Difference for src/ComputeNonbondedBase.h from version 1.1188 to 1.1189

version 1.1188version 1.1189
Line 72
Line 72
  
 #undef SLOWONLYNAME #undef SLOWONLYNAME
 #undef FAST #undef FAST
  #undef NOFAST
 #ifdef SLOWONLY #ifdef SLOWONLY
   #define FAST(X)   #define FAST(X)
    #define NOFAST(X) X
   #define SLOWONLYNAME(X) MERGEELECTNAME( X ## _slow )   #define SLOWONLYNAME(X) MERGEELECTNAME( X ## _slow )
 #else #else
   #define FAST(X) X   #define FAST(X) X
    #define NOFAST(X)
   #define SLOWONLYNAME(X) MERGEELECTNAME( X )   #define SLOWONLYNAME(X) MERGEELECTNAME( X )
 #endif #endif
  
Line 210
Line 213
 ENERGY( NOENERGY( foo bar ) ) ENERGY( NOENERGY( foo bar ) )
 TABENERGY(NOTABENERGY( foo bar ) ) TABENERGY(NOTABENERGY( foo bar ) )
  
  #define KNL_MAKE_DEPENDS_INCLUDE
  #include  "ComputeNonbondedBase2KNL.h"
  #undef KNL_MAKE_DEPENDS_INCLUDE
  
  #undef KNL
  #undef NOKNL
  #ifdef NAMD_KNL
    #if ( TABENERGY(1+) FEP(1+) TI(1+) INT(1+) LES(1+) GO(1+) PPROF(1+) NOFAST(1+) 0 )
      #define KNL(X)
      #define NOKNL(X) X
    #else
      #define KNL(X) X
      #define NOKNL(X)
    #endif
  #else
    #define KNL(X)
    #define NOKNL(X) X
  #endif
  
 #if NAMD_ComputeNonbonded_SortAtoms != 0 && ( 0 PAIR( + 1 ) ) #if NAMD_ComputeNonbonded_SortAtoms != 0 && ( 0 PAIR( + 1 ) )
   #define COMPONENT_DOTPRODUCT(A,B)  ((A##_x * B##_x) + (A##_y * B##_y) + (A##_z * B##_z))   #define COMPONENT_DOTPRODUCT(A,B)  ((A##_x * B##_x) + (A##_y * B##_y) + (A##_z * B##_z))
 #endif #endif
Line 322
Line 344
   const BigReal offset_y = params->offset.y;   const BigReal offset_y = params->offset.y;
   const BigReal offset_z = params->offset.z;   const BigReal offset_z = params->offset.z;
  
    // Note that offset_f assumes positions are relative to patch centers
    const float offset_x_f = params->offset_f.x;
    const float offset_y_f = params->offset_f.y;
    const float offset_z_f = params->offset_f.z;
  
   register const BigReal plcutoff2 = \   register const BigReal plcutoff2 = \
   params->plcutoff * params->plcutoff;   params->plcutoff * params->plcutoff;
   register const BigReal groupplcutoff2 = \   register const BigReal groupplcutoff2 = \
Line 351
Line 378
   )   )
   )   )
   BigReal scaling = ComputeNonbondedUtil:: scaling;   BigReal scaling = ComputeNonbondedUtil:: scaling;
    const float scaling_f = scaling;
 #ifdef  A2_QPX #ifdef  A2_QPX
   vector4double scalingv = vec_splats(scaling);   vector4double scalingv = vec_splats(scaling);
 #endif #endif
Line 358
Line 386
   FAST   FAST
   (   (
   const BigReal switchOn2 = ComputeNonbondedUtil:: switchOn2;   const BigReal switchOn2 = ComputeNonbondedUtil:: switchOn2;
    const float switchOn2_f = switchOn2;
    const float cutoff2_f = ComputeNonbondedUtil::cutoff2;
   const BigReal c1 = ComputeNonbondedUtil:: c1;   const BigReal c1 = ComputeNonbondedUtil:: c1;
   const BigReal c3 = ComputeNonbondedUtil:: c3;   const BigReal c3 = ComputeNonbondedUtil:: c3;
    const float c1_f = c1;
    const float c3_f = c3;
   )   )
   const BigReal r2_delta = ComputeNonbondedUtil:: r2_delta;   const BigReal r2_delta = ComputeNonbondedUtil:: r2_delta;
   const int r2_delta_exp = ComputeNonbondedUtil:: r2_delta_exp;   const int r2_delta_exp = ComputeNonbondedUtil:: r2_delta_exp;
Line 507
Line 539
   register int i;   register int i;
   const CompAtom *p_0 = params->p[0];   const CompAtom *p_0 = params->p[0];
   const CompAtom *p_1 = params->p[1];   const CompAtom *p_1 = params->p[1];
    KNL( const CompAtomFlt *pFlt_0 = params->pFlt[0]; )
    KNL( const CompAtomFlt *pFlt_1 = params->pFlt[1]; )
   const CompAtomExt *pExt_0 = params->pExt[0];   const CompAtomExt *pExt_0 = params->pExt[0];
   const CompAtomExt *pExt_1 = params->pExt[1];   const CompAtomExt *pExt_1 = params->pExt[1];
  
Line 531
Line 565
  
   int arraysize = j_upper+5;   int arraysize = j_upper+5;
  
   NBWORKARRAY(plint,pairlisti,arraysize)   NBWORKARRAY(int,pairlisti,arraysize)
   NBWORKARRAY(BigReal,r2list,arraysize)   NBWORKARRAY(BigReal,r2list,arraysize)
    KNL( NBWORKARRAY(float,r2list_f,arraysize) )
    KNL( NBWORKARRAY(float,xlist,arraysize) )
    KNL( NBWORKARRAY(float,ylist,arraysize) )
    KNL( NBWORKARRAY(float,zlist,arraysize) )
  
   union { double f; int32 i[2]; } byte_order_test;   union { double f; int32 i[2]; } byte_order_test;
   byte_order_test.f = 1.0;  // should occupy high-order bits only   byte_order_test.f = 1.0;  // should occupy high-order bits only
Line 805
Line 843
    PAIR(for ( ; i < (i_upper);)) SELF(for ( i=0; i < (i_upper- 1);i++))    PAIR(for ( ; i < (i_upper);)) SELF(for ( i=0; i < (i_upper- 1);i++))
     {     {
     const CompAtom &p_i = p_0[i];     const CompAtom &p_i = p_0[i];
      KNL( const CompAtomFlt &pFlt_i = pFlt_0[i]; )
     const CompAtomExt &pExt_i = pExt_0[i];     const CompAtomExt &pExt_i = pExt_0[i];
  
     PAIR(if (savePairlists || ! usePairlists){)     PAIR(if (savePairlists || ! usePairlists){)
Line 826
Line 865
     register const BigReal p_i_x = p_i.position.x + offset_x;     register const BigReal p_i_x = p_i.position.x + offset_x;
     register const BigReal p_i_y = p_i.position.y + offset_y;     register const BigReal p_i_y = p_i.position.y + offset_y;
     register const BigReal p_i_z = p_i.position.z + offset_z;     register const BigReal p_i_z = p_i.position.z + offset_z;
  #if KNL(1)+0
      register const BigReal p_i_x_f = pFlt_i.position.x + offset_x_f;
      register const BigReal p_i_y_f = pFlt_i.position.y + offset_y_f;
      register const BigReal p_i_z_f = pFlt_i.position.z + offset_z_f;
  #endif
 #ifdef A2_QPX #ifdef A2_QPX
     vector4double p_i_v = {p_i_x, p_i_y, p_i_z, 0.0};     vector4double p_i_v = {p_i_x, p_i_y, p_i_z, 0.0};
 #endif #endif
Line 1667
Line 1711
     int npairi;     int npairi;
     int k;     int k;
  
  #if KNL(1)+0
      const float kq_i_f = kq_i;
  
      npairi = pairlist_from_pairlist_knl(ComputeNonbondedUtil::cutoff2_f,
   p_i_x_f, p_i_y_f, p_i_z_f, pFlt_1, pairlistn_save, npairn, pairlisti,
   r2list_f, xlist, ylist, zlist);
  #else
     npairi = pairlist_from_pairlist(ComputeNonbondedUtil::cutoff2,     npairi = pairlist_from_pairlist(ComputeNonbondedUtil::cutoff2,
  p_i_x, p_i_y, p_i_z, p_1, pairlistn_save, npairn, pairlisti,  p_i_x, p_i_y, p_i_z, p_1, pairlistn_save, npairn, pairlisti,
  r2_delta, r2list);  r2_delta, r2list);
  #endif
  
      if ( npairi ) {
  
 // BEGIN NBTHOLE OF DRUDE MODEL // BEGIN NBTHOLE OF DRUDE MODEL
 #if (FAST(1+)0) #if (FAST(1+)0)
Line 1679
Line 1733
       const NbtholePairValue * const nbthole_array = parameters->nbthole_array;       const NbtholePairValue * const nbthole_array = parameters->nbthole_array;
       const int NumNbtholePairParams = parameters->NumNbtholePairParams;       const int NumNbtholePairParams = parameters->NumNbtholePairParams;
       BigReal drudeNbtholeCut = simParams -> drudeNbtholeCut;       BigReal drudeNbtholeCut = simParams -> drudeNbtholeCut;
       BigReal drudeNbtholeCut2 = (drudeNbtholeCut * drudeNbtholeCut) + r2_delta;       NOKNL( BigReal drudeNbtholeCut2 = (drudeNbtholeCut * drudeNbtholeCut) + r2_delta; )
        KNL( float drudeNbtholeCut2 = (drudeNbtholeCut * drudeNbtholeCut); )
       BigReal CC = COULOMB * scaling * dielectric_1;       BigReal CC = COULOMB * scaling * dielectric_1;
       int kk;       int kk;
  
       for (k = 0; k < npairi; k++) {       for (k = 0; k < npairi; k++) {
             if (r2list[k] > drudeNbtholeCut2) { continue; }             NOKNL( if (r2list[k] > drudeNbtholeCut2) { continue; } )
              KNL( if (r2list_f[k] > drudeNbtholeCut2) { continue; } )
      
             const int j = pairlisti[k];             const int j = pairlisti[k];
             const CompAtom& p_j = p_1[j];             const CompAtom& p_j = p_1[j];
Line 1900
Line 1956
 #define EXCLUDED(X) #define EXCLUDED(X)
 #define MODIFIED(X) #define MODIFIED(X)
 #define PRAGMA_SIMD #define PRAGMA_SIMD
  #if KNL(1+)0
    switch ( vdw_switch_mode ) {
  
  #define VDW_SWITCH_MODE VDW_SWITCH_MODE_ENERGY
      case VDW_SWITCH_MODE:
  #include  "ComputeNonbondedBase2KNL.h"
      break;
  #undef VDW_SWITCH_MODE
  
  #define VDW_SWITCH_MODE VDW_SWITCH_MODE_MARTINI
      case VDW_SWITCH_MODE:
  #include  "ComputeNonbondedBase2KNL.h"
      break;
  #undef VDW_SWITCH_MODE
  
  #define VDW_SWITCH_MODE VDW_SWITCH_MODE_FORCE
      case VDW_SWITCH_MODE:
  #include  "ComputeNonbondedBase2KNL.h"
      break;
  #undef VDW_SWITCH_MODE
  
    }
  #else
 #include  "ComputeNonbondedBase2.h" #include  "ComputeNonbondedBase2.h"
  #endif
 #undef PRAGMA_SIMD #undef PRAGMA_SIMD
 #undef NORMAL #undef NORMAL
 #undef EXCLUDED #undef EXCLUDED
 #undef MODIFIED #undef MODIFIED
  
      }  // if ( npairi )
  
     npairi = pairlist_from_pairlist(ComputeNonbondedUtil::cutoff2,     npairi = pairlist_from_pairlist(ComputeNonbondedUtil::cutoff2,
  p_i_x, p_i_y, p_i_z, p_1, pairlistm_save, npairm, pairlisti,  p_i_x, p_i_y, p_i_z, p_1, pairlistm_save, npairm, pairlisti,
  r2_delta, r2list);  r2_delta, r2list);

Legend:
Removed in v.1.1188 
changed lines
 Added in v.1.1189


Made by using version 1.53 of cvs2html