Difference for src/colvargrid.h from version 1.14 to 1.15

version 1.14version 1.15
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 /// -*- c++ -*- // -*- c++ -*-
  
 #ifndef COLVARGRID_H #ifndef COLVARGRID_H
 #define COLVARGRID_H #define COLVARGRID_H
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     return mult;     return mult;
   }   }
  
    /// \brief Request grid to use actual values of extended coords
    inline void request_actual_value(bool b = true)
    {
      size_t i;
      for (i = 0; i < actual_value.size(); i++) {
        actual_value[i] = b;
      }
    }
  
   /// \brief Allocate data   /// \brief Allocate data
   int setup(std::vector<int> const &nx_i,   int setup(std::vector<int> const &nx_i,
             T const &t = T(),             T const &t = T(),
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     size_t i;     size_t i;
  
     for (i = 0; i < cv.size(); i++) { 
       if (!cv[i]->tasks[colvar::task_lower_boundary] || 
           !cv[i]->tasks[colvar::task_upper_boundary]) { 
         cvm::error("Tried to initialize a grid on a " 
                    "variable with undefined boundaries.\n", INPUT_ERROR); 
         return COLVARS_ERROR; 
       } 
     } 
  
     if (cvm::debug()) {     if (cvm::debug()) {
       cvm::log("Allocating a grid for "+cvm::to_str(colvars.size())+       cvm::log("Allocating a grid for "+cvm::to_str(colvars.size())+
                " collective variables, multiplicity = "+cvm::to_str(mult_i)+".\n");                " collective variables, multiplicity = "+cvm::to_str(mult_i)+".\n");
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       // except if a colvar is specified twice in a row       // except if a colvar is specified twice in a row
       // then the first instance is the actual value       // then the first instance is the actual value
        // For histograms of extended-system coordinates
       if (i > 0 && cv[i-1] == cv[i]) {       if (i > 0 && cv[i-1] == cv[i]) {
         actual_value[i-1] = true;         actual_value[i-1] = true;
       }       }
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     return value_to_bin_scalar(actual_value[i] ? cv[i]->actual_value() : cv[i]->value(), i);     return value_to_bin_scalar(actual_value[i] ? cv[i]->actual_value() : cv[i]->value(), i);
   }   }
  
    /// \brief Report the bin corresponding to the current value of item iv in variable i
    inline int current_bin_scalar(int const i, int const iv) const
    {
      return value_to_bin_scalar(actual_value[i] ?
                                 cv[i]->actual_value().vector1d_value[iv] :
                                 cv[i]->value().vector1d_value[iv], i);
    }
  
   /// \brief Use the lower boundary and the width to report which bin   /// \brief Use the lower boundary and the width to report which bin
   /// the provided value is in   /// the provided value is in
   inline int value_to_bin_scalar(colvarvalue const &value, const int i) const   inline int value_to_bin_scalar(colvarvalue const &value, const int i) const
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   }   }
  
   /// Read a grid definition from a config string   /// Read a grid definition from a config string
   int parse_params(std::string const &conf)   int parse_params(std::string const &conf,
                     colvarparse::Parse_Mode const parse_mode = colvarparse::parse_normal)
   {   {
     if (cvm::debug()) cvm::log("Reading grid configuration from string.\n");     if (cvm::debug()) cvm::log("Reading grid configuration from string.\n");
  
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     {     {
       size_t nd_in = 0;       size_t nd_in = 0;
        // this is only used in state files
       colvarparse::get_keyval(conf, "n_colvars", nd_in, nd, colvarparse::parse_silent);       colvarparse::get_keyval(conf, "n_colvars", nd_in, nd, colvarparse::parse_silent);
       if (nd_in != nd) {       if (nd_in != nd) {
         cvm::error("Error: trying to read data for a grid "         cvm::error("Error: trying to read data for a grid "
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       }       }
     }     }
  
      // underscore keywords are used in state file
     colvarparse::get_keyval(conf, "lower_boundaries",     colvarparse::get_keyval(conf, "lower_boundaries",
                              lower_boundaries, lower_boundaries, colvarparse::parse_silent);                              lower_boundaries, lower_boundaries, colvarparse::parse_silent);
     colvarparse::get_keyval(conf, "upper_boundaries",     colvarparse::get_keyval(conf, "upper_boundaries",
                              upper_boundaries, upper_boundaries, colvarparse::parse_silent);                              upper_boundaries, upper_boundaries, colvarparse::parse_silent);
  
     // support also camel case     // camel case keywords are used in config file
     colvarparse::get_keyval(conf, "lowerBoundaries",     colvarparse::get_keyval(conf, "lowerBoundaries",
                              lower_boundaries, lower_boundaries, colvarparse::parse_silent);                             lower_boundaries, lower_boundaries, parse_mode);
     colvarparse::get_keyval(conf, "upperBoundaries",     colvarparse::get_keyval(conf, "upperBoundaries",
                              upper_boundaries, upper_boundaries, colvarparse::parse_silent);                             upper_boundaries, upper_boundaries, parse_mode);
  
     colvarparse::get_keyval(conf, "widths", widths, widths, colvarparse::parse_silent);     colvarparse::get_keyval(conf, "widths", widths, widths, parse_mode);
  
      // only used in state file
     colvarparse::get_keyval(conf, "sizes", nx, nx, colvarparse::parse_silent);     colvarparse::get_keyval(conf, "sizes", nx, nx, colvarparse::parse_silent);
  
     if (nd < lower_boundaries.size()) nd = lower_boundaries.size();     if (nd < lower_boundaries.size()) nd = lower_boundaries.size();
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     if ((is >> key) && (key == std::string("grid_parameters"))) {     if ((is >> key) && (key == std::string("grid_parameters"))) {
       is.seekg(start_pos, std::ios::beg);       is.seekg(start_pos, std::ios::beg);
       is >> colvarparse::read_block("grid_parameters", conf);       is >> colvarparse::read_block("grid_parameters", conf);
       parse_params(conf);       parse_params(conf, colvarparse::parse_silent);
     } else {     } else {
       cvm::log("Grid parameters are missing in the restart file, using those from the configuration.\n");       cvm::log("Grid parameters are missing in the restart file, using those from the configuration.\n");
       is.seekg(start_pos, std::ios::beg);       is.seekg(start_pos, std::ios::beg);
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Line 1067
  
   /// \brief Write the grid data without labels, as they are   /// \brief Write the grid data without labels, as they are
   /// represented in memory   /// represented in memory
   /// \param buf_size Number of values per line 
   std::ostream & write_opendx(std::ostream &os)   std::ostream & write_opendx(std::ostream &os)
   {   {
     // write the header     // write the header
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     }     }
     has_data = true;     has_data = true;
   }   }
  
    /// \brief Return the log-gradient from finite differences
    /// on the *same* grid for dimension n
    inline const cvm::real log_gradient_finite_diff( const std::vector<int> &ix0,
                                                     int n = 0)
    {
      cvm::real A0, A1;
      std::vector<int> ix;
  
      // factor for mesh width, 2.0 for central finite difference
      // but only 1.0 on edges for non-PBC coordinates
      cvm::real factor;
  
      if (periodic[n]) {
        factor = 2.;
        ix = ix0;
        ix[n]--; wrap(ix);
        A0 = data[address(ix)];
        ix = ix0;
        ix[n]++; wrap(ix);
        A1 = data[address(ix)];
      } else {
        factor = 0.;
        ix = ix0;
        if (ix[n] > 0) { // not left edge
          ix[n]--;
          factor += 1.;
        }
        A0 = data[address(ix)];
        ix = ix0;
        if (ix[n]+1 < nx[n]) { // not right edge
          ix[n]++;
          factor += 1.;
        }
        A1 = data[address(ix)];
      }
      if (A0 == 0 || A1 == 0) {
        // can't handle empty bins
        return 0.;
      } else {
        return (std::log((cvm::real)A1) - std::log((cvm::real)A0))
          / (widths[n] * factor);
      }
    }
 }; };
  
  

Legend:
Removed in v.1.14 
changed lines
 Added in v.1.15


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