Difference for src/colvarscript.C from version 1.9 to 1.10

version 1.9version 1.10
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 #include <string.h> #include <string.h>
  
 #include "colvarscript.h" #include "colvarscript.h"
  #include "colvarproxy.h"
 #include "colvardeps.h" #include "colvardeps.h"
  
  
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   // Generic hooks; NAMD and VMD have Tcl-specific versions in the respective proxies   // Generic hooks; NAMD and VMD have Tcl-specific versions in the respective proxies
  
   int run_colvarscript_command(int argc, const char **argv)   int run_colvarscript_command(int objc, unsigned char *const objv[])
   {   {
     colvarproxy *cvp = cvm::proxy;     colvarproxy *cvp = cvm::proxy;
     if (!cvp) {     if (!cvp) {
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       cvm::error("Called run_colvarscript_command without a script object initialized.\n");       cvm::error("Called run_colvarscript_command without a script object initialized.\n");
       return -1;       return -1;
     }     }
     return cvp->script->run(argc, argv);     return cvp->script->run(objc, objv);
   }   }
  
   const char * get_colvarscript_result()   const char * get_colvarscript_result()
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 /// Run method based on given arguments /// Run method based on given arguments
 int colvarscript::run(int argc, char const *argv[]) { int colvarscript::run(int objc, unsigned char *const objv[])
  {
   result = "";   result.clear();
  
   if (cvm::debug()) {   if (cvm::debug()) {
     cvm::log("Called script run with " + cvm::to_str(argc) + " args");     cvm::log("Called script run with " + cvm::to_str(objc) + " args:");
     for (int i = 0; i < argc; i++) { cvm::log(argv[i]); }     for (int i = 0; i < objc; i++) {
        cvm::log(obj_to_str(objv[i]));
      }
   }   }
  
   if (argc < 2) {   if (objc < 2) {
     result = help_string();     result = help_string();
     return COLVARS_OK;     return COLVARS_OK;
   }   }
  
   std::string cmd = argv[1];   std::string const cmd(obj_to_str(objv[1]));
  
   int error_code = COLVARS_OK;   int error_code = COLVARS_OK;
  
   if (cmd == "colvar") {   if (cmd == "colvar") {
     return proc_colvar(argc-1, &(argv[1]));     if (objc < 3) {
        result = "Missing parameters\n" + help_string();
        return COLVARSCRIPT_ERROR;
      }
      std::string const name(obj_to_str(objv[2]));
      colvar *cv = cvm::colvar_by_name(name);
      if (cv == NULL) {
        result = "Colvar not found: " + name;
        return COLVARSCRIPT_ERROR;
      }
      return proc_colvar(cv, objc-1, &(objv[1]));
   }   }
  
   if (cmd == "bias") {   if (cmd == "bias") {
     return proc_bias(argc-1, &(argv[1]));     if (objc < 3) {
        result = "Missing parameters\n" + help_string();
        return COLVARSCRIPT_ERROR;
      }
      std::string const name(obj_to_str(objv[2]));
      colvarbias *b = cvm::bias_by_name(name);
      if (b == NULL) {
        result = "Bias not found: " + name;
        return COLVARSCRIPT_ERROR;
      }
      return proc_bias(b, objc-1, &(objv[1]));
   }   }
  
   if (cmd == "version") {   if (cmd == "version") {
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     error_code |= colvars->calc();     error_code |= colvars->calc();
     error_code |= proxy->update_output();     error_code |= proxy->update_output();
     if (error_code) {     if (error_code) {
       result += "Error updating the colvars module.\n";       result += "Error updating the Colvars module.\n";
     }     }
     return error_code;     return error_code;
   }   }
  
   if (cmd == "list") {   if (cmd == "list") {
     if (argc == 2) {     if (objc == 2) {
       for (std::vector<colvar *>::iterator cvi = colvars->colvars.begin();       for (std::vector<colvar *>::iterator cvi = colvars->colvars.begin();
            cvi != colvars->colvars.end();            cvi != colvars->colvars.end();
            ++cvi) {            ++cvi) {
         result += (cvi == colvars->colvars.begin() ? "" : " ") + (*cvi)->name;         result += (cvi == colvars->colvars.begin() ? "" : " ") + (*cvi)->name;
       }       }
       return COLVARS_OK;       return COLVARS_OK;
     } else if (argc == 3 && !strcmp(argv[2], "biases")) {     } else if (objc == 3 && !strcmp(obj_to_str(objv[2]), "biases")) {
       for (std::vector<colvarbias *>::iterator bi = colvars->biases.begin();       for (std::vector<colvarbias *>::iterator bi = colvars->biases.begin();
            bi != colvars->biases.end();            bi != colvars->biases.end();
            ++bi) {            ++bi) {
Line 130
Line 153
  
   /// Parse config from file   /// Parse config from file
   if (cmd == "configfile") {   if (cmd == "configfile") {
     if (argc < 3) {     if (objc < 3) {
       result = "Missing arguments\n" + help_string();       result = "Missing arguments\n" + help_string();
       return COLVARSCRIPT_ERROR;       return COLVARSCRIPT_ERROR;
     }     }
     if (colvars->read_config_file(argv[2]) == COLVARS_OK) {     if (colvars->read_config_file(obj_to_str(objv[2])) == COLVARS_OK) {
       return COLVARS_OK;       return COLVARS_OK;
     } else {     } else {
       result = "Error parsing configuration file";       result = "Error parsing configuration file";
Line 144
Line 167
  
   /// Parse config from string   /// Parse config from string
   if (cmd == "config") {   if (cmd == "config") {
     if (argc < 3) {     if (objc < 3) {
       result = "Missing arguments\n" + help_string();       result = "Missing arguments\n" + help_string();
       return COLVARSCRIPT_ERROR;       return COLVARSCRIPT_ERROR;
     }     }
     std::string conf = argv[2];     std::string const conf(obj_to_str(objv[2]));
     if (colvars->read_config_string(conf) == COLVARS_OK) {     if (colvars->read_config_string(conf) == COLVARS_OK) {
       return COLVARS_OK;       return COLVARS_OK;
     } else {     } else {
Line 159
Line 182
  
   /// Load an input state file   /// Load an input state file
   if (cmd == "load") {   if (cmd == "load") {
     if (argc < 3) {     if (objc < 3) {
       result = "Missing arguments\n" + help_string();       result = "Missing arguments\n" + help_string();
       return COLVARSCRIPT_ERROR;       return COLVARSCRIPT_ERROR;
     }     }
     proxy->input_prefix() = argv[2];     proxy->input_prefix() = obj_to_str(objv[2]);
     if (colvars->setup_input() == COLVARS_OK) {     if (colvars->setup_input() == COLVARS_OK) {
       return COLVARS_OK;       return COLVARS_OK;
     } else {     } else {
Line 174
Line 197
  
   /// Save to an output state file   /// Save to an output state file
   if (cmd == "save") {   if (cmd == "save") {
     if (argc < 3) {     if (objc < 3) {
       result = "Missing arguments";       result = "Missing arguments";
       return COLVARSCRIPT_ERROR;       return COLVARSCRIPT_ERROR;
     }     }
     proxy->output_prefix_str = argv[2];     proxy->output_prefix_str = obj_to_str(objv[2]);
     int error = 0;     int error = 0;
     error |= colvars->setup_output();     error |= colvars->setup_output();
     error |= colvars->write_output_files();     error |= colvars->write_output_files();
Line 200
Line 223
   }   }
  
   if (cmd == "frame") {   if (cmd == "frame") {
     if (argc == 2) {     if (objc == 2) {
       long int f;       long int f;
       int error = proxy->get_frame(f);       int error = proxy->get_frame(f);
       if (error == COLVARS_OK) {       if (error == COLVARS_OK) {
Line 210
Line 233
         result = "Frame number is not available";         result = "Frame number is not available";
         return COLVARSCRIPT_ERROR;         return COLVARSCRIPT_ERROR;
       }       }
     } else if (argc == 3) {     } else if (objc == 3) {
       // Failure of this function does not trigger an error, but       // Failure of this function does not trigger an error, but
       // returns nonzero, to let scripts detect available frames       // returns nonzero, to let scripts detect available frames
       int error = proxy->set_frame(strtol(argv[2], NULL, 10));       int error = proxy->set_frame(strtol(obj_to_str(objv[2]), NULL, 10));
       result = cvm::to_str(error == COLVARS_OK ? 0 : -1);       result = cvm::to_str(error == COLVARS_OK ? 0 : -1);
       return COLVARS_OK;       return COLVARS_OK;
     } else {     } else {
Line 223
Line 246
   }   }
  
   if (cmd == "addenergy") {   if (cmd == "addenergy") {
     if (argc == 3) {     if (objc == 3) {
       colvars->total_bias_energy += strtod(argv[2], NULL);       colvars->total_bias_energy += strtod(obj_to_str(objv[2]), NULL);
       return COLVARS_OK;       return COLVARS_OK;
     } else {     } else {
       result = "Wrong arguments to command \"addenergy\"\n" + help_string();       result = "Wrong arguments to command \"addenergy\"\n" + help_string();
Line 237
Line 260
 } }
  
  
 int colvarscript::proc_colvar(int argc, char const *argv[]) { int colvarscript::proc_colvar(colvar *cv, int objc, unsigned char *const objv[]) {
   if (argc < 3) { 
     result = "Missing parameters\n" + help_string(); 
     return COLVARSCRIPT_ERROR; 
   } 
  
   std::string name = argv[1];   std::string const subcmd(obj_to_str(objv[2]));
   colvar *cv = cvm::colvar_by_name(name); 
   if (cv == NULL) { 
     result = "Colvar not found: " + name; 
     return COLVARSCRIPT_ERROR; 
   } 
   std::string subcmd = argv[2]; 
  
   if (subcmd == "value") {   if (subcmd == "value") {
     result = (cv->value()).to_simple_string();     result = (cv->value()).to_simple_string();
Line 308
Line 321
   }   }
  
   if (subcmd == "addforce") {   if (subcmd == "addforce") {
     if (argc < 4) {     if (objc < 4) {
       result = "addforce: missing parameter: force value\n" + help_string();       result = "addforce: missing parameter: force value\n" + help_string();
       return COLVARSCRIPT_ERROR;       return COLVARSCRIPT_ERROR;
     }     }
     std::string f_str = argv[3];     std::string const f_str(obj_to_str(objv[3]));
     std::istringstream is(f_str);     std::istringstream is(f_str);
     is.width(cvm::cv_width);     is.width(cvm::cv_width);
     is.precision(cvm::cv_prec);     is.precision(cvm::cv_prec);
Line 328
Line 341
   }   }
  
   if (subcmd == "cvcflags") {   if (subcmd == "cvcflags") {
     if (argc < 4) {     if (objc < 4) {
       result = "cvcflags: missing parameter: vector of flags";       result = "cvcflags: missing parameter: vector of flags";
       return COLVARSCRIPT_ERROR;       return COLVARSCRIPT_ERROR;
     }     }
     std::string flags_str = argv[3];     std::string const flags_str(obj_to_str(objv[3]));
     std::istringstream is(flags_str);     std::istringstream is(flags_str);
     std::vector<bool> flags;     std::vector<bool> flags;
  
Line 351
Line 364
   }   }
  
   if ((subcmd == "get") || (subcmd == "set") || (subcmd == "state")) {   if ((subcmd == "get") || (subcmd == "set") || (subcmd == "state")) {
     return proc_features(cv, argc, argv);     return proc_features(cv, objc, objv);
   }   }
  
   result = "Syntax error\n" + help_string();   result = "Syntax error\n" + help_string();
Line 359
Line 372
 } }
  
  
 int colvarscript::proc_bias(int argc, char const *argv[]) { int colvarscript::proc_bias(colvarbias *b, int objc, unsigned char *const objv[]) {
   if (argc < 3) { 
     result = "Missing parameters\n" + help_string(); 
     return COLVARSCRIPT_ERROR; 
   } 
  
   std::string name = argv[1]; 
   colvarbias *b = cvm::bias_by_name(name); 
   if (b == NULL) { 
     result = "Bias not found: " + name; 
     return COLVARSCRIPT_ERROR; 
   } 
  
   std::string subcmd = argv[2];   std::string const key(obj_to_str(objv[0]));
    std::string const subcmd(obj_to_str(objv[2]));
  
   if (subcmd == "energy") {   if (subcmd == "energy") {
     result = cvm::to_str(b->get_energy());     result = cvm::to_str(b->get_energy());
Line 427
Line 430
   }   }
  
   if ((subcmd == "get") || (subcmd == "set") || (subcmd == "state")) {   if ((subcmd == "get") || (subcmd == "set") || (subcmd == "state")) {
     return proc_features(b, argc, argv);     return proc_features(b, objc, objv);
   }   }
  
   if (argc >= 4) {   if (objc >= 4) {
     std::string param = argv[3];     std::string const param(obj_to_str(objv[3]));
     if (subcmd == "count") {     if (subcmd == "count") {
       int index;       int index;
       if (!(std::istringstream(param) >> index)) {       if (!(std::istringstream(param) >> index)) {
Line 452
Line 455
  
  
 int colvarscript::proc_features(colvardeps *obj, int colvarscript::proc_features(colvardeps *obj,
                                 int argc, char const *argv[]) {                                 int objc, unsigned char *const objv[]) {
   // size was already checked before calling   // size was already checked before calling
   std::string subcmd = argv[2];   std::string const subcmd(obj_to_str(objv[2]));
  
   if (argc == 3) {   if (objc == 3) {
     if (subcmd == "state") {     if (subcmd == "state") {
       // TODO make this returned as result?       // TODO make this returned as result?
       obj->print_state();       obj->print_state();
Line 470
Line 473
  
   if ((subcmd == "get") || (subcmd == "set")) {   if ((subcmd == "get") || (subcmd == "set")) {
     std::vector<colvardeps::feature *> &features = obj->features();     std::vector<colvardeps::feature *> &features = obj->features();
     std::string const req_feature(argv[3]);     std::string const req_feature(obj_to_str(objv[3]));
     colvardeps::feature *f = NULL;     colvardeps::feature *f = NULL;
     int fid = 0;     int fid = 0;
     for (fid = 0; fid < int(features.size()); fid++) {     for (fid = 0; fid < int(features.size()); fid++) {
Line 499
Line 502
       }       }
  
       if (subcmd == "set") {       if (subcmd == "set") {
         if (argc == 5) {         if (objc == 5) {
           std::string const yesno =           std::string const yesno =
             colvarparse::to_lower_cppstr(std::string(argv[4]));             colvarparse::to_lower_cppstr(std::string(obj_to_str(objv[4])));
           if ((yesno == std::string("yes")) ||           if ((yesno == std::string("yes")) ||
               (yesno == std::string("on")) ||               (yesno == std::string("on")) ||
               (yesno == std::string("1"))) {               (yesno == std::string("1"))) {
Line 533
Line 536
   std::string buf;   std::string buf;
   buf = "Usage: cv <subcommand> [args...]\n\   buf = "Usage: cv <subcommand> [args...]\n\
 \n\ \n\
 Managing the colvars module:\n\ Managing the Colvars module:\n\
   configfile <file name>      -- read configuration from a file\n\   configfile <file name>      -- read configuration from a file\n\
   config <string>             -- read configuration from the given string\n\   config <string>             -- read configuration from the given string\n\
   reset                       -- delete all internal configuration\n\   reset                       -- delete all internal configuration\n\
   delete                      -- delete this colvars module instance\n\   delete                      -- delete this Colvars module instance\n\
   version                     -- return version of colvars code\n\   version                     -- return version of colvars code\n\
   \n\   \n\
 Input and output:\n\ Input and output:\n\

Legend:
Removed in v.1.9 
changed lines
 Added in v.1.10


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