Difference for src/colvar.C from version 1.31 to 1.32

version 1.31version 1.32
Line 295
Line 295
       lower_wall.type(value());       lower_wall.type(value());
       get_keyval(conf, "lowerWall", lower_wall, lower_boundary);       get_keyval(conf, "lowerWall", lower_wall, lower_boundary);
       lw_conf = std::string("\n\       lw_conf = std::string("\n\
 harmonicWalls {\n\     lowerWallConstant "+cvm::to_str(lower_wall_k*width*width)+"\n\
     name "+this->name+"lw\n\     lowerWalls "+cvm::to_str(lower_wall)+"\n");
     colvars "+this->name+"\n\ 
     forceConstant "+cvm::to_str(lower_wall_k*width*width)+"\n\ 
     lowerWalls "+cvm::to_str(lower_wall)+"\n\ 
 }\n"); 
       cv->append_new_config(lw_conf); 
     }     }
  
     if (get_keyval(conf, "upperBoundary", upper_boundary, upper_boundary)) {     if (get_keyval(conf, "upperBoundary", upper_boundary, upper_boundary)) {
Line 315
Line 310
       upper_wall.type(value());       upper_wall.type(value());
       get_keyval(conf, "upperWall", upper_wall, upper_boundary);       get_keyval(conf, "upperWall", upper_wall, upper_boundary);
       uw_conf = std::string("\n\       uw_conf = std::string("\n\
 harmonicWalls {\n\     upperWallConstant "+cvm::to_str(upper_wall_k*width*width)+"\n\
     name "+this->name+"uw\n\     upperWalls "+cvm::to_str(upper_wall)+"\n");
     colvars "+this->name+"\n\ 
     forceConstant "+cvm::to_str(upper_wall_k*width*width)+"\n\ 
     upperWalls "+cvm::to_str(upper_wall)+"\n\ 
 }\n"); 
       cv->append_new_config(uw_conf); 
     }     }
  
     if (lw_conf.size() && uw_conf.size()) {     if (lw_conf.size() && uw_conf.size()) {
Line 334
Line 324
         return INPUT_ERROR;         return INPUT_ERROR;
       }       }
     }     }
  
      if (lw_conf.size() || uw_conf.size()) {
        cvm::log("Generating a new harmonicWalls bias for compatibility purposes.\n");
        std::string const walls_conf("\n\
  harmonicWalls {\n\
      name "+this->name+"w\n\
      colvars "+this->name+"\n"+lw_conf+uw_conf+
                               "}\n");
        cv->append_new_config(walls_conf);
      }
   }   }
  
   if (is_enabled(f_cv_lower_boundary)) {   if (is_enabled(f_cv_lower_boundary)) {
Line 956
Line 956
               cvm::to_str(x, cvm::cv_width, cvm::cv_prec)+".\n");               cvm::to_str(x, cvm::cv_width, cvm::cv_prec)+".\n");
  
   if (after_restart) {   if (after_restart) {
     after_restart = false; 
     if (cvm::proxy->simulation_running()) {     if (cvm::proxy->simulation_running()) {
       cvm::real const jump2 = dist2(x, x_restart) / (width*width);       cvm::real const jump2 = dist2(x, x_restart) / (width*width);
       if (jump2 > 0.25) {       if (jump2 > 0.25) {
Line 1186
Line 1185
  
     // initialize the restraint center in the first step to the value     // initialize the restraint center in the first step to the value
     // just calculated from the cvcs     // just calculated from the cvcs
     // TODO: put it in the restart information     if (cvm::step_relative() == 0 && !after_restart) {
     if (cvm::step_relative() == 0) { 
       xr = x;       xr = x;
       vr.reset(); // (already 0; added for clarity)       vr.reset(); // (already 0; added for clarity)
     }     }
Line 1212
Line 1210
     ft_reported = ft;     ft_reported = ft;
   }   }
  
    // At the end of the first update after a restart, we can reset the flag
    after_restart = false;
   return COLVARS_OK;   return COLVARS_OK;
 } }
  
Line 1243
Line 1243
   if (is_enabled(f_cv_extended_Lagrangian)) {   if (is_enabled(f_cv_extended_Lagrangian)) {
  
     if (cvm::debug()) {     if (cvm::debug()) {
       cvm::log("Updating extended-Lagrangian degrees of freedom.\n");       cvm::log("Updating extended-Lagrangian degree of freedom.\n");
     }     }
  
     cvm::real dt = cvm::dt();     cvm::real dt = cvm::dt();
     colvarvalue f_ext(fr.type());     colvarvalue f_ext(fr.type()); // force acting on the extended variable
     f_ext.reset();     f_ext.reset();
  
     // the total force is applied to the fictitious mass, while the     // the total force is applied to the fictitious mass, while the


Legend:
Removed in v.1.31 
changed lines
 Added in v.1.32



Made by using version 1.53 of cvs2html