Difference for ./Makefile from version 1.1352 to 1.1353

version 1.1352version 1.1353
Line 135
Line 135
  $(DSTDIR)/ComputeConsForce.o \  $(DSTDIR)/ComputeConsForce.o \
  $(DSTDIR)/ComputeConsForceMsgs.o \  $(DSTDIR)/ComputeConsForceMsgs.o \
  $(DSTDIR)/ComputeCrossterms.o \  $(DSTDIR)/ComputeCrossterms.o \
   $(DSTDIR)/ComputeCUDAMgr.o \
  $(DSTDIR)/ComputeCylindricalBC.o \  $(DSTDIR)/ComputeCylindricalBC.o \
  $(DSTDIR)/ComputeDihedrals.o \  $(DSTDIR)/ComputeDihedrals.o \
  $(DSTDIR)/ComputeDPME.o \  $(DSTDIR)/ComputeDPME.o \
Line 173
Line 174
  $(DSTDIR)/ComputePatch.o \  $(DSTDIR)/ComputePatch.o \
  $(DSTDIR)/ComputePatchPair.o \  $(DSTDIR)/ComputePatchPair.o \
  $(DSTDIR)/ComputePme.o \  $(DSTDIR)/ComputePme.o \
   $(DSTDIR)/ComputePmeCUDA.o \
   $(DSTDIR)/ComputePmeCUDAMgr.o \
  $(DSTDIR)/OptPme.o \  $(DSTDIR)/OptPme.o \
  $(DSTDIR)/OptPmeRealSpace.o \  $(DSTDIR)/OptPmeRealSpace.o \
  $(DSTDIR)/ComputeRestraints.o \  $(DSTDIR)/ComputeRestraints.o \
Line 182
Line 185
  $(DSTDIR)/ComputeThole.o \  $(DSTDIR)/ComputeThole.o \
  $(DSTDIR)/ConfigList.o \  $(DSTDIR)/ConfigList.o \
  $(DSTDIR)/Controller.o \  $(DSTDIR)/Controller.o \
   $(DSTDIR)/CudaComputeNonbonded.o \
   $(DSTDIR)/CudaPmeSolver.o \
   $(DSTDIR)/CudaPmeSolverUtil.o \
  $(DSTDIR)/CudaUtils.o \  $(DSTDIR)/CudaUtils.o \
  $(DSTDIR)/ccsinterface.o \  $(DSTDIR)/ccsinterface.o \
  $(DSTDIR)/DataStream.o \  $(DSTDIR)/DataStream.o \
Line 261
Line 267
  $(DSTDIR)/PDBData.o \  $(DSTDIR)/PDBData.o \
  $(DSTDIR)/PmeKSpace.o \  $(DSTDIR)/PmeKSpace.o \
  $(DSTDIR)/PmeRealSpace.o \  $(DSTDIR)/PmeRealSpace.o \
   $(DSTDIR)/PmeSolver.o \
  $(DSTDIR)/ProcessorPrivate.o \  $(DSTDIR)/ProcessorPrivate.o \
  $(DSTDIR)/ProxyMgr.o \  $(DSTDIR)/ProxyMgr.o \
  $(DSTDIR)/ProxyPatch.o \  $(DSTDIR)/ProxyPatch.o \
Line 308
Line 315
  $(INCDIR)/CollectionMaster.def.h \  $(INCDIR)/CollectionMaster.def.h \
  $(INCDIR)/CollectionMgr.decl.h \  $(INCDIR)/CollectionMgr.decl.h \
  $(INCDIR)/CollectionMgr.def.h \  $(INCDIR)/CollectionMgr.def.h \
   $(INCDIR)/ComputeCUDAMgr.decl.h \
   $(INCDIR)/ComputeCUDAMgr.def.h \
  $(INCDIR)/ComputeMgr.decl.h \  $(INCDIR)/ComputeMgr.decl.h \
  $(INCDIR)/ComputeMgr.def.h \  $(INCDIR)/ComputeMgr.def.h \
  $(INCDIR)/ComputeGridForceMgr.decl.h \  $(INCDIR)/ComputeGridForceMgr.decl.h \
  $(INCDIR)/ComputeGridForceMgr.def.h \  $(INCDIR)/ComputeGridForceMgr.def.h \
  $(INCDIR)/ComputePmeMgr.decl.h \  $(INCDIR)/ComputePmeMgr.decl.h \
  $(INCDIR)/ComputePmeMgr.def.h \  $(INCDIR)/ComputePmeMgr.def.h \
   $(INCDIR)/ComputePmeCUDAMgr.decl.h \
   $(INCDIR)/ComputePmeCUDAMgr.def.h \
   $(INCDIR)/CudaPmeSolver.decl.h \
   $(INCDIR)/CudaPmeSolver.def.h \
  $(INCDIR)/OptPmeMgr.decl.h \  $(INCDIR)/OptPmeMgr.decl.h \
  $(INCDIR)/OptPmeMgr.def.h \  $(INCDIR)/OptPmeMgr.def.h \
  $(INCDIR)/PmeFFTLib.decl.h \  $(INCDIR)/PmeFFTLib.decl.h \
  $(INCDIR)/PmeFFTLib.def.h \  $(INCDIR)/PmeFFTLib.def.h \
   $(INCDIR)/PmeSolver.decl.h \
   $(INCDIR)/PmeSolver.def.h \
  $(INCDIR)/ComputeExtMgr.decl.h \  $(INCDIR)/ComputeExtMgr.decl.h \
  $(INCDIR)/ComputeExtMgr.def.h \  $(INCDIR)/ComputeExtMgr.def.h \
  $(INCDIR)/ComputeGBISserMgr.decl.h \  $(INCDIR)/ComputeGBISserMgr.decl.h \
Line 363
Line 378
 PLUGINLIB = $(PLUGINOBJS) PLUGINLIB = $(PLUGINOBJS)
  
 CUDAOBJSRAW = \ CUDAOBJSRAW = \
   $(DSTDIR)/ComputeNonbondedCUDAKernel.o \
  $(DSTDIR)/ComputePmeCUDAKernel.o \  $(DSTDIR)/ComputePmeCUDAKernel.o \
  $(DSTDIR)/ComputeNonbondedCUDAKernel.o  $(DSTDIR)/CudaComputeGBISKernel.o \
   $(DSTDIR)/CudaComputeNonbondedKernel.o \
   $(DSTDIR)/CudaPmeSolverUtilKernel.o \
   $(DSTDIR)/CudaTileListKernel.o \
   $(DSTDIR)/DeviceCUDAkernel.o
  
 $(DSTDIR)/ComputePmeCUDAKernel.o: \ CUDAOBJSRAWSTATIC = $(CUDAOBJSRAW) \
  $(SRCDIR)/ComputePmeCUDAKernel.cu \  $(DSTDIR)/CudaPmeSolverUtilKernel_dlink.o
  $(SRCDIR)/ComputePmeCUDAKernel.h 
  $(CUDACC) $(CUDACCOPTS) -Xptxas -v $(COPTO) "`$(NATIVEPATH) $(DSTDIR)/`ComputePmeCUDAKernel.o" $(COPTC) "`$(NATIVEPATH) $(SRCDIR)/`ComputePmeCUDAKernel.cu" $(DSTDIR)/CudaPmeSolverUtilKernel_dlink.o: $(DSTDIR)/CudaPmeSolverUtilKernel.o
   $(CUDACC) $(CUDACCOPTS) -v -lcufft_static -dlink $(DSTDIR)/CudaPmeSolverUtilKernel.o $(COPTO)$@
 $(DSTDIR)/ComputeNonbondedCUDAKernel.o: \ 
  $(SRCDIR)/ComputeNonbondedCUDAKernel.cu \ 
  $(SRCDIR)/ComputeNonbondedCUDAKernelBase.h \ 
  $(SRCDIR)/ComputeGBISCUDAKernel.h \ 
  $(SRCDIR)/ComputeNonbondedCUDAKernel.h 
  $(CUDACC) $(CUDACCOPTS) -Xptxas -v $(COPTO) "`$(NATIVEPATH) $(DSTDIR)/`ComputeNonbondedCUDAKernel.o" $(COPTC) "`$(NATIVEPATH) $(SRCDIR)/`ComputeNonbondedCUDAKernel.cu" 
  
 SBOBJS = $(DSTDIR)/tcl_main.o $(SBLIB) SBOBJS = $(DSTDIR)/tcl_main.o $(SBLIB)
  
Line 426
Line 440
 SBCFLAGS = $(COPTI)$(SBSRCDIR) $(COPTI)$(PLUGININCDIR) $(COPTD)STATIC_PLUGIN -DPSFGEN_USEPLUGINS $(TCL) $(COPTS) $(RELEASE) $(EXTRADEFINES) $(TRACEOBJDEF) SBCFLAGS = $(COPTI)$(SBSRCDIR) $(COPTI)$(PLUGININCDIR) $(COPTD)STATIC_PLUGIN -DPSFGEN_USEPLUGINS $(TCL) $(COPTS) $(RELEASE) $(EXTRADEFINES) $(TRACEOBJDEF)
 SBGCCFLAGS = $(COPTI)$(SBSRCDIR) $(COPTI)$(PLUGININCDIR) $(COPTD)STATIC_PLUGIN -DPSFGEN_USEPLUGINS $(TCL) $(RELEASE) $(EXTRADEFINES) $(TRACEOBJDEF) SBGCCFLAGS = $(COPTI)$(SBSRCDIR) $(COPTI)$(PLUGININCDIR) $(COPTD)STATIC_PLUGIN -DPSFGEN_USEPLUGINS $(TCL) $(RELEASE) $(EXTRADEFINES) $(TRACEOBJDEF)
  
  # .ci preprocessing flags
  CIPPFLAGS = $(CUDAFLAGS)
  
 # Add new executables here. # Add new executables here.
  
 BINARIES = namd2 psfgen sortreplicas flipdcd flipbinpdb charmrun BINARIES = namd2 psfgen sortreplicas flipdcd flipbinpdb charmrun
Line 440
Line 457
  cat $(BUILDINFO).C; \  cat $(BUILDINFO).C; \
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)$(BUILDINFO).o $(COPTC) $(BUILDINFO).C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)$(BUILDINFO).o $(COPTC) $(BUILDINFO).C
  
 all: $(BINARIES) $(LIBCUDARTSO) all: $(BINARIES) $(LIBCUDARTSO) $(LIBCUFFTSO)
  
 namd2: $(MKINCDIR) $(MKDSTDIR) $(OBJS) $(LIBS) namd2: $(MKINCDIR) $(MKDSTDIR) $(OBJS) $(LIBS)
  $(MAKEBUILDINFO)  $(MAKEBUILDINFO)
Line 469
Line 486
 $(LIBCUDARTSO): $(LIBCUDARTSO):
  $(COPY) $(CUDASODIR)/$(LIBCUDARTSO) $@;  $(COPY) $(CUDASODIR)/$(LIBCUDARTSO) $@;
  
  $(LIBCUFFTSO):
   $(COPY) $(CUDASODIR)/$(LIBCUFFTSO) $@;
  
 WINDOWSBINARIES = namd2.exe psfgen.exe sortreplicas.exe WINDOWSBINARIES = namd2.exe psfgen.exe sortreplicas.exe
  
 winall: $(WINDOWSBINARIES) $(LIBCUDARTSO) winall: $(WINDOWSBINARIES) $(LIBCUDARTSO) $(LIBCUFFTSO)
  
 namd2.exe:  $(MKINCDIR) $(MKDSTDIR) $(OBJS) $(LIBS) $(TCLDLL) namd2.exe:  $(MKINCDIR) $(MKDSTDIR) $(OBJS) $(LIBS) $(TCLDLL)
  $(MAKEBUILDINFO)  $(MAKEBUILDINFO)
Line 630
Line 650
  # prevent gmake from deleting intermediate files  # prevent gmake from deleting intermediate files
  
 $(INCDIR)/%.decl.h $(INCDIR)/%.def.h: $(MKINCDIR) $(SRCDIR)/%.ci $(INCDIR)/%.decl.h $(INCDIR)/%.def.h: $(MKINCDIR) $(SRCDIR)/%.ci
  $(COPY) $(SRCDIR)/$*.ci $(INCDIR)  cpp -E -P $(CIPPFLAGS) $(SRCDIR)/$*.ci > $(INCDIR)/$*.ci
  $(CHARMXI) $(INCDIR)/$*.ci  $(CHARMXI) $(INCDIR)/$*.ci
  $(RM) $(INCDIR)/$*.ci  $(RM) $(INCDIR)/$*.ci
  $(MOVE) $*.def.h $(INCDIR)  $(MOVE) $*.def.h $(INCDIR)
Line 670
Line 690
               fi; \               fi; \
        $(ECHO) "checking dependencies for $$SRCFILE" ; \        $(ECHO) "checking dependencies for $$SRCFILE" ; \
        g++ -MM $(GXXFLAGS) $$SRCFILE | \        g++ -MM $(GXXFLAGS) $$SRCFILE | \
        perl $(SRCDIR)/dc.pl $(CHARMINC) $(TCLDIR) $(FFTDIR) /usr/include /usr/local >> $(DEPENDFILE); \        perl $(SRCDIR)/dc.pl $(CHARMINC) $(TCLDIR) $(FFTDIR) /usr/include /usr/local $(CUDADIR) >> $(DEPENDFILE); \
        $(ECHO) ' $$(CXX) $$(CXXFLAGS) $$(COPTO)'$$i '$$(COPTC)' \        $(ECHO) ' $$(CXX) $$(CXXFLAGS) $$(COPTO)'$$i '$$(COPTC)' \
  $$SRCFILE >> $(DEPENDFILE) ; \  $$SRCFILE >> $(DEPENDFILE) ; \
  done; \  done; \
   for i in $(CUDAOBJSRAW) ; do \
         SRCFILE=`basename $$i .o`.cu ; \
         $(ECHO) "checking dependencies for $(SRCDIR)/$$SRCFILE" ; \
         g++ -x c++ -MM $(CUDA) $(SRCDIR)/$$SRCFILE | \
         perl $(SRCDIR)/dc.pl $(CHARMINC) $(TCLDIR) $(FFTDIR) /usr/include /usr/local $(CUDADIR) $(CUBDIR) >> $(DEPENDFILE); \
         $(ECHO) ' $$(CUDACC) $$(CUDACCOPTS) -Xptxas -v $$(COPTO)'$$i '$$(COPTC)' \
   '`$$(NATIVEPATH) $(SRCDIR)/`'$$SRCFILE >> $(DEPENDFILE) ; \
   done; \
  for i in $(PLUGINOBJS) ; do \  for i in $(PLUGINOBJS) ; do \
        BASENAME=`basename $$i .o` ; \        BASENAME=`basename $$i .o` ; \
        SRCFILE=$(PLUGINSRCDIR)/$$BASENAME.c ; \        SRCFILE=$(PLUGINSRCDIR)/$$BASENAME.c ; \
Line 734
Line 762
  
 DOC_FILES = README.txt announce.txt license.txt notes.txt DOC_FILES = README.txt announce.txt license.txt notes.txt
  
 RELEASE_FILES = $(LIBCUDARTSO) flipdcd flipbinpdb sortreplicas psfgen charmrun namd2 RELEASE_FILES = $(LIBCUDARTSO) $(LIBCUFFTSO) flipdcd flipbinpdb sortreplicas psfgen charmrun namd2
  
 WINDOWS_RELEASE_FILES = $(LIBCUDARTSO) $(WINDOWSBINARIES) $(TCLDLL) WINDOWS_RELEASE_FILES = $(LIBCUDARTSO) $(LIBCUFFTSO) $(WINDOWSBINARIES) $(TCLDLL)
  
 release: all release: all
  $(ECHO) Creating release $(RELEASE_DIR_NAME)  $(ECHO) Creating release $(RELEASE_DIR_NAME)

Legend:
Removed in v.1.1352 
changed lines
 Added in v.1.1353


Made by using version 1.53 of cvs2html