.C
• obj_vecsub() : TclVec.C
• obj_vecsum() : TclVec.C
• obj_vectrans() : TclVec.C
• ONE : common.h
• ONEFOUR : SimParameters.h
• ONETHREE : SimParameters.h
• ONETWO : SimParameters.h
• open_dcd_read() : dcdlib.h, dcdlib.C
• open_dcd_write() : dcdlib.h, dcdlib.C
• open_dcd_write_par_slave() : dcdlib.h, dcdlib.C
• operator *() : colvarvalue.h, colvartypes.h
• operator!=() : CompressPsf.C
• operator+() : colvarvalue.h
• operator-() : colvarvalue.h
• operator/() : colvarvalue.h
• operator<<() : InfoStream.h, InfoStream.C, DataStream.h, DataStream.C, colvarvalue.h, colvarvalue.C, colvarmodule.h, colvarmodule.C, colvarbias_meta.C
• operator==() : CompressPsf.C
• operator>>() : colvarvalue.h, colvarvalue.C, colvarparse.C, colvarmodule.h, colvarmodule.C
• optPmeType : ComputeMap.h
• order : PmeRealSpace.C, OptPmeRealSpace.C
• outer() : Tensor.h
• outputCompressedFile() : CompressPsf.C
• outputPsfFile() : CompressPsf.C
• OxygenAtom : structures.h

- p -

• p_ij_x : ComputeNonbondedBase2.h
• p_ij_y : ComputeNonbondedBase2.h
• p_ij_z : ComputeNonbondedBase2.h
• p_j : ComputeNonbondedBase2.h
• PACK : PatchMap.C, packmsg.h, ComputeMap.C
• PACK_AND_NEW_ARRAY : packmsg.h
• PACK_ARRAY : packmsg.h
• PACK_MEMORY : packmsg.h
• PACK_MSG : ProxyMgr.C, MigrateAtomsMsg.C, ComputeGlobalMsgs.C, ComputeDPMEMsgs.C, packmsg.h
• PACK_RESIZE : packmsg.h
• PACK_THIS : packmsg.h
• PACKMSG_CHECKSUM : packmsg.h
• PACKN : PatchMap.C
• pad() : dcdlib.C
• PAIR : GromacsTopFile.C, ComputeNonbondedBase.h
• pairlist_from_pairlist() : ComputeNonbondedInl.h
• paraCharmm : Parameters.h
• paraXplor : Parameters.h
• PARSE_ANYTHING : ParseOptions.h
• PARSE_BIGREAL : ParseOptions.h
• PARSE_BOOL : ParseOptions.h
• PARSE_FLOAT : ParseOptions.h
• PARSE_HPP : FreeEnergyParse.h
• parse_input_macro : ParseOptions.C
• parse_input_macro_b : ParseOptions.C
• parse_input_macro_default : ParseOptions.C
• parse_input_macro_default_b : ParseOptions.C
• PARSE_INT : ParseOptions.h
• PARSE_MULTIPLES : ParseOptions.h
• PARSE_STRING : ParseOptions.h
• parse_stringlist_macro : ParseOptions.C
• PARSE_VECTOR : ParseOptions.h
• passb() : pub3dfft.C
• passb2() : pub3dfft.C
• passb3() : pub3dfft.C
• passb4() : pub3dfft.C
• passb5() : pub3dfft.C
• passf() : pub3dfft.C
• passf2() : pub3dfft.C
• passf3() : pub3dfft.C
• passf4() : pub3dfft.C
• passf5() : pub3dfft.C
• patch_pairs : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu, ComputeNonbondedCUDA.C
• patch_pairs_alloc : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• patch_pairs_size : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• PATCH_PRIORITY : Priorities.h
• PatchID : NamdTypes.h
• PatchIDList : NamdTypes.h
• PatchList : NamdTypes.h
• PATCHMAX : LdbCoordinator.h
• PATHSEP : SimParameters.C, mainfunc.C, colvarbias_meta.C
• PATHSEPSTR : SimParameters.C, mainfunc.C
• pdb_field_str2enum() : colvarproxy_namd.C
• PDBAtomList : PDB.h
• PDBAtomPtr : PDB.h
• pdbData : Output.C
• PDBVELFACTOR : common.h
• PDBVELINVFACTOR : common.h
• PEMOD : ComputeFullDirect.C
• pencilPMEProcessors : OptPme.C, ComputePme.C
• PHASE_GR : fftlib.h
• PHASE_UG : fftlib.h
• PHASE_XF : fftlib.h
• PHASE_YB : fftlib.h
• PHASE_YF : fftlib.h
• PHASE_ZB : fftlib.h
• PI : common.h, colvartypes.h
• plint : ComputeNonbondedUtil.h
• Pme2Particle : ComputeDPMEMsgs.h
• PME_BARRIER : common.h
• pme_d2f() : OptPme.C
• pme_f2d() : OptPme.C
• PME_GRID_PRIORITY : Priorities.h
• PME_MAX_EVALS : PmeBase.h
• PME_PRIORITY : Priorities.h
• PME_TRANS2_PRIORITY : Priorities.h
• PME_TRANS_PRIORITY : Priorities.h
• PME_UNGRID_PRIORITY : Priorities.h
• PME_UNTRANS2_PRIORITY : Priorities.h
• PME_UNTRANS_PRIORITY : Priorities.h
• PmeReduction : PmeBase.h
• PmeVector : ComputeDPMEMsgs.h
• pmf_t : FreeEnergyParse.h
• PNPERKCALMOL : common.h
• Position : NamdTypes.h
• PositionList : NamdTypes.h
• positionRescaleFactorTag : Broadcasts.h
• POSITIVE : ParseOptions.h
• pp_clamp() : PressureProfile.h
• pp_reduction() : PressureProfile.h
• PPROF : ComputeNonbondedBase.h
• PPROFFLAG : ComputeNonbondedPProf.C
• PRESSUREFACTOR : common.h
• pRestr : FreeEnergyRMgr.h
• PRINT_BRACKET : Controller.C
• print_Matrix4() : Matrix4.h, Matrix4.C
• PRIORITY_SIZE : Priorities.h
• ProblemParsing() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• proc_anglegrad() : TclCommands.C
• proc_dihedralgrad() : TclCommands.C
• proc_getangle() : TclCommands.C
• proc_getbond() : TclCommands.C
• proc_getdihedral() : TclCommands.C
• processCpuLoad() : ProxyMgr.C
• PROCESSORMAX : LdbCoordinator.h
• ProcessorPrivateInit() : ProcessorPrivate.h, ProcessorPrivate.C
• procidx : ProxyMgr.C
• PROXY_CORRECTION : Rebalancer.h
• PROXY_DATA_PRIORITY : Priorities.h
• PROXY_LOAD : Rebalancer.C
• PROXY_RESULTS_PRIORITY : Priorities.h
• PROXYALLMSGBUFFERED : ProxyPatch.h
• PROXYDATAMSGBUFFERED : ProxyPatch.h
• ProxyList : HomePatchTypes.h
• ProxyListIter : HomePatchTypes.h
• PROXYMSGNOTBUFFERED : ProxyPatch.h
• proxyRecvSpanning : ProxyMgr.h, ProxyMgr.C
• proxySendSpanning : ProxyMgr.h, ProxyMgr.C
• ProxySet : ProxyMgr.h
• ProxySetIter : ProxyMgr.h
• proxySpanDim : ProxyMgr.h, ProxyMgr.C
• proxyTreeNodeList : NamdTypes.h
• pubd3di() : pub3dfft.h, pub3dfft.C
• pubdz3d() : pub3dfft.h, pub3dfft.C
• pubz3d() : pub3dfft.h, pub3dfft.C
• pubz3di() : pub3dfft.h, pub3dfft.C
• pubzd3d() : pub3dfft.h, pub3dfft.C
• PUPbytes() : Lattice.h

- r -

• R_SMALL : fitrms.C
• ra : Settle.C
• RAD2DEG : Output.C
• RADTODEG : TclVec.C, Matrix4.C
• RAND48_ADD : Random.h
• RAND48_MASK : Random.h
• RAND48_MULT : Random.h
• RAND48_SEED : Random.h
• Range : ParseOptions.h
• rb : Settle.C
• rc : Settle.C
• READ : dcdlib.C
• read_binary_coors() : NamdState.C, NamdOneTools.h, NamdOneTools.C
• read_binary_file() : NamdOneTools.h, NamdOneTools.C
• read_dcdheader() : dcdlib.h
• read_dcdstep() : dcdlib.h
• ReadAlpha() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadAlphaNum() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadAValue() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadBound() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadChar() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadDigits() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadInput() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• READINT : loaddcd.c, flipdcd.c, fixdcd.c, dumpdcd.c
• ReadNextItem() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadNextPmfSpec() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadNextRestraintType() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadParentheses() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadPmfBlock() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• readPsfFile() : CompressPsf.C
• ReadRestraints() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadTaskType() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadTimeUnits() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• readtoeoln() : PDB.C, parm.C
• ReadWhite() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• ReadWord() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• Real : GromacsTopFile.h, common.h
• REASSIGN : RefineTorusLB.C, Rebalancer.C
• recv_ungrid_done() : OptPme.C
• REDUCTION_ANGLE_CHECKSUM : ReductionMgr.h
• REDUCTION_ANGLE_ENERGY : ReductionMgr.h
• REDUCTION_ANGULAR_MOMENTUM : ReductionMgr.h
• REDUCTION_ATOM_CHECKSUM : ReductionMgr.h
• REDUCTION_BC_ENERGY : ReductionMgr.h
• REDUCTION_BOND_CHECKSUM : ReductionMgr.h
• REDUCTION_BOND_ENERGY : ReductionMgr.h
• REDUCTION_CENTERED_KINETIC_ENERGY : ReductionMgr.h
• REDUCTION_COMPUTE_CHECKSUM : ReductionMgr.h
• REDUCTION_CROSSTERM_CHECKSUM : ReductionMgr.h
• REDUCTION_CROSSTERM_ENERGY : ReductionMgr.h
• REDUCTION_DIHEDRAL_CHECKSUM : ReductionMgr.h
• REDUCTION_DIHEDRAL_ENERGY : ReductionMgr.h
• REDUCTION_DRUDEBOND_CENTERED_KINETIC_ENERGY : ReductionMgr.h
• REDUCTION_DRUDECOM_CENTERED_KINETIC_ENERGY : ReductionMgr.h
• REDUCTION_ELECT_ENERGY : ReductionMgr.h
• REDUCTION_ELECT_ENERGY_F : ReductionMgr.h
• REDUCTION_ELECT_ENERGY_PME_TI_1 : ReductionMgr.h
• REDUCTION_ELECT_ENERGY_PME_TI_2 : ReductionMgr.h
• REDUCTION_ELECT_ENERGY_SLOW : ReductionMgr.h
• REDUCTION_ELECT_ENERGY_SLOW_F : ReductionMgr.h
• REDUCTION_ELECT_ENERGY_SLOW_TI_1 : ReductionMgr.h
• REDUCTION_ELECT_ENERGY_SLOW_TI_2 : ReductionMgr.h
• REDUCTION_ELECT_ENERGY_TI_1 : ReductionMgr.h
• REDUCTION_ELECT_ENERGY_TI_2 : ReductionMgr.h
• REDUCTION_EXCLUSION_CHECKSUM : ReductionMgr.h
• REDUCTION_EXT_FORCE_NBOND : ReductionMgr.h
• REDUCTION_EXT_FORCE_NORMAL : ReductionMgr.h
• REDUCTION_EXT_FORCE_SLOW : ReductionMgr.h
• REDUCTION_HALFSTEP_KINETIC_ENERGY : ReductionMgr.h
• REDUCTION_HALFSTEP_MOMENTUM : ReductionMgr.h
• REDUCTION_IMPROPER_CHECKSUM : ReductionMgr.h
• REDUCTION_IMPROPER_ENERGY : ReductionMgr.h
• REDUCTION_INT_CENTERED_KINETIC_ENERGY : ReductionMgr.h
• REDUCTION_INT_HALFSTEP_KINETIC_ENERGY : ReductionMgr.h
• REDUCTION_INT_VIRIAL_NBOND : ReductionMgr.h
• REDUCTION_INT_VIRIAL_NORMAL : ReductionMgr.h
• REDUCTION_INT_VIRIAL_SLOW : ReductionMgr.h
• REDUCTION_LJ_ENERGY : ReductionMgr.h
• REDUCTION_LJ_ENERGY_F : ReductionMgr.h
• REDUCTION_LJ_ENERGY_TI_1 : ReductionMgr.h
• REDUCTION_LJ_ENERGY_TI_2 : ReductionMgr.h
• REDUCTION_MARGIN_VIOLATIONS : ReductionMgr.h
• REDUCTION_MAX_CHILDREN : ReductionMgr.h
• REDUCTION_MAX_RESERVED : ReductionMgr.h
• REDUCTION_MAX_SET_ID : ReductionMgr.h
• REDUCTION_MIN_F_DOT_F : ReductionMgr.h
• REDUCTION_MIN_F_DOT_V : ReductionMgr.h
• REDUCTION_MIN_HUGE_COUNT : ReductionMgr.h
• REDUCTION_MIN_V_DOT_V : ReductionMgr.h
• REDUCTION_MISC_ENERGY : ReductionMgr.h
• REDUCTION_MOMENTUM : ReductionMgr.h
• REDUCTION_MOMENTUM_MASS : ReductionMgr.h
• REDUCTION_PAIR_ELECT_FORCE : ReductionMgr.h
• REDUCTION_PAIR_VDW_FORCE : ReductionMgr.h
• REDUCTION_PAIRLIST_WARNINGS : ReductionMgr.h
• REDUCTION_SMD_ENERGY : ReductionMgr.h
• REDUCTION_STRAY_CHARGE_ERRORS : ReductionMgr.h
• REDUCTION_VIRIAL_NBOND : ReductionMgr.h
• REDUCTION_VIRIAL_NORMAL : ReductionMgr.h
• REDUCTION_VIRIAL_SLOW : ReductionMgr.h
• REDUCTIONS_BASIC : ReductionMgr.h
• REDUCTIONS_PPROF_BONDED : ReductionMgr.h
• REDUCTIONS_PPROF_INTERNAL : ReductionMgr.h
• REDUCTIONS_PPROF_KINETIC : ReductionMgr.h
• REDUCTIONS_PPROF_NONBONDED : ReductionMgr.h
• REDUCTIONS_USER1 : ReductionMgr.h
• REDUCTIONS_USER2 : ReductionMgr.h
• ReductionTag : ReductionMgr.h
• register_cb() : ScriptTcl.C, PluginIOMgr.C
• register_cuda_compute_pair() : ComputeNonbondedUtil.h, ComputeNonbondedCUDA.C
• register_cuda_compute_self() : ComputeNonbondedUtil.h, ComputeNonbondedCUDA.C
• register_exit_sched() : BackEnd.C
• registerUserEventsForAllComputeObjs() : Node.C, ComputeMgr.C
• resNamePool : CompressPsf.C
• restr_t : FreeEnergyParse.h
• RESTRAINT_HPP : FreeEnergyRestrain.h
• restrict : ComputeNonbondedInl.h
• RIGID_ALL : SimParameters.h
• RIGID_NONE : SimParameters.h
• RIGID_WATER : SimParameters.h
• RMGR_HPP : FreeEnergyRMgr.h
• ROTATE : colvarmodule.C
• rra : Settle.C
• rstring() : ParseOptions.C

- s -

• scale_coordinates() : PmeBase.h
• scale_forces() : PmeBase.h
• scale_n_copy_coordinates() : OptPme.C
• SCALED14 : SimParameters.h
• ScaledPosition : Lattice.h
• scaling_factors : ParseOptions.C
• SCRIPT_CHECKPOINT : Broadcasts.h
• SCRIPT_DUMMY : Broadcasts.h
• SCRIPT_END : Broadcasts.h
• SCRIPT_MEASURE : Broadcasts.h
• SCRIPT_MINIMIZE : Broadcasts.h
• SCRIPT_OUTPUT : Broadcasts.h
• SCRIPT_PARSE_BOOL : SimParameters.C
• SCRIPT_PARSE_FLOAT : SimParameters.C
• SCRIPT_PARSE_INT : SimParameters.C
• SCRIPT_PARSE_MOD_FLOAT : SimParameters.C
• SCRIPT_PARSE_STRING : SimParameters.C
• SCRIPT_PARSE_VECTOR : SimParameters.C
• SCRIPT_REINITVELS : Broadcasts.h
• SCRIPT_RELOADCHARGES : Broadcasts.h
• SCRIPT_RESCALEVELS : Broadcasts.h
• SCRIPT_REVERT : Broadcasts.h
• SCRIPT_RUN : Broadcasts.h
• scriptBarrierTag : Broadcasts.h
• segNamePool : CompressPsf.C
• SELF : ComputeNonbondedBase.h
• send_dgram() : main.C
• SEQ : NamdNborLB.C
• SEQ_STK_SZ : Thread.h
• SET_EXCL : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu, ComputeNonbondedCUDA.C
• set_macro : ParseOptions.C
• SET_PRIORITY : Priorities.h
• SetEqual() : FreeEnergyVector.C
• settle1() : Settle.h, Settle.C
• settle1init() : Settle.h, Settle.C
• settle1isinitted() : Settle.h, Settle.C
• settle2() : Settle.h, Settle.C
• settle_first_time : Settle.C
• settlev() : Settle.C
• shared_gpu : ComputeNonbondedCUDA.C
• SHARED_SIZE : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• SHARP : SimParameters.h
• SHORT : ComputeNonbondedBase.h
• SHRINK_INNER_BRICK : TorusLB.C
• SigIndex : CompressPsf.C
• sigsOfAngles : CompressPsf.C
• sigsOfBonds : CompressPsf.C
• sigsOfCrossterms : CompressPsf.C
• sigsOfDihedrals : CompressPsf.C
• sigsOfExclusions : CompressPsf.C
• sigsOfImpropers : CompressPsf.C
• SIMPARAM : DumpBenchParams.h, DumpBench.C
• simParams : Output.C
• SIMPARAMSTAG : common.h
• simple_scalar_dist_functions : colvarcomp.h
• simple_set_macro : ParseOptions.C
• sizeof_element() : packmsg.h
• SKIP : loaddcd.c, flipdcd.c, fixdcd.c, dumpdcd.c
• SKIPFOUR : loaddcd.c, flipdcd.c, fixdcd.c, dumpdcd.c
• slave_init() : BackEnd.C
• slow_force_buffers : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• slow_forces : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu, ComputeNonbondedCUDA.C
• SLOWONLY : ComputeNonbondedTabEnergies.C, ComputeNonbondedStd.C, ComputeNonbondedPProf.C, ComputeNonbondedLES.C, ComputeNonbondedFEP.C
• SLOWONLYNAME : ComputeNonbondedBase.h
• SMALLRAD : common.h
• SMALLRAD2 : common.h
• sortEntries_bubbleSort() : ComputeNonbondedInl.h
• sortEntries_mergeSort_v1() : ComputeNonbondedInl.h
• sortEntries_mergeSort_v2() : ComputeNonbondedInl.h
• sortEntries_selectionSort() : ComputeNonbondedInl.h
• SortEntry : NamdTypes.h
• SPLIT_C1 : ComputeNonbondedUtil.C
• SPLIT_C2 : ComputeNonbondedUtil.C
• SPLIT_NONE : ComputeNonbondedUtil.C
• SPLIT_PATCH_HYDROGEN : SimParameters.h
• SPLIT_PATCH_POSITION : SimParameters.h
• SPLIT_SHIFT : ComputeNonbondedUtil.C
• SPLIT_XPLOR : ComputeNonbondedUtil.C
• SQRT_PI : PmeBase.h, ComputeExt.C
• ST_NODE_LOAD : Rebalancer.C
• start_calc : ComputeNonbondedCUDA.C
• start_upload : ComputeNonbondedCUDA.C
• startupTime : Node.C
• STATICPARAMSTAG : common.h
• STDERR_LEVEL : Debug.h
• STEP_BARRIER : common.h
• Strdup() : ParseOptions.C
• stream : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu, ComputeNonbondedCUDA.C
• STRINGNULL : common.h
• swap4() : imd.C
• swap_header() : imd.C
• SYSTEM : GromacsTopFile.C

- t -

• TABENERGY : ComputeNonbondedBase2.h, ComputeNonbondedBase.h
• TABENERGYFLAG : ComputeNonbondedTabEnergies.C
• TABENERGYNAME : ComputeNonbondedBase.h
• table_four_i : ComputeNonbondedBase2.h
• table_i : ComputeNonbondedBase2.h
• table_spacing : ComputeNonbondedBase2.h
• table_types : Parameters.C
• tableNumTypes : ComputeNonbondedBase2.h
• tbsoft_sendusage() : main.C
• TBSOFT_TRACK_MAXLEN : main.C
• tcl_append_matrix() : TclVec.C
• Tcl_centerOfMass() : Measure.C
• Tcl_centerOfNumber() : Measure.C
• tcl_get_matrix() : TclVec.C
• Tcl_loadCoords() : Measure.C
• Tcl_radiusOfGyration() : Measure.C
• TCL_STK_SZ : Thread.h
• tcl_vector_math_init() : TclCommands.h, TclCommands.C
• tcoupleCoefficientTag : Broadcasts.h
• TENSOR : ReductionMgr.h
• TI : ComputeNonbondedBase.h
• ti_vdw_force_energy_dUdl() : ComputeNonbondedFEP.C
• TIFLAG : ComputeNonbondedFEP.C
• TIMEFACTOR : common.h
• TimeUnits_t : FreeEnergyParse.h
• TINY : HomePatch.C
• TINYLOAD : AlgSeven.C, AlgNbor.C
• TITITLE() : Controller.C
• ToLower() : FreeEnergyParse.h, FreeEnergyParse.C
• TRACE_COMPOBJ_IDOFFSET : Compute.h
• trans_from_rotate() : Matrix4.h, Matrix4.C
• TransformList : NamdTypes.h
• transpose() : colvartypes.h, colvarmodule.C
• TRUE : common.h
• TuplePatchList : ComputeHomeTuples.h
• TuplePatchListIter : ComputeHomeTuples.h
• TupleSigType : structures.h
• TWOPI : common.h

- u -

• unit_string_array : ParseOptions.C
• UNITCELLSLOP : ScriptTcl.C
• Units : ParseOptions.h
• UNKNOWN : GromacsTopFile.C
• UnknownAtom : structures.h
• UNPACK : PatchMap.C, ComputeMap.C
• UNPACKN : PatchMap.C
• unregister_cuda_compute() : ComputeNonbondedUtil.h, ComputeNonbondedCUDA.C
• USE_BARRIER : common.h
• USE_COMPAT_CONST : TclCommands.h, TclCommands.C, ScriptTcl.h, ScriptTcl.C, Measure.h, GlobalMasterTcl.h, GlobalMasterTcl.C, ComputeTclBC.h, ComputeTclBC.C
• usedevicelist : ComputeNonbondedCUDA.C
• useProxySync : Sync.h, Sync.C
• useSync : Sync.h, Sync.C
• ustring() : ParseOptions.C

- v -

• VARSIZE_ARRAY : varsizemsg.h
• VARSIZE_DECL : varsizemsg.h
• VARSIZE_MSG : varsizemsg.h
• vcoords : ScriptTcl.C
• VdwValue : Parameters.h
• Vec_Init() : TclVec.C
• vec_rotation_matrix() : NamdOneTools.h, NamdOneTools.C
• VECTOR : ReductionMgr.h
• VECTOR_HPP : FreeEnergyVector.h
• Vector_t : FreeEnergyVector.h
• Velocity : NamdTypes.h
• VelocityList : NamdTypes.h
• velocityRescaleFactorTag : Broadcasts.h
• VERIFY : FreeEnergyAssert.h
• VERLETI : SimParameters.h
• VMD_PI : TclVec.C, Matrix4.C
• VMD_TWOPI : TclVec.C, Matrix4.C
• vmdforces : GlobalMasterIMD.C
• vmdsock_accept() : vmdsock.h, vmdsock.C
• vmdsock_bind() : vmdsock.h, vmdsock.C
• vmdsock_connect() : vmdsock.h, vmdsock.C
• vmdsock_create() : vmdsock.h, vmdsock.C
• vmdsock_destroy() : vmdsock.h, vmdsock.C
• vmdsock_init() : vmdsock.h, vmdsock.C
• vmdsock_listen() : vmdsock.h, vmdsock.C
• vmdsock_read() : vmdsock.h, vmdsock.C
• vmdsock_selread() : vmdsock.h, vmdsock.C
• vmdsock_selwrite() : vmdsock.h, vmdsock.C
• vmdsock_write() : vmdsock.h, vmdsock.C
• VMDSOCKINTERNAL : vmdsock.C

- w -

• wallTime_start : BackEnd.C
• WAT_SWM4 : common.h
• WAT_TIP3 : common.h
• WAT_TIP4 : common.h
• WRAP : NamdNborLB.C
• wrap_coor() : Output.C
• wrap_coor_int() : Output.C
• WRAPMODE_CELL : ComputeTclBC.C
• WRAPMODE_INPUT : ComputeTclBC.C
• WRAPMODE_NEAREST : ComputeTclBC.C
• WRAPMODE_PATCH : ComputeTclBC.C
• write_dcdheader() : dcdlib.h, dcdlib.C
• write_dcdstep() : dcdlib.h, dcdlib.C
• write_dcdstep_par_header() : dcdlib.h, dcdlib.C
• write_dcdstep_par_slave() : dcdlib.h, dcdlib.C
• write_dcdstep_par_units() : dcdlib.h, dcdlib.C

- x -

• XPLOR : SimParameters.h
• XXXBIGREAL : SimParameters.C, Controller.C

- y -

• YES : common.h

- z -

• ZERO : common.h

---