Difference for src/Molecule.C from version 1.1262 to 1.1263

version 1.1262version 1.1263
Line 66
Line 66
  
 using namespace std; using namespace std;
  
 class ResidueLookupElem 
 { 
 public: 
   char mySegid[11]; 
   ResidueLookupElem *next; // stored as a linked list 
   int firstResid; // valid resid is >= firstResid 
   int lastResid; // valid resid is <= lastResid 
   ResizeArray<int> atomIndex; // 0-based index for first atom in residue 
  
   ResidueLookupElem(void) { next = 0; firstResid = -1; lastResid = -1; } 
   ~ResidueLookupElem(void) { delete next; } 
   int lookup(const char *segid, int resid, int *begin, int *end) const; 
   ResidueLookupElem* append(const char *segid, int resid, int aid); 
 }; 
  
 #ifndef MOLECULE2_C  // first object file #ifndef MOLECULE2_C  // first object file
  
 #ifdef MEM_OPT_VERSION #ifdef MEM_OPT_VERSION
Line 662
Line 647
        delete [] fepAtomFlags;        delete [] fepAtomFlags;
 //fepe //fepe
  
    if (qmAtomGroup != NULL)
         delete [] qmAtomGroup;
    
    if (qmAtmIndx != NULL)
         delete [] qmAtmIndx;
    
    if (qmAtmChrg != NULL)
         delete [] qmAtmChrg;
    
    
    if (qmGrpNumBonds != NULL)
         delete [] qmGrpNumBonds;
    
    if (qmGrpSizes != NULL)
         delete [] qmGrpSizes;
    
    if (qmDummyBondVal != NULL)
         delete [] qmDummyBondVal;
    
    if (qmMMNumTargs != NULL)
         delete [] qmMMNumTargs;
    
    if (qmGrpID != NULL)
         delete [] qmGrpID;
    
    if (qmGrpChrg != NULL)
         delete [] qmGrpChrg;
    
    if (qmGrpMult != NULL)
         delete [] qmGrpMult;
    
    if (qmMeMMindx != NULL)
         delete [] qmMeMMindx;
    
    if (qmMeQMGrp != NULL)
         delete [] qmMeQMGrp;
    
    if (qmLSSSize != NULL)
         delete [] qmLSSSize;
    
    if (qmLSSIdxs != NULL)
         delete [] qmLSSIdxs;
    
    if (qmLSSMass != NULL)
         delete [] qmLSSMass;
    
    if (qmLSSRefSize != NULL)
         delete [] qmLSSRefSize;
    
    if (qmLSSRefIDs != NULL)
         delete [] qmLSSRefIDs;
    
    if (qmLSSRefMass != NULL)
         delete [] qmLSSRefMass;
    
    if (qmMMBond != NULL) {
        for(int grpIndx = 0 ; grpIndx < qmNumBonds; grpIndx++) {
            if (qmMMBond[grpIndx] != NULL)
                delete [] qmMMBond[grpIndx];
        }
        delete [] qmMMBond;
    }
    
    if (qmGrpBonds != NULL) {
        for(int grpIndx = 0 ; grpIndx < qmNumGrps; grpIndx++) {
            if (qmGrpBonds[grpIndx] != NULL)
                delete [] qmGrpBonds[grpIndx];
        }
        delete [] qmGrpBonds;
    }
    
    if (qmMMBondedIndx != NULL) {
        for(int grpIndx = 0 ; grpIndx < qmNumGrps; grpIndx++) {
            if (qmMMBondedIndx[grpIndx] != NULL)
                delete [] qmMMBondedIndx[grpIndx];
        }
        delete [] qmMMBondedIndx;
    }
    
    if (qmMMChargeTarget != NULL) {
        for(int grpIndx = 0 ; grpIndx < qmNumBonds; grpIndx++) {
            if (qmMMChargeTarget[grpIndx] != NULL)
                delete [] qmMMChargeTarget[grpIndx];
        }
        delete [] qmMMChargeTarget;
    }
    
      if (qmElementArray != NULL){
          for(int atmInd = 0 ; atmInd < numAtoms; atmInd++) {
              if (qmElementArray[atmInd] != NULL)
                  delete [] qmElementArray[atmInd];
          }
          delete [] qmElementArray;
      }
      
      if (qmDummyElement != NULL){
          for(int atmInd = 0 ; atmInd < numAtoms; atmInd++) {
              if (qmDummyElement[atmInd] != NULL)
                  delete [] qmDummyElement[atmInd];
          }
          delete [] qmDummyElement;
      }
  
      if (qmCustPCSizes != NULL){
          delete [] qmCustPCSizes;
      }
      
      if (qmCustomPCIdxs != NULL){
          delete [] qmCustomPCIdxs;
      }
  
   #ifndef MEM_OPT_VERSION   #ifndef MEM_OPT_VERSION
   delete arena;   delete arena;
Line 2933
Line 3028
          bondsWithAtom[a2][byAtomSize[a2]++] = i;          bondsWithAtom[a2][byAtomSize[a2]++] = i;
        }        }
  
          
         // Updates all bond, angle, dihedral, improper and crossterm
         // to reflect the QM region (which can't have any of there terms)
         if (simParams->qmForcesOn) {
             
             DebugM(3,"Calculating exclusions for QM simulation.\n");
             build_exclusions();
             
             delete_qm_bonded() ;
             
             DebugM(3,"Re-Building bond lists.\n");
             
             // We re-calculate the bondsWithAtom list for cluster 
             // info calculation below.
             for (i=0; i<numAtoms; i++)
             {
               byAtomSize[i] = 0;
             }
             for (i=0; i<numRealBonds; i++)
             {
               byAtomSize[bonds[i].atom1]++;
               byAtomSize[bonds[i].atom2]++;
             }
             for (i=0; i<numAtoms; i++)
             {
               bondsWithAtom[i][byAtomSize[i]] = -1;
               byAtomSize[i] = 0;
             }
             for (i=0; i<numRealBonds; i++)
             {
               int a1 = bonds[i].atom1;
               int a2 = bonds[i].atom2;
               bondsWithAtom[a1][byAtomSize[a1]++] = i;
               bondsWithAtom[a2][byAtomSize[a2]++] = i;
             }
         }
          
        //  Build cluster information (contiguous clusters)        //  Build cluster information (contiguous clusters)
        for (i=0; i<numAtoms; i++) {        for (i=0; i<numAtoms; i++) {
          cluster[i] = i;          cluster[i] = i;
Line 3237
Line 3369
        DebugM(3,"Building exclusion data.\n");        DebugM(3,"Building exclusion data.\n");
          
        //  Build the arrays of exclusions for each atom        //  Build the arrays of exclusions for each atom
         if (! simParams->qmForcesOn)
        build_exclusions();        build_exclusions();
  
        //  Remove temporary structures        //  Remove temporary structures
Line 5237
Line 5370
   msg->put(numFixedRigidBonds);   msg->put(numFixedRigidBonds);
   }   }
      
    if (simParams->qmForcesOn)
    {
      msg->put(numAtoms, qmAtomGroup);
      msg->put(qmNumQMAtoms);
      msg->put(qmNumQMAtoms, qmAtmChrg);
      msg->put(qmNumQMAtoms, qmAtmIndx);
      msg->put(qmNoPC);
      msg->put(qmMeNumBonds);
      msg->put(qmMeNumBonds, qmMeMMindx);
      msg->put(qmMeNumBonds, qmMeQMGrp);
      msg->put(qmPCFreq);
      msg->put(qmNumGrps);
      msg->put(qmNumGrps, qmGrpID);
      msg->put(qmNumGrps, qmCustPCSizes);
      msg->put(qmTotCustPCs);
      msg->put(qmTotCustPCs, qmCustomPCIdxs);
    }
    
   //fepb   //fepb
   // send fep atom info   // send fep atom info
   if (simParams->alchOn || simParams->lesOn || simParams->pairInteractionOn) {   if (simParams->alchOn || simParams->lesOn || simParams->pairInteractionOn) {
Line 5638
Line 5789
         msg->get(numFixedRigidBonds);         msg->get(numFixedRigidBonds);
       }       }
  
        if (simParams->qmForcesOn)
        {
          if( qmAtomGroup != 0)
              delete [] qmAtomGroup;
          qmAtomGroup = new Real[numAtoms];
          
          msg->get(numAtoms, qmAtomGroup);
          
          msg->get(qmNumQMAtoms);
          
          if( qmAtmChrg != 0)
              delete [] qmAtmChrg;
          qmAtmChrg = new Real[qmNumQMAtoms];
          
          msg->get(qmNumQMAtoms, qmAtmChrg);
          
          if( qmAtmIndx != 0)
              delete [] qmAtmIndx;
          qmAtmIndx = new int[qmNumQMAtoms];
          
          msg->get(qmNumQMAtoms, qmAtmIndx);
          
          msg->get(qmNoPC);
          
          msg->get(qmMeNumBonds);
          
          if( qmMeMMindx != 0)
              delete [] qmMeMMindx;
          qmMeMMindx = new int[qmMeNumBonds];
          
          msg->get(qmMeNumBonds, qmMeMMindx);
          
          if( qmMeQMGrp != 0)
              delete [] qmMeQMGrp;
          qmMeQMGrp = new Real[qmMeNumBonds];
          
          msg->get(qmMeNumBonds, qmMeQMGrp);
          
          msg->get(qmPCFreq);
          
          msg->get(qmNumGrps);
          
          if( qmGrpID != 0)
              delete [] qmGrpID;
          qmGrpID = new Real[qmNumGrps];
          msg->get(qmNumGrps, qmGrpID);
          
          if( qmCustPCSizes != 0)
              delete [] qmCustPCSizes;
          qmCustPCSizes = new int[qmNumGrps];
          msg->get(qmNumGrps, qmCustPCSizes);
          
          msg->get(qmTotCustPCs);
          
          if( qmCustomPCIdxs != 0)
              delete [] qmCustomPCIdxs;
          qmCustomPCIdxs = new int[qmTotCustPCs];
          msg->get(qmTotCustPCs, qmCustomPCIdxs);
        }
      
 //fepb //fepb
       //receive fep atom info       //receive fep atom info
       if (simParams->alchOn || simParams->lesOn || simParams->pairInteractionOn) {       if (simParams->alchOn || simParams->lesOn || simParams->pairInteractionOn) {
Line 5782
Line 5993
       build_atom_status();       build_atom_status();
       build_lists_by_atom();             build_lists_by_atom();      
  
        
 #endif #endif
 } }
  /*      END OF FUNCTION receive_Molecule    */  /*      END OF FUNCTION receive_Molecule    */

Legend:
Removed in v.1.1262 
changed lines
 Added in v.1.1263


Made by using version 1.53 of cvs2html