Difference for ./Make.depends from version 1.198 to 1.199

version 1.198version 1.199
Line 907
Line 907
  src/PatchMap.inl \  src/PatchMap.inl \
  src/AtomMap.h \  src/AtomMap.h \
  src/PatchMgr.h \  src/PatchMgr.h \
   src/ProxyMgr.h \
   src/UniqueSetIter.h \
   inc/ProxyMgr.decl.h \
  src/Molecule.h \  src/Molecule.h \
  src/parm.h \  src/parm.h \
  src/ConfigList.h \  src/ConfigList.h \
Line 917
Line 920
  plugins/include/vmdplugin.h \  plugins/include/vmdplugin.h \
  src/Parameters.h \  src/Parameters.h \
  src/ReductionMgr.h \  src/ReductionMgr.h \
  src/UniqueSetIter.h \ 
  src/Priorities.h \  src/Priorities.h \
  src/LdbCoordinator.h \  src/LdbCoordinator.h \
  inc/LdbCoordinator.decl.h \  inc/LdbCoordinator.decl.h \
Line 974
Line 976
  src/PatchMap.inl \  src/PatchMap.inl \
  src/AtomMap.h \  src/AtomMap.h \
  src/PatchMgr.h \  src/PatchMgr.h \
   src/ProxyMgr.h \
   src/UniqueSetIter.h \
   inc/ProxyMgr.decl.h \
  src/Molecule.h \  src/Molecule.h \
  src/parm.h \  src/parm.h \
  src/ConfigList.h \  src/ConfigList.h \
Line 984
Line 989
  plugins/include/vmdplugin.h \  plugins/include/vmdplugin.h \
  src/Parameters.h \  src/Parameters.h \
  src/ReductionMgr.h \  src/ReductionMgr.h \
  src/UniqueSetIter.h \ 
  src/Priorities.h \  src/Priorities.h \
  src/LdbCoordinator.h \  src/LdbCoordinator.h \
  inc/LdbCoordinator.decl.h \  inc/LdbCoordinator.decl.h \
Line 1050
Line 1054
  src/PatchMap.inl \  src/PatchMap.inl \
  src/AtomMap.h \  src/AtomMap.h \
  src/PatchMgr.h \  src/PatchMgr.h \
  src/Parameters.h \  src/ProxyMgr.h \
  src/UniqueSetIter.h \  src/UniqueSetIter.h \
   inc/ProxyMgr.decl.h \
   src/Parameters.h \
  src/Priorities.h \  src/Priorities.h \
  src/LdbCoordinator.h \  src/LdbCoordinator.h \
  inc/LdbCoordinator.decl.h \  inc/LdbCoordinator.decl.h \
Line 1064
Line 1070
  src/PressureProfile.h \  src/PressureProfile.h \
  src/Debug.h  src/Debug.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeBonds.o $(COPTC) src/ComputeBonds.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeBonds.o $(COPTC) src/ComputeBonds.C
  obj/ComputeBondedCUDA.o: \
   obj/.exists \
   src/ComputeBondedCUDA.C \
   src/NamdTypes.h \
   src/common.h \
   src/Vector.h \
   src/ResizeArray.h \
   src/ResizeArrayRaw.h \
   src/ComputeMgr.h \
   src/main.h \
   src/BOCgroup.h \
   src/GlobalMaster.h \
   src/GlobalMasterServer.h \
   src/Lattice.h \
   src/Tensor.h \
   inc/ComputeMgr.decl.h \
   src/WorkDistrib.h \
   src/ComputeMap.h \
   src/ProcessorPrivate.h \
   inc/WorkDistrib.decl.h \
   src/ProxyMgr.h \
   src/PatchTypes.h \
   src/UniqueSet.h \
   src/UniqueSetRaw.h \
   src/UniqueSetIter.h \
   src/InfoStream.h \
   inc/ProxyMgr.decl.h \
   src/CudaUtils.h \
   src/ComputeBonds.h \
   src/Molecule.h \
   src/parm.h \
   src/structures.h \
   src/ConfigList.h \
   src/Hydrogen.h \
   src/SortableResizeArray.h \
   src/GromacsTopFile.h \
   src/GridForceGrid.h \
   src/SimParameters.h \
   src/MGridforceParams.h \
   src/strlib.h \
   src/MStream.h \
   plugins/include/molfile_plugin.h \
   plugins/include/vmdplugin.h \
   src/ReductionMgr.h \
   src/ComputeHomeTuples.h \
   src/Compute.h \
   src/HomePatch.h \
   src/Patch.h \
   src/OwnerBox.h \
   src/Box.h \
   src/UniqueSortedArray.h \
   src/SortedArray.h \
   src/PatchMap.h \
   src/HomePatchList.h \
   src/ResizeArrayIter.h \
   src/MigrateAtomsMsg.h \
   src/Migration.h \
   inc/PatchMgr.decl.h \
   src/Settle.h \
   src/Node.h \
   inc/Node.decl.h \
   src/PatchMap.inl \
   src/AtomMap.h \
   src/PatchMgr.h \
   src/Parameters.h \
   src/Priorities.h \
   src/LdbCoordinator.h \
   inc/LdbCoordinator.decl.h \
   inc/NamdCentLB.decl.h \
   inc/NamdNborLB.decl.h \
   inc/NamdHybridLB.decl.h \
   inc/NamdDummyLB.decl.h \
   src/ComputeSelfTuples.h \
   src/ComputeBonds.inl \
   src/ComputeAngles.h \
   src/ComputeAngles.inl \
   src/ComputeDihedrals.h \
   src/ComputeDihedrals.inl \
   src/ComputeImpropers.h \
   src/ComputeCrossterms.h \
   src/ComputeNonbondedCUDAExcl.h \
   src/ComputeNonbondedUtil.h \
   src/ComputeNonbondedCUDAExcl.inl \
   src/ComputeBondedCUDA.h \
   src/CudaNonbondedTables.h \
   src/ComputeBondedCUDAKernel.h \
   src/TupleTypesCUDA.h
   $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeBondedCUDA.o $(COPTC) src/ComputeBondedCUDA.C
 obj/ComputeConsForce.o: \ obj/ComputeConsForce.o: \
  obj/.exists \  obj/.exists \
  src/ComputeConsForce.C \  src/ComputeConsForce.C \
Line 1171
Line 1265
  src/PatchMap.inl \  src/PatchMap.inl \
  src/AtomMap.h \  src/AtomMap.h \
  src/PatchMgr.h \  src/PatchMgr.h \
   src/ProxyMgr.h \
   src/UniqueSetIter.h \
   inc/ProxyMgr.decl.h \
  src/Molecule.h \  src/Molecule.h \
  src/parm.h \  src/parm.h \
  src/ConfigList.h \  src/ConfigList.h \
Line 1181
Line 1278
  plugins/include/vmdplugin.h \  plugins/include/vmdplugin.h \
  src/Parameters.h \  src/Parameters.h \
  src/ReductionMgr.h \  src/ReductionMgr.h \
  src/UniqueSetIter.h \ 
  src/Priorities.h \  src/Priorities.h \
  src/LdbCoordinator.h \  src/LdbCoordinator.h \
  inc/LdbCoordinator.decl.h \  inc/LdbCoordinator.decl.h \
Line 1209
Line 1305
  src/ComputeCUDAMgr.h \  src/ComputeCUDAMgr.h \
  src/CudaUtils.h \  src/CudaUtils.h \
  inc/ComputeCUDAMgr.decl.h \  inc/ComputeCUDAMgr.decl.h \
   src/CudaNonbondedTables.h \
  src/CudaComputeNonbonded.h \  src/CudaComputeNonbonded.h \
  src/Compute.h \  src/Compute.h \
  src/Box.h \  src/Box.h \
Line 1242
Line 1339
  src/GlobalMaster.h \  src/GlobalMaster.h \
  src/GlobalMasterServer.h \  src/GlobalMasterServer.h \
  inc/ComputeMgr.decl.h \  inc/ComputeMgr.decl.h \
   src/ComputeBondedCUDA.h \
   src/ComputeMap.h \
   src/ComputeBondedCUDAKernel.h \
   src/TupleTypesCUDA.h \
   src/ComputeHomeTuples.h \
   src/HomePatch.h \
   src/Patch.h \
   src/UniqueSortedArray.h \
   src/SortedArray.h \
   src/PatchMap.h \
   src/HomePatchList.h \
   src/ResizeArrayIter.h \
   src/MigrateAtomsMsg.h \
   src/Migration.h \
   inc/PatchMgr.decl.h \
   src/Settle.h \
   src/PatchMap.inl \
   src/AtomMap.h \
   src/PatchMgr.h \
   src/ProxyMgr.h \
   src/UniqueSetIter.h \
   inc/ProxyMgr.decl.h \
   src/Parameters.h \
   src/Priorities.h \
   src/LdbCoordinator.h \
   inc/LdbCoordinator.decl.h \
   inc/NamdCentLB.decl.h \
   inc/NamdNborLB.decl.h \
   inc/NamdHybridLB.decl.h \
   inc/NamdDummyLB.decl.h \
  src/DeviceCUDA.h \  src/DeviceCUDA.h \
  inc/ComputeCUDAMgr.def.h  inc/ComputeCUDAMgr.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeCUDAMgr.o $(COPTC) src/ComputeCUDAMgr.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ComputeCUDAMgr.o $(COPTC) src/ComputeCUDAMgr.C
Line 1321
Line 1448
  src/PatchMap.inl \  src/PatchMap.inl \
  src/AtomMap.h \  src/AtomMap.h \
  src/PatchMgr.h \  src/PatchMgr.h \
   src/ProxyMgr.h \
   src/UniqueSetIter.h \
   inc/ProxyMgr.decl.h \
  src/Molecule.h \  src/Molecule.h \
  src/parm.h \  src/parm.h \
  src/ConfigList.h \  src/ConfigList.h \
Line 1331
Line 1461
  plugins/include/vmdplugin.h \  plugins/include/vmdplugin.h \
  src/Parameters.h \  src/Parameters.h \
  src/ReductionMgr.h \  src/ReductionMgr.h \
  src/UniqueSetIter.h \ 
  src/Priorities.h \  src/Priorities.h \
  src/LdbCoordinator.h \  src/LdbCoordinator.h \
  inc/LdbCoordinator.decl.h \  inc/LdbCoordinator.decl.h \
Line 1868
Line 1997
  src/PatchMap.inl \  src/PatchMap.inl \
  src/AtomMap.h \  src/AtomMap.h \
  src/PatchMgr.h \  src/PatchMgr.h \
  src/Parameters.h \  src/ProxyMgr.h \
  src/UniqueSetIter.h \  src/UniqueSetIter.h \
   inc/ProxyMgr.decl.h \
   src/Parameters.h \
  src/Priorities.h \  src/Priorities.h \
  src/LdbCoordinator.h \  src/LdbCoordinator.h \
  inc/LdbCoordinator.decl.h \  inc/LdbCoordinator.decl.h \
Line 2138
Line 2269
  src/PatchMap.inl \  src/PatchMap.inl \
  src/AtomMap.h \  src/AtomMap.h \
  src/PatchMgr.h \  src/PatchMgr.h \
   src/ProxyMgr.h \
   src/UniqueSetIter.h \
   inc/ProxyMgr.decl.h \
  src/Molecule.h \  src/Molecule.h \
  src/parm.h \  src/parm.h \
  src/ConfigList.h \  src/ConfigList.h \
Line 2148
Line 2282
  plugins/include/vmdplugin.h \  plugins/include/vmdplugin.h \
  src/Parameters.h \  src/Parameters.h \
  src/ReductionMgr.h \  src/ReductionMgr.h \
  src/UniqueSetIter.h \ 
  src/Priorities.h \  src/Priorities.h \
  src/LdbCoordinator.h \  src/LdbCoordinator.h \
  inc/LdbCoordinator.decl.h \  inc/LdbCoordinator.decl.h \
Line 2426
Line 2559
  src/ComputeCUDAMgr.h \  src/ComputeCUDAMgr.h \
  src/CudaUtils.h \  src/CudaUtils.h \
  inc/ComputeCUDAMgr.decl.h \  inc/ComputeCUDAMgr.decl.h \
   src/CudaNonbondedTables.h \
  src/CudaComputeNonbonded.h \  src/CudaComputeNonbonded.h \
  src/CudaTileListKernel.h \  src/CudaTileListKernel.h \
  src/CudaComputeNonbondedKernel.h \  src/CudaComputeNonbondedKernel.h \
  src/CudaComputeGBISKernel.h \  src/CudaComputeGBISKernel.h \
   src/ComputeBondedCUDA.h \
   src/ComputeBondedCUDAKernel.h \
   src/TupleTypesCUDA.h \
  src/ComputePmeCUDAMgr.h \  src/ComputePmeCUDAMgr.h \
  src/PmeSolver.h \  src/PmeSolver.h \
  src/PmeSolverUtil.h \  src/PmeSolverUtil.h \
Line 3088
Line 3225
  src/PatchMap.inl \  src/PatchMap.inl \
  src/AtomMap.h \  src/AtomMap.h \
  src/PatchMgr.h \  src/PatchMgr.h \
  src/Parameters.h \  src/ProxyMgr.h \
  src/UniqueSetIter.h \  src/UniqueSetIter.h \
   inc/ProxyMgr.decl.h \
   src/Parameters.h \
  src/Priorities.h \  src/Priorities.h \
  src/LdbCoordinator.h \  src/LdbCoordinator.h \
  inc/LdbCoordinator.decl.h \  inc/LdbCoordinator.decl.h \
Line 3781
Line 3920
  src/PatchMap.inl \  src/PatchMap.inl \
  src/AtomMap.h \  src/AtomMap.h \
  src/PatchMgr.h \  src/PatchMgr.h \
   src/ProxyMgr.h \
   src/UniqueSetIter.h \
   inc/ProxyMgr.decl.h \
  src/Molecule.h \  src/Molecule.h \
  src/parm.h \  src/parm.h \
  src/ConfigList.h \  src/ConfigList.h \
Line 3791
Line 3933
  plugins/include/vmdplugin.h \  plugins/include/vmdplugin.h \
  src/Parameters.h \  src/Parameters.h \
  src/ReductionMgr.h \  src/ReductionMgr.h \
  src/UniqueSetIter.h \ 
  src/Priorities.h \  src/Priorities.h \
  src/LdbCoordinator.h \  src/LdbCoordinator.h \
  inc/LdbCoordinator.decl.h \  inc/LdbCoordinator.decl.h \
Line 3947
Line 4088
  src/MStream.h \  src/MStream.h \
  plugins/include/molfile_plugin.h \  plugins/include/molfile_plugin.h \
  plugins/include/vmdplugin.h \  plugins/include/vmdplugin.h \
   src/CudaNonbondedTables.h \
  src/CudaTileListKernel.h \  src/CudaTileListKernel.h \
  src/CudaComputeNonbondedKernel.h \  src/CudaComputeNonbondedKernel.h \
  src/CudaComputeGBISKernel.h \  src/CudaComputeGBISKernel.h \
Line 3975
Line 4117
  inc/PmeSolver.decl.h \  inc/PmeSolver.decl.h \
  src/DeviceCUDA.h  src/DeviceCUDA.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/CudaComputeNonbonded.o $(COPTC) src/CudaComputeNonbonded.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/CudaComputeNonbonded.o $(COPTC) src/CudaComputeNonbonded.C
  obj/CudaNonbondedTables.o: \
   obj/.exists \
   src/CudaNonbondedTables.C \
   src/NamdTypes.h \
   src/common.h \
   src/Vector.h \
   src/ResizeArray.h \
   src/ResizeArrayRaw.h \
   src/ComputeNonbondedUtil.h \
   src/ReductionMgr.h \
   src/main.h \
   src/BOCgroup.h \
   src/ProcessorPrivate.h \
   src/Molecule.h \
   src/parm.h \
   src/structures.h \
   src/ConfigList.h \
   src/UniqueSet.h \
   src/UniqueSetRaw.h \
   src/Hydrogen.h \
   src/SortableResizeArray.h \
   src/GromacsTopFile.h \
   src/GridForceGrid.h \
   src/Tensor.h \
   src/SimParameters.h \
   src/Lattice.h \
   src/MGridforceParams.h \
   src/strlib.h \
   src/InfoStream.h \
   src/MStream.h \
   plugins/include/molfile_plugin.h \
   plugins/include/vmdplugin.h \
   src/LJTable.h \
   src/CudaUtils.h \
   src/CudaNonbondedTables.h
   $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/CudaNonbondedTables.o $(COPTC) src/CudaNonbondedTables.C
 obj/CudaPmeSolver.o: \ obj/CudaPmeSolver.o: \
  obj/.exists \  obj/.exists \
  src/CudaPmeSolver.C \  src/CudaPmeSolver.C \
Line 7448
Line 7626
  src/Random.h \  src/Random.h \
  inc/ParallelIOMgr.def.h  inc/ParallelIOMgr.def.h
  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ParallelIOMgr.o $(COPTC) src/ParallelIOMgr.C  $(CXX) $(CXXFLAGS) $(COPTO)obj/ParallelIOMgr.o $(COPTC) src/ParallelIOMgr.C
  obj/ComputeBondedCUDAKernel.o: \
   obj/.exists \
   src/ComputeBondedCUDAKernel.cu \
   src/ComputeBondedCUDAKernel.h \
   src/CudaUtils.h \
   src/TupleTypesCUDA.h \
   src/CudaNonbondedTables.h \
   src/DeviceCUDA.h
   $(CUDACC) $(CUDACCOPTS) -Xptxas -v $(COPTO)obj/ComputeBondedCUDAKernel.o $(COPTC) `$(NATIVEPATH) src/`ComputeBondedCUDAKernel.cu
 obj/ComputeNonbondedCUDAKernel.o: \ obj/ComputeNonbondedCUDAKernel.o: \
  obj/.exists \  obj/.exists \
  src/ComputeNonbondedCUDAKernel.cu \  src/ComputeNonbondedCUDAKernel.cu \
Line 7477
Line 7664
  src/CudaComputeNonbondedKernel.h \  src/CudaComputeNonbondedKernel.h \
  src/CudaUtils.h \  src/CudaUtils.h \
  src/CudaTileListKernel.h \  src/CudaTileListKernel.h \
   src/CudaNonbondedTables.h \
  src/DeviceCUDA.h  src/DeviceCUDA.h
  $(CUDACC) $(CUDACCOPTS) -Xptxas -v $(COPTO)obj/CudaComputeNonbondedKernel.o $(COPTC) `$(NATIVEPATH) src/`CudaComputeNonbondedKernel.cu  $(CUDACC) $(CUDACCOPTS) -Xptxas -v $(COPTO)obj/CudaComputeNonbondedKernel.o $(COPTC) `$(NATIVEPATH) src/`CudaComputeNonbondedKernel.cu
 obj/CudaPmeSolverUtilKernel.o: \ obj/CudaPmeSolverUtilKernel.o: \
Line 7492
Line 7680
  src/CudaTileListKernel.h \  src/CudaTileListKernel.h \
  src/DeviceCUDA.h  src/DeviceCUDA.h
  $(CUDACC) $(CUDACCOPTS) -Xptxas -v $(COPTO)obj/CudaTileListKernel.o $(COPTC) `$(NATIVEPATH) src/`CudaTileListKernel.cu  $(CUDACC) $(CUDACCOPTS) -Xptxas -v $(COPTO)obj/CudaTileListKernel.o $(COPTC) `$(NATIVEPATH) src/`CudaTileListKernel.cu
 obj/DeviceCUDAkernel.o: \ 
  obj/.exists \ 
  src/DeviceCUDAkernel.cu \ 
  src/CudaUtils.h 
  $(CUDACC) $(CUDACCOPTS) -Xptxas -v $(COPTO)obj/DeviceCUDAkernel.o $(COPTC) `$(NATIVEPATH) src/`DeviceCUDAkernel.cu 
 obj/dcdplugin.o: \ obj/dcdplugin.o: \
  obj/.exists \  obj/.exists \
  plugins/molfile_plugin/src/dcdplugin.c \  plugins/molfile_plugin/src/dcdplugin.c \


Legend:
Removed in v.1.198 
changed lines
 Added in v.1.199



Made by using version 1.53 of cvs2html