Difference for src/colvar.C from version 1.33 to 1.34

version 1.33version 1.34
Line 70
Line 70
   if (get_keyval(conf, "scriptedFunction", scripted_function,   if (get_keyval(conf, "scriptedFunction", scripted_function,
     "", colvarparse::parse_silent)) {     "", colvarparse::parse_silent)) {
  
     // Make feature available only on user request 
     provide(f_cv_scripted); 
     enable(f_cv_scripted);     enable(f_cv_scripted);
     cvm::log("This colvar uses scripted function \"" + scripted_function + "\".");     cvm::log("This colvar uses scripted function \"" + scripted_function + "\".");
  
Line 284
Line 282
   if (is_enabled(f_cv_scalar)) {   if (is_enabled(f_cv_scalar)) {
  
     if (get_keyval(conf, "lowerBoundary", lower_boundary, lower_boundary)) {     if (get_keyval(conf, "lowerBoundary", lower_boundary, lower_boundary)) {
       provide(f_cv_lower_boundary); 
       enable(f_cv_lower_boundary);       enable(f_cv_lower_boundary);
     }     }
     std::string lw_conf, uw_conf;     std::string lw_conf, uw_conf;
Line 300
Line 297
     }     }
  
     if (get_keyval(conf, "upperBoundary", upper_boundary, upper_boundary)) {     if (get_keyval(conf, "upperBoundary", upper_boundary, upper_boundary)) {
       provide(f_cv_upper_boundary); 
       enable(f_cv_upper_boundary);       enable(f_cv_upper_boundary);
     }     }
  
Line 376
Line 372
  
 int colvar::init_extended_Lagrangian(std::string const &conf) int colvar::init_extended_Lagrangian(std::string const &conf)
 { {
   bool b_extended_Lagrangian;   get_keyval_feature(this, conf, "extendedLagrangian", f_cv_extended_Lagrangian, false);
   get_keyval(conf, "extendedLagrangian", b_extended_Lagrangian, false); 
  
   if (b_extended_Lagrangian) {   if (is_enabled(f_cv_extended_Lagrangian)) {
     cvm::real temp, tolerance, period;     cvm::real temp, tolerance, period;
  
     cvm::log("Enabling the extended Lagrangian term for colvar \""+     cvm::log("Enabling the extended Lagrangian term for colvar \""+
              this->name+"\".\n");              this->name+"\".\n");
  
     // Make feature available only on user request 
     provide(f_cv_extended_Lagrangian); 
     enable(f_cv_extended_Lagrangian); 
     provide(f_cv_Langevin); 
  
     // The extended mass will apply forces 
     enable(f_cv_gradient); 
  
     xr.type(value());     xr.type(value());
     vr.type(value());     vr.type(value());
     fr.type(value());     fr.type(value());
Line 414
Line 401
       return INPUT_ERROR;       return INPUT_ERROR;
     }     }
     ext_force_k = cvm::boltzmann() * temp / (tolerance * tolerance);     ext_force_k = cvm::boltzmann() * temp / (tolerance * tolerance);
     cvm::log("Computed extended system force constant: " + cvm::to_str(ext_force_k) + " kcal/mol/U^2");     cvm::log("Computed extended system force constant: " + cvm::to_str(ext_force_k) + " [E]/U^2");
  
     get_keyval(conf, "extendedTimeConstant", period, 200.0);     get_keyval(conf, "extendedTimeConstant", period, 200.0);
     if (period <= 0.0) {     if (period <= 0.0) {
Line 422
Line 409
     }     }
     ext_mass = (cvm::boltzmann() * temp * period * period)     ext_mass = (cvm::boltzmann() * temp * period * period)
       / (4.0 * PI * PI * tolerance * tolerance);       / (4.0 * PI * PI * tolerance * tolerance);
     cvm::log("Computed fictitious mass: " + cvm::to_str(ext_mass) + " kcal/mol/(U/fs)^2   (U: colvar unit)");     cvm::log("Computed fictitious mass: " + cvm::to_str(ext_mass) + " [E]/(U/fs)^2   (U: colvar unit)");
  
     {     {
       bool b_output_energy;       bool b_output_energy;
Line 439
Line 426
     }     }
     if (ext_gamma != 0.0) {     if (ext_gamma != 0.0) {
       enable(f_cv_Langevin);       enable(f_cv_Langevin);
       ext_gamma *= 1.0e-3; // convert from ps-1 to fs-1       ext_gamma *= 1.0e-3; // correct as long as input is required in ps-1 and cvm::dt() is in fs
       ext_sigma = std::sqrt(2.0 * cvm::boltzmann() * temp * ext_gamma * ext_mass / cvm::dt());       ext_sigma = std::sqrt(2.0 * cvm::boltzmann() * temp * ext_gamma * ext_mass / cvm::dt());
     }     }
   }   }
Line 496
Line 483
   size_t pos = 0;   size_t pos = 0;
   while ( this->key_lookup(conf,   while ( this->key_lookup(conf,
                            def_config_key,                            def_config_key,
                            def_conf,                            &def_conf,
                            pos) ) {                            &pos) ) {
     if (!def_conf.size()) continue;     if (!def_conf.size()) continue;
     cvm::log("Initializing "     cvm::log("Initializing "
              "a new \""+std::string(def_config_key)+"\" component"+              "a new \""+std::string(def_config_key)+"\" component"+


Legend:
Removed in v.1.33 
changed lines
 Added in v.1.34



Made by using version 1.53 of cvs2html