Difference for src/colvarbias_histogram.C from version 1.1 to 1.2

version 1.1version 1.2
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 /// -*- c++ -*- // -*- c++ -*-
  
 #include "colvarmodule.h" #include "colvarmodule.h"
 #include "colvar.h" #include "colvar.h"
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Line 6
  
 /// Histogram "bias" constructor /// Histogram "bias" constructor
  
 colvarbias_histogram::colvarbias_histogram(std::string const &conf, char const *key) colvarbias_histogram::colvarbias_histogram(char const *key)
   : colvarbias(conf, key),   : colvarbias(key),
     grid(NULL), out_name("")     grid(NULL), out_name("")
 { {
  }
  
  
  int colvarbias_histogram::init(std::string const &conf)
  {
    colvarbias::init(conf);
  
    provide(f_cvb_history_dependent);
    enable(f_cvb_history_dependent);
  
    size_t i;
  
   get_keyval(conf, "outputFile", out_name, std::string(""));   get_keyval(conf, "outputFile", out_name, std::string(""));
   get_keyval(conf, "outputFileDX", out_name_dx, std::string(""));   get_keyval(conf, "outputFileDX", out_name_dx, std::string(""));
   get_keyval(conf, "outputFreq", output_freq, cvm::restart_out_freq);   get_keyval(conf, "outputFreq", output_freq, cvm::restart_out_freq);
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   colvar_array_size = 0;   colvar_array_size = 0;
   {   {
     size_t i; 
     bool colvar_array = false;     bool colvar_array = false;
     get_keyval(conf, "gatherVectorColvars", colvar_array, colvar_array);     get_keyval(conf, "gatherVectorColvars", colvar_array, colvar_array);
  
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       for (i = 0; i < colvars.size(); i++) { // should be all vector       for (i = 0; i < colvars.size(); i++) { // should be all vector
         if (colvars[i]->value().type() != colvarvalue::type_vector) {         if (colvars[i]->value().type() != colvarvalue::type_vector) {
           cvm::error("Error: used gatherVectorColvars with non-vector colvar.\n", INPUT_ERROR);           cvm::error("Error: used gatherVectorColvars with non-vector colvar.\n", INPUT_ERROR);
           return;           return INPUT_ERROR;
         }         }
         if (i == 0) {         if (i == 0) {
           colvar_array_size = colvars[i]->value().size();           colvar_array_size = colvars[i]->value().size();
           if (colvar_array_size < 1) {           if (colvar_array_size < 1) {
             cvm::error("Error: vector variable has dimension less than one.\n", INPUT_ERROR);             cvm::error("Error: vector variable has dimension less than one.\n", INPUT_ERROR);
             return;             return INPUT_ERROR;
           }           }
         } else {         } else {
           if (colvar_array_size != colvars[i]->value().size()) {           if (colvar_array_size != colvars[i]->value().size()) {
             cvm::error("Error: trying to combine vector colvars of different lengths.\n", INPUT_ERROR);             cvm::error("Error: trying to combine vector colvars of different lengths.\n", INPUT_ERROR);
             return;             return INPUT_ERROR;
           }           }
         }         }
       }       }
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Line 59
       for (i = 0; i < colvars.size(); i++) { // should be all scalar       for (i = 0; i < colvars.size(); i++) { // should be all scalar
         if (colvars[i]->value().type() != colvarvalue::type_scalar) {         if (colvars[i]->value().type() != colvarvalue::type_scalar) {
           cvm::error("Error: only scalar colvars are supported when gatherVectorColvars is off.\n", INPUT_ERROR);           cvm::error("Error: only scalar colvars are supported when gatherVectorColvars is off.\n", INPUT_ERROR);
           return;           return INPUT_ERROR;
         }         }
       }       }
     }     }
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Line 67
  
   if (colvar_array_size > 0) {   if (colvar_array_size > 0) {
     weights.assign(colvar_array_size, 1.0);     weights.assign(colvar_array_size, 1.0);
     get_keyval(conf, "weights", weights, weights, colvarparse::parse_silent);     get_keyval(conf, "weights", weights, weights);
    }
  
    for (i = 0; i < colvars.size(); i++) {
      colvars[i]->enable(f_cv_grid);
   }   }
  
   grid = new colvar_grid_scalar();   grid = new colvar_grid_scalar();
    grid->init_from_colvars(colvars);
  
   {   {
     std::string grid_conf;     std::string grid_conf;
     if (key_lookup(conf, "grid", grid_conf)) {     if (key_lookup(conf, "histogramGrid", grid_conf)) {
       grid->parse_params(grid_conf);       grid->parse_params(grid_conf);
     } else { 
       grid->init_from_colvars(colvars); 
     }     }
   }   }
  
   cvm::log("Finished histogram setup.\n");   return COLVARS_OK;
 } }
  
 /// Destructor 
 colvarbias_histogram::~colvarbias_histogram() colvarbias_histogram::~colvarbias_histogram()
 { {
   if (grid) {   if (grid) {
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Line 99
     cvm::n_histo_biases -= 1;     cvm::n_histo_biases -= 1;
 } }
  
 /// Update the grid 
 cvm::real colvarbias_histogram::update() int colvarbias_histogram::update()
 { {
    int error_code = COLVARS_OK;
   // update base class   // update base class
   colvarbias::update();   error_code |= colvarbias::update();
  
   if (cvm::debug()) {   if (cvm::debug()) {
     cvm::log("Updating histogram bias " + this->name);     cvm::log("Updating histogram bias " + this->name);
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Line 133
     // update indices for scalar values     // update indices for scalar values
     size_t i;     size_t i;
     for (i = 0; i < colvars.size(); i++) {     for (i = 0; i < colvars.size(); i++) {
       bin[i] = grid->value_to_bin_scalar(colvars[i]->value(), i);       bin[i] = grid->current_bin_scalar(i);
     }     }
  
     if (grid->index_ok(bin)) {     if (grid->index_ok(bin)) {
Line 129
Line 144
     size_t iv, i;     size_t iv, i;
     for (iv = 0; iv < colvar_array_size; iv++) {     for (iv = 0; iv < colvar_array_size; iv++) {
       for (i = 0; i < colvars.size(); i++) {       for (i = 0; i < colvars.size(); i++) {
         bin[i] = grid->value_to_bin_scalar(colvars[i]->value().vector1d_value[iv], i);         bin[i] = grid->current_bin_scalar(i, iv);
       }       }
  
       if (grid->index_ok(bin)) {       if (grid->index_ok(bin)) {
Line 142
Line 157
     write_output_files();     write_output_files();
   }   }
  
   return 0.0; // no bias energy for histogram   error_code |= cvm::get_error();
    return error_code;
 } }
  
  
Line 239
Line 255
  
 std::ostream & colvarbias_histogram::write_restart(std::ostream& os) std::ostream & colvarbias_histogram::write_restart(std::ostream& os)
 { {
    std::ios::fmtflags flags(os.flags());
    os.setf(std::ios::fmtflags(0), std::ios::floatfield);
  
   os << "histogram {\n"   os << "histogram {\n"
      << "  configuration {\n"      << "  configuration {\n"
      << "    name " << this->name << "\n";      << "    name " << this->name << "\n";
Line 249
Line 268
  
   os << "}\n\n";   os << "}\n\n";
  
    os.flags(flags);
   return os;   return os;
 } }

Legend:
Removed in v.1.1 
changed lines
 Added in v.1.2


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