Difference for src/ComputeNonbondedBase.h from version 1.1190 to 1.1191

version 1.1190version 1.1191
Line 703
Line 703
   // Atom Sort : The grouplist and fixglist arrays are not needed when the   // Atom Sort : The grouplist and fixglist arrays are not needed when the
   //   the atom sorting code is in use.   //   the atom sorting code is in use.
   #if ! (NAMD_ComputeNonbonded_SortAtoms != 0 && ( 0 PAIR( + 1 ) ) )   #if ! (NAMD_ComputeNonbonded_SortAtoms != 0 && ( 0 PAIR( + 1 ) ) )
     NBWORKARRAY(plint,grouplist,arraysize);     NBWORKARRAY(int,grouplist,arraysize);
     NBWORKARRAY(plint,fixglist,arraysize);     NBWORKARRAY(int,fixglist,arraysize);
   #endif   #endif
  
   NBWORKARRAY(plint,goodglist,arraysize);   NBWORKARRAY(int,goodglist,arraysize);
   NBWORKARRAY(plint,pairlistx,arraysize);   NBWORKARRAY(plint,pairlistx,arraysize);
   NBWORKARRAY(plint,pairlistm,arraysize);   NBWORKARRAY(plint,pairlistm,arraysize);
   NBWORKARRAY(plint,pairlist,arraysize);   NBWORKARRAY(int,pairlist,arraysize);
   NBWORKARRAY(plint,pairlist2,arraysize);   NBWORKARRAY(int,pairlist2,arraysize);
   ALCH(   ALCH(
   NBWORKARRAY(plint,pairlistnA1,arraysize);   NBWORKARRAY(plint,pairlistnA1,arraysize);
   NBWORKARRAY(plint,pairlistxA1,arraysize);   NBWORKARRAY(plint,pairlistxA1,arraysize);
Line 930
Line 930
     )     )
  
     // add remaining atoms to pairlist via hydrogen groups     // add remaining atoms to pairlist via hydrogen groups
     register plint *pli = pairlist + pairlistindex;     register int *pli = pairlist + pairlistindex;
  
     {     {
       // Atom Sort : Modify the values of g and gu based on the added information       // Atom Sort : Modify the values of g and gu based on the added information
Line 958
Line 958
  
       #else       #else
  
         register plint *gli = goodglist;         register int *gli = goodglist;
         const plint *glist = ( groupfixed ? fixglist : grouplist );         const int *glist = ( groupfixed ? fixglist : grouplist );
         SELF( const int gl = ( groupfixed ? fixg_lower : g_lower ); )         SELF( const int gl = ( groupfixed ? fixg_lower : g_lower ); )
         const int gu = ( groupfixed ? fixg_upper : g_upper );         const int gu = ( groupfixed ? fixg_upper : g_upper );
         register int g = PAIR(0) SELF(gl);         register int g = PAIR(0) SELF(gl);
Line 969
Line 969
  
       if ( g < gu ) {       if ( g < gu ) {
  int hu = 0;  int hu = 0;
  #ifndef NAMD_KNL
 #if defined(__SSE2__) && ! defined(NAMD_DISABLE_SSE) #if defined(__SSE2__) && ! defined(NAMD_DISABLE_SSE)
  if ( gu - g  >  6 ) {   if ( gu - g  >  6 ) { 
  
Line 1179
Line 1180
    g-=2;    g-=2;
  }  }
 #endif #endif
  #endif // NAMD_KNL
   
  for (; g < gu; g++) {  for (; g < gu; g++) {
  
Line 1237
Line 1239
  
     const int atomfixed = ( fixedAtomsOn && pExt_i.atomFixed );     const int atomfixed = ( fixedAtomsOn && pExt_i.atomFixed );
  
     register plint *pli = pairlist2;     register int *pli = pairlist2;
  
     plint *pairlistn = pairlists.newlist(j_upper + 5 + 5 ALCH( + 20 ));     plint *pairlistn = pairlists.newlist(j_upper + 5 + 5 ALCH( + 20 ));
     register plint *plin = pairlistn;     register plint *plin = pairlistn;
Line 1309
Line 1311
       int k = pairlistoffset;       int k = pairlistoffset;
       int ku = pairlistindex;       int ku = pairlistindex;
       if ( k < ku ) {       if ( k < ku ) {
  #ifndef NAMD_KNL
 #if defined(__SSE2__) && ! defined(NAMD_DISABLE_SSE) #if defined(__SSE2__) && ! defined(NAMD_DISABLE_SSE)
  if ( ku - k  >  6 ) {       if ( ku - k  >  6 ) {     
    register  int jprev0 = pairlist [k    ];    register  int jprev0 = pairlist [k    ];
Line 1500
Line 1503
    k-=2;    k-=2;
  }         }       
 #endif #endif
  #endif // NAMD_KNL
  
  for (; k < ku; k++) {  for (; k < ku; k++) {
    int j = pairlist[k];    int j = pairlist[k];

Legend:
Removed in v.1.1190 
changed lines
 Added in v.1.1191


Made by using version 1.53 of cvs2html