Difference for src/colvarmodule.h from version 1.25 to 1.26

version 1.25version 1.26
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 // -*- c++ -*- // -*- c++ -*-
  
  // This file is part of the Collective Variables module (Colvars).
  // The original version of Colvars and its updates are located at:
  // https://github.com/colvars/colvars
  // Please update all Colvars source files before making any changes.
  // If you wish to distribute your changes, please submit them to the
  // Colvars repository at GitHub.
  
 #ifndef COLVARMODULE_H #ifndef COLVARMODULE_H
 #define COLVARMODULE_H #define COLVARMODULE_H
  
 #ifndef COLVARS_VERSION #ifndef COLVARS_VERSION
 #define COLVARS_VERSION "2016-11-28-namd-2-12" #define COLVARS_VERSION "2017-02-06"
 #endif #endif
  
 #ifndef COLVARS_DEBUG #ifndef COLVARS_DEBUG
Line 154
Line 161
   /// dt)   /// dt)
   static real debug_gradients_step_size;   static real debug_gradients_step_size;
  
  private:
  
   /// Prefix for all output files for this run   /// Prefix for all output files for this run
   static std::string output_prefix;   std::string cvm_output_prefix;
  
  public:
    /// Accessor for the above
    static inline std::string &output_prefix()
    {
      colvarmodule *cv = colvarmodule::main();
      return cv->cvm_output_prefix;
    }
  
  private:
  
    /// Array of collective variables
    std::vector<colvar *> colvars;
  
   /// Array of collective variables   /// Array of collective variables
   static std::vector<colvar *>     colvars;   std::vector<colvar *> colvars_active;
  
    /// Collective variables to be calculated on different threads;
    /// colvars with multple items (e.g. multiple active CVCs) are duplicated
    std::vector<colvar *> colvars_smp;
    /// Indexes of the items to calculate for each colvar
    std::vector<int> colvars_smp_items;
  
  public:
  
    /// Array of collective variables
    std::vector<colvar *> *variables();
  
   /* TODO: implement named CVCs   /* TODO: implement named CVCs
   /// Array of named (reusable) collective variable components   /// Array of named (reusable) collective variable components
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Line 202
   }   }
   */   */
  
    /// Collective variables with the active flag on
    std::vector<colvar *> *variables_active();
  
   /// Collective variables to be calculated on different threads;   /// Collective variables to be calculated on different threads;
   /// colvars with multple items (e.g. multiple active CVCs) are duplicated   /// colvars with multple items (e.g. multiple active CVCs) are duplicated
   std::vector<colvar *> colvars_smp;   std::vector<colvar *> *variables_active_smp();
  
   /// Indexes of the items to calculate for each colvar   /// Indexes of the items to calculate for each colvar
   std::vector<int> colvars_smp_items;   std::vector<int> *variables_active_smp_items();
  
   /// Array of collective variable biases   /// Array of collective variable biases
   static std::vector<colvarbias *> biases;   std::vector<colvarbias *> biases;
   /// \brief Number of ABF biases initialized (in normal conditions 
   /// should be 1) private:
   static size_t n_abf_biases; 
   /// \brief Number of metadynamics biases initialized (in normal   /// Array of active collective variable biases
   /// conditions should be 1)   std::vector<colvarbias *> biases_active_;
   static size_t n_meta_biases; 
   /// \brief Number of restraint biases initialized (no limit on the public:
   /// number) 
   static size_t n_rest_biases;   /// Array of active collective variable biases
   /// \brief Number of histograms initialized (no limit on the   std::vector<colvarbias *> *biases_active();
   /// number) 
   static size_t n_histo_biases; 
  
   /// \brief Whether debug output should be enabled (compile-time option)   /// \brief Whether debug output should be enabled (compile-time option)
   static inline bool debug()   static inline bool debug()
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Line 232
   }   }
  
   /// \brief How many objects are configured yet?   /// \brief How many objects are configured yet?
   inline size_t size() const   size_t size() const;
   { 
     return colvars.size() + biases.size(); 
   } 
  
   /// \brief Constructor \param config_name Configuration file name   /// \brief Constructor \param config_name Configuration file name
   /// \param restart_name (optional) Restart file name   /// \param restart_name (optional) Restart file name
Line 223
Line 254
   /// \brief Parse a "clean" config string (no comments)   /// \brief Parse a "clean" config string (no comments)
   int parse_config(std::string &conf);   int parse_config(std::string &conf);
  
  
   // Parse functions (setup internal data based on a string)   // Parse functions (setup internal data based on a string)
  
    /// Allow reading from Windows text files using using std::getline
    /// (which can still be used when the text is produced by Colvars itself)
    static std::istream & getline(std::istream &is, std::string &line);
  
   /// Parse the few module's global parameters   /// Parse the few module's global parameters
   int parse_global_params(std::string const &conf);   int parse_global_params(std::string const &conf);
  
Line 235
Line 269
   /// Parse and initialize collective variable biases   /// Parse and initialize collective variable biases
   int parse_biases(std::string const &conf);   int parse_biases(std::string const &conf);
  
    /// \brief Add new configuration during parsing (e.g. to implement
    /// back-compatibility); cannot be nested, i.e. conf should not contain
    /// anything that triggers another call
    int append_new_config(std::string const &conf);
  
  private:
  
    /// Auto-generated configuration during parsing (e.g. to implement
    /// back-compatibility)
    std::string extra_conf;
  
   /// Parse and initialize collective variable biases of a specific type   /// Parse and initialize collective variable biases of a specific type
   template <class bias_type>   template <class bias_type>
   int parse_biases_type(std::string const &conf, char const *keyword, size_t &bias_count);   int parse_biases_type(std::string const &conf, char const *keyword);
  
   /// Test error condition and keyword parsing   /// Test error condition and keyword parsing
   /// on error, delete new bias   /// on error, delete new bias
   bool check_new_bias(std::string &conf, char const *key);   bool check_new_bias(std::string &conf, char const *key);
  
  public:
  
    /// Return how many biases have this feature enabled
    static int num_biases_feature(int feature_id);
  
    /// Return how many biases are defined with this type
    static int num_biases_type(std::string const &type);
  
 private: private:
   /// Useful wrapper to interrupt parsing if any error occurs   /// Useful wrapper to interrupt parsing if any error occurs
   int catch_input_errors(int result);   int catch_input_errors(int result);
Line 442
Line 495
  
  
   /// \brief Names of groups from a Gromacs .ndx file to be read at startup   /// \brief Names of groups from a Gromacs .ndx file to be read at startup
   static std::list<std::string> index_group_names;   std::list<std::string> index_group_names;
  
   /// \brief Groups from a Gromacs .ndx file read at startup   /// \brief Groups from a Gromacs .ndx file read at startup
   static std::list<std::vector<int> > index_groups;   std::list<std::vector<int> > index_groups;
  
   /// \brief Read a Gromacs .ndx file   /// \brief Read a Gromacs .ndx file
   static int read_index_file(char const *filename);   int read_index_file(char const *filename);
  
  
   /// \brief Create atoms from a file \param filename name of the file   /// \brief Create atoms from a file \param filename name of the file
Line 508
Line 561
   /// Output restart file   /// Output restart file
   colvarmodule::ofstream restart_out_os;   colvarmodule::ofstream restart_out_os;
  
 protected: private:
  
   /// Counter for the current depth in the object hierarchy (useg e.g. in output)   /// Counter for the current depth in the object hierarchy (useg e.g. in output)
   static size_t depth_s;   size_t depth_s;
  
   /// Thread-specific depth   /// Thread-specific depth
   static std::vector<size_t> depth_v;   std::vector<size_t> depth_v;
  
 public: public:
  
Line 545
Line 598
   /// from the hosting program; it is static in order to be accessible   /// from the hosting program; it is static in order to be accessible
   /// from static functions in the colvarmodule class   /// from static functions in the colvarmodule class
   static colvarproxy *proxy;   static colvarproxy *proxy;
  
    /// \brief Accessor for the above
    static colvarmodule *main();
  
 }; };
  
  

Legend:
Removed in v.1.25 
changed lines
 Added in v.1.26


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